• 제목/요약/키워드: Base excision repair

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RNA-Seq explores the functional role of the fibroblast growth factor 10 gene in bovine adipocytes differentiation

  • Nurgulsim Kaster;Rajwali Khan;Ijaz Ahmad;Kazhgaliyev Nurlybay Zhigerbayevich;Imbay Seisembay;Akhmetbekov Nurbolat;Shaikenova Kymbat Hamitovna;Omarova Karlygash Mirambekovna;Makhanbetova Aizhan Bekbolatovna;Tlegen Garipovich Amangaliyev;Ateikhan Bolatbek;Titanov Zhanat Yeginbaevich;Shakoor Ahmad;Zan Linsen;Begenova Ainagul Baibolsynovna
    • Animal Bioscience
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    • 제37권5호
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    • pp.929-943
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    • 2024
  • Objective: The present study was executed to explore the molecular mechanism of fibroblast growth factor 10 (FGF10) gene in bovine adipogenesis. Methods: The bovine FGF10 gene was overexpressed through Ad-FGF10 or inhibited through siFGF10 and their negative control (NC) in bovine adipocytes, and the multiplicity of infection, transfection efficiency, interference efficiency were evaluated through quantitative real-time polymerase chain reaction, western blotting and fluorescence microscopy. The lipid droplets, triglycerides (TG) content and the expression levels of adipogenic marker genes were measured during preadipocytes differentiation. The differentially expressed genes were explored through deep RNA sequencing. Results: The highest mRNA level was found in omasum, subcutaneous fat, and intramuscular fat. Moreover, the highest mRNA level was found in adipocytes at day 4 of differentiation. The results of red-oil o staining showed that overexpression (Ad-FGF10) of the FGF10 gene significantly (p<0.05) reduced the lipid droplets and TG content, and their down-regulation (siFGF10) increased the measurement of lipid droplets and TG in differentiated bovine adipocytes. Furthermore, the overexpression of the FGF10 gene down regulated the mRNA levels of adipogenic marker genes such as CCAAT enhancer binding protein alpha (C/EBPα), fatty acid binding protein (FABP4), peroxisome proliferator-activated receptor-γ (PPARγ), lipoprotein lipase (LPL), and Fas cell surface death receptor (FAS), similarly, down-regulation of the FGF10 gene enriched the mRNA levels of C/EBPα, PPARγ, FABP4, and LPL genes (p<0.01). Additionally, the protein levels of PPARγ and FABP4 were reduced (p<0.05) in adipocytes infected with Ad-FGF10 gene and enriched in adipocytes transfected with siFGF10. Moreover, a total of 1,774 differentially expressed genes (DEGs) including 157 up regulated and 1,617 down regulated genes were explored in adipocytes infected with Ad-FGF10 or Ad-NC through deep RNA-sequencing. The top Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathways regulated through DEGs were the PPAR signaling pathway, cell cycle, base excision repair, DNA replication, apoptosis, and regulation of lipolysis in adipocytes. Conclusion: Therefore, we can conclude that the FGF10 gene is a negative regulator of bovine adipogenesis and could be used as a candidate gene in marker-assisted selection.

SOS Chromotest 및 Ames test에서의 Chloropropanol류의 변이원성 (Mutagenicity of Chloropropanols in SOS Chromotest and Ames Test)

  • 송근섭;한상배;엄태붕;최동성
    • 한국식품과학회지
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    • 제30권6호
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    • pp.1464-1469
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    • 1998
  • 3-Chloro-1,2-propanediol (3-MCPD), 1,3-dichloro-2-propanol (1,3-DCP), 2,3-dichloro-1-propanol (2,3-DCP)과 같은 chloropropanol들이 일부 식품에서 검출됨으로서 위해성 논란이 제기되었기에 본 연구에서는 Ames test와 SOS Chromotest를 이용하여 미생물 시험계에서의 chloropropanol류의 유전독성 및 변이원성을 검토하였다. E. coli PQ37에서는 1,3-DCP를 제외한 3-MCPD와 2,3-DCP는 뚜렷한 용량반응 관계를 보이며 SOS반응 유도활성을 나타내어 유전독성이 있는 것으로 판단되었고 3-MCPD보다는 2,3-DCP가 강한 유도활성을 나타내었다. 또한 E. coli PQ35 (PQ37 $uvrA^+)$에서는 SOS반응 유도활성이 E. coli PQ37에서 보다 매우 낮은 반면에, E. coli PQ243 (PQ37 tagA alkA)에서는 매우 높게 나타남으로서 이들 물질에 의하여 유도되는 DNA 손상은 절제수복에 의해 수복될 수 있는 손상과 절제수복에 의해 수복되지 않으며 adaptive response를 유도할 수 있는 3-methyladenine 또는 이와 유사한 손상 등이 작용하는 것으로 나타났다. S. typhimurium TA100을 이용한 Ames test에서도 3-MCPD와 2,3-DCP는 뚜렷한 용량반응 관계를 보이며 강한 돌연변이원성을 나타내었으나 SOS Chromotest에서와는 달리 1,3-DCP 또한 돌연변이원성을 나타냈으며, 변이활성정도는 2,3-DCP>3-MCPD>1,3-DCP의 순으로 나타났다. 그러나 S. typhimurium TA98과 TA97a에서는 돌연변이활성이 미미하게 나타남으로서 chloropropanol류에 의한 돌연변이는 주로 염기치환에 의한 작용임을 알 수 있었다. 한편, S. typhimurium TA1535 (-R factor plasmid)에서 3-MCPD와 2,3-DCP의 돌연변이활성이 S. typhimurium TA100에 있어서 보다 상당히 낮은 결과로부터 이들 물질에 의한 돌연변이 유발은 주로 SOS수복 의존성인 것으로 나타났다. Amestest와 SOS Chromotest의 결과를 종합하여 볼 때 3-MCPD와 2,3-DCP는 3-methyladenine 또는 이와 유사한 DNA 손상에 의한 SOS수복 비의존성 돌연변이 및 SOS반응 유도성 손상, 특히 절제회복에 의해 쉽게 제거될 수 있는 손상에 의한 SOS수복 의존성 돌연변이를 동시에 일으키는 것으로 사료된다.

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비소세포 폐암조직에시 Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease-1/Redox Factor-1의 발현변화 (Alteration of Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease-1/Redox Factor-1 in Human Mon-small Cell Lung Cancer)

  • 유대군;송윤정;조은정;강민웅;한종희;나명훈;임승평;유재현;전병화;이영
    • Journal of Chest Surgery
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    • 제40권8호
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    • pp.529-535
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    • 2007
  • 배경: 산화제와 항산화제 사이의 불균형은 폐암의 발생에 중요한 역할을 하는 것으로 생각되는 산화 스트레스를 유발한다. APE/ref-1은 DNA의 복구와 많은 전사인자들의 산화환원 조절에 연관된 다 기능성 단백질이다. 그러나 폐암에서 APE/ref-1 발현수준의 변화는 알려져 있지 않다. 대상 및 방법: 49명의 수술적으로 제거한 비소세포성 폐암 환자를 대상으로 하였다. APE/ref-1 항체에 대한 면역조직화학적 염색을 하였고, 특이 항체에 대한 Western blot을 시행해 발현 정도를 분석하였다. 결과: APE/ref-1은 주로 폐암 조직의 비 암세포 부분은 핵에 국한되어 존재하였고, 암세포는 핵과 세포질 모두에 존재하였다. 비소세포성 폐암의 핵과 세포질의 APE/ref-1의 발현은 증가되어 있었고 이는 임상적인 병기와도 상관관계를 보였다. 대표적인 항산화 물질인 catalase는 비소세포성 폐암에서 현격하게 감소되어 있었다. 결론: APE/ref-1, 특히 세포질 내의 APE/ref-1의 증가는 산화스트레스에 보상적으로 일어나는 것으로 생각하며 catalase의 감소는 폐암의 특성을 나타내는 세포 외부의 산화환원과정에 근본적인 역할을 하는 것으로 생각한다.

기계환기로 인한 급성 폐손상에서 poly(ADP-ribose) polymerase-1의 역할 (The Role of Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 in Ventilator-Induced Lung Injury)

  • 김제형;윤대위;허규영;정기환;이승룡;이상엽;신철;심재정;인광호;유세화;강경호
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제60권4호
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    • pp.451-463
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    • 2006
  • 연구배경: 활성산소종은 기계환기로 인한 폐손상 (ventilator-induced lung injury, VILI)에서 주요한 역할을 한다. Poly (ADP-ribose) polymerase-1 (PARP1)은 DNA 손상 감시 기능을 하는 단백질로서, DNA 파열을 신호하고 복구에 관여한다. 그러나 활성산소종에 의한 것과 같은 심한 유전자 손상을 받게 되면, 과활성화되어 ${\beta}$-nicotinamide adenine dinucleotide ($NAD^+$)의 결핍을 통한 세포의 사멸을 초래하여, 염증 반응을 일으킨다. 본 연구에서는 VILI의 기전에 있어서 PARP1의 역할 및 그 억제제의 효과를 고찰하고자 하였다. 방법: 48마리의 수컷 C57BL/6 생쥐를 겉보기 수술군 (Sham군), 폐보호적 환기군(lung protective ventilation group, LPV군), 기계환기기로 인한 폐손상군 (ventilator-induced lung injury group, VILI군) 및 PARP1 억제제인 PJ34 전처치 후 기계환기로 인한 폐손상군 (PJ34+VILI군)으로 나누어 실험하였다. LPV군에 대한 기계환기는 $PIP\;15cmH_2O$ + $PEEP\;3cmH_2O$ + RR 90/min. 조건으로, VILI 및 PJ34+VILI군에 대해서는 $PIP\;40cmH_2O$ + $PEEP\;0cmH_2O$ + RR 90/min.의 조건으로 2시간 동안 시행하였다. PJ34+VILI군에서 PARP1 억제제로는, PJ34 20 mg/Kg을 기계환기 2시간 전에 복강 내로 주사하였다. VILI의 정도는 습건중량비 및 급성폐손상 지수로 측정하였고, PARP1의 활성은 biotinylated NAD를 이용한 면역조직화학적 방법을 이용하였다. 또한 기관지폐포세척액 (bronchoalveolar lavage fluid, BALF) 내에서 myeloperoxidase (MPO) 활성 및 tumor necrosis factor-${\alpha}$ ($TNF-{\alpha}$), interleukin-$1{\beta}$ ($IL-1{\beta}$), IL-6 등의 염증성 시토카인의 농도를 측정하였다. 결과: PJ34+VILI군에서 VILI군과 비교하여, PJ34 전처치로 인하여 폐손상의 정도가 현저히 감소하였다 (p<0.05). 5개의 고배율 시야에서 관찰한 PARP1의 활성을 보이는 세포의 수는 VILI군에서 유의하게 증가하였고, PJ34+VILI군에서 현저히 감소하였다 (p=0.001). BALF 내에서 측정한 MPO 활성 및 $TNF-{\alpha}$, $IL-1{\beta}$, IL-6의 농도 역시 PJ34+VILI군에서 의미 있게 감소하였다 (p<0.05). 결론: VILI의 기전에 있어서 PARP1의 과활성이 주요한 역할을 하고, PARP1 억제제가 MPO 활성 및 염증성 시토카인의 감소와 함께 VILI의 발생을 억제한다.