• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2001.10a
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• pp.87-96
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• 2001

삼성종합기술원에서는 인간의 genomic DNA의 이상을 발견하여 이와 연관된 질병을 진단하는 DNA chip을 개발하고 있다. 이를 위하여 특정한 염기서열의 변화에 따라 민감하게 hybridization strength가 변화하는 oligomer를 선택해야 한다. 따라서, specificity가 가장 큰 probe를 골라내야 한다. 여기에는 열역학적인 고려와 여러가지 물리화학적인 approximation이 사용되며, DNA chip 생산 공정에 의존하는 요소도 포함되어 있다 모든 생산용 data와 결과의 분석은 database를 기반으로 이루어지며, 자동화된 통계적 분석법과 최적화 방법이 함께 사용된다.

• Korean Journal of Ecology and Environment
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• v.54 no.3
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• pp.199-208
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• 2021

Environmental DNA (eDNA) metabarcoding is effective method with high detection sensitivity for evaluating fish biodiversity and detecting endangered fish from natural water samples. We compared the richness of operational taxonomic units(OTUs) and composition of freshwater fishes according to filters(cellulose nitrate filter vs. glass fiber filter), extraction kits(DNeasy2^® Blood & Tissue Kit vs. DNeasy2^® PowerWater Kit), primer sets (12S rDNA vs. 16S rDNA), and PCR methods (conventional PCR vs. touchdown PCR) to determine the optimal conditions for metabarcoding analysis of Korean freshwater fish. The glass fiber filter and DNeasy2^® Blood & Tissue Kit combination showed the highest number of freshwater fish OTUs in both 12S and 16S rDNA. Among the four types, the primer sets only showed statistically significant difference in the average number of OTUs in class Actinopterygii (non-parametric Wilcoxon signed ranks test, p=0.005). However, there was no difference in the average number of OTUs in freshwater fish. The species composition also showed significant difference according to primer sets (PERMANOVA, Pseudo-F=6.9489, p=0.006), but no differences were observed in the other three types. The non-metric multidimensional scaling (NMDS) results revealed that species composition clustered together according to primer sets based on similarity of 65%; 16S rDNA primer set was mainly attributed to endangered species such as Microphysogobio koreensis and Pseudogobio brevicorpus. In contrast, the 12S rDNA primer set was mainly attributed to common species such as Zacco platypus and Coreoperca herzi. This study provides essential information on species diversity analysis using metabarcoding for environmental water samples obtained from rivers in Korea.

• KSBB Journal
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• v.25 no.2
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• pp.199-204
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• 2010

We generated the feasibility of DNA separation in free-solution using genetically engineered repetitive polypeptides as drag-tags. Two different-sized repetitive polypeptides were designed, expressed in E. coli, and purified. They were conjugated to a fluorescently labeled DNA (100 base), and the electrophoretic mobilities of these conjugate molecules were analyzed on a microchip. The results of these studies indicate that genetically engineered repetitive polypeptide is a prominent candidate for rapid and high-throughput genetic mutation detection, such as SNP analysis.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• v.16 no.2
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• pp.203-211
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• 2000

Partial mitochondrial 16S rDNA and COI gene were amplified using PCR and sequenced for four species of oysters in Korea. Phylogenetic relationships among them were inferred from their aligned sequences by neighbor-joining method. The sequence comparison data of two mitochondrial genes showed that the genetic distinction between two oyster genera (Crassostreo and Ostrea) was obvious. Phylogenetic analysis based on the nucleotide sequences and A+T percentage of two genes indicates that C. gigas and C. nippona strongly formed a sister group and then C. ariakensis was clustered with the clade although that based on amino acid sequences of COI gene by neighbor-joining method represented different phylogenetic tree.

• Journal of Life Science
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• v.3 no.4
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• pp.194-208
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• 1993

DNA 복제시 중추적 단백질은 DNA 합성을 수행하는 DNA polymerase이다. 따라서 DNA polymerase의 구조 및 기능에 대한 연구는 DNA polymerase의 중합반응에 대한 기작을 비롯하여 교정 및 수선기능에 대한 정보를 얻게 함으로써 복잡한 DNA 복제 기적을 이해하는 첩경이 된다. Bacteriophage T7의 Gene 5 단백질은 T7 DNA polymerase로 Richardson group에 의해 처음으로 발견되었으며, E. coli의 12 KDa thioredoxin과 tight complex를 형성한다. T7 DNA polymerase의 클로닝은 분자생물학의 새로운 장을 열어준 중요한 의미를 지닌다 . 본 연구에서는 T7 DNA polymerase의 구조적, 기능적 특성을 파악하고 DNA 염기서열 분석에의 응용 및 DNA 염기서열 결정을 위한 새로운 전략 및 최근연구 동향에 대해 기술하였다.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2002.11b
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• pp.50-50
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• 2002

배추무사마귀병 저항성 유전 양식을 증명하기 위해서 CR계 F1에서 유래된 F2 세대를 포장시험과 유묘 검정을 실시하였다. F$_2$ 세대의 7 집단은 단인자우성으로 3:1의 분리비를 보였고, 5 집단은 중복 유전자가 관여하는 9:7의 유전 분리비를 보였다. 배추무사마귀병 저항성 유전자와 연관된 DNA 마커를 개발하기 위하여 CR-Saerona F$_2$ 집단을 배추무사마귀병 발병포장에서 재배하여 저항성 평가를 하였다. 220개의 임의의 프라이머를 이용하여 BSA-RAPD (Bulked segregant analysis-Randomly amplified polymorphic DNA)를 수행하였지만 CR-Saerona F2 집단에서 배추무사마귀병 저항성 유전자와 꼭 들어맞는 DNA 마커는 발견되지 않았다. 300개의 임의의 프라이머를 이용하여 CR-Saerona에서 유래된 F$_2$ 세대를 QTL 분석하였다. 저항성 정도는 발병지수에 따라 조사되었고 QTL 분석을 위해 one-way ANOVA 테스트를 하였다. 통계분석 결과 두 프라이머(K16-1, L2-2)가 저항성과의 상관관계를 보여 주었으나 유의성은 인정되지 않았다.

• Proceedings of the Korean Aquaculture Society Conference
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• 2003.10a
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• pp.34-34
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• 2003

한국산 선발계통 및 일본산 양식계통과 이들 두 계통간 잡종 참돔 집단의 유전적 특성을 분석하기 위하여, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker를 탐색하였다. 10개의 염기로 이루어진 200개의 random primer 분석을 통하여 polymorphic pattern을 나타내는 23개의 random primer를 선발하였으며, 각 primer의 재현성을 확인하였다. 이들 중 OPA-11 primer는 크기가 각각 600 bp, 650 bp 및 750 bp 인 3개의 DNA 단편에 의하여 4개의 genotype을 나타냈으며, 각 genotype의 빈도는 집단간차이를 보였고, 한국산 선발계통 집단에서는 4개의 genotype이 모두 발견되는 반면, 일본산 양식계통 및 일본산 양식계통을 포함한 교배집단에서는 특정 genotype만 발견되었다. OPA-11 primer 유래의 polymorphic DNA 단편을 cloning하고 염기서열을 결정하였으며, SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) primer를 제작하고 분석하였다. 본 연구는 참돔집단의 유전적 특성 파악 및 집단 구별에 RAPD marker를 활용하였으며, 참돔 육종시 형질 및 기능관련 DNA marker 탐색에 적용하기 위하여, 이후의 연구에서는 SCAR과 RFLP 분석에 RAPD marker를 이용하여 100% 정확도를 갖는 RFLP maker를 찾고, MAS (Marker-Assisted Selection)에 적용하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2011.06c
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• pp.202-205
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• 2011

본 논문은 DNA 특성분석 기능을 수행하는 전기영동 장치와 분석결과 해석 기능을 수행하는 젤닥 장치를 통합한 장치를 제안하였다. 이들 두 기능을 독립적으로 수행하는 기존의 시스템은 바이오 전문가의 중간 개입 작업이 필요하며 경험치에 의존하는 검사의 부적황성, 높은 오염가능성, 긴 검사시간 등의 한계점을 가지고 있다. 기존 장비에서 독립적으로 수행하던 두 기능을 동시에 수행하도록 하여, 현 시스템의 한계점들을 개선 할 수 있는 장치를 제안하고 구현하였다. 한편 기존에는 완료된 최종 결과 영상 한 장만을 획득 할 수 있었던 것에 반해 특성분석 중에 결과 영상을 실시간으로 모니터링할 수 있어서 DNA 특성 분석의 성공 여부를 조기에 판단할 수 있었다.

• Journal of Internet Computing and Services
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• v.15 no.1
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• pp.29-43
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• 2014

The development of NGS technologies, such as scientific workflows, has reduced the time required for decoding DNA sequences. Although the automated technologies change the genome sequence analysis environment, limited computing resources still pose problems for the analysis. Most scientific workflow systems are pre-built platforms and are highly complex because a lot of the functions are implemented into one system platform. It is also difficult to apply components of pre-built systems to a new system in the cloud environment. Cloud computing technologies can be applied to the systems to reduce analysis time and enable simultaneous analysis of massive DNA sequence data. Web service techniques are also introduced for improving the interoperability between DNA sequence analysis systems. The workflow-based middleware, which supports Web services, DBMS, and cloud computing, is proposed in this paper for expecting to reduceanalysis time and aiding lightweight virtual instances. It uses DBMS for managing the pipeline status and supporting the creation of lightweight virtual instances in the cloud environment. Also, the RESTful Web services with simple URI and XML contents are applied for improving the interoperability. The performance test of the system needs to be conducted by comparing results other developed DNA analysis services at the stabilization stage.

• Korean Journal Plant Pathology
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• v.12 no.1
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• pp.91-98
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• 1996

벼도열병균 14개 균주와 벼 이외 화본과 식물 도열병균 12개 균주를 대상으로 rDNA의 ITS II 부위를 증폭하여 그들의 핵산 구조 차이를 분석함으로 도열병균 균주간 분류를 시도하였다. 5.8S rDNA의 3`-말단 부위와 28S rDNA의 5`-말단 부위의 sequence 중 5`-CCCGGGAATTCGCATCGATCGATCGAATGAAGA-ACGCAGC-3`와 5`-CCCGGGATCCTCCGCTTATT-GATATGC-3`를 이용하여 PCR 증폭을 하였을 때 벼도열병균 14개 균주는 동일한 길이의 단일 밴드를 형성하였으며 벼 이외 화본과 식물 도열병균에서는 레드톱 식물로부터 분리한 도열병균만이 나머지 균주보다 38bp가 더 큰 길이를 가진 밴드를 형성하였다. PCR로 증폭된 DNA를 HaeIII와 MspI 제한효소로 절단하였을 때 벼도열병균 레이스간에는 제한효소 절단에 의한 전기영동 밴드 형태 차이를 관찰할 수 없었으나, 벼 이외 화본과 식물 도열병균 12개 균주는 3군으로 구분할 수 있었다. 벼도열병균 90=054와 강아지풀에서 분리한 도열병균 G90-5, 기장에서 분리한 G88-4, 바랭이에서 분리한 G88-5 그리고 레드톱에서 분리한 RT 균주의 ITS II 부위의 DNA 염기서열 비교 분석에 의하면 G88-4와는 다른 HaeIII와 MspI 제한효소 위치를 가지고 있었기에 제한효소 절단에 의한 전기영동 형태가 상이하였다. 또한 RT균주는 HaeIII와 MspI위치가 존재하지 않았다.