• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권1호
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• pp.193-201
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• 2010

A specific and rapid real-time PCR assay for detecting Ralstonia solanacearum in horticultural soil and plant tissues was developed in this study. The specific primers RSF/RSR were designed based on the upstream region of the UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase gene from R. solanacearum, and a PCR product of 159 bp was amplified specifically from 28 strains of R. solanacearum, which represent all genetically diverse AluI types and all 6 biovars, but not from any other nontarget species. The detection limit of $10^2\;CFU/g$ tomato stem and horticultural soil was achieved in this real-time PCR assay. The high sensitivity and specificity observed with field samples as well as with artificially infected samples suggested that this method might be a useful tool for detection and quantification of R. solanacearum in precise forecast and diagnosis.

• 식물병연구
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• 제14권1호
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• pp.10-14
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• 2008

Ralstonia solanacearum에 의한 풋마름병은 세계적으로 치명적인 병해중의 하나이며 우리나라에서는 가지, 토마토, 감자, 고추 등 가지과 작물에 발병이 보고되어 있다. 2005년${\sim}$2006년 2년 동안 가지 주재배단지의 풋마름병 발생 포장에서 48개의 균주를 수집하여 분리 배양하였으며 R. solanacearum의 특이적인 flipcF/flipcR primer를 이용하여 PCR을 실시한 결과 470-bp의 풋마름병 특이적 밴드가 관찰되어 R. solanacearum으로 동정하였다. 분리 동정된 15균주로 각 기주별 병원성을 검정하였을 때 가지, 토마토에 병원성을 나타내었으나 고추는 저항성을 나타내었다. 가지 풋마름병원균의 biovar분화는 biovar 3, 4로 동정되었으며 특히 biovar 3는 가지 풋마름병 저항성 대목에 다소 강한 병원성을 나타내어 저항성대목의 육종이 필요한 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제30권1호
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• pp.1-9
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• 2020

키위 세균성 궤양병의 원인균인 Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 유전적으로 구별되는 다섯 개의 biovar (1, 2, 3, 5, 6)로 나뉘어 진다. 그 중 biovar 3에 속하는 균주가 2008년 이래 전세계적으로 대유행을 일으키고 있다. 본 연구의 목표는 우리나라에서 분리된 biovar 3균주들의 집단 구조를 밝히고 그들의 기원을 추적하는데 있다. 13개의 우리나라 대표 균주와 2개의 중국 균주를 포함하는 15개 biovar 3 균주의 유전적 다양성을 RAPD-PCR로 평가하였다. RAPD 결과 연구에 사용된 균주들은 8개로 나누어져 이들을 subgroup I - VIII로 명명하였다. Subgroups II와 III은 중국 균주로 우리나라에서 발견되지 않았다. 따라서 우리나라 biovar 3 균주는 유전적으로 구별되는 6개의 subgroup (I, IV, V, VI, VII, VIII)으로 구성되어 있음을 알 수 있었다. New Zealand와 Europe균주에 특이적인 각각의 프라이머를 사용하여 PCR을 수행했을 때 subgroups V와 VI에 속하는 균주가 예상했던 DNA 절편을 증폭시켜 이들이 각각 두 지역에서 유입된 균주임을 시사하였다. 우리나라에서 처음 발견된 biovar 3 균주인 subgroup VIII에 특이적인 프라이머를 개발하여 조사한 결과 이 subgroup 균주는 처음 출현한 이후 더 이상 발견되지 않았다.

• 생명과학회지
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• 제31권1호
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• pp.52-58
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• 2021

키위에 세균성 궤양병을 일으키는 Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 유전적 특성과 생산하는 독소에 따라 5개의 biovar (1, 2, 3, 5, 6)로 나누어진다. 그중 최근 전 세계적으로 유행하고 있는 biovar 3는 2011년부터 국내에서 분리되고 있다. RAPD 분석을 바탕으로 국내에서 분리된 biovar 3 균주는 6개의 subgroup (I, IV, V, VI, VII, VIII)으로 나누어진 바 있다. 본 연구에서는 차등되는 RAPD 밴드의 염기서열로부터 6개 subgroup 각각에 특이적인 SCAR primers를 개발하였다. 각 subgroup에 특이적인 이들 primers를 사용하여 2011-2017에 국내에서 분리한 biovar 3 균주들의 subgroup 분포를 조사하였다. 조사된 54개 균주 중 35개(64.8%)가 subgroup V에, 9개(16.7%) 균주가 subgroup IV, 4개(7.4%)가 subgroup VI, 3개(5.6%) 균주가 subgroup VII, 2개(3.7%)가 subgroup VIII, 그리고 1개(1.9%) 균주가 subgroup I에 속하였다. Subgroups IV, V 및 VI에 속하는 균주들은 각각 중국, 뉴질랜드, 칠레 균주와 연관이 있었다. 이 연구에 따르면 우리나라의 biovar 3 균주들은 유전적으로 다양하며 꽃가루를 통해 외국으로부터 유입된 것으로 추정된다.

• 식물병연구
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• 제28권1호
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• pp.26-31
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• 2022

Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa)는 키위에 세균성 궤양병을 일으키는 병원균이다. Psa 균주는 유전적 및 생화학적 특징에 따라 5개의 biovar로 나누어진다. 그중 biovar 2와 3이 국내에서 발견되어 광범위한 피해를 주고 있다. Psa를 방제하는 효율적인 방법 중 한가지는 streptomycin과 같은 항생제를 사용하는 것이다. 그러나, 이 항생제에 저항성을 갖는 균주가 국내에서 분리되었고, 선행 연구에서 biovar 2 균주의 저항성이 strA-strB 유전자에 의한 것으로 밝혀졌다. 본 연구에서는 Psa biovar 3 균주에서 streptomycin 저항성의 분자적 기작을 밝히고자 하였다. 실험실에서 선발된 streptomycin 저항성 균주의 리보솜 단백질 S12를 암호화하는 유전자인 rpsL의 염기서열을 결정한 결과, 43번째 또는 88번째 코돈에서 자연발생적 점 돌연변이가 일어난 것을 확인하였다. 한편, 두 곳의 키위 과수원에서 분리된 4개의 streptomycin 저항성 biovar 3 균주에서는 민감성 균주에서 AAA인 rpsL의 코돈 43이 AGA로 단일 염기 치환이 일어났고, 이는 아미노산을 lysine에서 arginine으로 변화시키게 된다. 국내에서 발견된 biovar 3 균주 모두의 저항성 기작은 rpsL 유전자의 돌연변이에 기인하였다.