• 응용통계연구
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• 제22권3호
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• pp.617-626
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• 2009

최근에 보고되는 일련의 연구는 Affymetrix 마이크로어레이 자료에서 유전자간 상관관계가 강하고 장범위(長範圍)(long-ranged)로 나타나고 있으며, 기존의 "편한" 가정, 즉 유전자간 상관관계가 매우 약하며, 따라서 유전자간 유사 독립성을 가정할 수 있다는 주장이 비현실적이라는 것을 보고하고 있다. Qui 등 (2005b)은 각 유전자의 검정통계량을 병합하여 통계적 추론을 하는 이른바 비모수적 경험적 베이즈 방법을 적용하면 검색된 특이발현 유전자수의 분산이 커진다는 것을 보고하고 있고, 이러한 분산의 불안전성 이유로서 유전자간 강한 상관관계를 지적하고 있다. 또한 Klebanov와 Yakovlev (2007)는 유전자간 상관관계가 통계적 분석을 어렵게 하는 요인이라기 보다는 유용한 정보의 원천이고 적정한 변환을 통하여 근사 독립을 유지할 수 있는 급수를 만들 수 있으며 이 급수를 ${\delta}$-급수라고 불렀다. 본 보고에서는 국내에서 생산된 2조의 cDNA 마이크로어레이 자료에서 유전자간 상관관계가 비교적 강하며, 장범위(長範圍)로 나타나는 것을 확인하며, 유사 독립성을 전제할 수 있는 ${\delta}$-급수가 cDNA 마이크로어레이에서도 발견되는 것을 보고하고자 한다, 동 보고는 추후 cDNA 마이크로어레이 자료의 분석에서도 유전자간 상관관계를 고려하여야 함을 강조하고 있다.

• Korean Chemical Engineering Research
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• 제62권1호
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• pp.118-124
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• 2024

신경망은 심전도 신호, 망막 영상, 지진파 등 잡음이 포함된 자료의 전처리 작업에 활용되고 있다. 그러나, 잡음의 전처리는 전산시간 증가, 원본 신호의 왜곡등의 문제점을 내포하고 있다. 본 연구에서는 잡음의 전처리 없이 측정 자료를 분석할 수 있는 신경망 구조를 연구하였다. 신경망의 학습 자료로써 잡음이 포함된 DNA 용액의 동역학적 거동을 선정하여, 해당 자료로부터 DNA 용액의 조성비를 예측하고자 하였다. DNA의 동역학 자료에 인위적으로 백색 잡음을 추가하여, 신경망의 예측에 대한 잡음의 영향을 알아보았다. 결과적으로, 잡음의 전처리 없이 O(1)의 신호 대 잡음비 자료로부터 O(0.01)의 오차로 용액의 조성비를 예측할 수 있었다. 이러한 연구 결과는 측정 잡음에 민감하게 영향 받을 수 있는 극미량의 유전병 또는 암세포와 관련된 DNA를 분석을 위한 핵심 인공지능 기술로 활용할 수 있다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제32권2호
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• pp.269-280
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• 2002

The purpose of this study is to develop species-specific DNA probes and polymerase chain reaction (PCR) primers for detection and identification of Prevotella nigrescens (P. nigrescens) 9336. This study procedure includes (1) whole-genomic DNA extraction of P. nigrescens 9336 (2) construction of the genomic DNA library, (3) screening of strain-specific DNA probe by reverse Dot Hybridization method, (4) confirmation of strain-specific DNA probe by Southern blot analysis, (5) determination of nucleotide sequences of strain-specific DNA probe. Thirty-five restriction fragments of P. nigrescens 9336 genomic DNA digested with the Hind III were obtained. Reverse dot hybridization and Southern blot analysis data showed that three of them, Pn10, Pn23, and Pn35, could be P. nigrescens 9336-specific DNA probes. These data indicated that these DNA probes could be useful in detection and identification of the P. nigrescens 9336.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제27권5호
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• pp.427-436
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• 2023

Mitotic arrest deficient 2 like 2 (Mad2L2, also known as Mad2B), the human homologue of the yeast Rev7 protein, is a regulatory subunit of DNA polymerase ζ that shares high sequence homology with Mad2, the mitotic checkpoint protein. Previously, we demonstrated the involvement of Mad2B in the cisplatin-induced DNA damage response. In this study, we extend our findings to show that Mad2B is recruited to sites of DNA damage in human cancer cells in response to cisplatin treatment. We found that in undamaged cells, Mad2B exists in a complex with Polζ-Rev1 and the APC/C subunit Cdc27. Following cisplatin-induced DNA damage, we observed an increase in the recruitment of Mad2B and Cdc20 (the activators of the APC/C), to the complex. The involvement of Mad2B-Cdc20-APC/C during DNA damage has not been reported before and suggests that the APC/C is activated following cisplatin-induced DNA damage. Using an in vitro ubiquitination assay, our data confirmed Mad2B-dependent activation of APC/C in cisplatin-treated cells. Mad2B may act as an accelerator for APC/C activation during DNA damage response. Our data strongly suggest a role for Mad2B-APC/C-Cdc20 in the ubiquitination of proteins involved in the DNA damage response.

• 전자통신동향분석
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• 제35권1호
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• pp.25-33
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• 2020

Just as it is possible to distinguish people by using physical features, such as fingerprints, irises, veins, and faces, and behavioral features, such as voice, gait, keyboard input pattern, and signatures, the an IoT device includes various features that cannot be replicated. For example, there are differences in the physical structure of the chip, differences in computation time of the devices or circuits, differences in residual data when the SDRAM is turned on and off, and minute differences in sensor sensing results. Because of these differences, Sensor data can be collected and analyzed, based on these differences, to identify features that can classify the sensors and define them as sensor-based device DNA technology. As Similar to the biometrics, such as human fingerprints and irises, can be authenticatedused for authentication, sensor-based device DNA can be used to authenticate sensors and generate cryptographic keys that can be used for security.

• 전기학회논문지
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• 제57권2호
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• pp.320-326
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• 2008

In this paper, we propose a new algorithm emulating the DNA characteristics for noise-tolerant pattern matching problem on digital system. The digital pattern matching becomes core technology in various fields, such as, robot vision, remote sensing, character recognition, and medical diagnosis in particular. As the properties of natural DNA strands allow hybridization with a certain portion of incompatible base pairs, DNA-inspired data structure and computation technique can be adopted to bio-signal pattern classification problems which often contain imprecise data patterns. The key feature of noise-tolerance of DNA computing comes from control of reaction temperature. Our hardware system mimics such property to diagnose cardiovascular disease and results superior classification performance over existing supervised learning pattern matching algorithms. The hardware design employing parallel architecture is also very efficient in time and area.

• 식물분류학회지
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• 제41권4호
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• pp.353-360
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• 2011

엽록체 DNA(trnL-F IGS, trnL intron, trnH-psbA)와 핵 DNA(RNApol2_i23)의 염기서열을 분석하여 둥굴레복합체를 대상으로 계통분류학적 연구를 실시하였다. 유럽산 분류군들은 한 분계조로 뚜렷하게 유집되었고, 이들은 한국산 분류군 중에서 둥굴레, 왕둥굴레, 풍도둥굴레 등과 유집되었다. 풍도둥굴레, 왕둥굴레와 제주산의 둥굴레중 하나가 한 분계조로 유집되어 육지로부터 지리적으로 격리된 섬 지역에서 진행되는 둥굴레로부터의 종분화를 추정해 볼 수 있었다. 둥굴레복합체에 속하는 분류군들은 기본염색체수를 기준으로 2개의 소그룹(x= 9와 x = 10)으로 구분되고 있다. 비록 기본염색체수가 줄어드는 방향으로 진화하는 속 내 분류군들의 진화경향과는 일치하지 않으나, 2개 그룹의 구분에 대해서는 분자적인 자료, 특히 핵 DNA 염기서열 분석결과가 이를 강력하게 지지하였다. 반면에 엽록체 DNA는 분류군을 구분하는 해상도가 낮게 나타났다. 속내 분류군들의 진화나 계통관계를 밝히기 위하여 차후에 좀 더 많은 재료에 대한 세포학적, 형태학적, 지리학적 자료가 축적되어야 할 것이다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제17권2호
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• pp.325-333
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• 2006

We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS1167 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 100bp, 108bp and 110bp.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제16권4호
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• pp.913-921
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• 2005

We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS941 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 80bp, 85bp 90bp and 105bp.

• 대한화학회지
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• 제29권5호
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• pp.533-538
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• 1985

Spermine에 의하여 誘發되는 凝縮 DNA 構造의 安定化에 있어서 hydrophobic interaction의 重要性을 試驗하기 위하여 spermine-DNA 複合體의 異例的 吸光度-溫度 樣相에 미치는 urea의 效果를 調査하였다. 그 結果 異例的 吸光度-溫度 樣相의 downward peak(trough) 領域에 이르는 相變移에 對한 cooperativity, enthalpy, midpoint의 값들이 Tm 領域의 값들 보다 urea에 敏感한 影響을 받았으며, urea의 濃度 增加에 따라 downward peak가 점차 사라졌다. 이 data는 異例的 吸光度-溫度 樣相을 構成하는 downward peak가 spermine에 의하여 誘發되는 hydrophobic interaction에 의한 凝縮된 tertiary structure의 形成을 나타내고 있다고 불 수 있다.