Erythrobacter species are extensively studied marine bacteria that produce various carotenoids. Due to their photoheterotrophic ability, it has been suggested that they play a crucial role in marine ecosystems. It is essential to identify the genome sequence and the genes of the species to predict their role in the marine ecosystem. In this study, we report the complete genome sequence of the marine bacterium Erythrobacter sp. 3-20A1M. The genome size was 3.1 Mbp and its GC content was 64.8%. In total, 2998 genetic features were annotated, of which 2882 were annotated as functional coding genes. Using the genetic information of Erythrobacter sp. 3-20A1M, we performed pan-genome analysis with other Erythrobacter species. This revealed highly conserved secondary metabolite biosynthesis-related COG functions across Erythrobacter species. Through subsequent secondary metabolite biosynthetic gene cluster prediction and KEGG analysis, the carotenoid biosynthetic pathway was proven conserved in all Erythrobacter species, except for the spheroidene and spirilloxanthin pathways, which are only found in photosynthetic Erythrobacter species. The presence of virulence genes, especially the plant-algae cell wall degrading genes, revealed that Erythrobacter sp. 3-20A1M is a potential marine plant-algae scavenger.
The entomopathogenic fungus Cordyceps militaris is a valuable medicinal ascomycete, which degenerates frequently during subsequent culture. To avoid economic losses during industrialized production, scratching stimuli of mycelia was introduced to improve the fruiting body production. The present results indicated that higher yields and biological efficiency were obtained from two degenerate strains (YN1-14 and YN2-7) but not from g38 (an insertional mutant in Rhf1 gene with higher yields and shorter growth periods). Furthermore, the growth periods of the fruiting bodies were at least 5 days earlier when the mycelia were scratched before stromata differentiation. Three ROS-scavenging genes including Cu/Zn superoxide dismutase (CmSod1), Glutathione peroxidase (CmGpx), and Catalase A (CmCat A) were isolated and their expression profiles against scratching were determined in degenerate strain YN1-14 and mutant strain g38. At day 5 after scratching, the expression level of CmGpx significantly decreased for strain g38, but that of CmSod1 significantly increased for YN1-14. These results indicated that scratching is an effective way to promote fruiting body production of degenerate strain, which may be related at least with Rhf1 and active oxygen scavenging genes.
One of the main issues in natural resource economics is estimating the amount of stock and the biological growth functions of renewable natural resources. Since the stock level is not directly observed the usual econometric approaches cannot be employed for this purpose. The maximum entropy approach has been suggested as a useful alternative to estimate the dynamic model of natural resource use. This study estimates the stock and the growth function of Korean anchovy using the data for yield and yield efforts. The results show that the current level of anchovy yield exceeds its maximum sustainable yield, which implies that the stock will decrease substantially over time.
Asteroid specimens were collected using fishing nets from the East Sea, Korea. The specimens were identified as Solaster paxillatus Sladen, 1889, belonging to the family Solasteridae of the order Valvatida. This species can be distinguished from three other Korean Solaster species by having 10 arms; subambulacral spines comprising four or five near base of arm, six or seven in middle part, and five or six in distal part of arm; furrow spines comprising four or five near basal part and three or four in distal part of arm; and suboral spines comprising more than ten spinules. The morphological characteristics of this species were described with illustrations. Solaster paxillatus is first reported in marine fauna of Korea.
Sea stars were collected from the adjacent waters of Jukbyeon and Jumunjin, Korea, using fishing nets at depths of 70-100 m. The specimens were identified as Henricia perforata (O.F. Müller, 1776) in the family Echinasteridae and order Spinulosida, with worldwide species distribution. H. perforata can be distinguished from some morphologically related Henricia species by its long, slender, and pointed adambulacral spines. The abactinal skeleton of H. perforata has wide papular areas resembling those of H. pachyderma, but the former has more papulae (two to seven). Previously, two genera of Echinasteridae, Aleutihenricia and Henricia, with a total of 12 echinasterid species, have been reported in Korea. The morphological characteristics of H. perforata are described and photographs are provided.
Henricia specimen was collected from the East Sea of Korea using fishing nets. The specimen was identified as Henricia hayashii (Djakonov 1961), belonging to the family Echinasteridae of the order Spinulosida. This species can be distinguished from other Henricia species by slender arms (R/r=7.4), constricted arm base, six to thirty-five slender spinelets, open-meshed, reticulated abactinal skeleton comprising semi-triangular, rod-like form, and small ossicles present inside the papular areas. This species superficially resembles H. reniossa in terms of its body size but differs in the shape and arrangement of the abactinal and actinal plates. To date, two genera of Echinasteridae, Aleutihenricia and Henricia, including a total of 14 species, have been reported in Korea. Herein, the morphological characteristics of H. hayashii are described, and photographs are provided.
Henricia specimens were collected using fishing nets from the East Sea of Korea. The specimens were identified as Henricia oculata Pennant, 1777, belonging to the family Echinasteridae of the order Spinulosida. This species can be distinguished from other Henricia species by broad arms (R/r=4-4.1), rough skin, a thick arm base, three to nine minute delicate abactinal spines, and inferomarginal plates reniform in shape. This species superficially resembles H. pachyderma in its body size and wide papular areas but differs mainly in the number of papulae and abactinal spines, and the shape and arrangement of the inferomarginal plates. To date, two genera of Echinasteridae, Aleutihenricia and Henricia, with a total of 13 species, have been reported in Korea. The morphological characteristics of H. oculata are described, and photographs are provided.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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