• Molecules and Cells
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• 제27권2호
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• pp.205-209
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• 2009

The loci of the 5S and 45S rRNA genes were localized on chromosomes in five species of Capsicum, namely, annuum, chacoense, frutescens, baccatum, and chinense by FISH. The 5S rDNA was localized to the distal region of one chromosome in all species observed. The number of 45S rDNA loci varied among species; one in annuum, two in chacoense and frutescens, and chinense, and four in baccatum, with the exceptions that 'CM334' of annuum had three loci and 'tabasco' of frutescens gad one locus. 'CM334'-derived BAC clones, 384B09 and 365P05, were screened with 5S rDNA as a probe, and BACs 278M03 and 262A23 were screened with 25S rDNA as a probe. Both ends of these BAC clones were sequenced. FISH with these BAC probes on pachytenes from 'CM334' plant showed one 5S rDNA locus and three 45S rDNA loci, consistent with the patterns on the somatic chromosomes. The 5S rDNA probe was also applied on extended DNA fibers to reveal that its coverage measured as long as 0.439 Mb in the pepper genome. FISH techniques applied on somatic and meiotic chromosomes and fibers have been established for chili to provide valuable information about the copy number variation of 45S rDNA and the actual physical size of the 5S rDNA in chili.

• 한국약용작물학회지
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• 제12권6호
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• pp.515-518
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• 2004

약용식물로 재배되고 있는 지모를 대상으로 McFISH 기법을 이용하여 45S와 5S rDNA 유전자의 염색체상의 위치를 확인하여 물리지도를 확립하였다. 2쌍의 45S rDNA는 1번 염색체의 단완 말단과 3번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었고, 1번 염색체의 signal이 3번 염색체에서의 signal보다 더 강하게 나타났다. 한 쌍의 5S rDNA signal은 45S rDNA signal과 함께 3번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었다.

• 한국육종학회지
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• 제42권2호
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• pp.163-168
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• 2010

본 실험은 곡류 작물중에서 육종의 소재로써 많은 장점을 지닌 호밀을 Gimsa C-분염법과 FISH기법을 이용하여 구성이질 염색질과 5S와 18S-26S rRNA 유전자의 염색체상의 위치를 확인하고자 본 실험을 수행하였다. 그 결과를 요약하면 아래와 같다. 표지되었으며 2차협착으로 부수체가 존재하는 1번 염색체의 부수체의 말단과 5번 염색체의 중간에 표지되었고, 18S-26S rDNAs 유전자는 1개의 염색체에 표지되었으며 이 염색체는 2차협착으로 부수체가 존재하는 1번 염색체의 인 형성체 부위에 표지되었다. 1번 염색체에는 5S 와 18S-26S rDNAs 유전자가 표지되었고 5번 염섹체에는 5S rDNA 유전자만이 표지되었다.

• 원예과학기술지
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• 제33권6호
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• pp.869-876
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• 2015

Wild relative species of domesticated crops are useful genetic resources for improving agronomic traits. Cytogenetic investigations based on chromosome composition provide insight into basic genetic and genomic characteristics of a species that can be exploited in a breeding program. Here, we used FISH analysis to characterize the ploidy level, chromosome constitution, and genomic distribution o f 5S and 4 5S r ibosomal DNA (rDNA) in four wild Cucurbitaceae species, namely, Citrullus lanatus (Thunb.) Mansf. var. citroides L. H. Bailey (2n = 22), Melothria japonica Maxim. (2n = 22), Sicyos angulatus L. (2n = 24), and Trichosanthes kirilowii Maxim. (2n = 66, 88, 110 cytotypes), collected in different areas of Korea. All species were diploids, except for T. kirilowii, which included hexa-, octa-, and decaploid cytotypes (2n = 6x = 66, 8x = 88, and 10x = 110). All species have small metaphase chromosomes in the range of $2-5{\mu}m$. The 45S rDNA signals were localized distally compared to the 5S rDNA. C. lanatus var. citroides and M. japonica showed one and two loci of 45S and 5S rDNA, respectively, with co-localization of rDNA signals in one M. japonica chromosome. S. angulatus showed two co-localized signals of 5S and 45S rDNA loci. The hexaploid T. kirilowii cytotype showed five signals each for 45S and 5S rDNA, with three being co-localized. This is the first report of hexaploid and decaploid cytotypes in T. kirilowii. These results will be useful in future Cucurbitaceae breeding programs.

• 생명과학회지
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• 제23권10호
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• pp.1260-1266
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• 2013

본 연구에서는 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 ribosomal DNA (rDNA) cluster의 분석이 수행되었다. Small subunit (SSU)와 intergenic spacer 2 (IGS 2)는 부분적으로 염기서열이 결정되었고, internal transcribed spacer 1 (ITS 1), 5.8S, internal transcribed spacer 2 (ITS 2), large subunit (LSU), intergenic spacer 1 (IGS 1), 5S는 완전하게 염기서열이 결정 되었다. 팽이버섯 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 rDNA cluster는 총 7,049 bp로 결정되었다. SSU은 1,796 bp, ITS1은 229 bp, 5.8S은 153 bp, ITS2는 223 bp, LSU은 3,348 bp, IGS1은 390 bp, IGS2은 900 bp로 염기서열이 분석되었다. 결정된 rDNA cluster의 총 7,049 bp 중에서 17 bp가 다름이 확인되었고, 각각 SSU (2 bp), ITS (3 bp), LSU (9 bp), IGS (3 bp)에서 차이를 확인하였다. ITS regions의 2차 구조 결과 5개의 stem-loop가 있음이 드러났다. 흥미롭게도, 이들 stem-loop 사이에서 stem-loop V에서 한 개의 상이한 염기가 다른 2차 구조를 나타냄을 확인하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제14권2호
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• pp.133-137
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• 1986

원생동물인 Tetrahymena thermophila의 17S-rDNA구조 및 hygromycin 내성 기구에 대한 연구의 일부로서 hygromycin 내성변이주 hmr3의 17S-rDNA를 대장균의 vector pBR 322에 cloning하였다. 우선 rDNA는 hot phenol-cresol 용액으로 추출하여 제한효소 Hind III 처리로서 약 2.2kbp의 17S-rDNA를 agarose 전기영동상에서 분리하였다. 이를 pBR 322에 cloning하여 wild type의 17S-rDNA probe와 colony hybridization시켜 선별하였다. 그중 5-19 균주의 recombinant plasmid로부터 17S-rDNA 의 전사 orientation위치가 pBR322의 tetracyline내성 유전자 쪽으로 삽입되어 있는 것을 확인하였다.

• 한국약용작물학회지
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• 제11권5호
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• pp.402-407
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• 2003

개시호 (Bulpleurum longeradiatum)를 대상으로 상염 색법과 FISH기법을 통한 염색체 분석을 통하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 개시호의 체세포 염색체 수는 2n=12이었으며, centromeric index를 전중기 염색체를 이용한 핵형 분석에서 염색체 조성은 3쌍의 중부 염색체 (3번, 4번 및 6번)와 3쌍의 차중부 염색체 (1번, 2번 및 5번)로 구분되었다. 염색체의 길이는 $2.55{\sim}5.05\;{\mu}m$로, 전체 길이는 $18.15\;{\mu}m$로 나타났다. 5S 와 45S rDNA를 탐침으로 FISH를 수행한 결과 4번 염색체의 동원체 부위 에서 한 쌍의 5S rDNA signal이 확인되었고, 2번 염색체의 부수체에서 한 쌍의 45S rDNA signal이 관찰되었다.

• 한국동물학회지
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• 제20권2호
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• pp.93-99
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• 1977

HeLa $S_3$세포에서 MMC에 의해 유발된 DNA회복합성은 농도$(0.05\\sim 0.5\\mu g/ml)$에 따른 증가를 보이지 않고 그 율도 비\ulcorner적 낮아 $0.1\\sim 0.5\\mu g/ml$ 농도에서 조사한 전 세포의 $7\\sim 9%$를 나타내고 있다. 시간 변화에 따른 실험에서는 MMC를 제거한 후 24시간까지 거의 비슷한 율로 DNA회복합성이 계속되고 있다. thymidine 상사체중 BUdR을 전처리한 군에서만이 MMC에 의한 DNA회복합성을 증가시켰다. 그러나 BUdR 또는 IUdR과 MMC를 복합처리 할 경우 시간경과에 따라 정상 DNA합성은 감소된다. 이들 결과는 MMC에 의해 유발된 DNA손상은 빠르고 느린 두단계로 회복됨을 암시하는 것이라 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권5호
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• pp.815-820
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• 2008

Two culture-independent methods, namely ribosomal DNA libraries and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), were adopted to examine the microbial community of a Malaysian light crude oil. In this study, both 16S and 18S rDNAs were PCR-amplified from bulk DNA of crude oil samples, cloned, and sequenced. Analyses of restriction fragment length polymorphism (RFLP) and phylogenetics clustered the 16S and 18S rDNA sequences into seven and six groups, respectively. The ribosomal DNA sequences obtained showed sequence similarity between 90 to 100% to those available in the GenBank database. The closest relatives documented for the 16S rDNAs include member species of Thermoincola and Rhodopseudomonas, whereas the closest fungal relatives include Acremonium, Ceriporiopsis, Xeromyces, Lecythophora, and Candida. Others were affiliated to uncultured bacteria and uncultured ascomycete. The 16S rDNA library demonstrated predomination by a single uncultured bacterial type by >80% relative abundance. The predomination was confirmed by DGGE analysis.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권4호
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• pp.382-386
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• 2020

In this study, Prionospio depauperata Imajima, 1990 is newly reported in Korean fauna. Prionospio depauperata can be distinguished from other relatives by the four pairs of branchiae which are pinnate on chaetigers 2 and 5, and apinnate on chaetigers 3 and 4; caruncle extending to the end of chaetiger 2; and moderate dorsal crest present on chaetigers 7-13. The morphological diagnosis of P. depauperata are provided with the photographs of four Prionospio species. The mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1), 16S ribosomal DNA (16S rDNA), and the nuclear 18S ribosomal DNA (18S rDNA) sequences of four Prionospio species from Korean waters, P. depauperata Imajima, 1990, P. japonica Okuda, 1935, P. krusadensis Fauvel, 1929, and P. membranacea Imajima, 1990, were determined for the first time. The inter-specific genetic distances among the congeners of four Prionospio species were 22.3-29.6% in CO1, 10.5-25.0% in 16S rDNA, and 0.3-3.6% in 18S rDNA.