Hong, Joon Ki;Kim, Young Sin;Cho, Kyu Ho;Lee, Deuk Hwan;Min, Ye Jin;Cho, Eun Seok
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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v.32
no.12
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pp.1836-1843
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2019
Objective: Social genetic effects (SGE) are an important genetic component for growth, group productivity, and welfare in pigs. The present study was conducted to evaluate i) the feasibility of the single-step genomic best linear unbiased prediction (ssGBLUP) approach with the inclusion of SGE in the model in pigs, and ii) the changes in the contribution of heritable SGE to the phenotypic variance with different scaling ${\omega}$ constants for genomic relationships. Methods: The dataset included performance tested growth rate records (average daily gain) from 13,166 and 21,762 pigs Landrace (LR) and Yorkshire (YS), respectively. A total of 1,041 (LR) and 964 (YS) pigs were genotyped using the Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip panel. With the BLUPF90 software package, genetic parameters were estimated using a modified animal model for competitive traits. Giving a fixed weight to pedigree relationships (${\tau}:1$), several weights (${\omega}_{xx}$, 0.1 to 1.0; with a 0.1 interval) were scaled with the genomic relationship for best model fit with Akaike information criterion (AIC). Results: The genetic variances and total heritability estimates ($T^2$) were mostly higher with ssGBLUP than in the pedigree-based analysis. The model AIC value increased with any level of ${\omega}$ other than 0.6 and 0.5 in LR and YS, respectively, indicating the worse fit of those models. The theoretical accuracies of direct and social breeding value were increased by decreasing ${\omega}$ in both breeds, indicating the better accuracy of ${\omega}_{0.1}$ models. Therefore, the optimal values of ${\omega}$ to minimize AIC and to increase theoretical accuracy were 0.6 in LR and 0.5 in YS. Conclusion: In conclusion, single-step ssGBLUP model fitting SGE showed significant improvement in accuracy compared with the pedigree-based analysis method; therefore, it could be implemented in a pig population for genomic selection based on SGE, especially in South Korean populations, with appropriate further adjustment of tuning parameters for relationship matrices.
Prihambodo, Tri Rachmanto;Sholikin, Muhammad Miftakhus;Qomariyah, Novia;Jayanegara, Anuraga;Batubara, Irmanida;Utomo, Desianto Budi;Nahrowi, Nahrowi
Animal Bioscience
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v.34
no.3_spc
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pp.434-442
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2021
Objective: This study aims to evaluate the influence of dietary flavonoids on the growth performance, blood and intestinal profiles, and carcass characteristics of broilers by employing a meta-analysis method. Methods: A database was built from published studies which have reported on the addition of various levels of flavonoids from herbs into broiler diets and then monitored growth performance, blood constituents, carcass proportion and small intestinal morphology. A total of 42 articles were integrated into the database. Several forms of flavonoids in herbs were applied in the form of unextracted and crude extracts. The database compiled was statistically analyzed using mixed model methodology. Different studies were considered as random effects, and the doses of flavonoids were treated as fixed effects. The model statistics used were the p-values and the Akaike information criterion. The significance of an effect was stated when its p-value was <0.05. Results: Dietary flavonoids increased (quadratic pattern; p<0.05) the average daily gain of broilers in the finisher phase. There was a reduction (p<0.01) in the feed conversion ratio of the broilers both in the starter (linear pattern) and finisher phases (quadratic pattern). The mortality rate tended to decrease linearly (p<0.1) with the addition of flavonoids, while the carcass parameter was generally not influenced. A reduction (p<0.001) in cholesterol and malondialdehyde concentrations (both linearly) was observed, while super oxide dismutase activity increased linearly (p<0.001). Increasing the dose of flavonoids increased (p<0.01) the villus height (VH) and villus height and crypt depth (VH:CD) ratio (p<0.05) in the duodenum. Similarly, the VH:CD ratio was elevated (p<0.001) in the jejunum following flavonoid supplementation. Conclusion: Increasing levels of flavonoids in broilers diet leads to an improvement in growth performance, blood constituents, carcass composition and small intestinal morphology.
Dong Ik Cha;Kyung Mi Jang;Seong Hyun Kim;Young Kon Kim;Honsoul Kim;Soo Hyun Ahn
Korean Journal of Radiology
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v.21
no.4
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pp.402-412
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2020
Objective: To evaluate the performance of predicting early recurrence using preoperative factors only in comparison with using both pre-/postoperative factors. Materials and Methods: We retrospectively reviewed 549 patients who had undergone curative resection for single hepatcellular carcinoma (HCC) within Milan criteria. Multivariable analysis was performed to identify pre-/postoperative high-risk factors of early recurrence after hepatic resection for HCC. Two prediction models for early HCC recurrence determined by stepwise variable selection methods based on Akaike information criterion were built, either based on preoperative factors alone or both pre-/postoperative factors. Area under the curve (AUC) for each receiver operating characteristic curve of the two models was calculated, and the two curves were compared for non-inferiority testing. The predictive models of early HCC recurrence were internally validated by bootstrap resampling method. Results: Multivariable analysis on preoperative factors alone identified aspartate aminotransferase/platelet ratio index (OR, 1.632; 95% CI, 1.056-2.522; p = 0.027), tumor size (OR, 1.025; 95% CI, 0.002-1.049; p = 0.031), arterial rim enhancement of the tumor (OR, 2.350; 95% CI, 1.297-4.260; p = 0.005), and presence of nonhypervascular hepatobiliary hypointense nodules (OR, 1.983; 95% CI, 1.049-3.750; p = 0.035) on gadoxetic acid-enhanced magnetic resonance imaging as significant factors. After adding postoperative histopathologic factors, presence of microvascular invasion (OR, 1.868; 95% CI, 1.155-3.022; p = 0.011) became an additional significant factor, while tumor size became insignificant (p = 0.119). Comparison of the AUCs of the two models showed that the prediction model built on preoperative factors alone was not inferior to that including both pre-/postoperative factors {AUC for preoperative factors only, 0.673 (95% confidence interval [CI], 0.623-0.723) vs. AUC after adding postoperative factors, 0.691 (95% CI, 0.639-0.744); p = 0.0013}. Bootstrap resampling method showed that both the models were valid. Conclusion: Risk stratification solely based on preoperative imaging and laboratory factors was not inferior to that based on postoperative histopathologic risk factors in predicting early recurrence after curative resection in within Milan criteria single HCC patients.
Kim, Do-Ik;Choi, Duck-Soo;Ko, Suk-Ju;Kang, Beom-Ryong;Park, Chang-Gyu;Kim, Seon-Gon;Park, Jong-Dae;Kim, Sang-Soo
Korean journal of applied entomology
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v.51
no.4
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pp.431-438
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2012
The developmental time of the nymphs of Myzus persicae was studied in the laboratory (six constant temperatures from 15 to $30^{\circ}C$ with 50~60% RH, and a photoperiod of 14L:10D) and in a green-pepper plastic house. Mortality of M. persicae in laboratory was high in the first(6.7~13.3%) and second instar nymphs(6.7%) at low temperatures and high in the third (17.8%) and fourth instar nymphs(17.8%) at high temperatures. Mortality was 66.7% at $33^{\circ}C$ in laboratory and $26.7^{\circ}C$ in plastic house. The total developmental time was the longest at $14.6^{\circ}C$ (14.4 days) and shortest at $26.7^{\circ}C$ (6.0 days) in plastic house. The lower threshold temperature of the total nymphal stage was $3.0^{\circ}C$ in laboratory. The thermal constant required for nymphal stage was 111.1DD. The relationship between developmental rate and temperature was fitted nonlinear model by Logan-6 which has the lowest value on Akaike information criterion (AIC) and Bayesian information criterion (BIC). The distribution of completion of each developmental stage was well described by the 3-parameter Weibull function ($r^2=0.95{\sim}0.97$). This model accurately described the predicted and observed occurrences. Thus the model is considered to be good for use in predicting the optimal spray time for Myzus persicae.
Kim, Do-Ik;Ko, Suk-Ju;Choi, Duck-Soo;Kang, Beom-Ryong;Park, Chang-Gyu;Kim, Seon-Gon;Park, Jong-Dae;Kim, Sang-Soo
Korean journal of applied entomology
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v.51
no.4
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pp.421-429
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2012
The developmental time period of Aphis gossypii was studied in laboratory (six constant temperatures from 15 to $30^{\circ}C$ with 50~60% RH, and a photoperiod of 14L:10D) and in a cucumber plastic house. The mortality of A. gossypii in the laboratory was high in the 2nd (20.0%) and 3rd stage(13.3%) at low temperature but high in the 3rd (26.7%) and 4th stage (33.3%) at high temperatures. Mortality in the plastic house was high in the 1st and 2nd stage but there was no mortality in the 4th stage at low temperature. The total developmental period was longest at $15^{\circ}C$ (12.2 days) in the laboratory and shortest at $28.5^{\circ}C$ (4.09 days) in the plastic house. The lower threshold temperature at the total nymphal stage was $6.8^{\circ}C$ in laboratory. The thermal constant required to reach the total nymphal stage was 111.1DD. The relationship between the developmental rate and temperature fit the nonlinear model of Logan-6 which has the lowest value for the Akaike information criterion(AIC) and Bayesian information criterion(BIC). The distribution of completion of each development stage was well described by the 3-parameter Weibull function ($r^2=0.89{\sim}0.96$). This model accurately described the predicted and observed outcomes. Thus it is considered that the model can be used for predicting the optimal spray time for Aphis gossypii.
This study was conducted to estimate annual trends and the environmental effects in the racing records of Jeju horses. The Korean Racing Authority (KRA) collected 48,645 observations for 2,167 Jeju horses from 2002 to 2019. Racing records were preprocessed to eliminate errors that occur during the data collection. Racing times were adjusted for comparison between race distances. A stepwise Akaike information criterion (AIC) variable selection method was applied to select appropriate environment variables affecting racing records. The annual improvement of the race time was -0.242 seconds. The model with the lowest AIC value was established when variables were selected in the following order: year, budam classification, jockey ranking, trainer ranking, track condition, weather, age, and gender. The most suitable model was constructed when the jockey ranking and age variables were considered as random effects. Our findings have potential for application as basic data when building models for evaluating genetic abilities of Jeju horses.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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