• 제목/요약/키워드: 5S rDNA

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한국 재래뽕의 생태 및 품종간 특이성에 관한 연구 (Morphological and Biochemical Characteristics in the Korean Landraces of Mulberry Tree, Morus)

  • 김현복;김남수;박광준
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제38권2호
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    • pp.81-92
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    • 1996
  • 1. 우리나라 재래뽕과 육성종 30품종에 대한 재배 생태학적 조사를 한 결과는 다음과 같다. 올뽕에 속한 것은 금상, 조상1호, 영변추우, 순천뽕, 당상3호, 대당상이고 당상6호, 황추우, 영변교, 당상4호, 당상5호는 늦뽕이었다. 가지끝마름률은 당상8호, 덕천뽕, 금상, 용천뽕, 영변추우, 수계뽕, 조선상, 강원3호, 조상1호이었다. 연간수량은 순천뽕, 당상7호, 황추우가 비교적 높았다. 그루당 가지수는 금상, 정선뽕, 순천뽕, 용천뽕이 많았고, 평균가지길이에서는 자산, 강원3호가 길었으며 절간장이 짧고 측지가 적은 품종으로서는 수원뽕, 영변교, 순청뽕, 당상5호, 당상6호이었다. 2. 우리나라 재래뽕 및 육성종 30품종과 장려뽕 15품종의 peroxidase, acid phosphatase, malate dehydrogenase, glutamate dehydrogenase isozymes을 분석한 결과 품종간 특이성이 나타난 효소종은 peroxidase 뿐이었으며, acid phosphatase는 희미한 band 출현상황만 확인할 수 있었을 뿐 품종간 특이성은 나타나지 않았다. Malate dehydrogenase와 glutamate dehydrogenase isozyme에 있어서는 어떠한 band도 출현하지 않았다. 3. 뽕품종을 RAPD 분석한 결과 상당히 많은 유전적 변이를 찾을 수 있었다. 다섯개의 random decamer primer를 사용하여 분석한 결과 PCR 증폭된 DNA의 단편은 5개에서부터 13개까지 primer에 따라 달랐으며, 이들간의 뚜렷한 구분은 없었다. 4. 가장 유연정도가 높은 품종들은 수원상 1호와 수원상 2호로서 이들의 유연정도는 90%정도였으며 여타 품종들과 가장 유연정도가 낮은 품종은 재래뽕들 중 은척뽕으로서 이는 60%정도에서 다른 품종들과 유연을 이루었다.

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Detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis Assisted by Micro-Raman Spectroscopy under Laboratory Conditions

  • Perez, Moises Roberto Vallejo;Contreras, Hugo Ricardo Navarro;Herrera, Jesus A. Sosa;Avila, Jose Pablo Lara;Tobias, Hugo Magdaleno Ramirez;Martinez, Fernando Diaz-Barriga;Ramirez, Rogelio Flores;Vazquez, Angel Gabriel Rodriguez
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제34권5호
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    • pp.381-392
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    • 2018
  • Clavibacter michiganensis subsp. michiganesis (Cmm) is a quarantine-worthy pest in $M{\acute{e}}xico$. The implementation and validation of new technologies is necessary to reduce the time for bacterial detection in laboratory conditions and Raman spectroscopy is an ambitious technology that has all of the features needed to characterize and identify bacteria. Under controlled conditions a contagion process was induced with Cmm, the disease epidemiology was monitored. Micro-Raman spectroscopy ($532nm\;{\lambda}$ laser) technique was evaluated its performance at assisting on Cmm detection through its characteristic Raman spectrum fingerprint. Our experiment was conducted with tomato plants in a completely randomized block experimental design (13 plants ${\times}$ 4 rows). The Cmm infection was confirmed by 16S rDNA and plants showed symptoms from 48 to 72 h after inoculation, the evolution of the incidence and severity on plant population varied over time and it kept an aggregated spatial pattern. The contagion process reached 79% just 24 days after the epidemic was induced. Micro-Raman spectroscopy proved its speed, efficiency and usefulness as a non-destructive method for the preliminary detection of Cmm. Carotenoid specific bands with wavelengths at 1146 and $1510cm^{-1}$ were the distinguishable markers. Chemometric analyses showed the best performance by the implementation of PCA-LDA supervised classification algorithms applied over Raman spectrum data with 100% of performance in metrics of classifiers (sensitivity, specificity, accuracy, negative and positive predictive value) that allowed us to differentiate Cmm from other endophytic bacteria (Bacillus and Pantoea). The unsupervised KMeans algorithm showed good performance (100, 96, 98, 91 y 100%, respectively).

국내에서 분리된 Acinetobacter baumannii의 Integron과 연관된 다제내성 분석 (Analysis of Integron-Associated Multi-Drug Resistance of Acinetobacter baumannii Isolated in Korea)

  • 김성환;최지혜;박은진;서인원;손승렬
    • 미생물학회지
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    • 제46권3호
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    • pp.303-307
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    • 2010
  • 임상분리 균주인 A. baumannii 1625는 imipenem (carbapenem 계열)을 포함한 대부분의 ${\beta}$-lactam계열의 항생제들과 kanamycin, gentamicin, tobramycin 및 제 3세대와 4세대 cephalosporin 계열의 항생제들에 광범위한 내성을 나타내었고, 한국에서는 드문 IMP-1형 metallo-${\beta}$-lactamase (MBL)를 생성하는 균주임이 확인되었다. A. baumannii 1625는 약 2.5 kb 크기의 class 1 integron을 갖고 있었으며, 이 integron내에 aminoglycoside계열 내성 유전자인 accA4, carbapenem 계열 내성 유전자인 $bla_{IMP-1}$, 광범위한 ${\beta}$-lactam 내성 유전자인 $bla_{OXA-2}$ 유전자 cassette들이 차례대로 위치해 있음을 확인하였는데, 이것은 IMP-1형과 OXA-2형 ${\beta}$-lactamase의 유전자를 같은 integron내에 동시에 갖는 새로운 배열 및 구조로서 이전에 국내에서 보고된 바 없는 것이다. 이 2.5 kb 크기의 integron을 항생제 내성이 없는 E. coli에 형질전환 시켰을 때, imipenem, ampicillin, piperacillin, cefazolin, cefoperazone, aztreonam 등의 항생제들에 대하여 8배 이상 증가된 내성정도를 보였다. 이는 A. baumannii 1625의 integron이 다제내성을 부여하는 기능을 하고 있음을 보여준다.

양식 전복(Haliotis discus hannai)으로부터 분리된 Vibrio harveyi의 생화학적 특성 및 병원성 (The Pathogenicity and Biochemical Characteristics of Vibrio harveyi Isolated from the Pacific Abalone, Haliotis discus hannai)

  • 김진도;김명석;원경미;도정완;이덕찬;정승희;진세윤;이남실;조미영
    • 환경생물
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    • 제35권4호
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    • pp.670-676
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    • 2017
  • 최근 어린 전복의 대량 폐사가 국내의 전복 종묘 양식장에서 발생하였다. 죽은 어린 전복의 마리 수는 전체 사육 마리 수의 약 50% 이상이었으며, 그 크기는 각장 3 cm 전후였다. 폐사의 현상은 어린 전복이 부착 기질로부터 탈락되어 힘이 없이 바닥에 깔려 있거나, 뒤집어진 상태에서 스스로 일어나지 못하였다. 이러한 개체들은 대부분 근육에 수포를 형성하고 있는 병리학적 특징을 나타내었다. 폐사 직전의 전복으로부터 3개의 균이 분리되었으며, 이들은 16S rDNA 염기서열 분석에 의해 모두 V. harveyi로 동정되었다. 또한 이들을 어류에서 분리된 V. harveyi 36개의 균들과 염기서열을 비교 분석한 결과, 어류에서 분리된 V. harveyi는 genogroup a와 b로 구별되며, 전복에서 분리된 3균주는 genogroup a와 새로운 genogroup c에 속하였다. 그중 WA AG-1과 WA CS-5 균을 건강한 전복에 인위 감염시킨 결과, 자연 감염된 개체와 같은 외부 및 병리조직학적 증상을 나타내면서 폐사하였으며, 그 반수 치사농도는 각각 $1.0{\times}10^3cfu\;animal^{-1}$$1.7{\times}10^4cfu\;animal^{-1}$이었다.

중국과 한국여성에서 나이에 따른 인유두종바이러스의 유병률과 분포 (Human Papillomavirus Prevalence and Distribution according to Age among Korean and Chinese Women)

  • 김지혁;김성현;박선영;박상정;;;;이인수;이재달;이동섭
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.259-266
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    • 2015
  • 자궁경부암은 전세계 여성에서 세 번째로 많이 발생하는 암이다. 인유두종 바이러스(HPV) 감염이 자궁경부암 발병에 주요한 역할을 한다. HPV 감염은 지리적 위치나 면역학적 상태, 성적 병력, 유전적 요인 등에 영향을 받는다. 예를 들어, HPV 감염률이 스페인에서는 1.5%인 반면, 온두라스와 케냐에서는 39%에 육박한다. 그러나 HPV 감염률과 나이와의 연관성에 대해서는 알려진 바가 적다. 나이에 대한 HPV 감염률 분석은 어느 나이대가 자궁경부암에 고위험군인지를 알아낼 수 있다. 또한 특정 HPV 유전형과 나이 간의 연관성을 입증할 수 있다. 게다가 백신을 주사하는 데에 최적의 나이대를 명확히 알 수 있을 것이다. 이 연구에서는 한국과 중국 여성에서의 HPV 감염률과 유전형 분포를 나이에 따라 분석하였다. 한국과 중국 여성의 자궁 탈락 세포로 REBA HPV-ID$^{(R)}$ 검사법(YD 진단법, 용인, 대한민국)을 통해 HPV 유전형을 파악하였다. 편평세포암과 고등급 병변의 환자군에서는 40대와 50대가 주를 이룬 반면, 중간병변의 환자군에서는 30대와 40대가 주를 이뤘다. HPV 16, 18형 감염은 주로 40대에 속했다. 이러한 결과는 지속적인 감염이 자궁경부암을 일으킨다는 주장을 뒷받침한다.

Bacillus subtilis A405 균주가 생성하는 내열성 항균 peptide의 특성 검정 (Characterization of a heat-resistant antimicrobial peptide secreted by Bacillus subtilis A405)

  • 구본성;이승범;윤상홍;송재경;정대성;변명옥;류진창
    • 농약과학회지
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    • 제2권3호
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    • pp.28-35
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    • 1998
  • 전국에서 분리한 세균으로부터 항균력이 있는 길항세균들을 먼저 분리한 다음 그중 배양배지 속으로 강력한 항균력을 나타내는 peptide를 분비하는 A405균주를 선발, Biolog System 및 rDNA 염기서열을 이용하여 Bacillus subtilis로 동정하고 이 균주가 생성하는 항균 peptide의 항균력을 조사한 바 Botrytis cinerea, Cercospora sp., Fusarium oxysporum, Penicillium digitatum, Celletotrichum gloeosporioides, Rhizoctonia solani, Pythium ultimum, Pyricularia oryzae등의 식물병원균과 Escherichia coli, Pseudomonas spp. 등의 세균 및 효모인 Candida albicans의 성장도 억제하는 강력한 항균력을 보였다. 또한 이 균주가 생산하는 항균 peptide는 알콜, 아세톤과 같은 유기용매에 내성을 가지고 있었으며 proteinase K와 phenol 처리시에는 항균력이 감소되거나 소실되는 특성을 가지고 있었다. 이 항균 peptide를 SDS-PAGE, Native-PAGE 및 Tris-Tricine 전기영동으로 분자량이 3kDa인 작은 peptide임을 확인하였고 aspartic acid, glycine, serine, glutamine, valine, leucine, isoleucine, proline, tyrocine 등의 9가지 아미노산으로 구성되어 있음을 Amino Acid Analyzer로 확인하였으며 냉동건조한 항균 peptide 50 ug/ml을 체리토마토에 처리하여 과일의 선도유지를 조사한 결과 대조구에 비하여 월등한 선도유지 효과가 있음을 입증하였다.

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맥아에서 분리한 Bacillus amyloliquefacies CNL-90이 생산하는 α-amylase와 Protease의 특성 (Characteristics of α-Amylase and Protease Produced from Bacillus amyloliquefacies CNL-90 Isolated from Malt Grain)

  • 배형철;최성현;나석한;남명수
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제54권2호
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    • pp.133-139
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    • 2012
  • Bacillus 균주가 생산하는 효소를 식품과 동물사료 첨가제로 이용하기 위해서 맥아로부터 단백질 분해능력과 전분 분해능력이 우수한 균주를 분리 동정하여 $Bacillus$ $amyloliquefaciens$ CNL-90으로 명명하였다. 분리된 $B.$ $amyloliquefaciens$ CNL-90이 생산하는 ${\alpha}$-amylase의 안정성은 pH는 7, 온도는 $40^{\circ}C$, protease의 경우는 pH가 7, 온도는 $50^{\circ}C$에서 안정했다. $B.$ $amyloliquefaciens$ CNL-90을 밀기울에 접종하여 고체 배양한 결과 ${\alpha}$-amylases의 효소활성은 6일 배양 후 290,000 unit/kg이었고, protease의 효소활성은 310,000 unit/kg으로 나타났다. 밀기울에 고체 배양한 생균수는 배양 6일 후에는 $2.2{\times}10^9$ CFU/g으로 높았다. 사료 요구율 개선은 $B.$ $amyloliquefaciens$ CNL-90 배양액 0.2% 첨가구가 대조구에 비해서 일당 증체량은 6.66% 높았고, 사료 요구율은 0.05% 효과가 있었다. 이러한 결과는 $B.$ $amyloliquefaciens$ CNL-90이 생산하는 단백질 분해효소와 전분 분해효소는 식품산업 및 가축사료 첨가제 산업에 응용할 수 있는 가능성을 확인하였다.

Characterization of Cellulolytic and Xylanolytic Enzymes of Bacillus licheniformis JK7 Isolated from the Rumen of a Native Korean Goat

  • Seo, J.K.;Park, T.S.;Kwon, I.H.;Piao, M.Y.;Lee, C.H.;Ha, Jong K.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제26권1호
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    • pp.50-58
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    • 2013
  • A facultative bacterium producing cellulolytic and hemicellulolytic enzymes was isolated from the rumen of a native Korean goat. The bacterium was identified as a Bacillus licheniformis on the basis of biochemical and morphological characteristics and 16S rDNA sequences, and has been designated Bacillus licheniformis JK7. Endoglucanase activities were higher than those of ${\beta}$-glucosidase and xylanase at all temperatures. Xylanase had the lowest activity among the three enzymes examined. The optimum temperature for the enzymes of Bacillus licheniformis JK7 was $70^{\circ}C$ for endoglucanase (0.75 U/ml) and $50^{\circ}C$ for ${\beta}$-glucosidase and xylanase (0.63 U/ml, 0.44 U/ml, respectively). All three enzymes were stable at a temperature range of 20 to $50^{\circ}C$. At $50^{\circ}C$, endoglucanse, ${\beta}$-glucosidase, and xylanase had 90.29, 94.80, and 88.69% residual activity, respectively. The optimal pH for the three enzymes was 5.0, at which their activity was 1.46, 1.10, and 1.08 U/ml, respectively. The activity of all three enzymes was stable in the pH range of 3.0 to 6.0. Endoglucanase activity was increased 113% by $K^+$, while $K^+$, $Zn^+$, and tween 20 enhanced ${\beta}$-glucosidase activity. Xylanase showed considerable activity even in presence of selected chemical additives, with the exception of $Mn^{2+}$ and $Cu^{2+}$. The broad range of optimum temperatures (20 to $40^{\circ}C$) and the stability under acidic pH (4 to 6) suggest that the cellulolytic enzymes of Bacillus licheniformis JK7 may be good candidates for use in the biofuel industry.

자연산 및 양식산 볼락, Sebastes inermis의 장내세균총 및 장내세균의 약제내성 비교 (Bacterial flora and antibiotics resistance of intestinal bacteria in the wild and cultured black rockfish, Sebastes inermis)

  • 김석렬;김정호;정성주;오명주
    • 한국어병학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.221-227
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    • 2007
  • 볼락은 산업적 잠재가치가 높은 어종으로 각광받으면서 양식 가능성에 대한 연구가 일부 진행되어 왔으나, 장내세균에 대한 연구는 미미한 실정이었다. 본 연구에서는 전남 돌산도 연안에서 채집된 자연산 볼락과 양식산 볼락의 장내세균총의 분포와 이들 세균들의 약제 감수성에 대하여 조사하였다. 두 분류의 볼락에서 분리된 균주의 16S rDNA 염기를 바탕으로 장내세균을 동정한 결과, 양식산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group, Acinetobacter group과 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었고, 자연산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group Acinetobacter group, Bacillus group, Shewanella group, Staphylococcus group 및 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었다. 자연산과 양식산 볼락의 장내세균의 약제 감수성 결과로는 본 연구에서 사용된 9종의 항균제 중 oxytetracycline와 oxolinic acid는 자연산과 양식산이 비슷한 수준의 감수성 나타냈으나, flumequine, erythromycin, norfloxacin, gentamycin, ofloxacin, enrofloxacin 및 ciprofloxacin은 평균 저지대에서 양식산 볼락의 장내세균이 자연산 볼락의 장내세균 보다 약간 낮은 감수성을 보였으나, 자연산 볼락의 장내세균 또한 감수성 시험 대조균주로 사용한 E. coli ATCC9637 보다 현저하게 낮은 감수성을 보였다. 이는 양식현장에서 사용되고 있는 항균물질이 자연 서식 어류생물군의 장내 세균에도 영향을 미칠 수 있음을 시사한다.

Study of pathogenicity and severity of Lactococcus garvieae isolated from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) farms in Kohkilooieh and Boyerahmad province

  • Karami, Esmaeil;Alishahi, Mojtaba;Molayemraftar, Taravat;Ghorbanpour, Masoud;Tabandeh, Mohammad Reza;Mohammadian, Takavar
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제22권10호
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    • pp.21.1-21.7
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    • 2019
  • Background: Lactococcus garvieae is one of the most important risk factors in the rainbow trout culture. Therefore, the purpose of this study was to identify and detect strains isolated from rainbow trout suspected of having Lactococcus garvieae using biochemical characteristics and PCR and determination of the degree of severity of isolated strains. Methods: In this study, the cause of lactococcosis in selected rainbow trout farms in Kohkilooieh and Boyerahmad province was assayed. Gram-positive and catalase-negative bacterial isolates were first obtained from selected trout fish farms using conventional biochemical tests and PCR assay. The 10-day LD50 method (concentration causing 50% mortality in 10 days) was used to determine the severity of the isolated bacteria. Results: One bacterial isolate was detected from all sampled fish which confirmed as Lactococcus garvieae using a specific PCR assay based on the 16S rDNA gene by producing a single band of 1107 bp. Analysis of the rate of mortality showed that the 10-day LD50 was 4.6 × 105 CFU/fish. The results of this study showed that isolated bacteria had high severity for rainbow trout. The presence of bacteria in internal organs of suspected fish showed a severe systemic infection in challenged fish. Antibiogram assay also indicated that the isolated Lactococcus garvieae were resistant to some mostly used antibiotics in rainbow trout. Conclusions: According to current research, it can be concluded that the condition of lactococcosis in the studied area is not suitable, and despite the presence of disease, there is no proper action to control and prevent the disease. Unfortunately, isolated bacteria from the studied area have a very high severity compared to bacteria isolated from other regions of the country or other countries. Therefore, further investigation is needed to determine the cause of this difference and possibly in the design of the vaccine.