• 한국육종학회지
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• 제43권4호
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• pp.282-287
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• 2011

본 연구는 최근 콩 재배에서 심각한 병으로 대두된 콩 불마름병에 대한 저항성 유전자인 rxp 근접분자표지를 개발하고자 수행하였다. 콩 불마름병은 국내에서 전국적으로 발생하는 심각한 세균병으로 이에 관련하여 세균병 접종을 이용한 저항성 품종과 감수성 품종에 대한 연구가 많이 진행되고 있지만 정확한 유전자의 염기서열이 밝혀져 있지 않고 있다. 본 연구는 콩 불마름병에 저항성 품종 8개체와 감수성 품종 8개체를 이용하여 rxp 유전자 근접분자표지를 확인하기 위하여 수행하였다. 콩 불마름병 저항성 유전자로 알려진 rxp 유전자는 chromosome 17의 Satt486과 Satt372 사이에 있다고 알려져 있으며, 최근 연구결과로 chromosome 17의 7.27-7.30 Mbp 사이에 있다. 연구진은 chromosome 17의 6.6-7.3 Mbp 사이에 random으로 분자표지를 제작하여 저항성과 감수성 품종에서 다형성을 알아보았다. 실험결과로 콩 불마름병관련 근접분자표지 3점을 개발하였고, Rxp17-700 분자표지는 흥미로운 rxp 근접분자표지 임을 확인하였다. 이러한 콩 불마름병 저항성관련 근접분자표지는 앞으로 저항성 품종을 선발하는데 도움이 될 것이다.

• 한국육종학회지
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• 제40권2호
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• pp.119-127
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• 2008

A total of 41 microsatellite markers were used with 29 genotypes to examine the relationship between SSR polymorphisms and N-use efficiency related traits with a goal to identify the putative QTLs related to these traits. These primers yielded a total of 183 alleles (average 4.46 alleles per primer), and polymorphism information content (PIC) values of the SSRs ranged from 0.119 to 0.805 with mean value of 0.425. Correlation coefficients were obtained among the four N-use efficiency traits in the 34 accessions and significant positive correlations of relative ratios between grain yield and harvest index (r=0.3404) and total dry matter (r=0.7976), while N uptake showed a moderate level of correlation with the ratios of the grain yield and total dry matter, respectively. 36.5% (15/41) SSR markers were monomorphic among the 25 japonica accessions out of the 29 accessions. Association between SSR genotypes and phenotypic performances from the total (29) or japonica (25) accessions was tested based on a single point analysis. Three putative QTL regions were detected for the ratio of grain yield. These include the chromosomal region containing the RM283 locus on chromosome 1 and RM25 on chromosome 8 (all and japonica accessions) and the region with the SSR marker, RM206 on chromosome 11 (the japonica accessions). For the total dry matter ratio, two chromosomal regions were identified as the putative QTL region. One is the region with the SSR marker, RM162 on chromosome 6 (all and japonica accessions) and the other was the one with the SSR marker RM25 on chromosome 8 (the japonica accessions). Among these markers, RM25 showed associations with both traits.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2004년도 가을 학술발표논문집 Vol.31 No.2 (2)
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• pp.253-255
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• 2004

인간(human)에게 나타나는 다양성(variation)은 인체의 유전체(genome) 안에서 발생된 SNP(Single Nucleotide Polymorphism)에 의해 나타난다고 알려져 있다. 유전체내의 SNP과 다양성에 대한 연관 연구(Associate study)를 할 때에 약 30여 억 개로 추정되는 염기서열(DNA sequence)물 모두 분석한다면 많은 비용과 시간을 필요로 할 것이다. 이런 비용과 시간을 줄이기 위친 적은 수의 대표 SNP(=tagSNP)을 찾는 연구가 현재 진행 중이다. 우리는 LD계수｜D;｜을 block 분할에 이용하여 생물학적인 의미를 부여한 후, 전산적인 최적해를 찾는 접근을 이용했다. 또한, 기존 연구에서는 large-scale data에 대한 처리가 불가능해서 chromosome의 일부분의 데이터에 대해서안 분석이 시도되었다. 더욱 광범위한 분석을 위해서 chromosome 단위의 처리가 필요하다. 우리는 chromosome단위의 SNP data를 한 번에 처리가 가능한 시스템인 MarSel를 구현하였다

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권8호
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• pp.1033-1038
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• 2004

LOD scores related to marbling scores and permutation test have been applied for the purpose detecting quantitative trait loci (QTL) and we selected a considerable major locus BM4311. K-means clustering, for the major DNA marker mining of BM4311 microsatellite loci in Hanwoo chromosome 6, has been tried and five traits are divided by three cluster groups. Then, the three cluster groups are classified according to six DNA markers. Finally, bootstrap test method to calculate confidence intervals, using resampling method, has been adapted in order to find major DNA markers. It could be concluded that the major markers of BM4311 locus in Hanwoo chromosome 6 were DNA marker 100 and 95 bp.

• 한국데이터정보과학회:학술대회논문집
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• 한국데이터정보과학회 2005년도 춘계학술대회
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• pp.54-58
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• 2005

한우 17번 염색체 유전자 지도에서 QTL (quantitative trait loci) 분석을 실시하여 선별된 Loci 값들을 순열검정(Permutation Test)을 이용하여 유의성 검정을 실시하였다. 한편, 우수 경제형질 DNA marker들을 K-평균 군집법을 실시 파악하였다. 또한, 부스트랩 방법을 이용하여 선별된 Locus의 DNA Marker들의 신뢰구간을 구하였다. 이들 QTL과 K-평균법, 부스트랩 방법에 의해 한우의 염색체 17번 BMS941의 우수 DNA Marker 85, 105번을 선별하였다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제17권2호
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• pp.325-333
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• 2006

We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS1167 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 100bp, 108bp and 110bp.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제16권4호
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• pp.913-921
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• 2005

We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS941 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 80bp, 85bp 90bp and 105bp.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권7호
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• pp.932-937
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• 2002

A partial genome scan using porcine microsatellites was carried out to detect quantitative trait loci (QTL) for backfat thickness (BFT) in a pig reference population. This population carried QTL on chromosomes 1, 13 and 18. The QTL on chromosome 1 was located between marker loci S0113 and SW1301. The QTL corresponded to very low density lipoprotein receptor gene (VLDLR) in location and in biological effects, suggesting that VLDLR might be a candidate gene. The QTL found on chromosome 13 was found between marker loci SWR1941 and SW864, but significance for the marker-trait association was inconsistent by using data with different generations. The QTL on chromosome 18 was discovered between markers S0062 and S0117, and it was in proximity of the regions where IGFBP3 and GHRHR were located. The porcine obese gene might be also a candidate gene for the QTL on chromosome 18. In order to understand genetic architecture of BFT better, fine mapping and positional comparative candidate gene analyses are necessary.

• 생명과학회지
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• 제12권6호
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• pp.715-720
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• 2002

Arabidopsis thaliana columbia의 종자에 EMS를 처리하여 돌연변이체들을 만들었고 이중 UV-B에 감수성이 높은 돌연변이체를 골랐다. 이 UV-B 감수성 돌연변이체의 원인 유전자를 밝히기 위하여 교배 실험을 한 결과 이는 Mendel 유전법칙을 따르고 단일 유전자의 돌연변이에 의하여 나타나며 열성 유전을 하는 것으로 밝혀져 이 유전자를 uvs라 하였다. 염색체상의 uvs의 위치를 밝히기 위하여 CAPS maker를 이용한 연관분석을 하고자 하였고 이를 위하여 각각 maker의 primer 10종류를 제작하였다. 이를 이용, 각 PCR 산물에 대하여 uvs mutant와는 다른 제한효소 pattern를 갖는 Lansberg와 uvs mutant를 교배시켜서 얻은 것들로부터 DNA를 추출하여 PCR을 수행하였다. 이들과 자외선과의 감수성을 연관시켜 교차율을 계산한 결과 5번 염색체의 LFY3과 가장 가까웁게 연관되어 있었다.

• 한국육종학회지
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• 제43권4호
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• pp.273-281
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• 2011

Fusarium head blight (FHB), also known as scab, caused mainly by Fusarium graminearum is a devastating disease of wheat in regions that are warm and humid during flowering. In addition to significant yield and quality losses, the mycotoxin deoxynivalenol produced by the pathogen in infected wheat kernels is a serious problem for food and feed safety. Twenty- three Korean cultivars and "Sumai 3", which is a FHB-resistant Chinese cultivar were tested for Type I, Type II resistances of FHB. Three cultivars were identified as resistant in Type I assessment, and two cultivars were resistant in Type II assessment. Genetic variation and relationship among the cultivars were evaluated on the basis of 11 Simple Sequence Repeat (SSR) and 29 Sequence Tagged Site (STS) markers that were linked to FHB resistance Quantitative Trait Loci (QTL) on chromosome 3BS. One SSR and 7 STS markers detected polymorphisms. Especially, using a STS marker (XSTS3B-57), 32.4% of the variation for Type II FHB resistance could be explained. Genetic relationship among Korean wheat cultivars was generally consistent with their released year. These markers on chromosome 3BS have the potential for accelerating the development of Korean wheat cultivars with improved Fusarium head blight resistance through the use of marker-assisted selection.