• 제목/요약/키워드: Coding control

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동양달팽이(Nesiohelix samarangae)의 arginine kinase 유전자 분석 및 발현 패턴에 관한 연구 (Identification, sequence characterization and expression analysis of the arginine kinase gene in response to laminarin challenge from the Oriental land snail, Nesiohelix samarangae)

  • 정지은;이용석
    • 한국패류학회지
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    • 제29권3호
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    • pp.171-179
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    • 2013
  • 동양달팽이의 arginine kinase 유전자는 염기서열 1065개로 이루어져있으며 355개의 아미노산으로 이루어져 있으며, BLAST 결과를 토대로 유사도가 높은 25개의 참고 서열과 동양달팽이의 arginine kinase의 아미노산 서열을 MEGA5 프로그램의 clustalW 모듈을 이용하여 multiple sequence alignment 를 수행한 결과, 연체동물문에 속하는 복족강 (5종), 두족강 (5종), 이매패강 (4종) 등에 속하는 생물들이 같은 군으로 묶였으며, 절지동물문 곤충강 에 속하는 나비목 (2종), 벌목 (1종), 노린재목 (2종) 등에 속하는 생물들이 같은 군으로 묶이고, 갑각강 (5종), 거미강 (1종) 에 속하는 생물들이 묶이는 것을 알 수 있었다. Psipred 소프트웨어를 통해 2D 구조를 비교 분석한 결과도 multiple align 및 phylodendrogram 결과와 밀접한 관계가 있음을 알 수 있었다. 시간에 따른 arginine kinase의 발현양상을 확인한 결과 control에 비하여 6시간에서 약 1.2배 정도 발현이 증가하는 것을 확인할 수 있었으며, 12시간이 지나면 점차 감소하는 것을 확인할 수 있었다. EST를 통해 밝혀진 N. samarangae 의 Ark 서열은 근연종들의 서열과 일치함을 알 수 있었으며, 본 연구 결과를 통해 무척추동물에서의 선천성 면역 관련 유전자 연구에 동양달팽이가 좋은 모델이 될 수 있음을 제시하고 있다.

Systematic Target Screening Revealed That Tif302 Could Be an Off-Target of the Antifungal Terbinafine in Fission Yeast

  • Lee, Sol;Nam, Miyoung;Lee, Ah-Reum;Lee, Jaewoong;Woo, Jihye;Kang, Nam Sook;Balupuri, Anand;Lee, Minho;Kim, Seon-Young;Ro, Hyunju;Choi, Youn-Woong;Kim, Dong-Uk;Hoe, Kwang-Lae
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제29권2호
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    • pp.234-247
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    • 2021
  • We used a heterozygous gene deletion library of fission yeasts comprising all essential and non-essential genes for a microarray screening of target genes of the antifungal terbinafine, which inhibits ergosterol synthesis via the Erg1 enzyme. We identified 14 heterozygous strains corresponding to 10 non-essential [7 ribosomal-protein (RP) coding genes, spt7, spt20, and elp2] and 4 essential genes (tif302, rpl2501, rpl31, and erg1). Expectedly, their erg1 mRNA and protein levels had decreased compared to the control strain SP286. When we studied the action mechanism of the non-essential target genes using cognate haploid deletion strains, knockout of SAGA-subunit genes caused a down-regulation in erg1 transcription compared to the control strain ED668. However, knockout of RP genes conferred no susceptibility to ergosterol-targeting antifungals. Surprisingly, the RP genes participated in the erg1 transcription as components of repressor complexes as observed in a comparison analysis of the experimental ratio of erg1 mRNA. To understand the action mechanism of the interaction between the drug and the novel essential target genes, we performed isobologram assays with terbinafine and econazole (or cycloheximide). Terbinafine susceptibility of the tif302 heterozygous strain was attributed to both decreased erg1 mRNA levels and inhibition of translation. Moreover, Tif302 was required for efficacy of both terbinafine and cycloheximide. Based on a molecular modeling analysis, terbinafine could directly bind to Tif302 in yeasts, suggesting Tif302 as a potential off-target of terbinafine. In conclusion, this genome-wide screening system can be harnessed for the identification and characterization of target genes under any condition of interest.

아두이노와 무선통신을 이용한 온실 환경 계측 시스템 설계 (Design of a Greenhouse Monitoring System using Arduino and Wireless Communication)

  • 성보현;조영열
    • 생물환경조절학회지
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    • 제31권4호
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    • pp.452-459
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    • 2022
  • 스마트팜 요소들 중에서 중요한 요인 중 하나는 환경 계측이다. 본 연구에서는 오픈 소스 프로그램인 아두이노, 앱 인벤터와 노드 레드를 이용하여 로라와 블루투스 무선 통신을 통한 환경 계측 모니터링 시스템을 설계하였다. 이 시스템은 아두이노, 로라 쉴드, 온습도 센서(SHT10), 이산화탄소 센서(K30)로 구성되었다. 아두이노(Arduino) 프로그램에서 사용된 라이브러리로는 LoRa.h, Sensirion.h, LiquidCrystal_I2C.h와 K30_I2C.h를 사용하였다. 일정한 주기로 센서에서 환경 데이터를 받을 때, 데이터의 안정화를 위해 평균값을 사용한 코딩을 사용하였다. 사용자 인터페이스로 노드 레드와 앱 인벤터 프로그램을 이용하여 안드로이드 기반의 앱을 개발하였다. 아두이노의 시리얼 화면과 스마트 폰의 화면 및 노드 레드의 사용자 인터페이스에 출력되는 화면으로 센서에 위한 환경 자료가 잘 수집되어 디스플레이되는 것을 볼 수 있었다. 이러한 오픈소스 기반의 플랫폼과 프로그램들은 다양한 농업 응용 분야에 적용될 것이다.

Relationship between porcine miR-20a and its putative target low-density lipoprotein receptor based on dual luciferase reporter gene assays

  • Ding, Yueyun;Zhu, Shujiao;Wu, Chaodong;Qian, Li;Li, DengTao;Wang, Li;Wan, Yuanlang;Zhang, Wei;Yang, Min;Ding, Jian;Wu, Xudong;Zhang, Xiaodong;Gao, Yafei;Yin, Zongjun
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제32권7호
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    • pp.922-929
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    • 2019
  • Objective: Mutations in low-density lipoprotein receptor (LDLR), which encodes a critical protein for cholesterol homeostasis and lipid metabolism in mammals, are involved in cardiometabolic diseases, such as familial hypercholesterolemia in pigs. Whereas microRNAs (miRNAs) can control LDLR regulation, their involvement in circulating cholesterol and lipid levels with respect to cardiometabolic diseases in pigs is unclear. We aimed to identify and analyze LDLR as a potential target gene of SSC-miR-20a. Methods: Bioinformatic analysis predicted that porcine LDLR is a target of SSC-miR-20a. Wild-type and mutant LDLR 3'-untranslated region (UTR) fragments were generated by polymerase chain reaction (PCR) and cloned into the pGL3-Control vector to construct pGL3 Control LDLR wild-3'-UTR and pGL3 Control LDLR mutant-3'-UTR recombinant plasmids, respectively. An miR-20a expression plasmid was constructed by inserting the porcine premiR-20a-coding sequence between the HindIII and BamHI sites in pMR-mCherry, and constructs were confirmed by sequencing. HEK293T cells were co-transfected with the miR-20a expression or pMR-mCherry control plasmids and constructs harboring the corresponding 3'-UTR, and relative luciferase activity was determined. The relative expression levels of miR-20a and LDLR mRNA and their correlation in terms of expression levels in porcine liver tissue were analyzed using reverse-transcription quantitative PCR. Results: Gel electrophoresis and sequencing showed that target gene fragments were successfully cloned, and the three recombinant vectors were successfully constructed. Compared to pMR-mCherry, the miR-20a expression vector significantly inhibited wild-type LDLR3'-UTR-driven (p<0.01), but not mutant LDLR-3'-UTR-driven (p>0.05), luciferase reporter activity. Further, miR-20a and LDLR were expressed at relatively high levels in porcine liver tissues. Pearson correlation analysis revealed that porcine liver miR-20a and LDLR levels were significantly negatively correlated (r = -0.656, p<0.05). Conclusion: LDLR is a potential target of miR-20a, which might directly bind the LDLR 3'-UTR to post-transcriptionally inhibit expression. These results have implications in understanding the pathogenesis and progression of porcine cardiovascular diseases.

pncA 유전자 PCR-SSCP법을 이용한 결핵균 Pyrazinamide 내성의 진단 (Detection of Pyrazinamide-Resistant Mycobacterium tuberculosis is by PCR-SSCP of pncA Gene)

  • 심태선;김영환;진재용;임채만;이상도;고윤석;김우성;김동순;김원동
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제45권6호
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    • pp.1178-1187
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    • 1998
  • 연구배경 : Pyrazinamide(PZA)는 대식세포(macrophage)내의 결핵균에 주로 작용하는 항결핵약제로서 단기화학요법의 중요한 요소이다. 최근 서구에서 AIDS 발생의 증가와 함께 약제내성 결핵의 발생이 증가하면서 약제내성을 조기에 발견하려는 노력이 시도되고 있다. 현재 우리나라에서는 PZA 감수성 검사 대신에 pyrazinamidase(PZase) 활성도 유무로 PZA에 대한 내성여부를 판별하고 있다. 최근 결핵균의 PZase를 coding하는 pncA 유전자가 밝혀졌고 이 유전자의 돌연변이가 결핵균의 PZA 내성에 관여한다는 보고가 있었다. 이에 본 연구자는 결핵균의 pncA 유전자를 대상으로 한 PCR-SSCP 법으로 PZA 내성여부를 진단할 수 있는지 알아보기 위하여 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 환자에서 추출되어 배양후 대한결핵연구원에서 PZase 활성도가 확인된 44예의 결핵균주와 대한결핵연구원에서 공여받은 BCG-French Strain, BCG-Tokyo strain, 그리고 1예의 우형결핵균 배양검체를 대상으로 하였다. 검체에서 bead beater 법으로 DNA를 추출하였으며 pncA 유전자를 포함하는 561bp 분절을 중합효소연쇄반응으로 증폭하였다. 이 증폭된 DNA를 BstB I 제한효소로 절단한 후 폴리아크릴아마이드젤에서 SSCP를 시행하여 그 결과를 표준균주 H37Rv와 비교하였다. 결 과 : 44예의 결핵균 중 22예는 PZase 활성도 양성이었고 22예는 PZase 활성도 음성이었다. 양성 22 예중 18예(82%)에서 표준균주인 H37Rv와 동일한 band의 이동성을 보였고 4예는 다른 band의 이동성을 보였다. 음성균주 22예중 19예(86%)에서 H37Rv와 다른 band의 이동성을 보였고 3예는 H37Rv와 동일한 band의 양상을 보여서 두 검사방법간의 관련성 검증 결과 통계적으로 유의하였다 (p<0.01). 근본적으로 PZA에 내성을 갖는 BCG strains과 1예의 우형결핵균 모두 H37Rv와 다른 band의 양상을 보여주었다. 결 론 : 결핵균의 PZase를 coding하는 pncA 유전자를 이용한 PCR-SSCP 법은 PZA 내성의 진단방법으로 기대된다.

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DS/CDMA 모뎀 구조와 ASIC Chip Set 개발 (A development of DS/CDMA MODEM architecture and its implementation)

  • 김제우;박종현;김석중;심복태;이홍직
    • 한국통신학회논문지
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    • 제22권6호
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    • pp.1210-1230
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    • 1997
  • 본 논문에서는 기준신호를 나타내는 하나의 파일럿채널과 다수의 트래픽채널을 갖는 DS/CDMA용 송수신기구조를 제안한다. 파일럿채널은 데이타 변조가 되지 않은 순수 PN 부호성분을 전송하며 수신단에서 PN 동기 및 동기복조의 기준신호로 이용한다. 또한 이러한 구조는 순방향뿐만 아니라 역방향 링크에도 적용된다. 제안된 DS/CDMA 방식의 특징은 다음과 같다. 첫째, 트래픽채널의 확산 방식은 I-phase 및 Q-phase의 확산부호를 파일럿채널의 그것과 교차하게 배치한 interlaced quardrature-spreading(IQS) 구조를 갖는데 이는 기존의 확산방식에 비해 데이타 신호의 영교차율을 줄여 송신단 출력신호 레벨의 변화를 작게한다. 둘째, PN부호의 초기동기 및 동기초적시 임계값을 적응적으로 자동설정하며, 초기동기시 PN 부호를 한 칩씩 이동하게 하여, 기존의 방식에 비해 초기동기 시간을 절반으로 줄이게 했으며, 수신부에서 PN 부호 발생기를 하나만 사용하여 초기동기 및 동기추적이 되게했다. 또한 state machine을 이용하여 재동기 timing을 자동설정 하도록 설계했다. 셋째, 본 방식에서는 자동주파수조절(automatic frequency control: AFC)기능, 입력신호의 크기에 따라 능동적으로 유효한 출력 레벨을 조절하는 자동 레벨조절(automatic level control: ALC)기능, bit-error-rate(BER)을 자동계산하는 기능, 인접 채널과의 간섭을 최소화하기 위한 스펙트럼 성형기능 등을 도입하여 사용자 편의를 도모했다. 넷째, 데이타 전송속도를 16Kbps~1.024Mbps로 가변이 되게함으로써 다양한 응용에 대처할 수 있게 설계했다. 한편, 본 논문에서 제안한 DS/CDMA 모뎀구조는 다양한 simulation을 통하여, 알고리즘 검증 과정을 거쳤으며, 제안된 DS/CDMA 모뎀 구조는 VHDL을 이용하여 ASIC으로 구현하였다. DS/CDMA용 ASIC은 송신부 ASIC과 수신부 ASIC으로 나누어 개발 하였으며, 한개의 ASIC당 3개의 채널을 동시에 수용할 수 있으며, 다수의 ASIC을 사용하여 여러 채널의 다중접속이 가능하다. 제작완료된 ASIC은 기능시험을 완료했으며 실제 line-of-sight(LOS) 시스템 구현에 적용중이다.

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반응성애착장애아의 어머니-아동 관계 (MOTHER-CHILD RELATIONSHIP OF CHILDREN WITH REACTIVE ATTACHMENT DISORDER)

  • 신의진;이경숙;박숙경
    • Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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    • 제8권1호
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    • pp.22-33
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    • 1997
  • 본 연구는 반응성 애착 장애 아동(Reactive Attachment Disorder, 이하 ‘RAD’)의 혼란된 부모-아동 관계를 애착이론의 입장에서 체계적으로 살펴보고자 하였다. 이를 위해 1994년 8월에서 1995년8월 사이 소아정신과에 내원한 RAD 아동과 어머니 20쌍과 비교집단으로 정상 아동과 어머니 20쌍을 대상으로, 아동에 대한 내적 실행 모델 면접(Working Model of Child Interview, 1986)과 낯선 상황 절차(Strange Situation Procedure, 1978), 부모-아동 상호작용 척도(Dyadic Parent-child Interaction Coding Scales, 1983)을 실시하여 어머니의 아동에 대한 내적 표상과 어머니의 내적 표상 유형과 아동의 애착 유형과의 관계, 내적 표상 유형에 따른 어머니-아동 상호작용 양상을 살펴보았다. 1) 대상 어머니들을 3가지 내적 표상 유형으로 분류해 본 결과, 비교 집단 어머니는 모두 균형된 표상으로 분류되었고 RAD 집단 어머니는 비개입된 표상(55%), 왜곡된 표상(45%)으로 분류되었다. 2) 어머니의 아동에 대한 내적 표상 유형은 아동의 애착 유형과 체계적으로 연관되었다. 균형된 표상의 어머니의 아동은 모두 안정 애착이었고 비개입된 표상 어머니의 82%는 그 아동이 불안/회피 애착으로 분류되었고 왜곡된 표상 어머니는 56%가 그 아동이 비조직/비일관 애착, 33%는 불안/저항 애착으로 분류되었다. 3) 어머니-아동 상호작용에서, 비개입된 표상의 어머니는 아동 중심 놀이에서 균형된 표상의 어머니에 비해 묘사적 진술, 반영적 진술, 묘사/반영적 질문을 적게 사용하였고 왜곡된 표상의 어머니는 균형된 표상의 어머니에 비해 직접 명령과 간접 명령을 많이 사용하였다. 장난감 정리하기 과제에서 비개입된 표상과 왜곡된 표상의 어머니는 균형된 표상의 어머니보다 직접명령, 간접명령을 더 많이 사용하였다. 위의 결과를 통해서 볼 때, 어머니의 아동에 대한 내적 실행 모델은 아동과의 애착 관계와 어머니-아동 상호작용에 중요한 요인으로서 혼란된 어머니-아동 관계를 이해하는데 효율적인 접근을 제공하며 아동에 대한 치료적 개입에 유용한 정보를 제공해 줄 것으로 생각된다.

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프랜차이즈 모기업 핵심역량 자원이 가맹점 관계결속과 재계약의도에 미치는 영향 (Effects of Core Competence and Resource Sharing on the Relational Bond among Franchisees and on Re-contract Intention in the Franchising Parent Companies)

  • 허영욱;주말찬
    • 유통과학연구
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    • 제12권4호
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    • pp.11-22
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    • 2014
  • Purpose - The domestic franchise industry has made significant contributions to industry such as investment, employment, and community economy development, facilitating growth potential. The franchise industry provides management knowhow transfer between parent companies and franchisees as per contracts addressing use of business signs, franchisees' independent position, franchisor support, and royalties to be paid to the franchisors. However, many franchisors lack management knowhow and provide insufficient support because of poor control of franchisees and not having a systematic approach to support. This results in dissatisfied franchisees and failure to establish long-term relationships. Few studies have examined relational commitment and/or re-contract intention by support resources between franchisors and franchisees, despite a considerable output of theories and studies of the growth of the franchise industry. The purpose of this study, therefore, was to examine the effects of the ability to provide resources on relational commitments and re-contract intention, and to suggest causal relationships and implications. Research design, data, and methodology - The subject was domestic franchisors registered with the Association of Franchise with more than 50 franchisees. Franchisees under contract for 2 years and considering re-contract of their franchise 2 years later were used. The subjects totaled 300 franchisees in Seoul. A questionnaire survey was used to investigate the subject of franchisees' concessions during the 10 days from November 21, 2013 to November 30, 2013. After excluding 16 surveys with poor answers, 284 responses were finally used. Four areas and 44 questions were used. A nominal scale was used for four common characteristics questions including gender, ages, educational background, and franchise managing time. Questions regarding ability, relational commitment, and re-contract intention made use of a Likert 5-point scale. Data coding and data cleaning were used. SPSS 18.0 was used as follows. First, frequency analysis was done to investigate demographic characteristics. Second, exploratory factor analysis was done to verify validity of testing tools, and Cronbach's α coefficient was used to verify reliability. Third, correlation analysis and multiple regression analysis were done. An exploratory factor analysis was done to verify validity of concepts. A correlation analysis was done to test relationships between the variables, and multiple regression analysis was done to verify franchisor's ability, franchisees' relational commitment, and re-contract intention. Results - The following were the outcomes. First, store operation management, finance operation management, and human resource management affected the calculated bond. Second, store operation management and finance operation management affected the emotional bond. Third, store operation management, finance operation management, human resource management, and marketing management affected the prescriptive bond. Fourth, calculated bond and prescriptive bond had an effect on re-contract intention. Conclusions - As stated above, in franchise management, parent companies' offer and instruction of core competence to their franchisees as an information resource could improve the relational bond by helping them grow together through the resource sharing. Consequently, core competence factors were promoting factors that could improve franchisees' re-contract intention for a long time.

Self-Efficacy as a Predictor of Self-Care in Persons with Diabetes Mellitus: Meta-Analysis

  • Lee, Hyang-Yeon
    • 대한간호학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.1087-1102
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    • 1999
  • Diabetes mellitus, a universal and prevalent chronic disease, is projected to be one of the most formidable worldwide health problems in the 21st century. For those living with diabetes, there is a need for self-care skills to manage a complex medical regimen. Self-efficacy which refers to one's belief in his/her capability to monitor and perform the daily activities required to manage diabetes has be found to be related to self-care. The concept of self-efficacy comes from social cognitive theory which maintains that cognitive mechanism mediate the performance of behavior. The literature cites several research studies which show a strong relationship between self-efficacy and self-care behavior. Meta-analysis is a technique that enables systematic review and quantitative integration of the results from multiple primary studies that are relevant to a particular research question. Therefore, this study was done using meta-analysis to quantitatively integrate the results of independent research studies to obtain numerical estimates of the overall effect of a self-efficacy with diabetic patient on self-care behaviors. The research proceeded in three stages : 1) literature search and retrieval of studies in which self-efficacy was related to self-care, 2) coding, and 3) calculation of mean effect size and data analysis. Seventeen studies which met the research criteria included study population of adults with diabetes, measures of self-care and measures of self-efficacy as a predictive variable. Computation of effect size was done on DSTAT which is a statistical computer program specifically designed for meta-analysis. To determine the effect of self-efficacy on self-care practice homogeneity tests were conducted. Pooled effect size estimates, to determine the best subvariable for composite variables, metabolic control variables and component of self-efficacy and self-care, indicated that the effect of self-efficacy composite on self-care composite was moderate to large. The weighted mean effect size of self-efficacy composite and self-care composite were +.76 and the confidence interval was from +.66 to +.86 with the number of subjects being 1,545. The total for this meta-analysis result showed that the weighted mean effect sizes ranged from +.70 to +1.81 which indicates a large effect. But since reliabilities of the instruments in the primary studies were low or not stated, caution must be applied in unconditionally accepting the results from these effect sizes. Meta-analysis is a useful took for clarifying the status of knowledge development and guiding decision making about future research and this study confirmed that there is a relationship between self-efficacy and self-care in patients with diabetes. It, thus, provides support for nurses to promote self-efficacy in their patients. While most of the studies included in this meta-analysis used social cognitive theory as a framework for the study, some studies use Fishbein & Ajzen's attitude model as a model for active self-care. Future research is needed to more fully define the concept of self-care and to determine what it is that makes patients feel competent in their self-care activities. The results of this study showed that self-efficacy can promote self-care. Future research is needed with experimental design to determine nursing interventions that will increase self-efficacy.

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The Influence of the Nucleotide Sequences of Random Shine-Dalgarno and Spacer Region on Bovine Growth Hormone Gene Expression

  • Paik Soon-Young;Ra Kyung Soo;Cho Hoon Sik;Koo Kwang Bon;Baik Hyung Suk;Lee Myung Chul;Yun Jong Won;Choi Jang Won
    • Journal of Microbiology
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    • 제44권1호
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    • pp.64-71
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    • 2006
  • To investigate the effects of the nucleotide sequences in Shine-Dalgarno (SD) and the spacer region (SD-ATG) on bovine growth hormone (bGH) gene expression, the expression vectors under the control of the T7 promoter (pT7-7 vector) were constructed using bGH derivatives (bGH1 & bGH14) which have different 5'-coding regions and were induced in E. coli BL21 (DE3). Oligonucleotides containing random SD sequences and a spacer region were chemically synthesized and the distance between the SD region and the initiation codon were fixed to nine bases in length. The oligonucleotides were annealed and fused to the bGH1 and bGH14 cDNA, respectively. When the bGH gene was induced with IPTG in E. coli BL21(DE3), some clones containing only bGH14 cDNA produced considerable levels of bGH in the range of $6.9\%\;to\;8.5\%$ of total cell proteins by SDS-PAGE and Western blot. Otherwise, the bGH was not detected in any clones with bGH1 cDNA. Accordingly, the nucleotide sequences of SD and the spacer region affect on bGH expression indicates that the sequences sufficiently destabilize the mRNA secondary structure of the bGH14 gene. When the free energy was calculated from the transcription initiation site to the +51 nucleotide of bGH cDNA using a program of nucleic acid folding and hybridization prediction, the constructs with values below -26.3 kcal/mole (toward minus direction) were not expressed. The constructs with the original sequence of bGH cDNA also did not show any expression, regardless of the free energy values. Thus, the disruption of the mRNA secondary structure may be a major factor regulating bGH expression in the translation initiation process. Accordingly, the first stem-loop among two secondary structures present in the 5'-end region of the bGH gene should be disrupted for the effective expression of bGH.