Fibronectin fragments found in the synovial fluid of patients with osteoarthritis (OA) induce the catabolic responses in cartilage. Nuclear high-mobility group protein Box 1 (HMGB1), a damage-associated molecular pattern, is responsible for the regulation of signaling pathways related to cell death and survival in response to various stimuli. In this study, we investigated whether changes induced by 29-kDa amino-terminal fibronectin fragment (29-kDa FN-f) in HMGB1 expression influences the pathogenesis of OA via an HMGB1-modulated autophagy signaling pathway. Human articular chondrocytes were enzymatically isolated from articular cartilage. The level of mRNA was measured by quantitative real-time PCR. The expression of proteins was examined by western blot analysis, immnunofluorescence assay, and enzyme-linked immunosorbent assay. Interaction of proteins was evaluated by immunoprecipitation. The HMGB1 level was significantly lower in human OA cartilage than in normal cartilage. Although 29-kDa FN-f significantly reduced the HMGB1 expression at the mRNA and protein levels 6 h after treatment, the cytoplasmic level of HMGB1 was increased in chondrocytes treated with 29-kDa FN-f, which significantly inhibited the interaction of HMGB1 with Beclin-1, increased the interaction of Bcl-2 with Beclin-1, and decreased the levels of Beclin-1 and phosphorylated Bcl-2. In addition, the level of microtubule-associated protein 1 light chain 3-II, an autophagy marker, was down-regulated in chondrocytes treated with 29-kDa FN-f, whereas the effect was antagonized by mTOR knockdown. Furthermore, prolonged treatment with 29-kDa FN-f significantly increased the release of HMGB1 into the culture medium. These results demonstrated that 29-kDa FN-f inhibits chondrocyte autophagy by modulating the HMGB1 signaling pathway.
Kim, Hee Ju;Kim, Joonki;Kang, Ki Sung;Lee, Keun Taik;Yang, Hyun Ok
Biomolecules & Therapeutics
/
v.22
no.4
/
pp.275-281
/
2014
Autophagy is a series of catabolic process mediating the bulk degradation of intracellular proteins and organelles through formation of a double-membrane vesicle, known as an autophagosome, and fusing with lysosome. Autophagy plays an important role of death-survival decisions in neuronal cells, which may influence to several neurodegenerative disorders including Parkinson's disease. Chebulagic acid, the major constituent of Terminalia chebula and Phyllanthus emblica, is a benzopyran tannin compound with various kinds of beneficial effects. This study was performed to investigate the autophagy enhancing effect of chebulagic acid on human neuroblastoma SH-SY5Y cell lines. We determined the effect of chebulagic acid on expression levels of autophagosome marker proteins such as, DOR/TP53INP2, Golgi-associated ATPase Enhancer of 16 kDa (GATE 16) and Light chain 3 II (LC3 II), as well as those of its upstream pathway proteins, AMP-activated protein kinase (AMPK), mammalian target of rapamycin (mTOR) and Beclin-1. All of those proteins were modulated by chebulagic acid treatment in a way of enhancing the autophagy. Additionally in our study, chebulagic acid also showed a protective effect against 1-methyl-4-phenylpyridinium ($MPP^+$) - induced cytotoxicity which mimics the pathological symptom of Parkinson's disease. This effect seems partially mediated by enhanced autophagy which increased the degradation of aggregated or misfolded proteins from cells. This study suggests that chebulagic acid is an attractive candidate as an autophagy-enhancing agent and therefore, it may provide a promising strategy to prevent or cure the diseases caused by accumulation of abnormal proteins including Parkinson's disease.
Shin, Yun-Kyung;Hur, Young-Baek;Myeong, Jeong-In;Lee, Sik
The Korean Journal of Malacology
/
v.24
no.3
/
pp.261-267
/
2008
The tendency of metabolism in oyster, Crassostrea gigas, was investigated in relation to the water temperature and salinity. Oxygen consumption and ammonia excretion were measured and O:N ratio were calculated according to the water temperature from February 2007 to September 2008 and body size. The relationship between oxygen consumption and body weight has been examined in C. gigas. The weight-specific oxygen consumption rate (mg $O_2$/g/h) varied inversely with size. Oxygen consumption and ammonia excretion increased with an increase in water temperature. O:N ratio measured in this study ranged from 8 to 40 under ordinary sea water and the ratio was 8 at $25^{\circ}C$ and 16 at $10^{\circ}C$. This indicates that oyster mainly use the protein as the primary catabolic substrate during gametogenesis. Lower O:N ratio in winter suggests that oysters have to meet their energy demand by metabolizing protein to survive in stressful conditions such as low temperature and lack of sufficient food supply. This studies will provide the basic data for oyster culture farm in assessing the carrying capacity and sustainable management.
An, Nan-Hee;Ok, Jung-Hun;Cho, Jung-Lai;Shin, Jae-Hoon;Nam, Hong-Sik;Kim, Seok-Cheol
Korean Journal of Organic Agriculture
/
v.23
no.4
/
pp.767-779
/
2015
soil microbial activities and diversities in a newly reclaimed soil. Soil chemical properties, population of microbe, microbial biomass, and properties of microbial community were investigated under 4 different treatment (animal manure compost+green manure, chemical fertilizer, and without fertilizer). The experiment was conducted for 3 years from 2012 to 2014. The most of chemical properties in the animal manure compost+green manure treatment were increased continually compare to chemical fertilizer and without fertilizer. The population of bacteria and fungi were higher in the animal manure compost+green manure treatment, however, there was no difference on actinomyces. Soil microbial biomass C content was higher in the animal manure compost+green manure treatment than in chemical fertilizer and without fertilizer. Biolog examination showed that catabolic diversities of bacterial communities were higher in the treatment of animal manure compost+green manure. It was showed that principle component analysis of the Biolog data differentiated the organic matter amended soils from NPK and control. These results indicated that application of animal manure compost+green manure had a beneficial effect on soil microbial properties.
Lin, Xiang;Lee, Soo-Won;Bae, Hee Dong;Shelford, Jim A.;Cheng, Kuo-Joan
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
v.14
no.12
/
pp.1769-1774
/
2001
Bacillus licheniformis strains L-25 and PWD-1 are two thermophilic feather-degrading bacteria. Despite isolated from different environmental conditions, they were both capable of breaking down chicken feathers and growing in a medium in which feather was the only source of carbon and nitrogen. A 1.46-kb keratinase gene (ker B) was isolated from strain L-25 by a polymerase chain reaction (PCR) using L-25 genomic DNA as templates. Sequencing results reveal that ker B shares great sequence identity with a previously published keratinase gene of B. licheniformis PWD-1 (ker A). Only two amino acids differences were found in the deduced amino acid sequence between the keratinases from L-25 and PWD-1. However several nucleotide changes were found upstream of the putative promoter region. Protease inhibition studies indicated that neutral protease activity accounted for approximate 25 to 30% of total extracellular proteolytic activity produced by strain L-25 in the feather medium. In contrast, no measurable neutral protease activity was produced by strain PWD-1 in the feather medium. When glucose (1%), a common catabolic repressor, was added into the feather medium, L-25 was still able to grow and produce keratinase. Strain PWD-1 produced no neutral protease activity and its growth was severely inhibited in the feather medium containing glucose. L-25 produced an enhanced level of keratinase in the feather medium in comparison with PWD-1.
Park, Mi Hee;Kim, Seyeon;Song, Yu-ri;Kim, Sumi;Kim, Hyung-Joon;Na, Hee Sam;Chung, Jin
International Journal of Oral Biology
/
v.41
no.1
/
pp.45-51
/
2016
Rutin (3,3',4',5,7-pentahydroxyflavone-3-rhamnoglucoside) is a bioactive flavonoid from the plant kingdom. Rutin has been studied as potential anticancer agent due to its wide range of pharmacological properties including antioxidative, anti-inflammatory and anticancer. Autophagy is a conserved intracellular catabolic pathway to maintain cell homeostasis by formation of autophagosome. Processing of autophagy involves various molecules including ULK1 protein kinase complex, Beclin-1-Vps34 lipid kinase complex, ATG5, ATG12, and LC3 (light chain 3). Cargo-carried autophagosomes fuse with lysosomes resulting in autophagolysosome to eliminate vesicles and degrade cargo. However, the actions of rutin on autophagy are not clearly understood. In this study, we analyzed the effect of rutin on autophagy and inflammation in cancer cell lines. Interestingly, rutin induced autophagy in leukemia (THP-1), oral (CA9-22), and lung (A549) cell lines. TNF-${\alpha}$, key modulator of inflammation, was upregulated by inhibition of rutin-induced autophagy. Taken together, these data indicated that rutin induced autophagy and consequently suppressed TNF-${\alpha}$ production.
Bolten, Christoph J.;Heinzle, Elmar;Muller, Rolf;Wittmann, Christoph
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.19
no.1
/
pp.23-36
/
2009
In the present work, the metabolic network of primary metabolism of the slow-growing myxobacterium Sorangium cellulosum was reconstructed from the annotated genome sequence of the type strain So ce56. During growth on glucose as the carbon source and asparagine as the nitrogen source, So ce56 showed a very low growth rate of $0.23\;d^{-1}$, equivalent to a doubling time of 3 days. Based on a complete stoichiometric and isotopomer model of the central metabolism, $^{13}C$ metabolic flux analysis was carried out for growth with glucose as carbon and asparagine as nitrogen sources. Normalized to the uptake flux for glucose (100%), cells recruited glycolysis (51%) and the pentose phosphate pathway (48%) as major catabolic pathways. The Entner-Doudoroff pathway and glyoxylate shunt were not active. A high flux through the TCA cycle (118%) enabled a strong formation of ATP, but cells revealed a rather low yield for biomass. Inspection of fluxes linked to energy metabolism revealed that S. cellulosum utilized only 10% of the ATP formed for growth, whereas 90% is required for maintenance. This explains the apparent discrepancy between the relatively low biomass yield and the high flux through the energy-delivering TCA cycle. The total flux of NADPH supply (216%) was higher than the demand for anabolism (156%), indicating additional reactions for balancing of NADPH. The cells further exhibited a highly active metabolic cycle, interconverting $C_3$ and $C_4$ metabolites of glycolysis and the TCA cycle. The present work provides the first insight into fluxes of the primary metabolism of myxobacteria, especially for future investigation on the supply of cofactors, building blocks, and energy in myxobacteria, producing natural compounds of biotechnological interest.
Sajjaphan, Kannika;Heepngoen, Pimpak;Sadowsky, Michael J.;Boonkerd, Nantakorn
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.20
no.3
/
pp.602-608
/
2010
An atrazine-degrading bacterium, strain KU001, was obtained from a sugarcane field at the Cane and Sugar Research and Development Center at the Kasetsart University, Kamphaeng Saen Campus, Thailand. Strain KU001 had a rod-to-coccus morphological cycle during growth. Biolog carbon source analysis indicated that the isolated bacterium was Arthrobacter histidinolovorans. Sequence analysis of the PCR product indicated that the 16S rRNA gene in strain KU001 was 99% identical to the same region in Arthrobacter sp. The atrazine degradation pathway in strain KU001 consisted of the catabolic genes trzN, atzB, and atzC. Strain KU001 was able to use atrazine as a sole nitrogen source for growth, and surprisingly, atrazine degradation was not inhibited in cells grown on ammonium, nitrate, or urea, as compared with cells cultivated on growth-limiting nitrogen sources. During the atrazine degradation process, the supplementation of nitrate completely inhibited atrazine degradation activity in strain KU001, whereas ammonium and urea had no effect on atrazine degradation activity. The addition of strain KU001 to sterile or nonsterile soils resulted in the disappearance of atrazine at a rate that was 4- to 5-fold more than that achieved by the indigenous microbial community. The addition of citrate to soils resulted in enhanced atrazine degradation, where 80% of atrazine disappeared within one day following nutrient supplementation.
Changes in the protein contents of various organs of the germinating soy bean as well as the effect of X-irradiation on the RNA content of cotyledon of it were investigated. 1) The protein content of germinating organs other than cotyledon increase while that of cotyledon decreases as germination proceeds, which is indicative of the fact that the former organs are anabolic and the latter catabolic in nature with regard to their protein metabolism during germination. 2) The cotyledon RNA content of soybean decreases until the 6 th day after germination initiated, and increases thereafter . When the seeds are exposed to $300{\gamma}$ X-irradiation, these tendencies seem to be accelerated, but when exposed to $600{\gamma}$ and $900{\gamma}$ X-irradiation the decrement of RNA in the early stage is prominent and the synthetic recovery in the later period is inhibited markedly due to radiation damage rather than radiation activation.
To examine the differential expression of proteins during the cycling (70~80% confluences) and G0/G1 (full confluences) phases in porcine fetal fibroblast cells, we used a global proteomics approach by 2-D gel electrophoresis (2-DE) and MALDI-TOF-MS. Cycling cell were harvested at approximately 70% to 80% confluent state while cells in G0/G1 phase were recovered after maintenance of a confluent state for 48 hr. Cellular proteins with isoelectric points ranging between 3.0~10.0, were analyzed by 2-DE with 2 replicates of each sample. A total of approximately 700 spots were detected by 2.D gels stained with Coomassie brilliant blue. On comparing the cell samples obtained from the cycling and G0/G1 phases, a total of 13 spots were identified as differentially expressed proteins, of which 8 spots were up-regulated in the cycling cell and 5 were up-regulated in the G0/G1 phase. Differentially expressed proteins included K3 keratin, similar to serine protease 23 precursor, protein disulfide-isomerase A3, microsomal protease ER-60, alpha-actinin-2, and heat-shock protein 90 beta. The identified proteins were grouped on the basis of their basic functions such as molecular binding, catabolic, cell growth, and transcription regulatory proteins. Our results show expression profiles of key proteins in porcine fetal fibroblast cells during different cell cycle status.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.