• BMB Reports
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• 제43권1호
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• pp.17-22
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• 2010

In this study, a novel member of BTB-kelch proteins, named KBTBD7, was cloned from a human embryonic heart cDNA library. The cDNA of KBTBD7 is 3,008 bp long and encodes a protein product of 684 amino acids (77.2 kD). This protein is highly conserved in evolution across different species. Western blot analysis indicates that a 77 kD protein specific for KBTBD7 is wildly expressed in all embryonic tissues examined. In COS-7 cells, KBTBD7 proteins are localized to the cytoplasm. KBTBD7 is a transcription activator when fused to GAL4 DNA-binding domain. Deletion analysis indicates that the BTB domain and kelch repeat motif are main regions for transcriptional activation. Overexpression of KBTBD7 in MCF-7 cells activates the transcriptional activities of activator protein-1 (AP-1) and serum response element (SRE), which can be relieved by siRNA. These results suggest that KBTBD7 proteins may act as a new transcriptional activator in mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling.

• Applied Biological Chemistry
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• 제34권2호
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• pp.134-141
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• 1991

대두의 조직배양에서 배양기간중 생화학적 대사산물의 변화와 특성을 조사하기 위하여 개화후 15일된 미숙자엽을 채취하여 기내에서 3주간 배양하였다. 이때의 배양체를 embryogenic callus(EC)와 non-embryogenic callus(NEC)로 구분하였다. EC의 일부는 다시 3주간 계 대배양하여 root forming cultures(RFC)와 shoot forming cultures(SFC)로 구분하였으며, EC의 또 다른 일부는 원형질체의 분리에 사용되었으며, 분리된 원형질체는 4주간 배양하였다. 이때 유기된 배양체를 protoplasts로부터 유기된 embryogenic callus(PEC)와 non-embryogenic callus(PNEC)로 구분하였다. 각각의 배양체에 대하여 단백질 및 그 아미노산조성을 조사한 결과, 아미노산의 조성 은 NEC와 PNEC에서보다 EC와 PEC에 서 methionine의 함량이 현저히 낮은 반면, phenylalanine의 함량이 높았다. 단백질의 양상은 EC에서는 18KD, NEC에서는 22KD 정도에서 차이가 났다. 또한 각각의 배양체에 대한 peroxidase 동위 효소의 활성을 조사한 결과, EC와 PEC에서는 peroxidase isozyme A(piA)의 활성이 높게 나타났으며, RFC와 SFC에서는 peroxidase isozyme B(piB)의 활성이 높았다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제43권1호
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• pp.74-79
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• 2014

벌개미취의 일반성분 및 아미노산, 무기질 항산화 효과에 대해서 조사하였다. 식품영양학적 접근에서의 벌개미취의 일반성분은 건량기준으로 당질 72.15%, 조단백질 13.49%, 조지방 5.09% 및 조회분 9.27%였고 벌개미취 100 g의 함유 열량은 349.70 kcal로 분석되었으며, 총 식이섬유소 함량은 건량기준으로 49.79%이었다. 또한 총 18종의 아미노산으로 구성되었고 필수아미노산과 비필수아미노산 함량은 각각 4.6 g, 5.5 g이었으며, 무기질 중 인의 함유량이 가장 높았고 그 다음이 칼륨, 칼슘, 나트륨 순으로 나타나 알칼리성 재료임을 알 수 있었다. 총 페놀 함량은 벌개미취 열수 추출물 및 80% 에탄올 추출물에서 각각 $87.7{\pm}5.01$ 및 $112.4{\pm}3.41$ mg GAE/g으로, 총 플라보노이드 함량은 벌개미취 열수 추출물 및 80% 에탄올 추출물에서 각각 $86.6{\pm}3.71$ 및 $95.1{\pm}8.00$ mg RE/g으로 나타났다. DPPH 라디칼 소거능 및 환원력과 같은 항산화 활성은 80% 에탄올 추출물이 열수 추출물에 비하여 높게 나타났다. 이들의 결과로 비추어 볼 때, 벌개미취 추출물들에 함유된 총 페놀 및 총 플라보노이드의 조성 및 함량의 차이가 이들 추출물의 항산화 활성에 주요한 영향을 미치는 것으로 판단된다.

• 디지털융복합연구
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• 제14권1호
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• pp.253-262
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• 2016

연산오계는 오래전부터 건강기능 증진 및 치료 효능이 높은 것으로 알려져 왔다. 최근 건강 기능식품 소재로 기능성 펩타이드 효능이 알려짐에 따라, 연산오계 내장 부산물로 부터 올리고 펩타이드 최적 생산 공정 및 생성물 특성에 대하여 연구를 수행하였다. 최적 효소가수 분해 공정 표면반응 분석을 이용하여 수행하였다. 최적 공정 조건을 확립하기 위해서 온도 (40, 50, $60^{\circ}C$), pH (pH 6.0, 7.0, 8.0), 효소 (1, 2, 3%) 범위에서 수행을 하였다. 생성물에 대한 가수분해도, 아미노산, 분자량 분포를 분석하였다. 효소 가수분해 최적 온도는 $58^{\circ}C$, pH 7.5, 효소의 농도는 3% 이었다. 최적 조건에서 2 시간 효소 가수분해를 한 결과 75-80% 이었다. 구성 아미노산의 총 함량은 386.15 mg/100 g 이었고 유리 아미노산 총량은 155.26 mg/100 g. 분자량를 Maldi-TOF 으로 분석을 한 결과 90% 이상이 300-1,000 Da 분포를 보여주었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제28권2호
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• pp.109-119
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• 2022

Histone proteins can be modified by the addition of acetyl group or methyl group to specific amino acids. The modifications have different distribution patterns in chromatin. Recently, histone modifications are studied based on ChIP-seq data, which requires reasonable analysis of sequencing data depending on their distribution patterns. Here we have analyzed histone H3K27ac and H3K27me3 ChIP-seq data and it showed that the H3K27ac is enriched at narrow regions while H3K27me3 distributes broadly. To properly analyze the ChIP-seq data, we called peaks for H3K27ac and H3K27me3 using MACS2 (narrow option and broad option) and SICER methods, and compared propriety of the peaks using signal-to-background ratio. As results, H3K27ac-enriched regions were well identified by both methods while H3K27me3 peaks were properly identified by SICER, which indicates that peak calling method is more critical for histone modifications distributed broadly. When ChIP-seq data were compared in different sequencing depth (15, 30, 60, 120 M), high sequencing depth caused high false-positive rate in H3K27ac peak calling, but it reflected more properly the broad distribution pattern of H3K27me3. These results suggest that sequencing depth affects peak calling from ChIP-seq data and high sequencing depth is required for H3K27me3. Taken together, peak calling tool and sequencing depth should be chosen depending on the distribution pattern of histone modification in ChIP-seq analysis.

• 한국식품영양과학회지
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• 제37권1호
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• pp.117-123
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• 2008

국내에서 생산된 감자 중 세풍, 남서, 수미, 조풍 및 대서의 5가지 품종에 대하여 단백질 profile 및 아미노산 조성을 분석하였다. 총 질소함량은 $1.27{\sim}1.64%$이었으며, 남서가 높았고 수미가 낮게 나타났다. 아미노산 조성은 품종 간에 유의적인 차이가 있었다. 한편, 주요 감자 단백질은 papatin(40 kDa), trypsin inhibitor(20 kDa) 및 protease inhibitor(15 kDa)이었으며, 이들의 함량은 각각 $22.16{\sim}25.81%$, $25.22{\sim}20.91%$ 및 $14.12{\sim}25.23%$이었다. Papatin 함량은 조풍, 세풍, 수미감자가 높은 함량을 보인 반면, trypsin inhibitor는 조풍감자가 5.22%로 가장 낮은 함량을 보였다. Protease inhibitors인 20 kDa와 15 kDa를 합한 값은 $24.7{\sim}35.0%$이었으며, 세풍이 가장 적었고 조풍에 가장 많이 함유되어 있었다.

• BMB Reports
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• 제36권5호
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• pp.475-487
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• 2003

A gene that encodes a homologue to baculoviral p74, an envelope-associated viral structural protein, has been identified and sequenced on the genome of Choristoneura fumiferana granulovirus (ChfuGV). A part of the ChfuGV p74 gene was located on an 8.9 kb BamHI subgenomic fragment using different sets of degenerated primers. These were designed using the results of the protein sequencing of a major 74 kDa structural protein that is associated with the occlusion-derived virus (ODV). The gene has a 1992 nucleotide (nt) open-reading frame (ORF) that encodes a protein with 663 amino acids with a predicted molecular mass of 74,812 Da. Comparative studies revealed the presence of two major conserved regions in the ChfuGV p74 protein. This study also shows that all of the p74 proteins contain two putative transmembrane domains at their C-terminal segments. At the nucleotide sequence level, two late promoter motifs (TAAG and GTAAG) were located upstream of the first ATG of the p74 gene. The gene contained a canonical poly(A) signal, AATAAA, at its 3' non-translated region. A phylogenetic tree for baculoviral p74 was constructed using a maximum parsimony analysis. The phylogenetic estimation demonstrated that ChfuGV p74 is related the closest to those of Cydia pomonella granulovirus (CpGV) and Phthorimaea operculella granulovirus (PhopGV).

• 한국수산과학회지
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• 제57권3호
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• pp.239-252
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• 2024

Recombination activating genes (RAGs) play a crucial role in initiating V(D)J recombination, which is essential for developing adaptive immunity in vertebrates. In this study, we cloned and characterized RAG1/2 cDNA from the marine medaka Oryzias dancena (OdRAG1/2) and investigated their mRNA expression patterns during ontogenetic developmental stages. The OdRAG1 and OdRAG2 cDNA contained open reading frames (ORFs) encoding proteins containing 1,078 and 531 amino acids, respectively. Multiple sequence alignment and phylogenetic analysis revealed that OdRAG1 and OdRAG2 are highly conserved with their corresponding orthologs, featuring distinct core and non-core regions. Notably, expression analysis showed that, in contrast to other fish RAGs studied, OdRAG1/2 expression peaked at 0 days post-hatching (DPH). Additionally, for the expression of T and B cell differentiation markers, CD3γ and CD20, also peaked at 0 DPH. Collectively, adaptive immunity in O. dancena potentially begins during embryonic development, which is critical for V(D)J recombination and essential immune component development, suggesting the early ontogenetic stage interactions between innate and adaptive immunity.

• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제37권5호
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• pp.396-402
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• 2011

Introduction: Epidermal growth factor is a single-chain polypeptide consisting of 53 amino acids with potent mitogenic activity that stimulates the proliferation of a range of normal and neoplastic cells through an interaction with its specific receptor (epidermal growth factor receptor, EGFR). This interaction plays a key role in tumor progression including the induction of tumor cell proliferation. An increased EGFR copy number have been associated with a favorable response to EGFR tyrosine kinase inhibitors therapy. In contrast, K-ras mutations tend to predict a poor response to such therapy. The aim of this study was to determine the correlation between the clinicopathological factors and the up-regulation of EGFR expression and Kras mutations in oral squamous cell carcinoma. Materials and Methods: This study examined the immunohistochemical staining of EGFR, K-ras mutation detection with peptide nucleic acid (PNA)-based real-time polymerase chain reaction (PCR) clamping in 20 specimens from 20 patients with oral squamous cell carcinoma. Results: 1. In the immunohistochemical study of poorly differentiated and invasive oral squamous cell carcinoma, a high level of EGFR staining was observed. The correlation between immunohistochemical EGFR expression and histological differentiation, as well as the tumor size of the specimens was significant (Pearson correlation analysis, significance [r] >0.5, P<0.05). 2. In PNA-based real-time PCR clamping analysis, a K-ras mutation was not detected in all specimens. Conclusion: These findings suggest that the up-regulation of the EGFR may play a role in the progression and invasion of oral squamous cell carcinoma that is, independent of a K-ras mutation.

• 한국자원식물학회지
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• 제12권3호
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• pp.198-203
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• 1999

콩 저장 단백질의 대부분은 globulin이며, 이중 7S와 11S가 70% 이상을 차지한다. 따라서 콩 단백질의 조성개량을 위해서는 11S/7S비율 조정이 우선되는데, 본 연구에서는 전기영동(SDS-PAGE)법을 사용하여 콩 단백질 7S와 11S를 분리 확인하고, 이들 분획 단백질의 유전변이를 분석하였다. 국내 3개지역에서 재배된 콩 장려품종 6계통들의 평균 7S 함량은 38.9% 이었고 11S는 61.2%의 함량을 나타내었다. 분산분석 결과 품종간에 는 유의성이 있었지만 지역간에는 변이가 없었으며, 품종 x 지역의 상호작용은 고도의 유의성을 나타내었다. 유전력은 7S분획중의 $\beta$함량이 72.7%로 높게 나타났다. 공분산을 이용한 상관계수 추정에서는 유전상관이 표현형 상관 보다 다소 높게 나타났다. 따라서 7S와 11S의 분획간 함량을 조정함으로써 콩 단백질의 조성을 개량할 수 있으리라 판단된다.