• BMB Reports
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• 제41권11호
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• pp.790-795
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• 2008

An inducible lysine 6-dehydrogenase (Lys 6-DH), which catalyzes the oxidative deamination of the 6-amino group of L-lysine in the presence of $NAD^+$, was purified to homogeneity from Achromobacter denitrificans, yielding a homodimeric protein of 80 kDa. The enzyme was specific for the substrate L-lysine and $NAD^+$ served as a cofactor. The dimeric enzyme associated into a hexamer in the presence of 10 mM L-lysine. The $K_m$ values for L-lysine and $NAD^+$ were 5.0 and 0.09 mM, respectively. The lys 6-dh gene was cloned and overexpressed in E. coli. The open reading frame was 1,107 nucleotides long and encoded a peptide containing 368 amino acids with 39,355 Da. The recombinant enzyme was purified to homogeneity and characterized. Enzyme activities and kinetic properties of the recombinant enzyme were almost the same as those of the endogenous enzyme obtained from A. denitrificans. Crystals of the enzyme were obtained using the hanging drop method.

• Applied Biological Chemistry
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• 제40권3호
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• pp.189-195
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• 1997

부위특이적 변이제작을 통하여 Achromobacter protease I (API)의 lysin에 대한특이성의 구조적 근거를 조사하였다. Lysine 특이성을 결정하는 결정기로서 예상되는 잔기중의 하나인 Glu190을 glutamine, aspartic acid, leucine으로 치환하였을 경우, 전구체단백질은 Iysine 특이성을 가진 완전한 활성효소로서 발현되어 자기촉매적으로 processing되었다. 다른 하나의 잔기인 Asp225을 asparagine, leucine으로 치환한 변이체에서는 불활성 전구체인 pro-API으로서 발현되었으나, 변이체 (D225E)의 경우는 서서히 자기촉매적으로 maturation 되었다. 성숙체인 변이체 (D225E)의 Iysylendopeptidase 활성은 wild-type APl의 0.25%이였으며, 이 활성의 감소는 기질 Iysine과 효소와의 친화력 감소가 주 원인이었다. 이러한 결과로부터 Asp225가 Iysylendopeptidase의 엄격한 기질특이성에 결정적인 역할을 담당한다는 것이 시사되었다. 한편, 변이체 (D225E)는 ornithine 기질에 대해서 효소활성 이 검출되지 않았다. 이 변이체의 촉매잔기인 Ser194가 native API과 마찬가지로 DFP, PMSF와 근본적으로 동일한 반응성이 있는 것으로 나타나 225번 위치의 methylene 1 unit 더 긴 측사는 subsite P1의 methylene 1 unit 짧은 측사에 의해 보상되지 않는다는 것을 알 수 있었다.

• Ocean and Polar Research
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• 제26권1호
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• pp.51-58
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• 2004

We isolated and identified culturable Arctic bacteria that had inhabited soils around the Korean Arctic Research Station Dasan located at Ny-Alsund, Svalbard, Norway $(79^{\circ}N,\;12^{\circ}E)$. The collected soils were diluted in distilled water; the diluted soil-water was spread on 3M petri-films at Dasan Station. The petri-films were transported to the laboratory at KORDI, and cultured at $4^{\circ}C$. Colonies grown on the petri-films were subsequently cultured on nutrient agar plates at $4^{\circ}C$ every 7 days. The pure colonies were inoculated into nutrient liquid media, genomic DNA was extracted, and phylogenetic analysis was performed on the basis of 165 rDNA sequences. A total of 227 strains of bacteria were isolated. Among them, 16S rDNA sequences of 185 strains were identical with those of known strains isolated in this study, and 42 strains were finally identified. Phylogenetic analysis using 16S rDNA indicated that the 30 strains belonged to Pseudomonas, 7 strains to Arthrobacter, two strains to Flavobacterium, and the remaining to Achromobacter, Pedobacter, and Psychrobacter. Among the 42 strains, 14 bacteria produced protease: they were 6 strains of Pseudomonax, 4 strains of Arthrobater, an Achromobacter strain, 2 strains of Flavobacterium, and a Pedohacter strain. We expect these Arctic bacteria can be used for screening to develop new industrial enzymes that are active at low temperatures.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권6호
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• pp.742-753
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• 2012

Copper-containing compounds are introduced into the environment through agricultural chemicals, mining, and metal industries and cause severe detrimental effects on ecosystems. Certain microorganisms exposed to these stressors exhibit molecular mechanisms to maintain intracellular copper homeostasis and avoid toxicity. We have previously reported that the soil bacterial isolate Achromobacter sp. AO22 is multi-heavy metal tolerant and exhibits a mer operon associated with a Tn21 type transposon. The present study reports that AO22 also hosts a unique cop locus encoding copper homeostasis determinants. The putative cop genes were amplified from the strain AO22 using degenerate primers based on reported cop and pco sequences, and a constructed 10,552 base pair contig (GenBank Accession No. GU929214). BLAST analyses of the sequence revealed a unique cop locus of 10 complete open reading frames, designated copSRABGOFCDK, with unusual separation of copCD from copAB. The promoter areas exhibit two putative cop boxes, and copRS appear to be transcribed divergently from other genes. The putative protein CopA may be a copper oxidase involved in export to the periplasm, CopB is likely extracytoplasmic, CopC may be periplasmic, CopD is cytoplasmic/inner membrane, CopF is a P-type ATPase, and CopG, CopO, and CopK are likely copper chaperones. CopA, B, C, and D exhibit several potential copper ligands and CopS and CopR exhibit features of two-component regulatory systems. Sequences flanking indicate the AO22 cop locus may be present within a genomic island. Achromobacter sp. strain AO22 is thus an ideal candidate for understanding copper homeostasis mechanisms and exploiting them for copper biosensor or biosorption systems.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.208-215
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• 2005

본 연구는 농업과 어업, 그리고 생태체험과 같은 인간들의 활동으로 인하여 상당히 영향을 받는 갯벌환경 중의 하나인 순천만을 모델장소로 갈대의 환경정화 기능에 있어 근권에 분포하는 미생물의 역할에 대한 기초 자료를 얻고자 수행하였다. 우선, 순천만의 갈대근권 토양을 시료로하고 anthracene, naphthalene, phenanthrene, pyrene 등이 첨가된 다환성 방향족 화합물(polycyclic aromatic hydrocarbons; PAH)을 탄소원 및 에너지원으로 하는 농화 배양을 통하여 두 개의 consortium을 획득하였다. 두 consortium으로부터 순수 분리된 우수한 PAH분해능을 갖는 4개의 균주(SCB1, SCB2, SCB6,그리고 SCB7)를 형태 및 생리학적 특성과 16S rRNA유전자서열을 기초로 분석한 결과 각 균주는 $99{\%}$ 이상의 신뢰도로 Burkholderia sp., Aicaligenes sp., Achromobacter sp., and Pseudomonas sp.로 동정되었다. 주목할 만한 점은 Burkholderia sp. SCB1과 Alcaligenes sp. SCB2는 naphthalene이나 phenanthrene보다 훨씬 안정되어 있는 구조의 anthracene이나 pyrene에서 더 빠른 성장률과 기질 분해율을 나타내는 것으로 밝혀졌다. 반면,Achromobacter sp. SCB6와 Pseudomonas sp. SCB7은 pyrene을 제외한 다른 시험기질에 대하여 유사한 성장 및 분해패턴을 나타내었다. 이러한 결과는 주요한 염습지 식물중의 하나인 갈대의 근권에서 살아가는 이들 PAH 분해 균주들이 PAH와 같은 물질로 오염된 근권 환경의 정화작용에 중요한 역할을 할 수 있음을 제시해 주었다.

• 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국미생물생명공학회 1975년도 추계학술발표회
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• pp.182.3-183
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• 1975

본품에 의한 단백질 부해효소의 생산조건, 정제 및 특성을 조사해본 결과는 다음과 같다. 1) 0.5％ nylon oligomer, 0.3％ peptone, 0.1％ yeast extract 및 salt mixture를 함유한 배지에서 24시간 진탕배양 했을 때 가장 높은 생산율을 보여주었다.(중략)

• 미생물학회지
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• 제30권2호
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• pp.96-100
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• 1992

토양세균의 혼합배양에 의한 MCPP [2-(2-Methyl-4-Chlorophenoxy) Propionic Acid]의 미생물학적 분해를 조사하였다. 혼합배양은 Pseudomonas 종, Flavobacterium 종, 그리고 Achromobacter종을 포함하였다. 세균들은 유일한 탄소 및 에너지원으로서 MCPP를 이용하였으나, 부분적인 분해만을 부여주었다. MCPP의 분해는 2-methyl-4-chlorophenol의 형성에 의하여 진행되었으며, 이는 HPLC 에 의하여 발견되었고, GC-MS에 의하여 확인되었다. 이 중간대사물질은 일시적으로 생성되었으며, reverse phase HPLC와 Uv absorbance에 의하여 다른 대사산물의 존재는 관찰되지 않았다.

• KSBB Journal
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• 제14권2호
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• pp.205-211
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• 1999

본 연구에서는 A.cycloclast ATCC 21921 균주를 사용하여 $\gamma$-butyrobetaine으로부터 L-carnitine을 생산하는 최적 조건에 대한 연구를 수행하였다. 배양액 내에 $\gamma$-butyrobetaine 만을 포함하였을때는 최대 L-carnitine 생산량이 29g/L이었고 전환수율도 30.9 mol%로 매우 낮았다. L-carmtine 생산에 미치는 탄소원의 영향을 관찰한 결과 glycerol을 첨가할 경우 L-carnitine 생산량이 4.6g/L 그리고 전환수율이 88.2 mol%로 $\gamma$-butyrobetaineaks을 포함하였을 때보다 월등히 향상되었다. Betaine, chohne와 같은 quaternary ammonium compounds 들이 L-carnitine 생산에 미치는 영향을 조사해본 결과, 이들에 의하여 L-carntine 생산 속도가 빨라지고 전환수율도 증가함을 알 수 있었다. 한편, 기질인 $\gamma$-butyrobetaine 농도 3% 이상에서 세포 생장은 저해되고 L-carnitine 생산은 기질 농도 2-3%에서 가장 우수함을 알 수 있었다. 본 연구에서 구한 최적 생산 조건, 다시 말해서 glycerol과 choline을 배양액에 포함하고 기질의 농도를 2%^로 하여 플라스크에서 회분식 배양을 하였을 때, 배양 4일 만에 최대 7.2g/L의 L-carrutine을 생산할 수 있었고 이때 $\gamma$-butyrobetaine으로부터 L-carnitine에로의 전환수율은 98.7mol%이었다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제52권3호
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• pp.214-220
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• 2020

세정제로 손을 씻는 것은 감염의 가능성이 있는 미생물을 줄이는 중요한 방법이지만 재사용하는 액체 형 세정제는 외부의 오염에 취약하다. 이 연구의 목적은 공공화장실에서 사용하고 있는 액체 세정제의 오염도를 측정하는 것이다. 저자는 6개 건물에 있는 58개의 공공 화장실에서 액체 형 손 세정제를 조사하였다. 균의 동정은 전통적인 생화학적 검사와 질량분석기를 이용하였으며 항균제 감수성 검사는 Vitek II 시스템을 이용하였다. 58개의 화장실 중 27개(46.55%)의 화장실에서 세정제를 다시 채워 재사용하고 있었으며, 이들 중 25개(92.59%) 화장실의 세정제가 세균에 오염되어 있었다. 오염된 균은 1.6×10³ to 2.7×10⁵ CFU/mL의 범위였으며, Serratia liquefaciens (12 균주), Achromobacter xylosoxidans (9 균주), Serratia marcescens (4 균주), Staphylococcus pastueri (1 균주), Achrombacter spanius (1 균주) 순으로 분리되었다. A. xylosoxidans 1 균주를 제외하고 같은 건물에서 분리된 같은 균 종은 동일한 감수성 양상이었다. 결론적으로 오염된 손 세정제로 손을 씻는 것은 공공보건 시설에서 세균의 전파가능성이 높일 수 있으므로 면역이 감소한 환자들이 이용하는 병원의 화장실은 손 세정제를 재사용하는 것을 제한할 필요가 있다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제34권4호
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• pp.299-306
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• 1991

$[U-^{14}C]\;TCAB$를 $MM_2$ 무기배지(無機培地)에 유일(唯一)한 탄소원(炭素源)으로 첨가(添加) 후(後) 분리(分離)한 균주(菌株)들을 순수배양(純粹培養)하였을 때 약간(若干)의 방사성(放射性) 분해산물(分解産物)이 autoradiography에 의(依)하여 검출(檢出)되었다. 또한 유기물(有機物)을 제거한 토양(土壤)에 $^{14}C-TCAB$를 첨가(添加)한 후(後) 각각의 분리균주(分離菌株)들을 접종(接種)하고 $MM_2$ 무기배지(無機培地)를 가(加)하여 일정(一定)한 습도(濕度)를 유지(維持)하면서 $30^{\circ}C$에서 배양(培養)하였을 때 $^{14}CO_2$가 발생(發生)되지 않았다. 이들 분리균주(分離菌株)의 하나인 Achromobacter group VD를 순수배양(純粹培養) 시(時) m/z 250인 분해산물(分解産物)이 GC/MS에 의(依)하여 확인(確認)되었다. 이 분해산물(分解産物)의 가능(可能)한 형성경로(形成經路)는 TCAB의 구조(構造)로부터 dechlorination, hydrorylation, 2개(個) benzene환(環)의 ortho 관열(關裂), 그리고 생성(生成)된 carboxyl group의 환원(還元) 등이 관련(關聯)된다고 생각된다.