• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제9권3호
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• pp.101-106
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• 2006

The cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene region of mitochondrial DNA (mtDNA) was examined in four abalone species to estimate its utility as a genetic marker using restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. The utility was evaluated in terms of genetic divergence and relationships among Haliotis discus hannai, H. rufescens, H. rubra, and H. midae in both hemispheres of the world. There was clear genetic divergence in the mtDNA COI region between all pairs of the four species. Moreover, relationships among the abalone species were reflected in their geographical distributions and morphological characteristics. Therefore, RFLP analysis of the mtDNA COI region is a suitable genetic marker for the estimation of genetic divergence and relationships among abalone species. However, it is not effective for the evaluation of genetic differences within abalone species.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권1호
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• pp.7-9
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• 2020

In the present study, the first mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene (COI) sequence of Sterkiella multicirrata Li et al., 2018 is presented. To begin with, this species has been also morphologically recorded from South Korea, and this study was performed using genomic DNA of the Korean population. The newly obtained COI sequences of S. multicirrata were identical. And the inter-specific variation between S. multicirrata and S. histriomuscorum was noted at 14.3%. These values correspond well with the results of previous studies. However, because there are very few available COI sequences of stichotrichian in GenBank, it is concluded that continuous accumulation of data is needed for further study.

• 한국전기전자재료학회:학술대회논문집
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• 한국전기전자재료학회 2003년도 하계학술대회 논문집 Vol.4 No.2
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• pp.830-833
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• 2003

This paper describes the fabrication and characteristics of 3C-SiCOI sotctures by SDB and etch-back technology for high-temperature MEMS applications. In this work, insulator layers were formed on a heteroepitaxial 3C-SiC film grown on a Si(001) wafer by thermal wet oxidation and PECVD process, successively. The pre-bonding of two polished PECVD oxide layers made the surface activation in HF and bonded under applied pressure. The wafer bonding characteristics were evaluated by the effect of HF concentration used in the surface treatment on the roughness of the oxide and pre-bonding strength. Hydrophilic character of the oxidized 3C-SiC film surface was investigated by ATR-FTIR. The strength of the bond was measured by tensile strengthmeter. The bonded interface was also analyzed by SEM. The properties of fabricated 3C-SiCOI structures using etch-back technology in TMAH solution were analyzed by XRD and SEM. These results indicate that the 3C-SiCOI structure will offers significant advantages in the high-temperature MEMS applications.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제28권4호
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• pp.269-278
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• 2012

Gobiids are hyperdiverse compared with other teleost groups, with about 2,000 species occurring in marine, freshwater, and blackish habitats, and they show a remarkable variety of morphologies and ecology. Testing the effectiveness of DNA barcodes on species that have emerged as a result of radiation remains a major challenge in evolutionary biology. Here, we used the cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) sequences from 144 species of gobies and related species to evaluate the performance of distance-based DNA barcoding and to conduct a phylogenetic analysis. The average intra-genus genetic distance was considerably higher than that obtained in previous studies. Additionally, the interspecific divergence at higher taxonomic levels was not significantly different from that at the intragenus level, suggesting that congeneric gobies possess substantial interspecific sequence divergence in their COI gene. However, levels of intragenus divergence varied greatly among genera, and we do not provide sufficient evidence for using COI for cryptic species delimitation. Significantly more nucleotide changes were observed at the third codon position than that at the first and the second codons, revealing that extensive variation in COI reflects synonymous changes and little protein level variation. Despite clear signatures in several genera, the COI sequences did resolve genealogical relationships in the phylogenetic analysis well. Our results support the validity of COI barcoding for gobiid species identification, but the utilization of more gene regions will assist to offer a more robust gobiid species phylogeny.

• 한국해양학회지:바다
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• 제5권2호
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• pp.157-168
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• 2000

우리나라 동해안에 서식하는 새치성게(Strongylocentrotus intermedius)는 둥근성게과(Strongylocentrotidae)에 속하는 냉수성 해양 무척추동물이다. 둥근성게과에는 현재 9종의 성게가 속해 있으나, 아직 종간의 분류 기준, 계통 분류학적 유연관계, 진화과정 등이 잘 밝혀져 있지 않다. 본 연구는 유전자 염기서열이라는 분자형질을 이용하여 새치성게의 종 분류기준을 확립하고 이 종의 계통진화 및 분화 시기를 파악하고자 수행되었다. 이를 위하여 변화율이 빠르고 모계로만 유전되는 특성을 가진 미토콘드리아의 한 유전자인 cytochrome c oxidase subunit I(COI)을 분석하였다. 새치성게의 생식소에서 DNA를 추출하고 중합효소연쇄반응으로 COI 유전자 단편을 선택적으로 증폭하였으며, 클로닝과 시퀀싱 과정을 거쳐 COI 유전자의 단편 1077개 염기쌍 순서(염기서열)를 확정하였다. 이 염기서열과 유전자 데이터베이스(GenBank)에 들어있는 다른 성게 및 해삼, 불가사리의 유전자를 비교하고 그 분자 계통수를 작성함으로써 새치성게의 진화과정을 분석하였다. COI 유전자 계통수는 새치성게가 태평양 동쪽 연안에 서식하는 S. purpuratus와 계통적으로 자매군(sister species)의 관계에 있음을 보였다. 두 종의 분화 시기는 계통수 상 분지의 길이와 화석연대를 고려하여 산출했을 때 지구 온도의 변동이 심했던 약 890만년 전으로 추정되었다. 태평양의 동안과 서안으로 분리된 두 종의 현재 분포와 종분화 시기의 지구 환경조건은 두 종간의 분화가 환경변화에 따른 개체군의 지리적 분리(vicariance)에 의한 것임을 시사해 준다. 한편, 새치성게의 COI 유전자염기서열은 이 종을 대표하는 분자형질로서 둥근성게과의 성게들을 서로 구분할 수 있는 종분류의 기준이 될 것이다.

• 생명과학회지
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• 제17권3호통권83호
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• pp.318-327
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• 2007

본 연구는 여수연안해역에서 채 집 한 보름달 둥근 물해파리를 대상으로 ITS 부위와 미토콘드리아 유전자 염기서열을 이용하여 계통유연관계를 보왔다. ITS 부위를 증폭시키 기 위하여 F5와 R5 primer, 미토콘드리아 COI 유전자 증폭을 위하여 LCO1490과 HCO2198 primer를 사용했다. 증폭은 ITS에서 267 bp, COI에서 643 bp로 나타났다. 한국산 물해파리와 미국 캘리포니아에서 채집한 Aurelia sp.가 유전적 거리가 가장 짧은 0.023을 보인 반면에, 한국산과 미국산, 스웨덴산 물해파리는 동일한 종이지만 유전적 거리가 0.393에서 0.395로 매우 먼 것으로 나타났다. COI유전자의 경우 한국산과 영국산, 터어키산, 스웨덴산, 미국산 물해파리의 유전적 거리 범위는 0.201에서 0.205로 나타났다. 그러나 한국산과 미국산의 bootstrap은 100% 자매군으로 보였다. COI 유전자에 대한 한국산과 미국산 2차 RNA folding 구조를 볼 때 동일한 에너지 하에서도 상이한 2차 folding을 보였다. 따라서 ITS1과 COI 유전자는 보름달 둥근 물해파리 개체군의 생물지리학적 분포 조사를 위하여 유용한 도구로 활용될 것으로 추측된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제56권2호
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• pp.107-120
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• 2017

담배가루이는 경제적으로 매우 중요한 농업 해충들 중의 하나이며, 전세계적으로 40개 이상의 종들로 구성된 종복합군(species complex)으로 알려져 있다. 본 연구에서는 담배가루이 종복합군의 유전적 변이와 구성하는 종들의 수를 550개의 COI 염기서열들을 바탕으로 재평가하였다. 담배가루이의 유전적 변이는 0% - 27.8%이며(평균 11.1%), 이는 담배가루이 종복합군이 서로 다른 속들 혹은 아과들에 속하는 다양한 종들로 구성되어 있음을 나타낸다. 217개 COI 염기서열들을 바탕으로 분석된 계통수는 담배가루이 종복합군이 잠재적인 신종(Java)을 포함한 43개 종들로 구성되어 있고, 이 가운데 9종(Australia, Asia II 1, Asia II 6, Asia II 7, Asia II 10, Mediterranean, New world, New world 2, Sub Saharan Africa 1)의 종내 유전적 변이는 기존의 종구분 한계인 4.0%가 담배가루이 종복합군의 종들을 구분하는데 적합하며, 높은 종내 유전변이를 보이는 종들은 은밀종과 관련이 있을 것으로 판단된다.

• 한국어류학회지
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• 제21권4호
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• pp.287-290
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• 2009

줄종개(Cobitis tetralineata)와 왕종개(Iksookimia longicorpa)간 자연잡종으로 추정되는 개체를 유전적으로 동정하기 위하여 핵 recombination activating gene 1 (RAG1)과 미토콘드리아 cytochrome c oxidase I (COI) 유전자들의 염기서열을 분석하였다. RAG1 염기서열을 분석한 결과 850 bp 중에서 두 친어종들 간에 총 23개의 치환이 관찰되었고, 자연잡종 개체의 electropherogram에서는 이들 치환이 관찰된 모든 위치들에서 double peak들이 관찰되어, 멘델의 유전법칙을 따랐다. 그리고 모계를 통해 자손에게 유전되는 특징을 가지는 미토콘드리아 유전자들 중에서 COI 염기서열을 비교한 결과 잡종 개체는 줄종개와 염기서열이 100% 일치하여 그 모계는 줄종개임이 명확히 밝혀졌다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제36권2호
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• pp.31-41
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• 2018

The dung beetle, Copris tripartitus (Coleoptera: Scarabaeidae), is an endangered insect in South Korea. Previously, partial mitochondrial COI and CytB gene sequences have been used to infer genetic diversity and gene flow of this species in South Korea. In this study, we additionally collected C. tripartitus (n = 35) from one previous locality and two new localities, sequenced COI and CytB genes, and combined these with preexisting data for population genetic analysis. Sequence divergence of current samples showed slightly lower values [4.86% (32 bp) for COI and 4.16% (18 bp) for CytB] than that in the previous study. Nucleotide diversity (${\pi}$) ranged from 0.005336 (Gulupdo) to 0.020756 (Seogwi-dong) in COI and 0.009060 (Aewol-eup) to 0.017464 (Seogwi-dong) in CytB. Seogwi-dong samples that showed the highest ${\pi}$ in the previous study also showed the highest ${\pi}$ in this study for both gene sequences. The newly investigated Gulupdo samples had the lowest haplotype diversity for both gene sequences. They also had the lowest ${\pi}$ for COI and the second lowest ${\pi}$ for CytB. On the other hand, the newly added Haean-dong sample had relatively higher diversity estimates. Gene flow among populations was high, although significant difference was only detected between Gulupdo and Anmado or between Gulupdo and Seogwi-dong for COI sequences (P < 0.05). Considering the high genetic diversity and gene flow in C. tripartitus populations, one major issue regarding conservation seems not to be recovery of genetic diversity.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제29권4호
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• pp.272-278
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• 2013

Accurate identification of fish and fish products, from eggs to adults, is important in many areas. Grey mullets of the family Mugilidae are distributed worldwide and inhabit marine, estuarine, and freshwater environments in all tropical and temperate regions. Various Mugilid species are commercially important species in fishery and aquaculture of many countries. For the present study we have chosen two Mugilid genes with different phylogenetic signals: relatively variable mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) and conservative nuclear rhodopsin (RHO). We examined their diversity within and among 9 Mugilid species belonging to 4 genera, many of which have been examined from multiple specimens, with the goal of determining whether DNA barcoding can achieve unambiguous species recognition of Mugilid species. The data obtained showed that information based on COI sequences was diagnostic not only for species-level identification but also for recognition of intraspecific units, e.g., allopatric populations of circumtropical Mugil cephalus, or even native and acclimatized specimens of Chelon haematocheila. All RHO sequences appeared strictly species specific. Based on the data obtained, we conclude that COI, as well as RHO sequencing can be used to unambiguously identify fish species. Topologies of phylogeny based on RHO and COI sequences coincided with each other, while together they had a good phylogenetic signal.