• 한국치위생학회지
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• 제13권5호
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• pp.889-900
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• 2013

Objectives : Molecular biology techniques were employed to assess diversity of bacterial in children's dental caries. Methods : DNA of germs was extracted and the diversity of the 16S rRNA clones was analyzed by amplified rDNA restriction analysis and sequencing. The experimental samples were pit and fissure caries (PC), deep dentinal caries (DC), smooth surface caries (SC), and supragingival plaque (PQ) from 50 children of age less than 12 years old. The control group was healthy teeth supragingival plaque (HT). Thirty clones from each 16S rRNA clone library of 5 samples were randomly selected, thus a total of 150 clones were analyzed. Results : Amplified rDNA restriction analysis uncovered 18, 20, 11, 17, and 22 phylotypes from healthy teeth, pit and fissure caries, deep dentinal caries, smooth surface caries, and supragingival plaque, respectively. Sequencing analysis found the dominance of Actinomycs naeslundii and Fusobacterium nucleatum in the healthy teeth; Leptotrichia sp. in the pit and fissure caries; Actinomyces sp., Streptococcus mutans, and Rahnella aquatilis in the deep dentinal caries; Streptococcus mutans and Actinomyces sp. in the smooth surface caries; Enterobacter hormaechei and Streptococcus sanguinis in the supragingival plaque. Conclusions : Clonal analysis identified 6 phyla, 20 genera, and 51 species.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제37권3호
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• pp.189-196
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• 2009

Bacteria were isolated from roots of plants belonging to family Solanaceae and Gramineae, inhabited in Dokdo island. Fifty six endospore-forming bacteria grown on tryptic soy broth (TSB) agar medium and 23 nitrogen-fixing bacteria (NFB) grown on nitrogen free agar medium were isolated, respectively. The isolates were partially identified by analyzing the 16S rDNA and categorized into phylogenetic groups. The 16S rDNA sequences of each identified isolates were compared with sequences of each type strains to analyze phylogenetic relationship by phylogenetic tree. As a result, endospore-forming bacteria and nitrogen-fixing bacteria were classified into 4 and 6 lineage groups, respectively. Among these isolated, 18 were presumed to be novel species candidates based on the similarity (lower than 98%) analysis of the l6S rDNA sequences.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.155-162
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• 2009

계통적으로 근연하며 지리적 분포가 유사한 두 종의 Spirastrella 속의 해양 해면, S. panis와 S. abata의 배양 가능한 공생세균 군집구조를 16S rDNA-RFLP 방법에 의해 분석하였다. 공생세균의 배양은 해면추출물 3%를 포함하는 MA 배지를 사용하였다. 증폭된 16S rDNA의 RFLP (restriction fragment length polymorphism) 분석을 위한 제한효소로 HaeIII와 MspI을 이용하였으며, 그 결과 24개의 RFLP type을 구별할 수 있었다. 각 패턴별로 1~5개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 98.4% 이상의 유사도를 나타내었으며 2종의 Spirastrella 해면으로부터 분리된 세균들은 모두 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria 4개의 강(class)에 포함되었다. Alphaproteobacteria는 S. abata에서 39.3%, S. panis에서 47.6%가 관찰되어 두 해면에서 우점하는 세균 군집이었다. Gammaproteobacteria의 경우 S. abata에서 38.5%로 관찰된 반면 S. panis에서 1.6%의 아주 적은 비율로 관찰되었다. 또한 Bacillus (phylum Firmicutes) 종은 S. abata에서 9.7%를 나타낸 반면, S. panis에서는 44.3%의 분포를 나타내었다. Planococcus maritimus (8.1%, phylum Firmicutes)와 Psychrobacter nivimaris (28.9%, phylum Gammaproteobacteria)는 S. abata에서만 관찰되어 이들은 S. abata에 특이적인 세균 종임을 알 수 있었다. 같은 장소에 서식하는 계통적으로 근연한 두 종의 해면에서 공생세균의 군집 구조는 차이가 큰 것으로 나타났다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제3권1호
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• pp.64-70
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• 2000

DNA probes for the l6S rRNA have been designed for the detection of Edwardsiella tarda. In order to accomplish this purpose, the l6S rRNA gene from E. tarda has been cloned and sequenced. Two highly feasible oligonucleotide probe sites have been determined by the database analysis programs presented by PCGENE and BLAST. These two probes have been evaluated by slot blot hybridization analysis. Hetero- and homo-trimeric templates have been synthesized using these two probe sites. The templates have been further multimerized by PCR to generate between 150 and 300 bp long DIG-11-dUTP labeled probes. Unlike 3' end labeled oligonucleotide probes or templates, multimerized probes showed no cross­hybridization in the given experimental condition. Furthermore, a significant increase in sensitivity has been observed with these probes. This method, we presented here, may be useful for the designing of probes for the detection of other fish pathogenic microorganisms also.

• 식물분류학회지
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• 제38권2호
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• pp.151-162
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• 2008

제주도 특산식물인 한라참나물의 염색체수를 재조사하기 위해 핵형분석과 bicolor FISH를 수행하였다. 한라참나물의 체세포 염색체수는 2n=2x=22로 관찰되었고, 염색체의 길이는 $3.58-5.82{\mu}m$였다. 염색체의 구성은 2쌍의 중부 염색체(염색체 1과 2번), 4쌍의 차중부 염색체 (염색체 3, 4, 6, 8번), 그리고 5쌍의 차단부 염색체(염색체 5, 7, 9, 10, 11번)로 확인되었다. Bicolor FISH를 통해 3쌍의 5S와 4쌍의 45S rDNA 위치를 확인하였으며, 5S rDNA의 경우 염색체 4번의 장완 말단 부위에서 2쌍과 염색체 6번의 장완 중심과 동원체 사이에서 1쌍의 signals가 관찰되었다. 45S rDNA signals는 염색체 4, 6, 10 그리고 11번의 단완 말단에서 각각 확인되었다. 본 종의 염색체수가 핵형분석 및 FISH를 통해 이전의 연구결과와 다르게 분석됨으로써 한라참나물의 염색체수의 재고가 필요하다고 사료되었다.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제22권3호
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• pp.199-204
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• 2002

It has been known that Ganoderma lucidum and Lentinus edodes have anticancer activity and immune enhancing activity. These two mushrooms were grown in liquid culture and harvested. From these mycelia, DNA was isolated and EtBr-CsCl density gradient ultracentrifugation was performed to purify it further. Then mitochondrial DNA was isolated by bisbenzimide-CsCl density ultracentrifugaton. Mitochondrial DNA of Ganoderma lucidum was digested by restriction enzymes, EcoR I, Hind Ⅲ, and Pst I, then electrophoresed. It showed 12, 22, 4 fragments. Mitochondrial DNA of Lentinus edodes was digested by EcoR I. Electric pattern showed 6 fragments. 4 fragments had appeared by Pst 1 digested mitochondrial DNA. Hind ill couldn't digest mitochondrial DNA of Lentinus edodes. Mitochondrial DNA of fusants was isolated to compare to those of parents. The results showed that fusant P₂S₄has new, recombined mitochondrial DNA. But P₂S₄had the same DNA that Ganoderma lucidum had.

• 식물분류학회지
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• 제43권2호
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• pp.139-145
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• 2013

국내에 자생하는 황기속(Astragalus L.) 식물인 정선황기(A. koraiensis)의 핵형을 분석하고, 5S 및 45S rDNA 유전자를 이용한 FISH 실험에 기초하여 세포유전학적 연구를 수행하였다. 핵형 분석 결과, 정선황기의 체세포 염색체수는 2n = 16으로, 기본 염색체수는 x = 8임을 확인하였다. 염색체 조성은 6쌍의 중부염색체(염색체 1, 3, 4, 5, 6, 8)와 2쌍의 차중부염색체(염색체 2, 7)로 구성되었다. 정선황기의 염색체상에서의 FISH 결과, 1쌍의 45S rDNA signal이 5번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었고, 2쌍의 5S rDNA signal이 4번 염색체의 단완 말단부위와 7번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었다. 이는 기존의 황기 및 제주황기, 몽골황기(A. mongholicus) 와는 전혀 다른 FISH 패턴을 보이고 있어 정선황기가 고유종임을 암시하지만, 형태학적으로 유사한 갯황기(A. sikokianus) 및 A. bhotanensis 와의 비교연구를 수행하여 정확한 분류학적 처리가 이루어져야 할 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권5호
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• pp.643-650
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• 2000

A new aniline-utilizing microorganism, strain HY1 obtained from an orchard soil, was characterized by using the BIOLOG system, an analysis of the total cellular fatty acids, and a 16S rDNA sequence. Strain HY1 was identified as a Burkholderia species, and was designated Burkholderia sp. HY1. GC and HPLC analyses revealed that Burkholderia sp. HY1 was able to degrade aniline to produce catechol, which was subsequently converted to cis,cis-muconic acid through an ortho-ring fission pathway under aerobic conditions. Strain HY1 exhibited a drastic reduction in the rate of aniline degradation when glucose was added to the aniline media. However, the addition of peptone or nitrate to the aniline media dramatically accelerated the rate of aniline degradation. A fatty acid analysis showed that strain HY1 was able to produce lipids 16:0 2OH, and 11 methyl 18:1 ${\omega}7c$ approximately 3.7-, 2.2-, and 6-fold more, respectively, when grown on aniline media than when grown on TSA. An analysison the alignment of a 1,435 bp fragment. A phylogenetic analysis of the 16S rDNA sequence based on a 1,420 bp multi-alignment sowed of the 16s rDNA sequence revealed that strain HY1 was very closely related to Burkholderia graminis with 95% similarity based that strain HY1 was placed among three major clonal types of $\beta$-Proteobacteria, including Burkholderia graminis, Burkholderia phenazinium, and Burkholderia glathei. The sequence GAT(C or G)${\b{G}}$, which is highly conserved in several locations in the 16S rDNA gene among the major clonal type strains of $\beta$-Proteobacteria, was frequently replaced with GAT(C or G)${\b{A}}$ in the 16S rDNA sequence from strain HY1.

• 생명과학회지
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• 제22권8호
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• pp.1120-1125
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• 2012

국내에 자생 중인 큰엉겅퀴(Cirsium pendulum)를 강원도의 홍천, 원주, 평창, 양양 및 경기도 가평과 충청북도의 충주에서 채취하고, 고려엉겅퀴(Cirsium setidens)를 강원도의 태백 및 경상북도의 봉화에서 채취하였다. 채취된 식물들의 genomic DNA를 분리하여서 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 및 28S rDNA의 일부를 증폭하고, 그 염기서열을 분석하였다. 이렇게 얻어진 염기서열을 GenBank에 등록하고, 서로 비교해 보았다. 그 결과 큰엉겅퀴는 6개체 모두에서 18S rDNA 및 5.8S rDNA의 염기서열은 서로 완전히 일치하고 있으나, ITS1과 ITS2의 염기서열에서는 약간의 차이를 보였다. 고려엉겅퀴의 경우에는 18S rDNA, ITS1 및 ITS2에서 2개체가 서로 비교적 큰 차이를 보였다. 일본의 홋카이도에서 채취된 큰엉겅퀴와 중국의 안휘성에서 채취된 엉겅퀴(Cirsium japonicum)를 포함하여서 ITS1과 ITS2 염기서열을 비교한 결과, 엉겅퀴, 큰엉겅퀴, 고려엉겅퀴는 확연하게 서로 다른 그룹을 형성하는 것으로 나타났다. 또한 채취된 큰엉겅퀴 및 고려엉겅퀴들의 silymarin 함량을 분석해 본 결과, 모두에서 그 함량이 2 mg/ml가 넘는 것으로 나타났다. 따라서 엉겅퀴뿐만 아니라 큰엉겅퀴나 고려엉겅퀴도 여러 가지 약리작용을 가진 것으로 보고된 silymarin을 상당히 높은 농도로 함유하고 있는 것으로 나타났다.

• 환경생물
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• 제22권1호
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• pp.66-74
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• 2004

한국에 분포하고 있는 개구리 속에 대한 염기서열을 결정하고 상호 비교하여 종간 유전적 변이 정도를 밝히고자 한국산 개구리 속 6종과 일본산 개구리 속 1종에 대한 미토콘드리아 165 rDNA를 분석하였으며, Gene-bank에 수록된 일본산 산개구리류 3종도 함께 비교 분석하여 총 437 bp의 염기서열을 결정하였다. 산개구리류 7종에 대한 similarity는 91.3∼97.3％이며, 참개구리류는 96.1∼97.3％로 나타났다. 또한, 참개구리류와 옴개구리류의 genetic distance가 참개구리류와 산개구리류보다 더 가깝게 나타났다. Neighbor-joining분석에서 참개구리류와 산개구리류로 2개의 cluster를 형성하였는데, 이 중산개구리류는 총 3개의 subcluster를 형성하였다. 또한, 참개구리는 내륙지방과 도서지방에 분포하는 집단이 각각 나눠지는 것은 지리적 격리에 의한 결과라고 사료된다. Maximum-likelihood분석도 NJ 분석 결과와 매우 유사하게 나타났으나 옴개구리(R. rugosa)는 NJ와 ML분석에서 서로 상반된 결과를 나타냈다. 이는 한국산 옴 개구리가 남부지역과 기타 지역에서 유전적 차이가 크게 나타나며, 일본 집단과 외부 특징에서 차이를 보이는 등 문제점을 가지고 있기 때문에 보다 다양한 연구가 이루어져야 올바른 해석 이 가능하리라 판단된다.