• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제34권3호
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• pp.250-265
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• 2008

Distraction osteogenesis is a well-established clinical treatment for limb length discrepancy and skeletal deformities. Appropriate mechanical tension-stress is believed not to break the callus but rather to stimulate osteogenesis. In contrast to fracture healing, the mode of bone formation in distraction osteogenesis is primarily intramembranous ossification. Although the biomechanical, histological, and ultrastructural changes associated with distraction osteogenesis have been widely described, the basic biology of the process is still not well known. Moreover, the molecular mechanisms in distraction osteogenesis remain largely unclear. Recent studies have implicated the growth factor cascade is likely to play an important role in distraction. And current reserch suggested that mechanical tension-stress modulates cell shape and phenotype, and stimulates the expression of the mRNA for bone matrix proteins. The purpose of this study is to examine the pattern of expression of growth factors($TGF-{\beta}1$, IGF-I, bFGF) and extracellular matrix proteins(osteoclacin, osteonectin) related to osteogenesis by osteodistraction of the mandible in rabbits. 24 rabbits is used for this experiment. Experimental group are gradual distraction(0.7mm, twice/day), acute distraction(1.4mm, twice/day) and control group is only osteotomized. After 5 days latency, osteotomic site is distracted for each 7 days and 3.5 days. Consolidation period is 28 days. The animal is sacrificed at the 3th, 7th, 14th, 28th. The distracted bone is examined by immunohistochemical analysis and RT-PCR analysis. The results obtained from this study were as follow : No significant difference was found on clinical examination according to distraction rate, but gradual distraction was shown to improve regenerate bone formation on radiographic and histologic examination. Growth factors and extracelluar matrix proteins expression increased in distraction group than control group. From these results, it could be stated that graudal distraction is shown to improve and accelerate bone formation and mechanical stress like distraction has considerable effects on osteogenesis related factors. And rabbit is the most appropriate animal model for further reseach on the molecular mechanisms that mediate osteodistraction. It is believed that understanding the biomolecular mechanisms that mediate distraction osteogenesis may guide the development of targeted strategies designed to improve distraction osteogenesis and accelerate bone healing.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권2호
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• pp.451-457
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• 2012

One decade early onset of the breast cancer in Iranian females was reported but the basis of the observed difference has remained unclear and difference in gene silencing by epigenetic processes is suggested. Hence, this study was sought to map the methylation status of estrogen receptor (ER) gene CpG islands and its impact on clinicopathological factors of triple negative and non-triple negative ductal cell carcinoma of the breast in Iranian females. Surgically resected formalin-fixed paraffin-embedded breast tissues from sixty Iranian women with confirmed invasive ductal carcinoma were assessed by methylation-specific PCR using primer sets encompassing some of the 29 CpGs across the ER gene CpG island. The estrogen and progesterone receptors, Her-$2^+$ overexpression, and nuclear accumulation of P53 were examined using immunohistochemistry (IHC). Methylated ER3, ER4, and ER5 were found in 41.7, 11.3, and 43.3% of the samples, respectively. Significantly higher methylation of ER4 was found in the tumors with nuclear accumulation of P53, and significantly higher methylation of ER5 was found in patients with lymph node involvement and tumor with bigger size or higher grades. Furthermore, significantly higher rate of ER5 methylation was found in patients with Her-$2^+$ tumors and in postmenopausal patients with $ER^-$, $PgR^-$, or $ER^-/PgR^-$ tumors. However, no significant difference in ERs methylation status was found between triple negative and non-triple negative tumors in pre- and postmenopausal patients. Findings revealed that aberrant hypermethylation of the ER-alpha gene frequently occurs in Iranian women with invasive ductal cell carcinoma of the breast. However, methylation of different CpG islands produced a diverse impact on the prognosis of breast cancer, and ER5 was found to be the most frequently methylated region in the Iranian women, and could serve as a marker of poor prognosis.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권6호
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• pp.634-639
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• 2005

목 적 : 2세 미만의 소아에서는 임상적으로 확실한 증상이 있거나 알레르기 가족력이 있는 것을 제외하고는 실제적으로 아토피 유무를 판별하는 것은 성인에 비해 제한점이 많다. 본 연구에서는 영유아기에 알레르기 질환과 관련된 사이토카인이 유전자 배열에서 발현하는 지를 말초혈액의 Th2 림프구에서 interleukin-4 유전자의 DNA 탈메틸화를 통하여 알아보고자 하였다. 방 법 : 대상은 한양대학교 구리병원 소아알레르기클리닉을 내원한 3세 미만 소아에 대해 소아의 병력과 가족력을 조사하여 family allergy score와 개인력을 기준으로 알레르기질환에 대한 고위험군 7명, 저위험군 8명, 정상 대조군 7명이었다. 이들 모두에서 총 IgE치와 Der f II 특이 IgE를 측정하였고 이들의 말초혈액에서 T세포를 Der f II로 자극하여 배양한 후 DNA 추출을 하여 IL-4 유전자 두 번째 인트론의 CpG 섬에 대한 메틸화 분석을 실시하였다. 결 과 : 정상군에 비해 알레르기 환아군에서 IL4 유전자의 두번째 인트론에 위치한 CpG 섬의 두 부위 모두에서 메틸화 특이 PCR 신호강도가 약하게 나타나는 반면 정상아에서는 118 bp PCR 산물과 205 bp PCR 산물이 모두 강하게 나타나서 메틸화된 것으로 보이며, 저위험군 알레르기 환아에서 최소한 한 부위에서 탈메틸화가 일어났으며 고위험군 알레르기 환아에서는 두 부위 모두에서 탈메틸화가 일어났다. 결 론 : 정상 대조군의 T 세포에서는 IL-4 유전자의 메틸화가 일어나고 알레르기 환아에서 고위험군과 저위험군 모두 정도의 차이는 있으나 메틸화의 소실이 관찰되었다. 이를 이용하여 향후 영유아기에서 아토피 유무를 판별할 수 있는 가능성을 제시하였으나 더 많은 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권1호
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• pp.121-126
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• 2013

Background: Significance of HPV infection and genic mutation of APC and K-ras in rectal cancer has been investigated but not clarified. The objective of our study was to investigate these parameters in patients with rectal cancer to analyze correlations with biological behaviour, to determine relationships among the three, and also to demonstrate survival prognosis effects. Methods: From December 2007 to September 2008, 75 rectal cancer cases confirmed by histopathology in the Tumor Hospital of Xinjiang Medical University were enrolled. The control group consisted of normal rectal mucous membrane taken simultaneously, a least 10 cm distant from the carcinoma fringe. HPV DNA, the MCR of APC and exon-1 of K-ras were detected by PCR and PCR-SSCP. All results were analyzed in relation to clinical pathological material, using chi-square and correlation analysis via SPSS.13 and Fisher's Exact Probability via STATA. 9.0. All 75 patients were followed up for survival analysis using Kaplan-Meier and Log-rank tests. Results: 55 out of 75 cases demonstrated gene HPV L1 while it was notdetected in normal rectal mucosa tissue. HPV infection was correlated with age and lymphatic metastasis (P<0.05) but not other characteristics, such as ethnicity, tumor size, histological type, tumor type, Duke's stage and infiltration depth. Some 43 cases exhibited APC genic mutation (57.3%) and 34 K-ras genic mutation (45.3%). APC genic mutation was correlated with gender(P<0.05), but not age, histological type, infiltration depth, lymphatic metastasis and Duke's stage. In 55 cases of rectal cancer with HPV infection, there were 31 cases with genic mutation of APC (56.4%) and 24 with genic mutation of K-ras (43.6%). For the 20 cases of rectal cancer with non-HPV infection, the figures were 12 cases (60%) and 10 (50.0%), respectively, with no significant relation. Survival analysis showed no statistical significance for K-ras genic mutation, APC genic mutation or HPV infection (P>0.05). However, the survival time of the patients with HPV infection was a little shorter than in cases without HPV infection. Conclusions: Our results suggest that HPV infection might be an important factor to bring about malignant phenotype of rectal cancer and influence prognosis. Genic mutation of APC and K-ras might be common early molecular events of rectal cancer, but without prognostic effects on medium-term or early stage patients with rectal cancer.

• 생명과학회지
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• 제30권8호
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• pp.661-671
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• 2020

항암 요법의 실패의 주요 원인으로 암세포의 항암제에 대한 내성 획득이 잘 알려져 있다. 비스테로이드소염제(NSAID)는 항염증작용뿐만 아니라 항암제와의 병용요법으로 임상적인 암 치료 요법에 응용되고있다. 본 연구에서는 NSAIDs 인 celecoxib 및 이의 구조 유사체인 2,5-dimethyl celecoxib 그리고 ibuprofen의 인간 암세포에 대한 imatinib 및 TNF-related apoptosis inducing ligand (TRAIL) 세포 독성 변화에 미치는 영향을 조사하였다. NSAID는 TRAIL 및 imatinib에 각각 약제 내성을 나타내는 간암 세포와 백혈병 세포에서 이들 약물의 세포독성을 증강시키는 활성을 나타내었다. NSAID는 ATF4/CHOP의 발현 증강으로 소포체 스트레스 및 오토파지(Autophagy, 자가포식)를 유도하였다. 이로 인한 DR5 발현 증강과 함께 c-FLIP 발현 억제로 TRAIL의 세포독성을 증강시키는 기전을 나타내었다. NSAID로 유도되는 오토파지 활성은 imatinib-resistant CD44^highK562 백혈병세포의 imatinib 감수성을 증강시켰으며, NSAID는 이 세포에서 높은 발현을 나타내는 다양한 stemness-related marker 단백질의 발현 감소를 촉진시키는 활성으로 세포사멸을 유도하는 것을 알 수 있었다. 이러한 결과는 NSAID의 오토파지 유도 활성이 TRAIL과 imatinib의 세포 독성을 증강시키는 것으로서, NSAID와 이들 약물과 병용 처리방법은 인간 암세포의 TRAIL 및 imatinib 내성을 극복 시킴과 동시에 암세포에 이들 약물의 독성 부작용을 감소시킬 수 있는 낮은 농도의 처리를 가능하게 할 것으로 사료된다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제53권2호
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• pp.158-162
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• 2010

목 적 : 터너증후군은 45,X의 전형적인 핵형 이외에도 다양한 정도의 X 염색체의 이상을 가진 질환으로 신장, 심혈관 기형, 갑상샘질환 및 청력이상을 동반하는 빈도가 많다. 본 연구에서는 핵형에 따른 동반질환의 발생빈도와 양상을 조사하였다. 방 법 : 1998년 1월부터 2007년 12월까지 호남지역 4개 병원에서 염색체검사상 터너증후군으로 확진된 90명의 의무기록을 후향적으로 분석하였다. 이들의 핵형을 45,X 군, 모자이시즘군, 구조적 이상군으로 분류하고 신장 및 심장초음파, 갑상샘기능검사, 청력검사 등을 통하여 동반질환의 발생빈도를 조사하였다. 결 과 : 45,X 군은 47.8%, 모자이시즘군은 34.4%, 구조적 이상군은 17.8%의 분포를 보였다. 신장, 심혈관 기형, 갑상샘질환, 청력이상은 각각 순서대로 4.4%, 10.0%, 11.1%, 5.6%의 빈도를 보였다. 45,X 군은 신장 기형이 7.0%, 심혈관 기형이 18.6% 갑상샘 질환이 9.3%, 청력이상이 11.6%에서 나타났다. 모자이시즘군은 신장기형이 3.2%, 갑상샘 질환이 12.9%의 발생율을 보였고 심혈관 기형과 청력이상이 있는 환자는 없었다. 구조적 이상군은 심혈관 기형이 6.3%, 갑상샘질환이 12.5%에서 나타났다. 45,X 군에서는 심혈관 질환의 발생율이 다른 두군에 비하여 통계적으로 유의하게 높았다(P =0.025). 결 론 : 터너증후군에서 핵형별로 동반질환의 분포가 다른 양상을 보였으며 적절한 선별검사를 통해 질환을 조기 진단하여 적절한 관리가 필요하리라 생각된다.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제41권4호
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• pp.249-255
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• 2014

유전체 단위 반복 변이(CNV)는 유전적 구조변이의 하나로서, 암을 포함하는 인간의 질병과 밀접한 연관성이 있는 것으로 알려져 있다. 암 유전자를 규명하기 위하여, 연구자는 특정 암 환자의 대규모 유전체 데이터를 분석하여 CNV를 찾아내야하며, 동시에 대규모 유전/임상 데이터를 연계 분석하여야 한다. 본 연구는 NGS 데이터로부터 CNV를 추출하고, 추출된 CNV와 관련된 유전/임상 정보를 체계적으로 연계 분석하는 기능을 제공하는 새로운 분석 툴 CNVDAT를 제안한다. CNV 추출 모듈은 스케일 스페이스 필터링 기법을 이용하여 CNV를 추출하며, 리드 데이터에 잡음이 포함된 경우에도 CNV의 타입/위치를 정확히 추출해낸다. 또한 시퀀스 분석 모듈은 변이 영역의 브라우징 및 상호 비교를 지원하는 사용자 친화적 프로그램으로서, 암/정상 샘플의 변이 영역의 동시 분석 기능과 refGene, OMIM DB를 기반으로 하는 CNV-유전자-표현형 매핑의 연관성 분석 기능을 제공한다. 본 프로그램의 소스 코드와 샘플프로그램은 http://dblab.hallym.ac.kr/CNVDAT/에서 다운 받을 수 있다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제23권6호
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• pp.558-566
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• 2020

Purpose: Progressive familial intrahepatic cholestasis (PFIC) is a rare genetic autosomal recessive disease caused by mutations in ATP8B1, ABCB11 or ABCB4. Mutational analysis of these genes is a reliable approach to identify the disorder. Methods: We collected and analyzed relevant data related to clinical diagnosis, biological investigation, and molecular determination in nine children carrying these gene mutations, who were from unrelated families in South China. Results: Of the nine patients (five males, four females) with PFIC, one case of PFIC1, four cases of PFIC2, and four cases of PFIC3 were diagnosed. Except in patient no. 8, jaundice and severe pruritus were the major clinical signs in all forms. γ-glutamyl transpeptidase was low in patients with PFIC1/PFIC2, and remained mildly elevated in patients with PFIC3. We identified 15 different mutations, including nine novel mutations (p.R470HfsX8, p.Q794X and p.I1170T of ABCB11 gene mutations, p.G319R, p.A1047P, p.G1074R, p.T830NfsX11, p.A1047PfsX8 and p.N1048TfsX of ABCB4 gene mutations) and six known mutations (p.G446R and p.F529del of ATP8B1 gene mutations, p.A588V, p.G1004D and p.R1057X of ABCB11 gene mutations, p.P479L of ABCB4 gene mutations). The results showed that compared with other regions, these three types of PFIC genes had different mutational spectrum in China. Conclusion: The study expands the genotypic spectrum of PFIC. We identified nine novel mutations of PFIC and our findings could help in the diagnosis and treatment of this disease.

• 대한유전성대사질환학회지
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• 제14권2호
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• pp.186-190
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• 2014

시트룰린혈증 2형은 SLC25A13 유전자 결함으로 인한 시트린 결핍에 의한 상염색체 열성 유전질환이다. 시트룰린혈증 2형은 임상적으로 '시트린 결핍증에 의한 신생아 간내 담즙정체(NICCD)'와 '성인기 발병형 시트룰린혈증 2형'의 두 가지 형태로 나타난다. NICCD는 영아기 간내 담즙정체, 지방간, 간기능 장애, 저단백혈증과, 혈액 응고장애, 저혈당증, 성장부진 등의 증상이 나타나며 임상증상과 생화학적 검사 결과를 바탕으로 질환을 의심하에 SLC25A13 유전자 검사를 통해 확진할 수 있다. 또한 최근에는 무증상 상태에서 신생아 대사이상 선별검사를 통해 진단되기도 한다. 저자들은 신생아 대사이상 선별검사는 정상이었으나 지속되는 황달로 입원한 3개월 남아에서 SLC25A13 유전자 검사로 확진된 NICCD 1례를 경험하였기에 문헌 고찰과 함께 보고하는 바이다. 환아는 지속적 황달과 경도의 고암모니아 혈증과 간효소 수치의 상승, 직접 빌리루빈의 상승을 보이고, 혈장 아미노산 분석 결과 시트룰린과 메티오닌, 트레오닌 상승을 보였다. 시트룰린 혈증 2형 의심 하에 시행한 SLC25A13 유전자 염기서열 분석 결과, c.[852_855delTATG](p.Met285Profs*2)과 c. [1180+1G>A] 이형접합 변이가 발견되었다. 신생아 대사이상 선별검사 결과가 정상이었다고 하더라고 간내 담즙정체가 있는 영아는 NICCD를 감별진단 중 하나로 고려하여 암모니아 및 혈장 아미노산 분석을 포함하여 검사를 시행하는 것이 감별진단에 도움이 될 것으로 사료된다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.83-89
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• 2006

Cellular functions are carried out by a concerted action of biochemical pathways whose components have genetic interactions. Abnormalities in the activity of the genes that constitute or modulate these pathways frequently have oncogenic implications. Therefore, identifying the upstream regulatory genes for major biochemical pathways and defining their roles in carcinogenesis can have important consequences in establishing an effective target-oriented antitumor strategy We have analyzed the gene expression profiles of human liver cancer samples using cDNA microarray chips enriched in liver and/or stomach-expressed cDNA elements, and identified groups of genes that can tell tumors from non-tumors or normal liver, or classify tumors according to clinical parameters such as tumor grade, age, and inflammation grade. We also set up a high-throughput cell-based assay system (cell chip) that can monitor the activity of major biochemical pathways through a reporter assay. Then, we applied the cell chip platform for the analysis of the HCC-associated genes discovered from transcriptome profiling, and found a number of cancer marker genes having a potential of modulating the activity of cancer-related biochemical pathways such as E2F, TCF, p53, Stat, Smad, AP-1, c-Myc, HIF and NF-kB. Some of these marker genes were previously blown to modulate these pathways, while most of the others not. Upon a fast-track phenotype analysis, a subset of the genes showed increased colony forming abilities in soft agar and altered cell morphology or adherence characteristics in the presence of purified matrix proteins. We are currently analyzing these selected marker genes in more detail for their effects on various biological Processes and for Possible clinical roles in liver cancer development.