Background: Scanning of the genome for selection signatures between breeds may play important role in understanding the underlie causes for observable phenotypic variations. The discovery of high density single nucleotide polymorphisms (SNPs) provide a useful starting point to perform genome-wide scan in pig populations in order to identify loci/candidate genes underlie phenotypic variation in pig breeds and facilitate genetic improvement programs. However, prior to this study genomic region under selection in commercially selected Berkshire and Korean native pig breeds has never been detected using high density SNP markers. To this end, we have genotyped 45 animals using Porcine SNP60 chip to detect selection signatures in the genome of the two breeds by using the $F_{ST}$ approach. Results: In the comparison of Berkshire and KNP breeds using the FDIST approach, a total of 1108 outlier loci (3.48%) were significantly different from zero at 99% confidence level with 870 of the outlier SNPs displaying high level of genetic differentiation ($F_{ST}{\geq}0.490$). The identified candidate genes were involved in a wide array of biological processes and molecular functions. Results revealed that 19 candidate genes were enriched in phosphate metabolism (GO: 0006796; ADCK1, ACYP1, CAMK2D, CDK13, CDK13, ERN1, GALK2, INPP1; MAK, MAP2K5, MAP3K1, MAPK14, P14KB, PIK3C3, PRKC1, PTPRK, RNASEL, THBS1, BRAF, VRK1). We have identified a set of candidate genes under selection and have known to be involved in growth, size and pork quality (CART, AGL, CF7L2, MAP2K5, DLK1, GLI3, CA3 and MC3R), ear morphology and size (HMGA2 and SOX5) stress response (ATF2, MSRB3, TMTC3 and SCAF8) and immune response (HCST and RYR1). Conclusions: Some of the genes may be used to facilitate genetic improvement programs. Our results also provide insights for better understanding of the process and influence of breed development on the pattern of genetic variations.
Pseudomonas의 분해계 플라스미드와 이들에 유용한 벡터를 개발하기 위해서 본 연구실에서 분리, 보존하고 있는 Pseudomonas 중에서 P.putita KU 190으로부터 하나의 플라스미드를 분리하여 그 특성을 해석코저 하였다. size marker로 RP4와 pSy343를 사용하여 플라스미드의 크기를 결정한 바 41Kb로 나타났으며, 이 플라스미드를 pKU 41라 명명하였다. 제한효소 Bglll, BamHl, Eco Rl, HindIII, Sall등으로 이 플라스미드를 소화하여 이들의 제한효소 pattern을 조사한 결과, Bg III가 1. BamHl 3, Hin dIll는 3, EcoRI은 6 그리고 SalI은 13개 이상의 절단부위를 가지고 있었다. 이 제한효소의 절단부위, 토막들의 크기로부터 BamHI, HindIII에 대한 지도를 작성하였다. 플라스미드의 생울학적 기능을 조사하기 위하여 탄화수소 자화능에 대한 큐어링 실험을 하였으나 이로부터 뚜렷한 관련성 여부를 관찰할 수 없었다.
Halogenated organic compounds, such as 1-bromobutane (1-BB), have been used as cleaning agents, agents for chemical syntheses or extraction solvents in workplace. In the present study, immunotoxic effects of 1-BB and its conjugation with glutathione (GSH) were investigated in female BALB/c mice. Animals were treated orally with 1-BB at 375, 750 and 1500 mg/kg in corn oil once for dose response or treated orally with 1-BB at 1500 mg/kg for 6, 12, 24 and 48 hr for time course. S-Butyl GSH was identified in spleen by liquid chromatography-electrospray ionization tandem mass spectrometry. Splenic GSH levels were significantly reduced by single treatment with 1-BB. S-Butyl GSH conjugates were detected in spleen from 6 hr after treatment. Oral 1-BB significantly suppressed the antibody response to a T-dependent antigen and the production of splenic intracellular interlukin-2 in response to Con A. Our present results suggest that 1-BB could cause immunotoxicity as well as reduction of splenic GSH content, due to the formation of GSH conjugates in mice. The present results would be useful to understand molecular toxic mechanism of low molecular weight haloalkanes and to develop biological markers for exposure to haloalkanes.
Background: A number of studies have reported associations between the ambient air pollution concentrations and various health outcomes. Especially, ozone is well known for primary risk factor of asthma attacks. The results of a recent study indicate that the size of the effect on health outcomes due to air pollution varied according to several conditions, including age, gender, race and the socioeconomic status. Therefore, this study was conducted to examine the associations of ozone with the childhood asthma hospitalizations as stratified by the socioeconomic status (SES) at the community level in Seoul, Korea, 2002. Methods: SES at aggregated levels was measured on the basis of average regional health-insurance rate per citizen in the area. We applied the generalized additive model to analyze the effect of ozone on asthma after controlling for the potential confounding variables that were capable of influencing the results. Results: Our analysis showed that the number of children who were hospitalized for asthma increased as the SES of the residence area decreased. The estimated relative risks of hospitalization for asthma, as stratified by the SES of the community level, were 1.12 (95% confidence interval 1.00-1.25) in districts with the highest SES levels, 1.24 (95% CI=1.08-1.43) within the moderate SES levels, and 1.32 (95% CI=1.11-1.58) in the districts with the lowest SES levels. Conclusions: Our analysis showed that exposure to air pollution did not equally affect the health status of individuals. This suggests that not only the biological-sensitivity markers, but also the SES of the subjects should be considered as potentially confounding factors.
Kim, Hee-Eun;Choi, Ye Hun;Choi, Kwang-Ho;Park, Ji Su;Kim, Hyeon Su;Jeon, Jun Hyeok;Heu, Min Soo;Shin, Dong-Seon;Lee, Joon-Hwa
한국자기공명학회논문지
/
제16권2호
/
pp.91-102
/
2012
Metabolomics is the systematic identification and quantification of all metabolites in an organism or biological sample. NMR has been used as a major application tool in plant metabolomics such as quality control, chemotaxonomy, and analysis of genetically modified plants. Herbal medicines are the important therapeutics and are used to manage common diseases such as cold, inflammation, pain, heart diseases, liver cirrhosis, diabetes and central nerve system diseases. Herb plants include various kinds of species such as geranium, mint, and thyme and so on and contain different kinds of metabolites. We performed NMR-based metabolomics study on the seven different species of herb plants using $^1H$ NMR experiments and OPLS-DA to understand the correlation between the classification of herb plants and their metabolite contents. This study showed clear metabolic discrimination among various herb plants. This metabolmics study found several diagnostic NMR signals which are able to be used as bio-markers for identification of the specific herb plants among various species. Clear metabolic discrimination of herb plants suggests three chemotaxonomic groups of herb species.
Purpose: This study was a cross-sectional study comparing differences in self-management knowledge, self-management, physiologic indexes, and symptoms experience for two methods of dialysis. Methods: Participants were 90 patients on hemodialysis and 91 on peritoneal dialysis at A hospital. Results: There was no significant difference between the two groups for knowledge of self-management. A comparison of the categories in the evaluation of self-management showed that patients in the peritoneal dialysis group took better care of their dialysis access route (F=17.61, p<.001) and dialysis schedule (F=4.30, p=.040). The physiologic indexes between the two dialysis groups showed that hemoglobin levels were higher in the hemodialysis group (F=5.28, p=.023). The product of serum calcium and phosphate was higher in the peritoneal dialysis group (F=11.42, p=.001). Serum sodium level was also higher in the peritoneal dialysis group (t=5.36, p<.001) while serum albumin level (t=-3.36, p=.001) and mean arterial blood pressure (t=-2.50, p=.013) were higher in hemodialysis patients. There were no significant differences in the proportion of uncomfortable experiences between the two groups. Conclusion: Medical personnel should consider differences in self-management knowledge/self-management, physiologic indexes, and symptoms experience for hemodialysis and peritoneal dialysis populations, and should provide adequate education accordingly and promote behavioral change to improve physiologic indexes and reduce symptoms.
Objectives: Chronic obstructive pulmonary disease(COPD) is an important cause of mortality in workers exposed to hazardous dust, such as crystalline silica or coal, and COPD is related to inflammation and oxidative stress in the lung. The aim of this study was to evaluate the association of oxidative stress and inflammation to COPD in retired workers exposed to mineral dust. Methods: The levels of malondialdehyde(MDA) in EBC as biomarkers for oxidative stress and C-reactive protein(CRP) and lactate dehydrogenase(LD) as biomarkers for inflammation were measured in 107 male subjects(63 pneumoconiosis and 42 COPD subjects). Results: Mean levels of EBC MDA(2.03 nmol/L vs. 4.65 nmol/L, p=0.010) and serum LD(170.3 U/L vs. 185.9 U/L, p=0.022) were significantly higher in subjects with COPD, but mean levels of serum CRP(p=0.469) did not show a statistical difference between the study groups. Level of EBC MDA was negatively correlated with ${%}FEV_1$ predicted(r=-0.279, p=0.004) and ${%}FEV_1/FVC$ ratio(r=-0.397, p<0.001). Conclusions: These results suggest that EBC is a useful biological matrix for investigation of respiratory oxidative stress. High levels of EBC MDA and serum LD are related to COPD in retired workers exposed to mineral dust.
Background: Serum-based parameters are considered non-invasive biomarkers for cancer detection. In human studies, insulin-like growth factor-I and II (IGF-I and IGF-II) and insulin-like growth factor binding protein-3 (IGFBP-3) are useful as diagnostic or prognostic markers and potential therapeutic targets. Objectives: This study examined the diagnostic utility of circulating IGF-I, IGF-II, and IGFBP-3 levels in healthy dogs and dogs with tumors. Methods: The serum concentrations of these biomarkers in 86 dogs with tumors were compared with those in 30 healthy dogs using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Results: The ELISA results showed no difference between healthy dogs and dogs with tumors in the serum IGF-II concentrations. On the other hand, there was a significant difference in the circulating IGF-I and IGFBP-3 levels between healthy dogs and dogs with tumors. The concentrations of serum IGF-I (median [interquartile range], 103.4 [59.5-175] ng/mL) in dogs with epithelial tumors were higher than those (58.4 ng/mL [43.5-79.9]) in healthy dogs. Thus, the concentrations of serum IGFBP-3 (43.4 ng/mL [33.2-57.2]) in dogs with malignant mesenchymal tumors were lower than those (60.8 ng/mL [47.6-70.5]) in healthy dogs. Conclusions: The serum IGF-I and IGFBP-3 levels can be used as diagnostic biomarkers in dogs with tumors.
Baek, Ji Hyun;Heo, Jung-Yoon;Fava, Maurizio;Mischoulon, David;Choi, Kwan Woo;Na, Eun Jin;Cho, Hana;Jeon, Hong Jin
Journal of Ginseng Research
/
제43권3호
/
pp.402-407
/
2019
Background: To investigate the neurobiological evidence supporting the adaptogenic effects of Korean Red Ginseng in reducing the harmful consequences of stress using a double-blind, placebo-controlled trial. Method: Sixty-three subjects with high stress levels were randomized to receive an orally administered, double-blind, 6-week treatment with Korean Red Ginseng (n = 32) or placebo (n = 31). All participants underwent a comprehensive psychological evaluation using Beck Depression Inventory and Stress Response Inventory, cognitive evaluation using the continuous performance test, biological evaluation by measuring blood levels of lipids, catecholamines, inflammation markers, and heart rate variability at baseline and after 6 weeks. Results: At baseline, both groups showed no significant differences in age, sex, years of education, Beck Depression Inventory, and Stress Response Inventory. After 6 weeks, triglyceride levels were significantly increased within the normal limit in the Korean Red Ginseng group (F = 4.11, p = 0.048), and the epinephrine level was decreased in this group (F = 4,35, p = 0.043). The triglyceride increase was significantly associated with epinephrine decrease (B = 0.087, p = 0.041), suggesting that Korean Red Ginseng may stabilize the sympathetic nervous system. In addition, we detected a significant group by time effect in the visually controlled continuous performance test, suggesting positive effects of Korean Red Ginseng on cognition. Conclusion: Korean Red Ginseng might help to stabilize the sympathetic nervous system and improve cognition in individuals with high stress.
Lee, Song Hee;Ali, Asjad;Ha, Byeongsuk;Kim, Min-Keun;Kong, Won-Sik;Ryu, Jae-San
Mycobiology
/
제47권2호
/
pp.200-206
/
2019
Allelic differences in A and B mating-type loci are a prerequisite for the progression of mating in the genus Pleurotus eryngii; thus, the crossing is hampered by this biological barrier in inbreeding. Molecular markers linked to mating types of P. eryngii KNR2312 were investigated with randomly amplified polymorphic DNA to enhance crossing efficiency. An A4-linked sequence was identified and used to find the adjacent genomic region with the entire motif of the A locus from a contig sequenced by PacBio. The sequence-characterized amplified region marker $7-2_{299}$ distinguished A4 mating-type monokaryons from KNR2312 and other strains. A BLAST search of flanked sequences revealed that the A4 locus had a general feature consisting of the putative HD1 and HD2 genes. Both putative HD transcription factors contain a homeodomain sequence and a nuclear localization sequence; however, valid dimerization motifs were found only in the HD1 protein. The ACAAT motif, which was reported to have relevance to sex determination, was found in the intergenic region. The SCAR marker could be applicable in the classification of mating types in the P. eryngii breeding program, and the A4 locus could be the basis for a multi-allele detection marker.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.