• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제21권8호
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• pp.777-790
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• 2011

To elucidate the biodiversity of plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) in Korea, 7,638 bacteria isolated from the rhizosphere of plant species growing in many different regions were screened. A large number of PGPR were identified by testing the ability of each isolate to promote the growth of cucumber seedlings. After redundant rhizobacteria were removed via amplified rDNA restriction analysis, 90 strains were finally selected as PGPR. On the basis of 16S ribosomal RNA sequences, 68 Gram-positive (76%) and 22 Gram-negative (24%) isolates were assigned to 21 genera and 47 species. Of these genera, Bacillus (32 species) made up the largest complement, followed by Paenibacillus (19) and Pseudomonas (11). Phylogenetic analysis showed that most of the Grampositive PGPR fell into two categories: low- and high- G+C (Actinobacteria) strains. The Gram-negative PGPR were distributed in three categories: ${\alpha}$-proteobacteria, ${\beta}$- proteobacteria, and ${\gamma}$-proteobacteria. To our knowledge, this is the largest screening study designed to isolate diverse PGPR. The enlarged understanding of PGPR genetic diversity provided herein will expand the knowledge base regarding beneficial plant-microbe interactions. The outcome of this research may have a practical effect on crop production methodologies.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2002년도 추계학술대회
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• pp.100-105
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• 2002

The diversity of epiphytic bacterial communities on deciduous oak tree (Quercus dentate Thunb.) leaves was examined both in the natural forest area with a clean air and in the industrial estate to assess effects of acidic deposition to the phyllosphere using 16S rDNA sequence data. In addition, acid-tolerant epiphytic bacterial communities were compared. A total of 78 epiphytic and 444 acid-tolerant clones were obtained from clone libraries, resulting in 20 and 17 phylotypes by analysis of restriction fragment length polymorphism (RFLP) for PCR-amplified 16S rDNA products. A low bacterial diversity in both areas was found. As tree leaves grow older, bacterial diversities were slightly increased in the level of subphylum. The community structure of epiphytic bacteria in both areas in April consisted of only two subphyla, $\beta-and\;\gamma-Proteobacteria$. In August two additional subphyla in both areas were found, but the composition was a little different, Acidobacteria and Cytophaga-Flexibacter-Bacteroids (CFB) group in the industrial estate and a -Proteobacteria and CFB group in the natural area, respectively. Acidobacteria could be an indicator of epiphytic bacteria for acidic deposition on plant leaves, whereas a -Proteobacteria be one of epiphytic bacteria that naturally survive on leaves that are not affected by acidic deposition. The acid-tolerant bacterial communities in April were composed of two subphyla, $\gamma-Proteobacteria$ and Low G+C gram-positive bacteria in both areas, and in August a-Proteobacteria was added to the community just in the natural forest area. The direct influence of acidic deposition on the acid-tolerant bacterial phylogenetic composition could not be detected in higher taxonomic levels such as subphylum, but at narrower or finer levels it could be observed by a detection of Xanthomonadales group of $\gamma-Proteobacteria$ just in the industrial estate.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제27권8호
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• pp.525-532
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• 2024

The strategy of cultivating healthy fish by manipulating their gut microbiota composition using probiotics is crucial for establishing sustainable fish farms. Information on the gut microbiota composition of healthy fish is important for the efficient development of probiotics and the aquaculture strategies that would apply them. This study assessed the gut microbiota composition of farmed olive flounder according to the growth stage to provide useful information for the development of probiotics. The fish were classified according to their weight, and the intestines of five juveniles weighing less than 100 g and five subadults weighing between 400 and 800 g were used for analysis. The results of alpha diversity analysis confirmed higher richness and diversity in the subadult group than in the juvenile group. Beta diversity analysis revealed clear boundaries and distances between the groups; however, individuals within each group were similar. The two groups showed marked differences in their gut microbiota composition. Phylum-level analysis revealed that the most abundant phylum was Proteobacteria in the juvenile group and Firmicutes in the subadult group. Notably, genus-level analysis revealed that Vibrio accounted for more than 50% of the total composition in the juvenile group. Linear discriminant analysis effect size revealed that the genera Vibrio, Photobacterium, and Leuconostoc were representative of the juvenile group, whereas 19 genera, including Lactococcus and Vagococcus, were representative of the subadult group. Thus, information on the representative microorganisms abundantly present in the intestines of healthy olive flounder can be considered for the selection and development of a probiotic genus for olive flounder farming.

• 통합자연과학논문집
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• 제6권4호
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• pp.193-196
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• 2013

Haemoglobin is an interesting physiologically significant protein composed of specific functional prosthetic haem and globin moieties. In recent decades, there has been substantial interest in attempting to understand the structural basis and functional diversity of avian haemoglobins (Hbs). Towards this end, purification, crystallization, preliminary X-ray diffraction and molecular-replacement studies have been carried out on Amaurornis phoenicurus Hb. Crystals were grown by the hanging drop vapor-diffusion method using PEG 2000 and NaCl as precipitants. The crystals belonged to the primitive monoclinic system $P2_1$, with unit-cell parameters $a=65.33{\AA}$, $b=93.14{\AA}$, $c=98.54{\AA}$, ${\beta}=100.48^{\circ}$; a complete data set was collected to a resolution of $2.6{\AA}$. The Matthews coefficient of $2.30{\AA}^3Da^{-1}$ for the crystal indicated the presence of two ${\alpha}_2{\beta}_2$ tetramers in the asymmetric unit.

• Mycobiology
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• 제46권4호
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• pp.297-304
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• 2018

Two new records of Trichocomaceae, namely Aspergillus allahabadii and Penicillium sizovae, were isolated in 2016 during a survey of fungal diversity in different crop fields locations in Gyeongnam, Korea. These species were identified based on morphological characters and phylogenetic analysis using internal transcribed spacer region and ${\beta}-tubulin$-encoding gene sequence data. A. allahabadii and P. sizovae have not yet been reported in Korea. Thus, this is the first report of these species in Korea, and their descriptions as well as details of their morphological characters are presented.

• 한국균학회지
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• 제47권2호
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• pp.105-112
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• 2019

A unrecorded species of Trichocladium, Trichocladium griseum, was isolated in 2017 during a survey of fungal diversity in Ulsan province, South Korea. This species was identified based on morphological characteristics and phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer (ITS) rDNA and ${\beta}-tubulin$ gene sequences. T. griseum has not yet been reported in South Korea. Thus, we report for the first time a new record of Trichocladium griseum in Korea, and we include the descriptions and morphological illustrations of this fungus.

• 생태와환경
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• 제56권2호
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• pp.172-186
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• 2023

불안정한 천이양상을 보이는 소형 호소는 대형 호소에 비해 동물플랑크톤 군집 동태 연구가 미진한 상황이다. 최근 지역 생물다양성 보전의 측면에서 소형 호소의 존재 가치가 부각되면서 생물 군집 동태 대한 이해의 필요성이 강조되고 있다. 본 연구는 세 소형 호소의 출현 동물플랑크톤을 월별로 채집하여 계절별 군집 동태를 분석하였다. 소형 호소의 복잡한 동물플랑크톤 군집 동태를 파악하기 위해 종 출현 패턴을 기반, 4개의 그룹(LALF Group, Low Abundance Low Frequency; LAHF Group, Low Abundance High Frequency; HALF Group, High Abundance Low Frequency; HAHF Group, High Abundance High Frequency)으로 그룹화하였다. 그룹 간 계절적 패턴을 비교하였으며, 각 그룹의 시간적 베타 다양성 기여도를 기반으로 한 다양성을 산출했다. 분석 결과 같은 출현량 경향을 보이지만 상반된 출현 빈도를 보이는 그룹 간의 관계가 있는 것으로 나타났으며, Nauplius가 세 호소공통으로 높은 출현량과 빈도를 보이는 종으로 나타났다. 적은 개체수를 보이면서 출현 빈도 역시 드물게 나오는 종들이 포함된 그룹인 LALF 그룹에 속한 종이 월별 천이와 다양도에 핵심인 것으로 분석되었으며 해당 그룹에는 Anuraeopsis fissa, Hexarthra mira 및 Lecane luna가 포함되었다. 한편 연중 특정 시기에만 출현하여 수체를 우점하는 종들이 포함된 그룹인 HALF 그룹이 호소 공통적으로 시간적 다양성을 저해하는 것으로 분석되었다. 본 연구의 결과를 통해 종 특이적인 출현 패턴이 연내 군집의 생물다양성에 기여하는 종을 분석하는 데 있어서 핵심적으로 작용할 수 있음을 제안한다.

• 생명과학회지
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• 제33권7호
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• pp.565-573
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• 2023

숙주 동물과 동물의 장내 미생물의 건강 또는 생산성에 대한 연구결과를 미루어 볼 때, 가축 동물의 장내 미생물에 대한 연구는 매우 중요하다. 본 연구는 국내에서 사육되는 젖소 중 홀스타인 종과 저지종 젖소의 장내 미생물을 분석하고 차세대 염기서열 분석을 통해 젖소 종에 따른 장내 미생물 군집 구조의 차이를 규명하고자 하였다. 젖소의 원유 생산과 관련있는 것으로 알려진 종 풍부도와 종 다양성 지수 분석 결과 대부분의 풍부도 및 다양성 지수가 홀스타인 종 보다 저지 종에서 유의한 수준으로 높은 것으로 나타났으나, 종 간의 계통학적 거리를 합산하여 산출되는 phylogenetic diversity 지수는 낮은 것으로 나타났다. 미생물 분포 분석 결과 홀스타인과 저지 종의 두 집단 장내 미생물 군집 구조가 다른 것으로 나타났다. 두 종의 젖소에서 과(family) 수준의 다양한 장내 미생물간의 분포에 상관관계가 있는 것으로 나타났으며, 특히 저지 종의 장내 미생물은 다양한 미생물 분포 사이에 매우 유의한 수준의 상관관계가 있는 것으로 나타났다. 두 종의 젖소 장내 미생물 구조에 차이가 있는지 확인하기 위해 beta-diversity 분석을 수행하였으며, PCoA 분석과 UPGMA clustering 분석 결과 두 그룹의 cluster가 명확히 분리되는 것을 시각적으로 확인하였으며, PERMANOVA 분석 결과 두 종의 장내 미생물 군집 구조가 통계적으로 매우 유의한 수준의 차이가 있는 것으로 나타났다. 두 젖소 종의 장내 미생물 군집 구조 차이에 기여하는 미생물을 확인하기 위해 LEfSe 분석을 수행하였으며, 그 결과 Firmicutes, Bacilli, Moraxellaceae, Pseudomonadales 등의 상대적인 미생물 분포 차이가 두 그룹간 장내 미생물 군집 구조 차이에 가장 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다.

• 생태와환경
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• 제55권1호
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• pp.84-98
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• 2022

하구 생태계는 담수와 해수의 혼합으로 형성되는 전이수역(transitional waters)이라는 특이성을 가지며, 염분 및 영양염 농도와 같은 수질 환경이 서로 다른 다양한 서식처를 구성하고 있어 생물 다양성 측면에서 매우 중요하게 여겨진다. 하구 순환은 수질은 물론 하상과 같은 물리학적 환경의 구배(gradient)를 유발하여 최종적으로 생물 군집 조성에 영향을 주는 주요 기작으로, 순환이 단절될 경우 기수역 형성을 저해하고 생물의 이동을 차단하게 되어 생물상의 공간 분포, 즉 다양성에 영향을 미치게 된다. 본 연구에서는 하구 수생태계 건강성 평가 대상 지점 중 상류부터 하류까지 공간 구배에 따른 생물 다양성 평가가 가능한 복수 지점들로 구성된 하구를 선별하여 부착돌말류, 저서성 대형무척추동물 및 어류 군집을 대상으로 α-, γ- 및 β-다양성을 산출, 그 경향을 파악하여 열린하구와 닫힌하구 간 비교를 통해 하구 순환 유지·단절에 따른 하구 구간 내 종 다양성 변동 경향을 파악하였다. 그 결과, 모든 분류군에서 하구를 포함한 하천 구간 전체의 종 다양성을 나타내는 γ-다양성이 닫힌하구와 비교했을 때 열린하구에서 평균적으로 높은 경향이 나타났으며, 구간 내 지점 간 종 다양성 변동을 의미하는 β-다양성의 경우, 저서생물에서만 열린·닫힌하구 간 차이가 비교적 뚜렷하게 나타나 하구 순환 단절이 하구 구간 내 지점들 간 저서생물 종 조성 및 풍부도의 공간적 이질성(heterogeneity)을 감소시키는 요인으로 작용한 것으로 판단된다. 수질 환경 구배에 따른 각 생물 군집의 하구 구간 내 지점별 α-다양성 및 β-다양성에 기여하는 정도(LCBD, LCBDt, LCBDn)의 반응을 파악하고자 상관관계 분석을 실시한 결과, 열린하구 대비 닫힌하구에서 대체로 보다 높은 상관계수(r)가 분석되었으며 두 하구 유형에서 보여지는 상관관계가 상반되는 경향을 보였으나, 대부분 r 값이 ±0.4 이하로 지점별 다양성 지수와 환경 요인 간에는 뚜렷한 상관성은 나타나지 않았다. 향후 생물 기능군(functional group), 생활사와 같은 군집별 특성을 고려하여 다양성에 영향을 줄 수 있는 서식처 환경요인(예: 유속, 하상)들과의 추가적인 관계 분석을 통해 하구 순환 유지 여부에 따른 생물 군집의 반응을 이해한다면 생물 다양성 관리에 활용 가능할 것으로 판단된다. 한편, 본 연구에서는 분석 대상 하구의 생물 다양성 현황을 바탕으로 형산강 및 교성천 하구에서 부착돌말류, 발안천 하구에서 저서생물, 교청선, 불갑천 및 판교천(서천) 하구에서 어류 군집의 γ- 및 β-다양성이 낮게 나타나는 것을 파악하였으며, 이러한 현황 파악은 지속적으로 하구 수생태 모니터링을 수행하는데 있어 생물 다양성 측면에서 건강성 유지를 위한 하구 생태계 관리에 중요한 자료로 활용될 수 있도록 하였다.

• 한국균학회지
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• 제25권4호통권83호
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• pp.320-329
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• 1997

병든 오이, 토마토, 딸기로부터 분리한 Botrytis cinerea을 Paul(1928)의 형태형(morphological phenotypes) 분류 기준에 따라 포자형, 균핵형, 균사형으로 나눌 때 대부분의 균주는 균핵형으로 나타났다. Benzimidazole 및 dicarboximide계 살균제에 대한 감수성 및 저항성 반응 차이는 형태형과는 무관하였다. 포자의 표면 구조를 주사형 전자현미경으로 관찰한 결과 모두 봉상으로 형태형 간에 차이가 없었다. 형태형 간 병원성을 비교할 때, 균사형의 균주가 가장 병원성이 높았으며, 포자형은 병원성이 다른 형보다 낮게 나타났다. 병원성과 곰팡이의 phenol oxidase, pectin methyl esterases (PME), amylases, cellulases, ureases, glucosidases 및 proteinases 활성과의 관계를 조사하기 위하여 형태형이 다른 선발된 균주들의 효소 활성을 조사한 결과, Phenol oxidase, ${\beta}-glucosidase$는 각 형태형 간에 차이가 없었으나, PME, amylase, cellulase, urease, proteinase의 활성은 각 형태형간에 차이를 나타내어 병원성과 이들 효소 활성의 관련성이 있었다.