• 제목/요약/키워드: Biological Information Retrieval System

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EST Knowledge Integrated Systems (EKIS): An Integrated Database of EST Information for Research Application

  • Kim, Dae-Won;Jung, Tae-Sung;Choi, Young-Sang;Nam, Seong-Hyeuk;Kwon, Hyuk-Ryul;Kim, Dong-Wook;Choi, Han-Suk;Choi, Sang-Heang;Park, Hong-Seog
    • Genomics & Informatics
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    • 제7권1호
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    • pp.38-40
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    • 2009
  • The EST Knowledge Integrated System, EKIS (http://ekis.kribb.re.kr), was established as a part of Korea's Ministry of Education, Science and Technology initiative for genome sequencing and application research of the biological model organisms (GEAR) project. The goals of the EKIS are to collect EST information from GEAR projects and make an integrated database to provide transcriptomic and metabolomic information for biological scientists. The EKIS constitutes five independent categories and several retrieval systems in each category for incorporating massive EST data from high-throughput sequencing of 65 different species. Through the EKIS database, scientists can freely access information including BLAST functional annotation as well as Genechip and pathway information for KEGG. By integrating complex data into a framework of existing EST knowledge information, the EKIS provides new insights into specialized metabolic pathway information for an applied industrial material.

The BIOWAY System: A Data Warehouse for Generalized Representation & Visualization of Bio-Pathways

  • Kim, Min Kyung;Seo, Young Joo;Lee, Sang Ho;Song, Eun Ha;Lee, Ho Il;Ahn, Chang Shin;Choi, Eun Chung;Park, Hyun Seok
    • Genomics & Informatics
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    • 제2권4호
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    • pp.191-194
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    • 2004
  • Exponentially increasing biopathway data in recent years provide us with means to elucidate the large-scale modular organization of the cell. Given the existing information on metabolic and regulatory networks, inferring biopathway information through scientific reasoning or data mining of large scale array data or proteomics data get great attention. Naturally, there is a need for a user-friendly system allowing the user to combine large and diverse pathway data sets from different resources. We built a data warehouse - BIOWAY - for analyzing and visualizing biological pathways, by integrating and customizing resources. We have collected many different types of data in regards to pathway information, including metabolic pathway data from KEGG/LIGAND, signaling pathway data from BIND, and protein information data from SWISS-PROT. In addition to providing general data retrieval mechanism, a successful user interface should provide convenient visualization mechanism since biological pathway data is difficult to conceptualize without graphical representations. Still, the visual interface in the previous systems, at best, uses static images only for the specific categorized pathways. Thus, it is difficult to cope with more complex pathways. In the BIOWAY system, all the pathway data can be displayed in computer generated graphical networks, rather than manually drawn image data. Furthermore, it is designed in such a way that all the pathway maps can be expanded or shrinked, by introducing the concept of super node. A subtle graphic layout algorithm has been applied to best display the pathway data.

생체 기반 시각정보처리 동작인식 모델링 (A Bio-Inspired Modeling of Visual Information Processing for Action Recognition)

  • 김진옥
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제3권8호
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    • pp.299-308
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    • 2014
  • 신체 동작, 얼굴 표정과 같이 아주 복잡한 생체 패턴을 인식하고 분류하는 인간의 능력을 모방한 정보처리 컴퓨팅 관련 연구가 최근 다수 등장하고 있다. 특히 컴퓨터비전 분야에서는 인간의 뛰어난 인지 능력 중 상황정보 없이 시각시퀀스에서 동작을 분류하는 기능을 통해 시공간적 패턴 코딩과 빠른 인식 방법을 이해하고자 한다. 본 연구는 비디오 시퀀스상의 동작인식에 생물학적 시각인지과정의 영향을 받은 생체 기반 컴퓨터비전 모델을 제시하였다. 제안 모델은 이미지 시퀀스에서 동작을 검출하고 시각 패턴을 판별하는 데 생체 시각처리과정의 신경망 구조 단계를 반영하였다. 실험을 통해 생체 기반 동작인식 모델이 인간 시각인지 처리의 여러 가지 속성을 고려했을 뿐 아니라 기존 동작인식시스템에 비해 시간 정합성이 뛰어나며 시간 변화에 강건한 분류 능력을 보임을 알 수 있다. 제안 모델은 지능형 로봇 에이전트와 같은 생체 기반 시각정보처리 시스템 구축에 기여할 수 있다.

에이전트를 이용한 사용자 중심의 개인용 생물학 검색시스템 (User-Centric Personal Biological Retrieval System Using Agents)

  • 김영억;정광수;류근호
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2005년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.32 No.1 (B)
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    • pp.76-78
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    • 2005
  • 생명정보 분야의 발전과 더불어 과거 축적되어 온 방대한 양의 생물학 데이터들이 이질적인 형태로 데이터베이스화 되어있다 특히, 인간게놈프로젝트의 완료 후에 유전자 및 단백질의 기능을 밝히기 위한 지노믹스 및 프로테오믹스 연구가 활발해졌다. 새로운 생물학적 과정을 탐색하기 위해서는 기존에 존재하는 생물학 데이터베이스의 데이터를 수집하기 위한 기술적인 검색 능력이 필요하다. 전산지식이 부족한 대부분의 생물학자들은 공개용 데이터베이스로부터 필요한 정보를 획득하는데 어려움을 격고 있다. 각 분야의 생물학자들이 공개용 데이터베이스로부터 자신의 분야에 관련된 데이터를 검색?추출하는 작업을 수월하게 해 줄 검색 시스템이 필요하다. 따라서, 에이전트를 이용하여 공개용 데이터베이스로부터 정보를 수집하는 사용자 중심의 개인용 검색시스템을 제안하고자 한다. 또한, 검색시스템을 이용하여 생물학자가 지노믹스와 프로테오믹스의 실험적인 접근을 위해 원하는 많은 양의 특정 도메인의 데이터를 검색하고 질의된 결과를 개인 컴퓨터에 2차 데이터베이스를 만들어 저장한다. 사용자에 의해 생성된 특정 분야의 도메인인 2차 데이터베이스를 통해 데이터의 접근의 편리성과 생물학 정보의 분석의 용이성을 얻을 수 있다.

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해양환경 포탈서비스시스템 구축과 운영 (Development and Operation of Marine Environmental Portal Service System)

  • 최현우;권순철
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2003년도 춘계종합학술대회
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    • pp.338-341
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    • 2003
  • MEPS는 해양환경 컨텐츠의 효율적인 운영을 위해 체계적인 시스템 설계를 거천 Oracle RDBMS를 구축하였으며, Web 기반의 사이트 구성은 다양한 컨텐츠의 기획 개발을 통해 뉴스(국내, 국외, 기관 소식, 취업정보), 커뮤니티(포럼, 게시판), 행사일정, POLL, 관련사이트 등과 국내 관련사이트의 웹페이지별 내용을 분류하여 정리한 해양환경정보검색 둥 포탈로써 갖춰야 할 기본 메뉴와 MEPS DB(전문자료, 법규, 국제기구활동), 멀티미디어 DB(온라인세미나, 해양상징이미지), 해양환경퀴즈 DB 등 컨텐츠 개발을 통한 DB체계로 이루어졌다. 또한, 지리적으로 분산된 지역DB로써 해양조사자료를 저장, 관리하는 관련기관들의 정보시스템을 통합연계한 분산DB 해양자료(해양수질, 해양생태)를 통합 검색하여 정점도, 통계치 및 그래프 등으로 출력되는 인터페이스를 개발하여 정보공동 활용을 위한 기반체계를 구현하였다. 사이트 오픈 후 지속적인 컨텐츠 갱신과 국내 검색엔진사이트 등록, 리플렛 제작ㆍ배포, web-mail 서비스 등의 능동적인 홍보활동을 수행함은 물론, 향후 컨텐츠 개발을 위한 기획과 운영체제 유지관리에 활용키 위한 사용자 행동패턴을 모니터링이 수반되어야 할 것이다.

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질병 검색 서비스를 위한 디렉토리 시스템 설계 및 구현 (Design and Implementation of a Directory System for Disease Retrieval Services)

  • 여명호;이윤경;노규종;박형순;김학신;박준호;강태호;김학용;유재수
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2009년도 춘계 종합학술대회 논문집
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    • pp.709-714
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    • 2009
  • 생명 공학 분야의 연구는 대용량의 데이터 처리를 요구한다. 과거 실험을 통해 접근하던 방식에서 벗어나 최근 IT 기술의 결합을 통해 다양한 실험 데이터를 공유하고, 연계함으로써 연구를 가속화하고 있다. 질병에 대한 연구는 생명 공학의 큰 테마 중 하나이다. 질병 데이터를 분류하고, 웹을 통해 데이터를 제공하는 다양한 서비스가 존재한다. 하지만, 기존 서비스들은 각기 다른 분류 방법을 가지고 있으며, 고차원 처리를 요구하는 신규 서비스와 연계하기 위한 인프라의 부재는 생명 공학 연구의 발전을 저해하는 요소로 작용하기도 한다. 본 논문에서는 이종의 질병 데이터베이스를 통합하기 위한 데이터 구조를 제안하고, 신규 서비스와 연계하기 위한 인프라로서 질병 디렉토리 시스템을 설계하고 구현한다.

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전자공학 및 전자기술의 역사, 현황 그리고 미래 (The history, present status and future perspective of electronics and electronic technologies)

  • 조규심
    • 기술사
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    • 제24권6호
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    • pp.106-112
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    • 1991
  • Electronics has different meanings to different people and in different countries. Hence, let me difine the term in the sense that it is used here. Electronics in the science and the technology of the passage of charged particles in a gas, in a vacumn, or in a semiconductor. The beginning of electronics came in 1895 when H. A. Lorentz postulated the existence of discrete charges called electrons. Two years later J.J. Thompson found these electrons experimentally. In the same year (1897) Braun built what was probaly the first electron tube, essentially a primitive cathode-ray tube. It was not until the start of the 20th century that electronics began to take technological shape. In 1904 Fleming invented the diode which he called a valve. This era begins with the invention of the transistor about 30 years ago. The history of this invention is interesting. M.J. Kelly, director of research(and later president of Bell Laboratories), had the foresight to realize that the telephone system needed electronic switching and better amplifiers. Vacuum tubes were not very reliable, principally because they generated a great deal of heat even when they were not being used, and, particularly, because filaments burned out and the tubes had to be replaced. In 1945 a solid-state physics group wa formed. The foregoing completes the history of electronics and electronic industries up to 1978. There is already a start toward a merging of the computer and the communication industries which might be called information manipulation. This includes storage of information, sorting, computation, information retrieval, and transmission of data. This combination of the computer and the communication fields will penetrate many disciplines. Applications will be made in the fields of law, medicine, biological sciences, engineering, library services publishing banking, reservation systems, management control, education, and defense.

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세포 신호전달 경로 데이타베이스를 위한 데이타 모델링 (Data Modeling for Cell-Signaling Pathway Database)

  • 박지숙;백은옥;이공주;이상혁;이승록;양갑석
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제30권6호
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    • pp.573-584
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    • 2003
  • 최근 유전체학과 단백질체학 분야에서 생성되는 방대한 분량의 데이타로부터 생물학적 의미를 추출해내기 위한 생물정보학적인 도구들에 대한 필요성이 크게 대두되고 있다. 본 논문에서는 세포 신호전달 경로에 관한 정보를 효율적으로 표현, 저장함은 물론 저장된 데이타로부터 생물학적 의미를 추출할 수 있도록 하기 위한 다양한 요구 조건들을 생물학자의 관점에서 분석하고, 이들 요구조건을 체계적으로 반영하여 설계한 ROSPath 데이타베이스 시스템을 제안한다. ROSPath 데이타 모델에서는 향후의 확장성을 고려하여 불완전한 지식의 표현이 가능하도록 하며 인터넷상에서 기존의 다른 생화학 데이타베이스를 공유할 수 있는 연결성을 제공한다. 또한, 객체지향 모델을 이용하여 계층적인 구성을 제공함으로써 효율적인 검색을 지원한다. ROSPath 데이타 모델은 두 가지 주요 데이타 요소인 ‘바이오 개체’와 ‘상호작용’으로 정의된다. 바이오 개체는 세포 신호전달 경로에 관여하는 단백질과 단백질 상태 등과 같은 개개의 생화학적인 개체를 의미하고, 상호작용은 단백질 상태 전이나 화학 반응, 단백질-단백질 상호작용 등과 같은 바이오 개체들 간의 다양한 관계 및 신호전달과정을 설명한다. 제안된 ROSPath 데이타 모델을 이용하여 구성되는 복잡한 정보 네트워크는 다양한 생화학 프로세스들을 기술하고 분석하는 데에 활용할 수 있다.

THE CURRENT STATUS OF BIOMEDICAL ENGINEERING IN THE USA

  • Webster, John G.
    • 대한의용생체공학회:학술대회논문집
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    • 대한의용생체공학회 1992년도 춘계학술대회
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    • pp.27-47
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    • 1992
  • Engineers have developed new instruments that aid in diagnosis and therapy Ultrasonic imaging has provided a nondamaging method of imaging internal organs. A complex transducer emits ultrasonic waves at many angles and reconstructs a map of internal anatomy and also velocities of blood in vessels. Fast computed tomography permits reconstruction of the 3-dimensional anatomy and perfusion of the heart at 20-Hz rates. Positron emission tomography uses certain isotopes that produce positrons that react with electrons to simultaneously emit two gamma rays in opposite directions. It locates the region of origin by using a ring of discrete scintillation detectors, each in electronic coincidence with an opposing detector. In magnetic resonance imaging, the patient is placed in a very strong magnetic field. The precessing of the hydrogen atoms is perturbed by an interrogating field to yield two-dimensional images of soft tissue having exceptional clarity. As an alternative to radiology image processing, film archiving, and retrieval, picture archiving and communication systems (PACS) are being implemented. Images from computed radiography, magnetic resonance imaging (MRI), nuclear medicine, and ultrasound are digitized, transmitted, and stored in computers for retrieval at distributed work stations. In electrical impedance tomography, electrodes are placed around the thorax. 50-kHz current is injected between two electrodes and voltages are measured on all other electrodes. A computer processes the data to yield an image of the resistivity of a 2-dimensional slice of the thorax. During fetal monitoring, a corkscrew electrode is screwed into the fetal scalp to measure the fetal electrocardiogram. Correlations with uterine contractions yield information on the status of the fetus during delivery To measure cardiac output by thermodilution, cold saline is injected into the right atrium. A thermistor in the right pulmonary artery yields temperature measurements, from which we can calculate cardiac output. In impedance cardiography, we measure the changes in electrical impedance as the heart ejects blood into the arteries. Motion artifacts are large, so signal averaging is useful during monitoring. An intraarterial blood gas monitoring system permits monitoring in real time. Light is sent down optical fibers inserted into the radial artery, where it is absorbed by dyes, which reemit the light at a different wavelength. The emitted light travels up optical fibers where an external instrument determines O2, CO2, and pH. Therapeutic devices include the electrosurgical unit. A high-frequency electric arc is drawn between the knife and the tissue. The arc cuts and the heat coagulates, thus preventing blood loss. Hyperthermia has demonstrated antitumor effects in patients in whom all conventional modes of therapy have failed. Methods of raising tumor temperature include focused ultrasound, radio-frequency power through needles, or microwaves. When the heart stops pumping, we use the defibrillator to restore normal pumping. A brief, high-current pulse through the heart synchronizes all cardiac fibers to restore normal rhythm. When the cardiac rhythm is too slow, we implant the cardiac pacemaker. An electrode within the heart stimulates the cardiac muscle to contract at the normal rate. When the cardiac valves are narrowed or leak, we implant an artificial valve. Silicone rubber and Teflon are used for biocompatibility. Artificial hearts powered by pneumatic hoses have been implanted in humans. However, the quality of life gradually degrades, and death ensues. When kidney stones develop, lithotripsy is used. A spark creates a pressure wave, which is focused on the stone and fragments it. The pieces pass out normally. When kidneys fail, the blood is cleansed during hemodialysis. Urea passes through a porous membrane to a dialysate bath to lower its concentration in the blood. The blind are able to read by scanning the Optacon with their fingertips. A camera scans letters and converts them to an array of vibrating pins. The deaf are able to hear using a cochlear implant. A microphone detects sound and divides it into frequency bands. 22 electrodes within the cochlea stimulate the acoustic the acoustic nerve to provide sound patterns. For those who have lost muscle function in the limbs, researchers are implanting electrodes to stimulate the muscle. Sensors in the legs and arms feed back signals to a computer that coordinates the stimulators to provide limb motion. For those with high spinal cord injury, a puff and sip switch can control a computer and permit the disabled person operate the computer and communicate with the outside world.

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