• Title/Summary/Keyword: ACP-based PCR

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Effects of Salt and Drought Stresses on Seed Germination and Gene Expression Pattern in Tall Fescue (염과 건조 스트레스 조건에서 톨 페스큐의 종자 발아율과 유전자 발현 변화분석)

  • Lee, Sang-Hoon;Lee, Ki-Won;Choi, Gi Jun;Kim, Ki-Yong;Ji, Hee Jung;Hwang, Tae Young;Lee, Dong-Gi
    • Journal of The Korean Society of Grassland and Forage Science
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    • v.34 no.2
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    • pp.114-119
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    • 2014
  • Salinity and drought stresses are probably the most significant abiotic factor limiting plant's growth, also negatively affect seed germination and early seedling development. To study on effect of NaCl and PEG stress on seed germination and gene expression pattern of tall fescue, the levels of NaCl and PEG-induced water stresses were determined in first experiment. Different concentration of NaCl (0 to 350 mM) and PEG (0 to 30%) were used for seed treatment. Seed Germination percentage reduced with increasing osmotic potential of growth medium either due to NaCl or PEG. Seeds were not germinate at 350 mM NaCl or 30% PEG treatment. On the basis of the results, Kentucky31(E-) had more resistant than Fawn in both stress conditions. Furthermore, we have used an annealing control primer-based differential display reverse transcription-polymerase chain reaction method to identify salt- and drought stress-induced differentially expressed genes (DEGs) in tall fescue leaves. Using 120 annealing control primers, a total of 4 genes were identified and sequenced. The possible roles of the identified DEGs are discussed in the context of their putative role during salinity and drought stresses.

Molecular Analysis of Isoniazid-Resistance Related Genes of Mycobacterium tuberculosis Isolated from Korea

  • Hwang Joo Hwan;Jeong Eun Young;Choi Yeon Im;Bae Kiho;Song Taek Sun;Cho Sang-Nae;Lee Hyeyoung
    • Biomedical Science Letters
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    • v.11 no.4
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    • pp.455-463
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    • 2005
  • Resistance to isoniazid (INH), which is one of the most important drugs in Mycobacterium tuberculosis chemotherapy, has been associated with mutations in genes encoding the mycobacterial catalse-peroxidase (katG), the enoyl acyl carrier protein (ACP) reductase (inhA), alkyl hydroperoxide reductase (ahpC), beta-ketoacyl acyl carrier protein synthase (kasA), and NADH dehydrogenase (ndh). In this study, we examined INH-resistance related genes in 50 INH-resistant and 24 INH-susceptible isolates by PCR-sequence analysis. In brief, mutations at the katG gene were found at codon 315 alone (2/50), at codon 463 alone (19/50), and both at 315 and 463 (29/50). However, while mutations at codon 315 were only detected in INH-resistant isolates, mutations at codon 463 were also detected in INH-susceptible isolates indicating mutations at 463 alone do not seem to confer resistance to INH. Similar to the case of katG 463, some of inhA mutations were also found among INH-susceptible isolates. For example, whereas mutations at 8 upstream of the start codon (UPS) and 15 UPS of the inhA gene were detected only in INH-resistant isolates, mutations at 101, 115, and 125 UPS were detected only in INH-susceptible isolates. Many different kinds of mutations were detected in INH­resistant isolates at ahpC, oxyR gene, and intergenic region of the oxyR-ahpC genes. Howerver, the mutations were not found oxyR and the intergenic regions in INH-susceptible isolates. No mutations were found at either kasA or at ndh gene among INH-resistant isolates. In conclusion, some of mutations such as katG 315, inhA promotor region, and oxyR-ahpC seem to be strongly related to INH-resistance. Currently we are developing a molecular diagnostic method based on these results.

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Identification of intrinsic regulators in the secondary palate morphogenesis (이차구개 형태분화의 내적 조절유전자 규명)

  • Lee, Jae-Guk;Jang, Eun-Ha;Im, Yang-Hee;Kim, Ki-Byeung;Ko, Seung-O;Cho, Eui-Sic;Shin, Hyo-Keun
    • Korean Journal of Cleft Lip And Palate
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    • v.10 no.1
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    • pp.1-16
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    • 2007
  • 이차구개는 발생과정에서 구개선반의 형성과 성장, 거상과 융합의 과정을 통해 형성된다. 이와 같은 이차구개의 형성과정은 미세한 분자유전학적 신호전달기전에 의해 조절되는 것으로 알려져 있어서, 신호전달과정에 관여하는 유전인자의 발현이상이 되면 정상적인 이차구개가 형성되지 못하고 구개파열이라는 선천성 기형이 발생된다. 구개파열의 유발인자들에 대한 많은 연구에도 불구하고 현재까지 정상적인 이차구개의 형성을 조절하는 분자유전학적 기전에 대해서는 명확히 알려져 있지 않다. 따라서 본 연구에서는 이차구개의 형태분화를 조절하는 분자유전학적 기전을 알아보고자, 이차구개 형성의 내적 조절인자 중 핵심유전자로 알려져 있는 Osr2가 결손된 생쥐의 이차구개 형성과정에서 정상생쥐에 비해 발현의 변동이 나타나는 유전자를 확인하였다. 유전자 발현의 변동은 발생 14.5일(E14.5)의 구개선반으로부터 추출한 total RNA를 이용하여 ACP-based GeneFishing PCR을 시행하여 확인하였고, 각각의 변동된 유전자를 동정하여 정상생쥐의 이차구개 형성과정에서의 발현양상을 in situ hybridization을 시행하여 확인하였다. 총 120쌍의 primer를 이용한 검색을 통해서 정상생쥐의 구개선반에 비해 mutant에서 발현이 변동된 유전자는 7개가 검출되었고, 이들은 모두 정상생쥐에 비해 mutant에서 발현이 증가되는 것으로 확인되었다. 검출된 유전자는 vimentin(Vim), ${\beta}$-tropomyosin 2(Tpm2), thioredoxin-like 5(Txnl5), procollagen type II alpha 1(Col2a1), Insulin-like growth factor binding protein 7(IGFbp7), Sui 1 homologs(Sui 1), Defender against cell death1(Dad1)이었다. 검출된 유전자를 동정하여 정상생쥐의 구개 형성과정에서의 발현양상을 알아본 결과, Col2a1 을 제외한 유전자들은 모두 E13.5의 구개선반에서 특이적으로 발현되고 있었으나 구개선반이 융합된 E15.5에서는 Vim, Txnl5 그리고 Dad1 만이 봉합선을 따라 발현이 지속되고 있었다. 이상의 결과로 보아 검출된 유전자들은 구개선반의 형태분화과정에서 발현되어 이차구개의 형성과정에 관여할 것으로 여겨진다. 또한 이들은 이차구개 형성의 내적조절인자인 Osr2의 downstream target 으로 구개선반의 성장과 융합과정에 직접적으로 관여하는 유전물질일 것으로 추정된다.

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