• 한국식물병리학회지
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• 제14권2호
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• pp.164-170
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• 1998

This study was carried out to develop DNA probe for specific detection of Erwinia carotovora subsp. carotovora. Universal rice primer (URP, 20 mer) developed from repetitive sequence of rice was applied for producing PCR DNA fingerprints of Erwinis spp. In E. carotovora subsp. carotovora strains, primer URP2F amplyfied polymorphic bands which are distinguisable from other Erwinia spp. A PCR band of 0.6 kb selected from PCr polymorphic bands of E. carotovora subsp. carotovora strains was cloned and evaluated as a diagnostic DNA probe. Among 28 bacterial strains including 22 Erwinia spp, the probe (pECC2F) only hybridized to total DNAs from e. carotovora subsp. carotovora strains and E. carotovora subsp. wasabiae, but sizes of hybridized bands were different between these subspecies, 10.0 kb and 3.5 kb respectively. In dot blot assays using probe pECC2F, as few as 103 colony forming units (CFU) of E. carotovora subsp. carotovora could be detected in a suspension containing about 1$\times$103 CFU of soil bacteria.

• 한국해양학회지:바다
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• 제19권2호
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• pp.147-154
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• 2014

해양 환경에서 세균은 다양한 생지화학적 순환에 있어서 중요한 역할을 수행하고 있으며, 그들의 다양성에 대한 정보는 생태계에서 세균의 생지화학적 기능을 이해하는데 중요하다. 본 연구는 $CO_2$ 해양지중저장의 후보지인 동해 남부해역의 표층 퇴적물과 퇴적물 위의 저층 해수에서 최신 연구 기법인 pyrosequencing을 통하여 세균의 계절적 다양성을 분석함으로써, 동해 퇴적물 세균상의 특성을 이해하고자 하였다. 퇴적물에서는 대부분의 시기에 Gammaproteobacteria가 우점한 반면, 저층 해수에서는 Alphaproteobacteria가 우점하여 두 서식처에서 세균의 다양성은 큰 차이를 보였다. 또한 속 수준의 다양성 분석에서도 저층 해수에서는 대부분의 시기에 SAR11 그룹에 속하는 Pelagibacter가 가장 우점한 반면, 퇴적물 시료에서는 Gammaproteobacteria에 속하는 미동정 속이 가장 우점하였다. 그러나 두 서식처 모두에서 5% 이상의 점유율을 보인 속의 수는 10 속 미만으로 소수였으며, 낮은 점유율을 갖는 많은 종류의 세균들이 군집 내에 공존하는 공통적인 특성이 나타났다. 본 연구의 세균 다양성 연구는 동해 저층 해수 및 퇴적물의 세균 다양성에 대한 특성의 이해와 더불어 $CO_2$ 해양지중저장 사업의 진행에 따른 세균의 다양성 및 기능 변화에 대한 사전 자료 및 해역이용영향평가 배경 자료로 활용될 수 있을 것이다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.161-161
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• 2017

Seed endophytes are very remarkable groups of bacteria for their unique abilities of being vertically transmitted and conserved. As plants attain hybrid vigor and heterosis in the process of crossbreeding, this might also lead to the changes in the community structure and diversity of plant endophytes in the hybrid plants ultimately affecting the endophytes of the seeds. It would be interesting to characterize how seed endophyte composition change over time. The objective of this study is to gain insights into the influence of natural crossbreeding and parental lineage in the seed bacterial endophytic communities of two pure inbred lines exploring contributions of the two most important sources of plant endophytes - colonization from external sources and vertical transmission via seeds. Total genomic DNA was isolated from rice seeds and bacterial DNA was selectively amplified by PCR. The diversity of endophytic bacteria was studied through Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) analysis. Diversity between the original parents and the pure inbred line may show significant differences in terms of richness, evenness and diversity indices. Heat maps reveal astonishing contributions of both or either parents (IR29 ${\times}$ Pokkali and AT401 ${\times}$ IR31868) in the shaping of the bacterial seed endophytes of the hybrid, FL478 and IC32, respectively. Most of the T-RFs of the subsequent pure inbred line could be traced to any or both of the parents. Comparison of common and genotype-specific T-RFs of parents and their offspring reveals that majority of the T-RFs are shared suggesting higher transmission of bacterial communities common to both parents. The parents influence the bacterial community of their offspring. Unique T-RFs of the offspring also suggest external sources of colonization particularly as the seeds are cultivated in different ecogeographical locations. This study showed that host parental lines contributed greatly in the shaping of bacterial seed endophytes of their offspring. It also revealed transmission and potential conservation of core seed bacterial endophytes that generally become the dominant microbiota in the succeeding generations of plant hosts.

• 환경생물
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• 제17권1호
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• pp.59-69
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• 1999

동해 연안역의 부영양화 상태 및 종속영양세균에 의한 유기물질 분해능을 조사하기 위해서 대진, 갈남, 포항, 울산의 4개 지역의 연안역을 대상으로 1994년 7월부터 1995년 4월까지 4회에 걸쳐 종속영양세균군집, 오염의 신호화합물, 세균의 생산력, 종속영양활성도 및 세포외 효소활성도 등을 분석하였다. 중금속내성균의 수는 포항에서 가장 높게 나타났으며, 각종 유기인을 이용하는 세균군집을 조사한 결과 유기인(C-P)화합물이 많이 포함될 것으로 예상되는 산업폐수, 가정하수 및 농업폐수 등이 많이 유입되는 정점에서 이들 유기인 화합물을 분해하고 산화 환원시키는 세균군집이 높게 나타났다. 이들 세균의 출현빈도는 산업폐수, 가정하수 그리고 농업용수의 유입예측지표로 활용될 수 있으리라 생각된다. 세포외 효소활성도는 울산 처용암에서 가장 높았으며 대진에서 가장 낮게 나타났다. 이러한 결과는 종속영양 세균수와 세균의 생산성 등과 정의 상관관계를 나타내었다. Poly-P와 DNA의 경우, 정점별로는 포항이 가장 높았고, 울산, 갈남, 대진 순으로 나타났다. 이는 종속영양세균의 분포양상과 매우 일치하는 것으로 조사되었다. 종속영양 활성도는 정점별, 계절별 변화가 매우 심하였다. 세균의 생산력은 하계에 가장 높고 추계와 동계에 낮았다가 춘계에 다시 높아지는 경향을 나타나 종속영양세균의 계절적 변화양상과 유사한 경향을 보였다. 결과적으로 세균의 군집, poly-P함량, 세균의 생산력, 종속영양활성도 및 세포외 효소활성도 등의 분석자료는 부영양화 상태 및 유기물질의 순환과정을 파악할 수 있는 지표로 이용될 수 있다.

• 미생물학회지
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• 제40권4호
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• pp.307-312
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• 2004

폐수처리에 중요한 역할을 담당하고 있는 세균 군집의 다양성과 폐수종류에 따른 군집차이를 알아보기 위해 분자생물학적 분석방법을 사용하였다. 국내 폐수처리장 슬러지 시료로부터 16S rDNA 클론 라이브러리를 구축하였고, HaeIII RFLP pattern과 염기서열을 분석하였다. 하수처리장 시료에서는 총 1,151개의 클론에서 699개의 서로 다른 RFLP pattern이, 화학산업 폐수처리장 시료에서는 총 1,228개의 클론에서 300개의 서로 다른 RFLP pattern이 관찰되었다. Shannon-Weiner diversity index의 계산결과 하수처리장 슬러지 시료는 8.7,화학산업 폐수처리장 슬러지 시료는 6.1로 하수처리장시료가 더 다양한 군집을 구성하고 있었다. 두 시료에서 우점하는 RFLP pattern에 해당되는 40개의 클론을 선정하여 염기서열 분석과 상동성 검색을 수행하였다. 분석된 서열의 $70\%$인 28개의 클론은 배양이 보고되지 않은 균주의 16S rRNA와 유사도가 높았고, 두 시료 모두 ${\beta}-Proteobacteria$가 우점하였다. 그러나, 하수처리장의 경우 활성슬러지에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았던 반면, 화학산업 페수처리장의 경우 고온이며, 혐기성이고,탄화수소나 황이 많이 존재하는 환경에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았다. 이러한 결과는 유입수의 조성에 따른 차이로 생각된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제36권3호
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• pp.209-214
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• 2008

VBNC(Viable but nonculturable)란 생존에 불리한 환경하에서 살아 있으나 일반 영양배지에서 자라지 못하는 미생물의 상태를 나타낸다. 본 연구는 구리를 이용해 Escherichia coli에서 VBNC를 유도하고 이의 특성을 살펴보았다. 구리를 처리한 후 전통적인 평판 배양법에 의한 집락 형성계수(colony forming unit, CFU)를 측정한 결과 배양되지는 않으나, Live/Dead BacLight bacterial viability kit 염색 후 유세포계수기로 측정한 결과 살아있는 미생물로 계수되어 VBNC 상태가 확인하였다. VBNC 유도된 미생물로부터 genomic DNA와 RNA를 분리하고 이들의 안정성을 관찰하였는데 DNA에 비해 RNA의 붕괴가 많이 진행되었음을 확인할 수 있었고 RNA의 붕괴는 특정크기로 붕괴되는 것으로 관찰되었다. 또한 생물전용 투과전자현미경(Bio-Transmission Electron Microscope, Bio-TEM)을 통해 VBNC 세포의 형태를 관찰하였는데 VBNC 상태에서는 정상상태에 비해 periplasmic space가 온전하지 못하고 세포내막과 세포 외막이 분리되었으며 세포질의 양이 현저히 감소됨이 관찰되었다.

• 한국가축번식학회지
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• 제21권4호
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• pp.325-333
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• 1997

Recent evidence indicates that growth factors modulate response of mammary epithelial cells to environmental stress. The objective of this study was to examine the cellular and biochemical responses of mammary tissue to environmental stress caused by artificial mastitis. For experimental a, pp.oach, toxins of most mastitis causing organisms(Staph. aureus or Strep. agalactiae) and heat stress(42$^{\circ}C$) were artificially exposed to mammary tissue. Effects of these environmental stresses on cell growth, cell death and heat shock protein synthesis were examined. Lactating mammary tissure were cultured under basal medium(DMEM) su, pp.emented with insulin(10$\mu\textrm{g}$/ml) and aldosterone(1$\mu\textrm{g}$/ml). All treatment groups in heat stress at 42$^{\circ}C$ incubation significantly decreased DNA synthesis rates in comparison with those at 39$^{\circ}C$(P<0.05), however, these decreased DNAa synthesis rates were recovered by addition of adenosine(10$\mu$M) and IGFI(10ng/ml). Similar results were obtained when tissue growth rates were measured by DNA content/tissue. Strep. agalactiae toxin did not significantly decreased DNA content/tissue in comparison with no treatment of bacterial toxin with or without heat stress, however, tended to decrease DNA contents/tissue without heat stress. In the fluorography analysis, heat stress(42$^{\circ}C$ incubation) slightly increased 35S-methoionine labelled 70kd protein synthesis. These results indicate that environmental stress caused by artificial mastitis slightly decreased mammary growth or mammary size, however, these results could be recovered by addition of adenosine and IGF-I.

• 미생물학회지
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• 제47권3호
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• pp.263-267
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• 2011

유전체 지문 분석법은 세균 균주간의 친연성을 판정하는데 유용하다. 그러나 친연성이 낮은 두 균주의 지문 사이에서 우연히 발생하는 DNA 단편 크기의 일치성은 유전형질의 일치성의 해석에 오차를 유발한다. 본 연구는 임의의 두 유전체 지문에서 우연히 DNA 단편의 크기가 일치할 확률을 정량하여, 유전체 지문에 근거한 친연성 해석의 유의성을 고찰하였다. 유전형질 일치성 없이 단편 크기가 일치할 확률은 관찰되는 단편의 수, 관찰 가능한 전체 단편의 수와 크기가 일치하는 단편의 수로부터 계산될 수 있는 함수로 분석되었다. 유의성에 가장 큰 영향을 미치는 독립 매개변수는 전체 단편의 수였으며, 우연한 공통 단편의 수를 10개 미만으로 유지하기 위해서는 약 200개 이상의 단편이 지문에서 관찰될 수 있어야 하는 것으로 계산되었다.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.117-124
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• 2005

Rotifer와 병든 넙치 자어로부터 분리된 2개의 균주는 표현형적인 특성 확인 결과 Vibrio ichthyoenteri로 확인이 되었다. V. ichthyoenteri를 검출하기 위래 고감도 PCR 방법 개발을 하기 위래 V. ichthyoenteri 16S-23S rRNA intergenic spacer region(ISR)을 분석하였고, V. ichthyoenteri중 특이적 primer를 개발하였다. V. ichthyoenteri 의 ISR를 분석한 결과 1개의 다형성 ISR type서열을 포함하고 있었다. ISR서열은 길이는 348bp이며 tRNA gene을 가지고 있지 않았다. 이 서열을 가지고 이미 알려진 다른 Vibrio 종의 ISR 서열과 mutiple alignment를 수행한 결과 여러 영역에서 높은 가변성을 나타내어 가변 부위를 표적으로 하여 V. ichthyoenteri를 검출하기 위한 종 특이적 primer를 제작하였다. 제작된 primer의 특이성을 확인하기 위해 Vibrio 표준균주 19종의 genomic DNA와 분리균주 18 group에 genomic DNA 그리고 V. ichthyoenteri와 가장 유사한 서열을 가지고 있다고 알려진 Vibrio 종의 genomic DNA를 가지고 시험하였다. 그 결과 본 연구에서 제작된 종 특이적 primer를가지고 PCR 반응을 하면 V. ichthyoenteri를 검출 할 수가 있다.

• 한국연초학회지
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• 제20권1호
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• pp.66-70
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• 1998

TMV resistant lines (TRLs) originated from the Blo plant of Nicotiana tabacum cv. NC82 transformed with TMV coat protein cDNA which initially showed delayed disease symptom were selected for increased resistance in each subsequent generation. The result of field experiment of the transgenic tobacco lines in the fifth generation for TMV resistance and their response to other tobacco diseases (black shank, bacterial wilt, and powdery mildew) is described in this report. When fifteen TRLs of the fifth generation were tested for TMV resistance by mechanically inoculating the individual plants, over 95 percent of the plants of 6 lines showed complete resistance even 8 weeks after the inoculation. Average frequency of the resistant plants in TRLs of the fifth generation 8 weeks after the inoculation was 87%. Stable insertion and expression of TMV coat protein cDNA in the fifth generation of the transgenic tobacco plant were confirmed by PCR and immunoblot hybridization, respectively. All TRLs were resistant to the black shank but were susceptible to the bacterial wilt disease and the powdery mildew to the same degree as non-transgenic NC82 was. Therefore, it was indicated that the phenotypes related at least to disease resistance were not changed in the transgenic tobacco. Key words : TMV CP cDNA, TMV resistant tobacco plant, transformation.