• 제목/요약/키워드: Bond-lengths and bond angles

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Spiro Orthocarbonate, 3,3'-Spirobi[1H, 5H-naphtho[1,8-ef] [1,3] dioxocin]의 분자구조 (Structure of a Spiro Orthocarbonate, 3,3'-Spirobi[1H, 5H-naphtho [1,8-ef] [1,3] dioxocin])

  • 송영미;신정미;박영자
    • 대한화학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.536-539
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    • 1992
  • 8원자-고리를 가지고 있는 Spiro Orthocarbonate(C$_{25}H_{20}O_4$)의 분자 및 결정구조를 X-선법으로 연구하였다. 이 결정은 단사정계이고 공간군은 C2/c이다. 단위세포 길이는 a = 15.319(4), b = 9.057(3), c = 13.168(3)${\AA}$이며, ${\beta}$값은 98.53(3)$^{\circ}$이고 Z = 4이다. 회절 반점들의 세기는 흑연 단색화 장치가 있는 자동 4축회절기로 얻었으며 Mo-K${\alpha}$ X-선(${\lambda}$ = 0.7107 ${\AA}$)을 사용하였다. 분자구조는 직접법으로 풀었으며 최소자승법으로 정밀화 하였고, 최종 신뢰도 R값은 1412개의 회전반점에 대하여 0.052였다. 분자는 C$_2$ 점군에 속하는 대칭성을 갖고 있다. 8원자-고리의 형태는 pseudo-C$_s$ symmetry를 갖는 의자형이다. 두 개의 나프탈렌 고리들은 서로 거의 직각을 이루며 고리내의 C-C 결합길이는 1.352∼1.444${\AA}$범위에 있고 내부결합 각도는 117.2∼123.1$^{\circ}$범위에 있다. 8원자-고리의 영향으로 C(1)-C(9), C(8)-C(9) 그리고 C(9)-C(10)이 다른 C-C 결합길이 보다 약간 길다.

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탄소 클러스터들에 관한 시뮬레이션(II) -$C_6-C_10$의 구조와 에너지- (Simulation of Small Clusters(II) -Geometries and Energies of$C_6-C_10$-)

  • 이종무
    • 한국재료학회지
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    • 제2권2호
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    • pp.95-100
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    • 1992
  • 반경험적 퍼텐션 에너지 함수를 기초로한 스테틱스(statics) 시뮬레이션에 의하여 여러가지 형태의 $C_{6}$클러스터들의 결합길이, 결합각 및 에너지를 구한 결과 $C_6$의 평형구조는 정 6각형임을 발견하였다. 직선형과 사이클형의 $C_7-C_{10}$구조에 대해서도 결합길이, 결합각 및 에너지들을 구한 결과 정7각형, 정8각형, 정9각형 및 정10각형이 각각 직선형 구조보다 더 안정함을 발견하였다. 이 결과는 본 논문 1편에서 보고한 $C_2-C_5$의 평형구조가 직선형이라는 점과 관련시켜 볼 때 클러스터의 크기가 증가함에 따라 1차원적인 구조로부터 2차원적인 구조로 발전하며, 그 임계크기가 $C_6$ 임을 시사하는 것이다.

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Neo-inositol 및 Scyllo-inositol의 結晶 및 分子 構造 (The Crystal and Molecular Structures of Neo-inositol and Two Forms of Scyllo-inositol)

  • Yeon, Younghee
    • 한국결정학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.150-156
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    • 2001
  • Nea-inositol is triclinic P???, with a =4.799(1), b=6.520(1), c=6.505(1) Å, α=70.61(1), β=69.41(1), γ=73.66(1)°, Z=1, molecular symmetry ???. Scyllo-inositol, from A, is monoclinic, P2₂/c, with a=5.089(1), c=11.948(2)Å, β=116.98(2)°, Z=2, molecular symmetry ???. Form B is triclinic, P???, with a=6.725(1), b=6.797(1), c=8.635(2)° Å, α=95.45(2), β=99.49(2), γ=99.19(2)°, Z=2, molecular symmetry ???. This crystal structure is pseudo-monoclinic, having two centrosymmetrical molecules with the almost identical conformation and orientation in the crystal lattice. The molecules have the expected chair conformations with puckering parameters of Q=0.609(2)Å for n대, 0.581(2)Å for Scyllo-A, and 0.566(2) Å for Scyllo-B. The bond lengths and angles are normal, C-C, 1.505 to 1.531 8A, C-O, 1.415 to 1.440 Å, C-C-C, 108.2 to 112.9°. The molecules are linked by systems of finite and infinite chains of hydrogen bonds.

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Acetone 4-Benzylthiosemicarbazone의 결정 및 분자구조 (The Crystal and Molecular Structure of Acetone 4-Benzylthiosemicarbazone)

  • 박영자;안중태
    • 대한화학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.73-79
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    • 1985
  • Acetone 4-benzylthiosemicarbazone의 결정 구조를 단결정 X-선 회절법에 의하여 연구하였다. 결정은 단사축계에 속하며, 공간군은 $P2_1/c$, 단위세포내에는 4개의 분자가 들어있고 단위세포 상수는 a = 10.249(7), b = 11.403(9), c = 10.149(7)${\AA}$, ${\beta}$ = 90.9$(1)^0$이다. 회절농도는 4축자동회절장치에 의하여 얻었다. 분자구조는 직접법에 의하여 밝혔으며, 최소자승법으로 정밀화한 결과 1554반점에 대하여 최종 신뢰도 R값은 0.045이었다. 분자내에서 S-C(8)-N(2)-N(3)-C(9)-C(10) 원자들은 zigzag planar chain을 이루고 있다. 분자들은 2종류의 수소결합에 의하여 연결되어 있다. 하나는 N-H${\cdots}$S 분자간 수소결합으로 길이는 3.555${\AA}$이며 분자들을 이량체 처럼 붙들어 주고 있다. 다른 하나는 N-H${\cdots}$N 분자내수소결합으로 길이는 2.568${\AA}$이다. 이화합물의 분자구조를 구조가 이미 밝혀진 다른 thiosemicarbazone 유도체들과 비교 고찰하였다.

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The Structure of 1-[2-[[(4-chlorophenyl)-methyl]thio]-2-(2, 4-dichlorphenyl)ethyl]-1H imidazole (Sulconazole) nitrate, C18H16Cl3N3O3S

  • Shin, Hyun-So;Song, Hyun;Cho, Sung-Il;Pakr, Keun-Il
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제18권1호
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    • pp.14-18
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    • 1997
  • Sulconazole nitrate, C18H16Cl3N3O3S, crystallizes in monoclinic, space group C2/c, with a=14.401(1), b=8.051(1), c=34.861(2) Å, β=95.9(1)°, g=0.58 mm-1, Dc=1.523 g/cm3, Dm=1.522 g/cm3, F(000)=1888.0, and z=8. Intensities for 2460 unique reflections were measured on a CAD4 diffractometer with graphited-monochromated Mo-Kα radiation. The structure was solved by direct method and refined by full matrix least squares to a final R=0.071 for 2182 reflections (Io > 2σIo). The bond lengths and angles are comparable with the values found in the analogues imidazole derivatives. The 2,4-dichlorophenyl ring(A) and the p-chlorophenyl ring(B) are almost planar with different heights [dihedral angle 17.3°] while the imidazole ring(C) is nearly perpendicular to the two phenyl rings[dihedral angles about the two rings A, B are 110.8° and 96.1° respectively]. In order to understand the overall conformation we calculated the selected distances (l1, l2, l3) among the center of the three rings and considered the imaginary plan D[C(7), C(9) and C(16)]. The two polar group S(8) and N(19) do not have gauche conformation and l2 value (4.47 Å) is shorter than the other imidazole derivatives. One -NO3 group are hydrogen bonded the two neighbored sulconazole molecules. The molecular crystal packing is also formed by two hydrogen bondings and van der Waals forces.

양자화학 계산을 이용한 H2O 분자의 Clumped 동위원소 분배특성 분석 (Equilibrium Fractionation of Clumped Isotopes in H2O Molecule: Insights from Quantum Chemical Calculations)

  • 노세형;이성근
    • 광물과 암석
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    • 제36권4호
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    • pp.355-363
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    • 2023
  • 지구물질에 존재하는 안정 동위원소의 평형상태에서의 분화(equilibrium isotope fractionation of stable isotope)는 물질의 진동 특성(vibrational properties)에 기인하며, 지구물질이 지구시스템 내에서 겪는 다양한 지질학적 과정들을 정량적으로 이해하는 데 도움을 준다. 본 연구에서는 H2O 분자의 clumped 동위원소의 특성을 양자화학계산을 이용하여 규명하였다. 특히, 산소 동위원소(16O, 17O, 18O)와 수소 동위원소(수소, 중수소, 삼중수소)의 조합으로 구성된 H2O 분자에 대한 산소와 수소 동위원소간의 clumping 세기를 정량적으로 계산하고, 온도 변화에 따른 clumping 세기 변화 패턴을 분석하였다. 최적화된 분자구조의 평형 결합길이(bond length)와 결합각(bond angle)은 분자의 질량수와 무관하며, 각각 0.9631-0.9633 Å과 104.59-104.62°로 일정하였다. H2O 분자의 3개의 진동 모드의 진동수는 동위원소 질량수가 증가함에 따라 감소하였으며, 산소보다 수소 동위원소의 변화에 더 큰 영향을 받는다. 진동수를 바탕으로 계산된 동위원소 치환반응의 평형상수 또한 수소 동위원소 질량수에 따라 더 큰 변화 양상을 보인다. 무거운 동위원소 조합의 clumping 반응의 평형상수는 로그값에서 강한 선형 상관관계를 지시한다. 세 동위원소 조합의 상대적인 clumping 강도는 HD18O에 대하여 각각 1.86배(HT18O), 1.16배(HT17O), 0.703배(HD17O)로 나타났다. Clumping의 세기인 Δ21 값은 온도의 증가에 따라 감소하며 이차 상관관계를 보인다. 이는 Δ21이 온도 환경 지시자로서 이용될 가능성이 있음을 지시한다. 본 계산 결과는 17O와 삼중수소를 포함한 clumped 동위원소 분배의 경향을 최초로 정립한 연구이다. 향후, 자연계에서 산소-수소 동위원소 조성의 기원을 보다 정량적으로 이해하기 위하여 비조화적(anharmonicity) 진동이 고려된 동위원소 분배계수의 계산 또한 필요하다. 상기한 연구 결과는 H2O 분자의 다양한 지표환경에서의 clumped 동위원소의 측정과 이를 기반으로 한 지질환경 변화 기작을 설명하는 데 사용될 것으로 기대한다.

Two Polymorphs of Structures of $\alpha,\alpha$-Trehalose Octaacetate Monohydrate

  • Park, Young-Ja;Shin, Jung-Mi
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제14권2호
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    • pp.200-206
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    • 1993
  • Structures of two polymorphs of ${\alpha},{\alpha}$-trehalose octaacetate monohydrate, $C_{28}H_{38}O_{19}\;{\cdot}\;H_2O$, have been studied by X-ray diffraction method. ${\alpha},{\alpha}$-trehalose (${\alpha}$-D-glucopyranosyl ${\alpha}$-D-glucopyranoside) is a nonreducing disaccharide. The polymorph I belongs to the monoclinic $P2_1$, and has unit cell parameters of a=10.725(l), b=15.110(4), c=11.199(5) ${\AA}$, ${\beta}=108.16(2)^{\circ}$ and Z=2. The polymorph II is orthorhombic $P2_12_12_1$, with a=13.684(4), b=15.802(4), c=17.990(9) ${\AA}$ and Z=4. The final R and R$_w$ values for monoclinic polymorph I are 0.043 and 0.048 and for orthorhombic polymorph II are 0.116 and 0.118, respectively. Those R values of polymorph II are high because the large thermal motions of acetyl groups and the poor quality of the crystal. The molecular conformations in the two polymorphs are similar. Both D-glucopyranosyl rings have chair $^4C_1$ conformations and atoms of glycosidic chain ${\alpha}(1{\rightarrow}1)$ linkage are coplanar. The primary acetate groups of the pyranose residues assume both gauche-trans conformations. The molecules of two polymorphs have pseudo-C$_2$ symmetry at glycosidic O(1) atom. The bond lengths and angles are normal compared with those in other acetylated sugar compounds. The molecules in the monoclinic crystal are held by the hydrogen bonds with the water molecules and by van der Waals forces.

Dinitroethylenediamine Palladium(II)의 합성 및 결정구조 연구 (Synthesis and Structure Dinitroethylenediamine Palladium(II))

  • 남궁해
    • 한국결정학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.74-77
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    • 2004
  • Dinitroethylenediaminepalladium(II), $Pd(C_2H_8N_2)\;(NO_2)_2$의 결정구조는 a=7.425(3), b=8.480(4), c=11.885(2)${\AA}$, 사방정계(Orthorhombic), 공간군 $A2_1ma$, 공간군 번호 36이며, Z=4, V=748.3(4)${\AA}^3,\;D_c=2.295\;gcm^{-3},\;{\mu}=2.457mm^{-1}$이었다. 구조분석은 중금속법으로 풀었으며, 최소 자승법으로 정밀화하였고, 최종 신뢰도 값들은 377개의 회절반점에 대하여 $(R_1=0.0306,\;R_w=0.0802,\;R_{all}=0.0320,\;S=1.166)$이었다. 최종 분석한 착염의 결합거리와 각들은 기존에 알려진 해당 자료들에 상응하였다. 착염의 구조는 Reiset's salt type 유사체와 같은 일차원 구조로써 c축을 따라서, Pd-Pd 거리가 3.762(2) $(\AA)$이고, 각 $161.41(5)^{\circ}$인 지그재그 사슬구조를 형성하고 있다. 사슬내에서나 사슬간에는 질소와 산소사이에 각각 3.05(1)과 3.15(1) ${\AA}$인 수소결합으로 연결되어 있다.

Characterization and behaviors of single walled carbon nanotube by equivalent-continuum mechanics approach

  • Eltaher, Mohamed A.;Almalki, Talaal A.;Ahmed, Khaled I.E.;Almitani, Khalid H.
    • Advances in nano research
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    • 제7권1호
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    • pp.39-49
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    • 2019
  • This paper focuses on two main objectives. The first one is to exploit an energy equivalent model and finite element method to evaluate the equivalent Young's modulus of single walled carbon nanotubes (SWCNTs) at any orientation angle by using tensile test. The calculated Young's modulus is validated with published experimental results. The second target is to exploit the finite element simulation to investigate mechanical buckling and natural frequencies of SWCNTs. Energy equivalent model is presented to describe the atomic bonding interactions and their chemical energy with mechanical structural energies. A Program of Nanotube modeler is used to generate a geometry of SWCNTs structure by defining its chirality angle, overall length of nanotube and bond length between two adjacent nodes. SWCNTs are simulated as a frame like structure; the bonds between each two neighboring atoms are treated as isotropic beam members with a uniform circular cross section. Carbon bonds is simulated as a beam and the atoms as nodes. A finite element model using 3D beam elements is built under the environment of ANSYS MAPDL environment to simulate a tensile test and characterize equivalent Young's modulus of whole CNT structure. Numerical results are presented to show critical buckling loads, axial and transverse natural frequencies of SWCNTs with different orientation angles and lengths. The understanding of mechanical behaviors of CNTs are essential in developing such structures due to their great potential in wide range of engineering applications.

Adsorbed Carbon Formation and Carbon Hydrogenation for CO2 Methanation on the Ni(111) Surface: ASED-MO Study

  • Choe, Sang-Joon;Kang, Hae-Jin;Kim, Su-Jin;Park, Sung-Bae;Park, Dong-Ho;Huh, Do-Sung
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제26권11호
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    • pp.1682-1688
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    • 2005
  • Using the ASED-MO (Atom Superposition and Electron Delocalization-Molecular Orbital) theory, we investigated carbon formation and carbon hydrogenation for $CO_2$ methanation on the Ni (111) surface. For carbon formation mechanism, we calculated the following activation energies, 1.27 eV for $CO_2$ dissociation, 2.97 eV for the CO, 1.93 eV for 2CO dissociation, respectively. For carbon methanation mechanism, we also calculated the following activation energies, 0.72 eV for methylidyne, 0.52 eV for methylene and 0.50 eV for methane, respectively. We found that the calculated activation energy of CO dissociation is higher than that of 2CO dissociation on the clean surface and base on these results that the CO dissociation step are the ratedetermining of the process. The C-H bond lengths of $CH_4$ the intermediate complex are 1.21 $\AA$, 1.31 $\AA$ for the C${\cdot}{\cdot}{\cdot}H_{(1)}$, and 2.82 $\AA$ for the height, with angles of 105${^{\circ}}$ for ∠ $H_{(1)}$CH and 98${^{\circ}}$ for $H_{(1)} CH _{(1)}$.