Cho, In-Sook;Igori, Davaajargal;Lim, Seungmo;Choi, Gug-Seoun;Hammond, John;Lim, Hyoun-Sub;Moon, Jae Sun
The Plant Pathology Journal
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제32권5호
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pp.441-451
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2016
Deep sequencing has generated 52 contigs derived from five viruses; Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), Apple stem grooving virus (ASGV), Apple stem pitting virus (ASPV), Apple green crinkle associated virus (AGCaV), and Apricot latent virus (ApLV) were identified from eight apple samples showing small leaves and/or growth retardation. Nucleotide (nt) sequence identity of the assembled contigs was from 68% to 99% compared to the reference sequences of the five respective viral genomes. Sequences of ASPV and ASGV were the most abundantly represented by the 52 contigs assembled. The presence of the five viruses in the samples was confirmed by RT-PCR using specific primers based on the sequences of each assembled contig. All five viruses were detected in three of the samples, whereas all samples had mixed infections with at least two viruses. The most frequently detected virus was ASPV, followed by ASGV, ApLV, ACLSV, and AGCaV which were withal found in mixed infections in the tested samples. AGCaV was identified in assembled contigs ID 1012480 and 93549, which showed 82% and 78% nt sequence identity with ORF1 of AGCaV isolate Aurora-1. ApLV was identified in three assembled contigs, ID 65587, 1802365, and 116777, which showed 77%, 78%, and 76% nt sequence identity respectively with ORF1 of ApLV isolate LA2. Deep sequencing assay was shown to be a valuable and powerful tool for detection and identification of known and unknown virome in infected apple trees, here identifying ApLV and AGCaV in commercial orchards in Korea for the first time.
과실 수확 분야에서 다양한 계절성과 수확 비용 상승 등으로 자동 로봇 수확에 대한 관심이 증가하고 있다. 빛의 변화, 바람에 의한 진동, 나뭇잎 및 가지 겹침 등 복잡한 과수원 환경에서 정확한 사과 검출은 어려운 문제이다. 본 논문에서는 로봇 자동 사과 수확에 유리한 데이터셋과 적응형 히트맵 회귀 모델을 소개한다. 사과 데이터셋은 사과 위치뿐만 아니라 가시성을 같이 레이블링하였다. 가시성에 따라 가우시안 모양을 조절하는 적응형 히트맵 회귀 모델을 사용하여 사과 중심점을 검출하는 방법을 제안한다. 실험 결과 MAP@K가 K=5와 K=10일 때 0.9809, 0.9801로 사과 수확 로봇에 응용 가능한 성능을 나타내었다.
왕우렁이는 일본으로부터 식용목적으로 1983년에 국내로 도입되었으나, 현재는 우리나라 벼 담수직파재배지에서 피해가 나타나고 있는 실정이다. 따라서 본 연구는 왕우렁이에 대한 온도 및 벼 생육시기별 섭식량과 피해정도를 구명하여 효율적인 관리대책 수립을 위한 자료로 활용하고자 수행하였다. 온도별($l5{\sim}35^{\circ}C$) 왕우렁이 벼 섭식량은 $30^{\circ}C$에서 가장 많았으며, $30^{\circ}C$에서 왕우렁이 크기별 벼 섭식량은 왕우렁이 유체(각고 15 mm)와 성체(각고 30 mm 이상)는 출아 직후, 1엽, 3엽, 및 5엽의 벼를 1 일 동안각각 19.0/79.8, 11.0/54.5, 5.5/18.5 및 0.0/2.0개를 섭식하였다. 왕우렁이는 먹이 습성상 벼가 어린 유묘기(5엽 이하)에 피해를 많이 주는 것으로 조사되었다. 벼 생육시기별 왕우렁이 성체(각고 25mm 이상) 접종밀도를 달리하여 피해정도를 조사한 결과 벼 출아 직후에서 10 $m^2$당 왕우렁이 개체수가 10마리 일 때 수량감소가 16%로 피해가 가장 심하였다.
칼슘용액을 사과나무에 살포하였을 때 과실로 칼슘이 축적되는 양상을 구명하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 과실 발육 전반기보다 후반기에 칼슘용액을 처리하는 것이 과실의 칼슘함량 증가 효과가 높았다. 과실 주위의 잎 표면에 처리된 칼슘은 과실로 거의 전류되지 않았으나 과경에는 일부 축적되었으며 과실 표면에 처리하였을 때 과실의 칼슘함량이 증가되었다.
본 연구는 디지털 카메라로 자연광 상태에서의 사과나무 영상을 획득한 영상에서 사과를 인식하기 위한 알고리즘을 개발할 목적으로 수행되었다. 자연광의 조건에 따른 영향을 줄이기 위하여 L*a*b* 색 변환을 수행한 결과 a*, b* 색 인자가 매우 유의한 것으로 나타났으며 이를 인자로 하는 선형판별함수를 개발하였다. 추출한 사과 화소로부터 사과를 인식하기 위하여 복잡도에 따라 4가지 패턴으로 나눈 후, 형태학적 필터링을 수행하여 사과를 분리시키고 인식하는 방법을 개발하였다. 군집을 이루지 않으면서 잎에 가려있지 않았던 개체 상태의 사과는 100% 인식이 가능하였으나, 잎에 가려있던 사과는 약 80% 정도의 인식률을 보였다. 그러나 군집을 이루면서 잎과 줄기가 사과를 가린 경우는 실제 사과의 개수와 최종 인식 결과는 평균 2개 이하의 오차를 갖는 것으로 나타났다.
Erwinia amylovora and E. pyrifoliae are the causative agents of destructive diseases in both apple and pear trees viz. fire blight and black shoot blight, respectively. Since the introduction of fire blight in Korea in 2015, the occurrence of both pathogens has been independently reported. The co-incidence of these diseases is highly probable given the co-existence of their pathogenic bacteria in the same trees or orchards in a city/district. Hence, this study evaluated whether both diseases occurred in neighboring orchards and whether they occurred together in a single orchard. The competition and virulence of the two pathogens was compared using growth rates in vitro and in planta. Importantly, E amylovora showed significantly higher colony numbers than E. pyrifoliae when they were co-cultured in liquid media and co-inoculated into immature apple fruits and seedlings. In a comparison of the usage of major carbon sources, which are abundant in immature apple fruits and seedlings, E. amylovora also showed better growth rates than E. pyrifoliae. In virulence assays, including motility and a hypersensitive response (HR), E. amylovora demonstrated a larger diameter of travel from the inoculation site than E. pyrifoliae in both swarming and swimming motilities. E. amylovora elicited a HR in tobacco leaves when diluted from 1:1 to 1:16 but E. pyrifoliae does not elicit a HR when diluted at 1:16. Therefore, E. amylovora was concluded to have a greater competitive fitness than E. pyrifoliae.
Apple stem grooving virus (ASGV) is a high-risk viral pathogen that infects many types of fruit trees, especially pear and apple, and causes serious economic losses across the globe. Thus, rapid and reliable detection assay is needed to identify ASGV infection and prevent its spread. A reliable reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) was developed, optimize, and evaluated for the coding region of coat protein of ASGV in pear leaf. The developed RT-LAMP facilitated the simple screening of ASGV using visible fluorescence and electrophoresis. The optimized reaction conditions for the RT-LAMP were 63℃ for 50 min, and the results showed high specificity and 100-fold greater sensitivity than the reverse transcription polymerase chain reaction. In addition, the reliability of the RT-LAMP was validated using field-collected pear leaves. Furthermore, the potential application of paper-based RNA isolation, combined with RT-LAMP, was also evaluated for detecting ASGV from field-collected samples. These assays could be widely applied to ASGV detection in field conditions and to virus-free certification programs.
1996년 5월 하순부터 7월 초순사이 경북 안동, 의성, 충북 청원 지방의 30개 이상의 사과 과수원에서 어린 과일에 역병이 대발생하였는데, 발병된 과수원에서는 이병주열과 이병과율이 각각 10~90%와 1~15% 정도였다. 이병된 어린 과일은 연한 갈색 혹은 진한 갈색으로 썩고 단단하였으며 병반은 건전부위로 경계가 불명확하게 확산되었다. 어린 잎이나 신초 역시 역병균에 감염되면 반점이나 수침상 혹은 마름 증상 들을 심하게 나타내었는데 이들로부터 총 39개 역병 균주를 분리하였다. 이들 중 Phytophthora cactorum으로 동정된 25개 균주는 모든 발생지역에서 분리되었으나 P. cambivora로 동정된 나머지 14개 균주는 안동지역에서만 수집되었다. P. cambivora 균주의 유성생식형은 모두 A1으로 조사되었으며 이들의 균학적 특성은 본문에 자세히 기록하였다. 본 실험에서 Koch의 가설이 증명되었으며, 두 균 모두 사과뿐 아니라 배와 복숭아의 어린 가지와 과일에 강한 병원성을 보였고 여러 채소과일에는 병원성이 없거나 아주 미약하였다. 사과 어린 과일 역병의 대 발생은 국내에 기록된 바가 없으며, 특히 P. cambivora에 의한 사과 과일역병의 발생은 세계적으로도 보고된 바 없다.
본 연구는 2001년부터 2003년까지 '후지'/M.9가 재식된 밀식사과원에서 적정 수세와 적정 착과량을 조사하였다. 엽과비는 평균 과중(y=1.715x+205.02, $R^2=0.66^{**}$)과 수량(y=-35.156x+5963.7, $R^2=0.44^{**}$)에서 고도로 유의한 상관이 있는 것으로 나타났고, 주당엽수와 평균 과중 또한 상관이 있었다. 그러나 착과량에 따른 수체생육, 과실품질 요인중 당도 및 착색도에서는 처리간 차이가 없었다. 격년결실이 발생하지 않으면서 300g 이상의 과실을 생산하는 기준은 엽과비는 55 수준에서 착과량이 주당 약 $55{\sim}64$개의 수준이 적합하였다. '후지'/M.9 밀식재배시 성목기의 안정된 수세 기준은 평균 신초장이 $20{\sim}25cm$, 신초 정지율이 95% 이상수준을 보여야 되는 것으로 판단되며, 보다 세부적으로는 2차 생장이 거의 발생되지 않으며 과대지 비율은 적어도 $20{\sim}30%$ 정도 되어야 할 것으로 판단되었다.
사과 '후지'/M.9 포트묘목 개발을 위해 질소시비농도에 따른 생장특성을 조사하고, 포트 우량묘목 생산에 적합한 질소시비농도와 잎의 무기영양성분 함량 및 토양 화학성의 안정성을 확인하였다. 질소시비농도가 높아질수록 묘목의 생장은 증가되었고, 특히16 mM 처리가 수체 생장에 가장 좋았으며, 우량묘목 판단기준에 부합하였다. 32 mM 이상의 고농도는 오히려 생장을 감소시켰다. 잎의 무기영양성분 함량은 8, 16 mM 처리구에서 기존 사과과원의 적정수준보다 높았고, 이러한 무기영양성분은 정식 후 수체 생장에 도움이 될 것으로 생각되었다. 토양 화학성 또한 8, 16 mM 처리구에서 안정적이었다. 따라서 수체생육, 잎의 무기영양성분, 포트 내 토양화학성을 고려한 결과, 사과 '후지'/M.9 우량 포트묘목 생산을 위한 적정 질소시비량은 16 mM로 판단되었다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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