• BMB Reports
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• v.42 no.12
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• pp.823-828
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• 2009

Techniques for analyzing protein-DNA interactions on a genome-wide scale have recently established regulatory roles for distal enhancers. However, the large sizes of higher eukaryotic genomes have made identification of these elements difficult. Information regarding sequence conservation, exon annotation and repetitive regions can be used to reduce the size of the search region. However, previously developed resources are inadequate for consolidating such information. CONVIRT is a web resource for the identification of transcription factor binding sites and also features comparative genomics. Genomic information on ortholog-independent conserved regions, exons, repeats and sequences is integrated into the virtual chromosome, and statistically over-represented single or combinations of transcription factor binding sites are sought. CONVIRT provides regulatory network analysis for several organisms with long promoter regions and permits inter-species genome alignments. CONVIRT is freely available at http://biosoft.kaist.ac.kr/convirt.

• 한국어정보학회:학술대회논문집
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• 2016.10a
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• pp.39-43
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• 2016

'형태소 깎는 노인'은 국어사 자료를 처리하는 고성능 자동 형태분석기의 개발이 난항을 겪고 있는 상황에서 수동으로 형태분석 작업을 하는 연구자들을 지원하기 위하여 개발된 형태분석 보조기이다. 인간과 기계의 분업을 통해 인간의 피로를 최대한 줄이고, 단순 반복 형태에 대해서는 정답을 확실하게 제안할 수 있다는 것이 특징이다. 국어사 자료에는 한국어 정보처리를 위해 필요한 어휘 사전이 없으므로, 문법형태소 사전을 만들어 이를 단서로 조사/어미부와 어간부를 구분하도록 하였다. 이를 통해 구축된 소규모 형태분석 말뭉치들이 장기적으로는 자동 형태분석기의 성능 개선에 일조할 수 있을 것으로 기대한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• v.19 no.2
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• pp.140-146
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• 2009

MAPSI(Management and Analysis for Polyketide Synthase Type I) has been developed to offer computational analysis methods to detect type I PKS(polyketide synthase) gene clusters in genome sequences. MAPSI provides a genome analysis component, which detects PKS gene clusters by identifying domains in proteins of a genome. MAPSI also contains databases on polyketides and genome annotation data, as well as analytic components such as new PKS assembly and domain analysis. The polyketide data and analysis component are accessible through Web interfaces and are displayed with diverse information. MAPSI, which was developed to aid researchers studying type I polyketides, provides diverse components to access and analyze polyketide information and should become a very powerful computational tool for polyketide research. The system can be extended through further studies of factors related to the biological activities of polyketides.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• v.1 no.4
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• pp.281-283
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• 2005

Extraction of biologically meaningful data and their validation are very important for toxicogenomics study because it deals with huge amount of heterogeneous data. BINGO is an annotation mining tool for biological interpretation of gene groups. Several statistical modeling approaches using Gene Ontology (GO) have been employed in many programs for that purpose. The statistical methodologies are useful in investigating the most significant GO attributes in a gene group, but the coherence of the resultant GO attributes over the entire group is rarely assessed. BINGO complements the statistical methods with graph-theoretic measures using the GO directed acyclic graph (DAG) structure. In addition, BINGO visualizes the consistency of a gene group more intuitively with a group-based GO subgraph. The input group can be any interesting list of genes or gene products regardless of its generation process if the group is built under a functional congruency hypothesis such as gene clusters from DNA microarray analysis.

• Genomics & Informatics
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• v.5 no.3
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• pp.133-136
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• 2007

The Gene Set network viewer (GSnet) visualizes the functional enrichment of a given gene set with a protein interaction network and is implemented as a plug-in for the Cytoscape platform. The functional enrichment of a given gene set is calculated using a hypergeometric test based on the Gene Ontology annotation. The protein interaction network is estimated using public data. Set operations allow a complex protein interaction network to be decomposed into a functionally-enriched module of interest. GSnet provides a new framework for gene set analysis by integrating a priori knowledge of a biological network with functional enrichment analysis.

• Annual Conference on Human and Language Technology
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• 2009.10a
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• pp.191-196
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• 2009

본 논문에서는 자바 기반의 품사부착 코퍼스 작성 도구를 제안 및 구현한다. 본 시스템에서는 각 사용자가 독립적으로 실행하지만 주요 데이터베이스는 서버에서 관리함으로서 지식을 공유할 수 있고, 품사부착 작업에 있어 사전에 만들어진 어절 후보로부터의 선택 및 사용자 입력이 가능하도록 한다. 고빈도 오류어절의 자동 표시 기능, 용례 검색을 통한 도움말 기능, 코멘트를 기반으로 구성된 집단 지식을 이용한 도움말 확장 기능 및 사전 검색 기능을 구현한다. 또한, 일관성 검사를 통해 품사부착 결과에 대한 신뢰도 증가 및 작업의 편의성을 증대시킬 수 있도록 설계한다.

• Annual Conference on Human and Language Technology
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• 2009.10a
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• pp.121-125
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• 2009

본 논문에서는 의미정보 말뭉치 구축 도구인 Kane에 대해 설명한다. 형태소 분석기나 구문 분석기, 개체명 인식기 등 자연어처리를 위한 기본이 되는 시스템에는 말뭉치가 필요하며, 말뭉치의 구축에는 많은 비용이 든다. 일반적으로 말뭉치 구축 작업은 전용 구축 도구가 없이 문서 편집기를 사용하여 이루어지는 경우가 많아 말뭉치 구축 작업 효율이 떨어지고, 자연스럽게 구축되는 말뭉치의 품질도 낮아진다. 문서 편집기를 사용할 때 발생하는 대표적인 문제는 키보드를 이용한 기계적인 작업이 반복된다는 것이며, 키보드 입력에 따른 오타 문제 또한 발생한다. Kane에서는 기계적인 작업 및 키보드 입력을 간편한 인터페이스를 통해 최소화하였으며, 마우스 조작으로도 쉽게 말뭉치를 구축할 수 있다. 또한 사전을 이용한 이전 작업 내용 참조 기능을 지원하여 작업의 효율성 및 일관성 문제를 개선하고자 하였다.

• Annual Conference on Human and Language Technology
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• 2016.10a
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• pp.39-43
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• 2016

'형태소 깎는 노인'은 국어사 자료를 처리하는 고성능 자동 형태분석기의 개발이 난항을 겪고 있는 상황에서 수동으로 형태분석 작업을 하는 연구자들을 지원하기 위하여 개발된 형태분석 보조기이다. 인간과 기계의 분업을 통해 인간의 피로를 최대한 줄이고, 단순 반복 형태에 대해서는 정답을 확실하게 제안할 수 있다는 것이 특징이다. 국어사 자료에는 한국어 정보처리를 위해 필요한 어휘 사전이 없으므로, 문법형태소 사전을 만들어 이를 단서로 조사/어미부와 어간부를 구분하도록 하였다. 이를 통해 구축된 소규모 형태분석 말뭉치들이 장기적으로는 자동 형태분석기의 성능 개선에 일조할 수 있을 것으로 기대한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2009.04a
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• pp.504-507
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• 2009

사용자 참여, 개방, 공유를 기반으로 하는 웹2.0 환경 하에서 보다 효율적이고 합법적으로 UCC(User Created Contents)가 제작, 공유, 유통되기 위한 저작권 시스템으로서, CCL(Creative Commons License)이 빠르게 확산되고 있다. 그러나, UCC에 CCL메타데이터를 직접 첨부하지 않는 기존의 CCL어노테이션 방식은 의도적으로 또는 비의도적으로 UCC와 CCL메타데이터가 분리될 수 있는 문제점을 가지고 있다. 그 결과, UCC로부터 분리되어진 저작권관련정보는 변경 또는 분실되어 추후에 저작권분쟁의 원인이 될 수 있다. 본 연구에서는 RDF와 XMP를 기반으로 CCL메타데이터를 이미지 컨텐츠에 직접 부착하는 방법을 제안하고 이를 지원하기 위한 어노테이션 지원도구(CCL-MASTer)를 개발하였다. 본 연구결과는, 기존의 어노테이션 기법의 문제점을 해결하고 다양하고 풍부한 CCL메타데이터의 효율적인 어노테이션을 가능케 하여 UCC 저작권분쟁 해결방안 및 UCC와 UCC관련 CCL메타데이터의 생성과 검색 등의 토대가 된다.

• The Journal of the Korea Contents Association
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• v.21 no.6
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• pp.701-715
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• 2021

The drastic advance of recent deep learning technologies is heavily dependent on training datasets which are essential to train models by themselves with less human efforts. In comparison with the work to design deep learning models, preparing datasets is a long haul; at the moment, in the domain of vision intelligent, datasets are still being made by handwork requiring a lot of time and efforts, where workers need to directly make labels on each image usually with GUI-based labeling tools. In this paper, we overview the current status of vision datasets focusing on what datasets are being shared and how they are prepared with various labeling tools. Particularly, in order to relieve the repetitive and tiring labeling work, we present an interactive smart image annotating system with which the annotation work can be transformed from the direct human-only manual labeling to a correction-after-checking by means of a support of automatic labeling. In an experiment, we show that automatic labeling can greatly improve the productivity of datasets especially reducing time and efforts to specify regions of objects found in images. Finally, we discuss critical issues that we faced in the experiment to our annotation system and describe future work to raise the productivity of image datasets creation for accelerating AI technology.