Himani, Himani;Ramkumar, Thakku R.;Tyagi, Shivi;Sharma, Himanshu;Upadhyay, Santosh K.;Sembi, Jaspreet K.
Journal of Plant Biotechnology
/
v.46
no.4
/
pp.255-273
/
2019
Orchids are indispensable to the floriculture industry due to their unique floral organization. The flowers have two outer whorls of tepals including a lip (labellum), and two inner whorls, pollinia and gynostemiun (column). The floral organization and development is controlled at the molecular level, mainly by the MADS-box gene family, comprising homeotic genes divided into type I and type II groups. The type I group has four sub-groups, Mα, Mβ, Mγ, and Mδ, playing roles in seed, embryo, and female reproductive organ development; the type II group genes form classes A, B, C, D, and E, which are a part of the MIKCC subgroup with specific roles in florigenesis and organization. The coordinated functioning of these classes regulates the development of various floral whorls. The availability of genome and transcriptome sequence data for Phalaenopsis equestris offers an opportunity to validate the ABCDE model of flower development. Hence, this study sought to characterize the MADS-box gene family and elucidate of the ABCDE model. A total of 48 identified MADS-box proteins, including 20 type I [Mα (12), Mγ (8)] and 28 type II [MIKCC (27), MIKC*(1)] members, were characterized for physico-chemical features and domains and motifs organization. The exon-intron distribution and the upstream cis-regulatory elements in the promoter regions of MADS-box genes were also analysed. The discrete pace of duplication events in type I and type II genes suggested differential evolutionary constraints between groups. The correlation of spatio-temporal expression pattern with the presence of specific cis-regulatory elements and putative protein-protein interaction within the different classes of MADS-box gene family endorse the ABCDE model of floral development.
Epigenetic modification of the genome through DNA methylation is the key to maintaining the differentiated state of human embryonic stem cells (hESCs), and it must be reset during differentiation by retinoic acid (RA) treatment. A genome-wide methylation/gene expression assay was performed in order to identify epigenetic modifications of RA-treated hESCs. Between undifferentiated and RA-treated hESCs, 166 differentially methylated CpG sites and 2,013 differentially expressed genes were discovered. Combined analysis of methylation and expression data revealed that 19 genes (STAP2, VAMP8, C10orf26, WFIKKN1, ELF3, C1QTNF6, C10orf10, MRGPRF, ARSE, LSAMP, CENTD3, LDB2, POU5F1, GSPT2, THY1, ZNF574, MSX1, SCMH1, and RARB) were highly correlated with each other. The results provided in this study will facilitate future investigations into the interplay between DNA methylation and gene expression through further functional and biological studies.
Loke, Chi K.;Gunawardena, Yasoja K.R.;Aslani, Farhad;Uy, Brian
Steel and Composite Structures
/
v.33
no.6
/
pp.823-836
/
2019
Spiral welded tubes (SWTs) are fabricated by helically bending a steel plate and welding the resulting abutting edges. The cost-effectiveness of concrete-filled steel tube (CFST) columns can be enhanced by utilising such SWTs rather than the more conventional longitudinal seam welded tubes. Even though the steel-concrete interface bond strength of such concrete-filled spiral-welded steel tubes (CF-SWSTs) is an important consideration in relation to ensuring composite behaviour of such elements, especially at connections, it has not been investigated in detail to date. CF-SWSTs warrant separate consideration of their bond behaviour to CFSTs of other tube types due to the distinct weld seam geometry and fabrication induced surface imperfection patterns of SWTs. To address this research gap, axial push-out tests on forty CF-SWSTs were carried out where the effects of tube material, outside diameter (D), outside diameter to wall thickness (D/t), length of the steel-concrete interface (L) and concrete strength grade (f'c) were investigated. D, D/t and L/D values in the range 102-305 mm, 51-152.5 and 1.8-5.9 were considered while two nominal concrete grades, 20 MPa and 50 MPa, were used for the tests. The test results showed that the push-out bond strengths of CF-SWSTs of both mild-steel and stainless-steel were either similar to or greater than those of comparable CFSTs of other tube types. The bond strengths obtained experimentally for the tested CF-SWSTs, irrespective of the tube material type, were found to be well predicted by the guidelines contained in AISC-360.
A large deformation FEM (Finite Element Method) based numerical analysis has been performed to study the behaviour of the bell-shaped anchor embedded in undrained saturated (cohesive) soil with the help of finite element based software ABAQUS. A typical model anchor with bell-diameter of 0.125 m, embedded in undrained saturated soil with varying cohesive strength (from 5 kN/m2 to 200 kN/m2) has been chosen for studying the characteristic behaviour of the bell-shaped anchor installed in cohesive soil. Breakout factors have been evaluated for each case and verified with the results of experimental model tests for three different types of soil samples. The maximum value of breakout factor was found as about 8.5 within a range of critical embedment ratio of 2.5 to 3. An explicit model has been developed to estimate the breakout factor (Fc) for uplift capacity of bell-shaped anchor within clay mass in terms of H/D ratio (embedment ratio). It was also found that, the ultimate uplift capacity of the anchor increases with the increase of the value of cohesive strength of the soil and H/D ratio. The empirical equation developed in the present investigation is usable within the range of cohesion value and H/D ratio from 5 kN/m2 to 200 kN /m2 and 0.5 to 3.0 respectively. The proposed model has been validated against data obtained from a series of model tests carried out in the present investigation. From the stress-profile analysis of the soil mass surrounding the anchor, occurrence of stress concentration is found to be generated at the joint of anchor shaft and bell. It was also found that the vertical and horizontal stresses surrounding the anchor diminish at about a distance of 0.3 m and 0.15 m respectively.
Lipoxygenase gives soybeans their grassy flavor, which can disrupt food processing efficiency. This study aimed to identify soybean genotypes with lipoxygenase deficiency among 1,001 soybean accessions and to develop kompetitive allele specific PCR (KASP) markers that can detect lipoxygenase mutations. Three lipoxygenase isozymes (Lox1, Lox2, and Lox3) were analyzed using a colorimetric assay based on a substrate-enzyme reaction. Among the 1,001 accessions examined, two (IT160160 and IT276392) exhibited a deficiency solely in Lox1, and one (IT269984) lacked both Lox1 and Lox2. IT160160 had a 74-bp deletion in exon 8 of Lox1 (Glyma13g347600), whereas IT276392 displayed a missense mutation involving the change of C to A at position 2,880 of Lox1. Moreover, we successfully developed four KASP markers that specifically target Lox1, Lox2, and Lox3 mutations. To validate the Lox1 KASP markers, we used two F2:3 populations generated through a cross between Daepung 2 (lipoxygenase wild type, maternal parent), IT160160, and IT276392 (null Lox1, paternal parent). The results revealed that the Daepung 2 × IT160160 group followed the expected 3:1 ratio according to Mendel's law, whereas the Daepung 2 × IT276392 group did not. Furthermore, a comparison between the colorimetric and KASP marker analyses results revealed a high agreement rate of 96%. KASP markers offer a distinct advantage by allowing the distinction of heterozygous types independent of other variables. As a result, we present an opportunity to expedite the lipoxygenase-deficient cultivar development.
Park, Joon hyung;Lee, Kwang Soo;Ju, Nam Gyu;Kang, Young Je;Ryu, Suk Bong;Yoo, Byung Oh;Park, Yong Bae;kim, Hyung Ho;Jung, Su Young
Journal of agriculture & life science
/
v.50
no.1
/
pp.105-115
/
2016
This study was carried out to establish the optimum forest management plan for the Cryptomeria japonica plantations in southern inland and Jeju island in Korea. Sixty seven circular sample plots of 0.04ha were established and we surveyed vegetation structure and growth characteristics from three layers(upper, middle, and lower). As a result of cluster analysis obtained by importance values of each tree species, the community type of C. japonica stands were classified into C. japonica group(C1) and C. japonica-C obtusa group. C. obtusa community were also sbudivided into P. thunbergii-Q. serrata group(C2) and Q. serrata-C obtusa group(C3). In tree layers importance value(IV) of C. japonica were 97.2% in C1, 80.7% in C2, and 47.6% in C3 and in sub-tree layers IV were 8.9% in C1, 15.2% in C2, and 5.7% in C3. Especially in C3 there are bamboo species (Smilacina japonica var. lutecarpa and Pseudosasa japonica) it is necessary for us to control them. In shrub layers C. japonica were found in C1(9.2%) and C2(7.0%), but except for C3. In tree layer species diversity indices of each community ranged from the lowest 0.059 in C1 to the highest 0.548 in C3. Dominance ranged from 0.958 in C1 to 0.393 in C3 which may caused by interspecific competition. Current annual increment of diameter growth ranged from 7.01mm/yr to 8.04mm/yr. As a result of our study we recommend the application of proper thinning and pruning for C1 and C2.
Electronic and magnetic properties of the novel rare-earth permanent magnet, $Sm_{2}Fe_{17}N_{3}$, are investigated by performing self-consistent local density functional electronic structure calculations. Employing the LMTO(Linearized Muffin-Tin Orbital) band method, we have obtained the electronic band structures for both paramag-netic and ferromagnetic phases of $Sm_{2}Fe_{17}N_{3}$. Based on the energy band structures, we have studied bonding ef-fects among Sm, Fe, and N atom as well as electronic and magnetic structures. It is found that the N atom sub-stantially reduces the magnetic moment of neighboring Fe atoms through the hybridization interaction and also plays a role in stabilizing the structure. the average magnetic moment of Fe atoms in the ferromagnetic phase of $Sm_{2}Fe_{17}N_{3}$ is estimated to be $2.33{\mu}_B$, which is ~8% larger than the magnetic moment of $Sm_{2}Fe_{17}$, $2.16{\mu}_B$. The Fe I (c) atom, which is located farthest from the N atom and surrounded by 12 Fe nearest neighbors, has the largest magnetic moment ($2.65{\mu}_B$), while the Fe III (f), whose hybridization interaction with N atom is very strong, has the smallest magnetic moment($1.96{\mu}_B$).
Anthracnose is a major limiting factor of the watermelon production in Korea. A mid-late maturing watermelon line, 'Hanbit' with resistance to anthracnose (Colletotrichum orbiculare) race 1 and 3, was developed by the cross between anthracnose resistant cultivar 'AU-Producer' and high quality inbred line '920533' at the National Institute of Horticultural and Herbal Science, Rural Development Administration (RDA). 'Hanbit' produces 5.4 to 9.5 kg of red flesh fruits with clear stripes on skin. Average soluble solid contents are ranged from 10.4 to 11.2$^{\circ}$Bx. The yield and quality of 'Hanbit' was comparable to or better than those harvested from the popular commercial cultivars. 'Hanbit' can be cultivated in open fields and under the protected green house condition. In addition to the commercial production, it can be used as a resistant material in $F_1$ hybrid breeding program.
Volatile Organic Compounds (VOCs) have been shown to cause nervous system disorders through skin contact or respiration, and also cause foul odors even at low densities in most cases. Also, as a compound itself, VOCs are directly harmful to the environment and to the human body, and may participate in photochemical reactions in air to create secondary pollutants. In this study, HL-60 cells were treated with volatile organic compounds, including ethylbenzene and trichloroethylene, at a value of $IC_50$. Then, the in house-prepared Human HazChem arrayer was utilized in order to compare the gene expression between the two VOCs. After hybridization, 8 upregulated genes and 8 downregulated genes were discovered in the HazChem array. The upregulated genes were identified as SG15, TNFSF10, PRNP, ME1, NCOA4, SRXN1, TXNRD1, and XBP1. The downregulated genes were identified as MME, NRF1, PRARBP, CALCA, CRP, BAX, C7 or f40, and FGFR1. Such results were highly correlated with the quantitative RT-PCR results. The majority of the 16 genes were related with the characteristics of VOCs, including respiratory mechanism, apoptosis, and carcinogenesis-associated genes. Our data showed that our human HazChem array can be used to monitor hazardous materials via gene expression profiling.
Kim, Young-Jae;Hahn, Se-Hyun;Lee, Sang-Hoon;Jang, Ki-Taeg;Kim, Chol-Chul
Journal of the korean academy of Pediatric Dentistry
/
v.31
no.4
/
pp.605-616
/
2004
Subinhibitory concentrations (sub-MICs) refer to concentrations below minimum inhibitory concentrations (MICs). The antimicrobial agents may be present at relatively high concentration, at least higher than bacterial MIC and thereafter be deserted off a surface and function at sub-MICs, perhaps by interfering with bacterial metabolism. Consequently, the aim of this study was to determine the effects of growth, in the presence of sub-MICs of antimicrobial agents, on the cell surface properties and virulence factors of mutans streptococci and to investigate the efficacy of a chemical approach in vitro. Streptococcus mutans Ingbritt and Streptococcus sobrinus 6715-7 were used. Eight antimicrobial agents (Sanguinaria extract;SG, Chlorhexidine digluconate;CHX, Fluoride;F, Propolis;PP, Hydrogen peroxide;HP, Triclosan;TC, Sodium dodecyl sulfate;SDS Cetylpyridinium chloride; CC) were diluted serially in broth to determine MICs and to compare the growth rate, acid production, hydrophobicity, adhesion activity to saliva coated hydroxyapatite, glucan synthesis and cellular aggregation of experiment groups (in the presence of sub-MICs) with those of control (in the absence of antimicrobial agents). Sub-MICs of antimicrobial agents affected the growth of cells, hydrophobicity, and adhesion of bacteria to saliva coated hydroxyapatite and glucan synthesis. They also resulted in a significant reduction in pH after 12 hours (p<0.05). By cells pretreated with proteinase K, either the aggregation induced by antimicrobial agents was completely inhibited or the aggregation titers were markedly increased. According to the results of the present study, each antimicrobial agent at sub-MICs could affect similar as its known action mechanism and could continually inhibit cariogenic bacteria at such concentrations. Thus, the use of these antimicrobial agents would be one of the effective methods to prevent dental caries.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.