• Molecules and Cells
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• 제26권6호
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• pp.548-553
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• 2008

The erect habit of fruit setting is a unique characteristic of ornamental peppers and wild pepper species. The erect habit is known to be controlled by the up locus on pepper (Capsicum annuum L.) chromosome 12. The result of a genetic analysis using Saengryeog 211 (pendant), Saengryeog 213 (erect), and their $F_1$ and $BC_1$ progeny demonstrated that up is a recessive gene. To develop an up-linked marker, bulked segregant analysis (BSA) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) were employed using 108 $F_{2:3}$ individuals. The closest AFLP marker, $A2C7_{469}$, was located at a genetic distance of 1.7 cM from the up locus and was converted into a cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker. This marker was mapped at a genetic distance of 4.3 cM from the up locus. When the CAPS was applied to seven ornamental lines and 27 breeding lines with erect fruit, these genotypes of 28 lines were correctly predicted. Thus, the CAPS marker will be useful for marker-assisted selection (MAS) of pepper breeding lines with the up allele at the early seedling stage.

• 생명과학회지
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• 제12권6호
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• pp.715-720
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• 2002

Arabidopsis thaliana columbia의 종자에 EMS를 처리하여 돌연변이체들을 만들었고 이중 UV-B에 감수성이 높은 돌연변이체를 골랐다. 이 UV-B 감수성 돌연변이체의 원인 유전자를 밝히기 위하여 교배 실험을 한 결과 이는 Mendel 유전법칙을 따르고 단일 유전자의 돌연변이에 의하여 나타나며 열성 유전을 하는 것으로 밝혀져 이 유전자를 uvs라 하였다. 염색체상의 uvs의 위치를 밝히기 위하여 CAPS maker를 이용한 연관분석을 하고자 하였고 이를 위하여 각각 maker의 primer 10종류를 제작하였다. 이를 이용, 각 PCR 산물에 대하여 uvs mutant와는 다른 제한효소 pattern를 갖는 Lansberg와 uvs mutant를 교배시켜서 얻은 것들로부터 DNA를 추출하여 PCR을 수행하였다. 이들과 자외선과의 감수성을 연관시켜 교차율을 계산한 결과 5번 염색체의 LFY3과 가장 가까웁게 연관되어 있었다.

• 생명과학회지
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• 제19권1호
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• pp.152-155
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• 2009

old-gold-crimson ($og^c$) 과색 돌연변이는 라이코펜의 함량이 증가된 진붉은색 토마토 과실을 생산한다. 이러한 돌연변이는 토마토의 carotenoid 생합성경로에 관여하여 라이코펜을 ${\beta}$-carotene으로 전환시키는 라이코펜 ${\beta}$-cyclase (Crt-b) 유전자(B)에 point mutation을 일으켜 정상적인 효소생성을 저해한다. 높은 함량의 라이코펜을 생성시키는 토마토 품종개발은 유전자 연관 DNA 마커를 이용한 분자표지이용선발(MAS)을 통해 가속화 될 수 있다. $og^c$ 돌연변이는 라이코펜 ${\beta}$-cyclase(Crt-b) 유전자 내 poly-A 서열반복 지점에서 adenine (A) 단일 뉴클레오티드의 결손에 의한 frame-shift mutation에 의해 일어나며, 이러한 대립유전자의 운영과 검증을 위해 $og^c$ 대립유전자로부터 합성되는 PCR 산물에 Hin fI 제한효소 인식부위가 인위적으로 생성되도록 PCR 프라이머에 단일 뉴클레오티드 mismatch 부위를 만들어 dCAPS 마커를 개발하였다. 본 dCAPS 마커는 유전자 유래의 공우성 PCR 마커로서 고함량 라이코펜 토마토개발을 위한 육종 프로그램의 MAS에 효과적으로 사용될 수 있다.

• 한국버섯학회지
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• 제19권4호
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• pp.336-340
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• 2021

본 연구에서는 국내에서 개발된 국내에서 개발된 10개의 양송이 품종을 CAPS 마커를 이용하여 구분하였다. An 등(2021)이 개발한 CAPS 마커 AB-gCAPs-017, AB-gCAPs-047, AB-gCAPs-055, AB-gCAPs-071을 이용하여 새아, 새도, 새한, 새연, 새정, 도담, 설강, 다향, 호감, 하담을 구분할 수 있었다. 본 연구의 결과는 국내 개발 양송이 품종에 대하여 품종간의 구별성과 유전적 다양성을 부여하여 품종보호에 대한 분자생물학적 근거를 마련하였다.

• 원예과학기술지
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• 제30권1호
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• pp.56-63
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• 2012

Tomato hypocotyl can generally be one of two colors, purple or green. Genetically, this trait is controlled by a single dominant gene. Hypocotyl tissue specific color expression is one of many visible genetic marker sources used to select tomato progeny. However, the visible marker does not show a clear distinction between homozygous genotype and heterozygous genotype from the breeding lines. Therefore, to identify a hypocotyl pigmentation related marker, we screened DNA polymorphisms in thirteen tomato lines showing purple or green hypocotyls. The markers used for screening consisted of primer set information obtained from anthocyanin related genes, conserved ortholog set II (COS II) marker sets localized near anthocyanin related genes, and restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers localized near COS II markers, which produce polymorphisms between purple and green tomatoes. One primer from a RFLP fragment resulted in a polymorphism on agarose gel electrophoresis. From the RFLP fragment, a cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker was developed to distinguish between purple and green hypocotyls. The genotypes of 135 $F_2$ individuals were analyzed using the CAPS marker, and among them, 132 individuals corresponded to the phenotypes of hypocotyl pigmentation.

• 한국수산과학회지
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• 제56권1호
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• pp.124-132
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• 2023

This study aimed to cross between Korean and Japanese pure lines of Neopyropia strains to establish cross breeding technology and identify a superior variety that harbors the strength of both parents. Four crossing combinations were tried using three methods, resulting in 1,476 single conchocelis colonies. The three co-dominant Cleaved Amplified Polymorphic Sequence (CAPS) markers (EF-1α/Mse I, TOP2/Mse I, car A/ApaL I) were used to distinguish heterozygotic sporophytes and their maternal lines obtained from the inter and intraspecific cross-fertilization within the wild type of Neopyropia strains. Of the 1,476 colonies, 26.9% (218) were heterozygotes obtained from the nuclear CAPS markers. Their maternal line was clearly confirmed using organelle CAPS marker and chimeric thallus was obtained from crossing experiment of Japanese N. yezoensis (♀) and Korean N. yezoensis (♂). The use of CAPS markers improved the efficiency of crossbreeding by quickly screening heterozygotes and maternal lines in the conchocelis phase, which otherwise required pigmentation mutants as genetic markers.

• 한국육종학회지
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• 제40권4호
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• pp.401-407
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• 2008

딸기 국내 육성 신품종을 정확히 판별할 수 있는 DNA표지를 개발하고자 실험을 수행하였다. 딸기 유전정보를 이용하여 품종 판별이 가능한 CAPS 표지 15종을 개발하였고, 그 중에서 6종은 품종 특이적인 표지였다. CAPS 표지 중에서 ANR-MspI, ANR-BamHI, ACO-HinfI, DFR-AseI, FGT-MspI의 최소 5종의 표지를 이용하여 '매향'과 '선홍'을 제외한 국내 육성 품종 판별이 가능하였다. 15종의 CAPS 표지를 보완하기 위해 SRAP 분석을 통해 품종 간 다형성을 나타내는 15종의 표지를 선발하였고, 그 중에서 me1/em5-460bp 표지를 이용하여 '매향'과 '선홍'의 구별이 가능하였다. 따라서 5종의 CAPS 표지와 1종의 SRAP 표지를 이용하여 19종의 국내 육종 품종과 일본 품종의 판별이 가능하였으며, 금후 이 연구결과는 딸기 국내 육성 품종 식별을 위해 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 판단되었다.

• 한국버섯학회지
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• 제16권1호
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• pp.51-56
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• 2018

우리나라에서 표고버섯은 소비자의 선호도가 매우 높고, 전체 임산버섯 생산량의 약 97.7%를 차지하고 있는 매우 중요한 단기소득임산물중 하나이다. 이러한 표고버섯은 최근 신품종의 개발이 활발히 이루어지고 있어, 육종가의 권리 보호를 위하여 품종을 구분할 수 있는 분자마커 개발이 요구되고 있다. 본 연구에서는 신품종 '산마루2호'를 37개의 표고버섯 품종으로부터 구분할 수 있는 CAPS 마커를 개발하였다. '산마루2호'의 유전체에서 Scaffold 2번 1803483에 위치한 단일염기 다형성(SNP)이 확인되었고, 이 SNP를 포함하여 증폭한 DNA는 제한효소 Hhal에 의하여 특이적으로 절단되지 않아 다른 표고버섯 품종들과 구분되었다.

• Molecules and Cells
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• 제21권1호
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• pp.135-140
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• 2006

Cytoplasmic male sterility (CMS) in plants, which is due to failure to produce functional pollen, is a maternally inherited trait. Specific nuclear genes that suppress CMS, termed fertility restorer (Rf) genes, have been identified in several plants. In this study, Rfl-inked molecular markers in pepper (Capsicum annuum L.) were detected by bulked segregant analysis of eight amplified fragment length polymorphisms (AFLPs). Only AFRF8 was successfully converted to a cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker. This was named AFRF8CAPS and genotype determination using it agreed with that obtained with the original AFRF8. A linkage map with a total size of 54.1 cM was constructed with AFRF8CAPS and the seven AFLP markers using the Kosambi function. The AFRF8CAPS marker was shown to be closest to Rf with a genetic distance of 1.8 cM. These markers will be useful for fast and reliable detection of restorer lines during $F_1$ hybrid seed production and breeding programs in pepper.

• 한국자원식물학회지
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• 제28권5호
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• pp.648-655
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• 2015

본 연구에서는 도라지의 품종 구분 및 유전적 다양성 분석에 활용될 수 있는 분자표지 개발을 위하여 RAPD 마커를 활용하여 분석하였으며, 동시에 actin유전자 염기서열에서 유래한 분자표지를 제작하였다. 총 30개의 RAPD 분자표지를 활용한 분석을 진행하였으나, 재현성과 안정성이 확보된 DNA 상의 다형성은 확보할 수 없었다. 이에, 도라지 actin (Pg-actin) 유전자에 존재하는 Single Nucleotide Polymorphism (SNP)을 이용하여 품종 간 구분에 활용 가능한 분자마커로의 전환을 탐색하였다. 도라지 genomic DNA에 actin 유래 유전자를 사용하여 2개의 actin homologs를 확보하였으며, 이를 염기서열 분석하여 3.4 kb의 Pg-actin fragment와 Pg-actin과 28.6%의 유사도를 가진 1.4 kb의 actin homologue를 획득하였다. 획득된 Pg-actin은 4개의 exon과 3개의 intron으로 구성된 유전자로, DNA 다형성 탐색을 통해 intron 3의 286 bp 위치에서 SNP (G ↔ A)를 발견하였으며, 이를 활용도 높은 CAPS marker로 전환하여 PgActin-Int3 마커를 개발하였다. Pg-Actin-Int3 마커를 32개의 도라지 유전자원에 적용시켜 본 결과 품종 간의 차이를 보이는 부분이 확인되었다. 본 연구에서 확보된 도라지 DNA 염기서열정보는 도라지의 유전적 다양성 분석 및 도라지 분자육종에 활용될 수 있을 것이라 전망된다.