• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권3호
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• pp.535-541
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• 2017

Two Gram-staining-negative, red-pinkish, coccus-shaped, non-motile, and aerobic bacterial strains, designated $Ant21^T$ and Ant22, were isolated from the Antarctic coastal sea water. Strains $Ant21^T$ and Ant22 showed UVC and gamma radiation resistance. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences determined that these strains belong to the genus Deinococcus. Through the analyses of the 16S rRNA gene sequences, strains $Ant21^T$ and Ant22 were found to have 97.7% and 97.8% similarity to Deinococcus marmoris DSM $12784^T$ and 97.0% and 97.2% similarity to Deinococcus saxicola AA-$1444^T$, respectively. The sequence similarity with the type strains of other Deinococcus species was less than 96.9% for both strains. Strains $Ant21^T$ and Ant22 shared relatively high 16S rRNA gene sequence similarity (99.3%) and had a closely related DNA reassociation value of $84{\pm}0.5%$. Meanwhile, they showed a low level of DNA-DNA hybridization (<30%) with other closely related species of the genus Deinococcus. The two strains also showed typical chemotaxonomic features for the genus Deinococcus, in terms of the major polar lipid (phosphoglycolipid) and the major fatty acids ($C_{16:0}$, $C_{16:1}$ ${\omega}6c/{\omega}7c$, $iso-C_{17:0}$, and $iso-C_{15:0}$). They grew at temperatures between $4^{\circ}C$ and $30^{\circ}C$ and at pH values of 6.0-8.0. Based on the physiological characteristics, the 16S rRNA gene sequence analysis results, and the low DNA-DNA reassociation level with Deionococcus marmoris, strains $Ant21^T$ ($=KEMB\;9004-167^T$ $=JCM\;31436^T$) and Ant22 (KEMB 9004-168 =JCM 31437) represent novel species belonging to the genus Deinococcus, for which the name Deinococcus rubrus is proposed.

• 생명과학회지
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• 제15권3호
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• pp.479-485
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• 2005

2002년 2월부터 2005년 2월까지 성인 및 소아 호홉기질환자 994명의 상기도 도말물에서 M. pneumoniae 균주를 분리하고, 분리 균주의 ciprofloxacin, ofloxacin, minecline, tetracycline, sparfloxacin, josamycin, erythromycin에 대한 감수성 검사를 실시하였으며, 분리된 균주의 235 rRNA domain II와 V에서 erythromycin저항성 변이가 일어났는가를 PCR과 유전자 염기서열분석으로 erythromycin에 감수성인 M. pneumonine균주의 염기서열과 비교분석하여 확인하였다. 호흡기질환자에서 M. pneumoniae의 분리율은 123/994$(12.4\%)$이었으며, 분리된 M. pneumoniae 균주의 minocycline, sparfloxacin, tetracycline, ciprofloxacin, ofloxacin, josamycin, erythromycin MIC 범위는 각각 $0.015\~0.25,\;0.06\~0.5,\;0.06\~0.5,\;0.25\~0.5,\;0.25\~0.5,\;0.015\~8.0,\;0.015\~8.0{\mu}m$이었다. 분리 동정된 M. pneumoniae 균주 중에서 erythromycin에 저항성인 균주가 60주$(48.8\%)$였으며, 모두가 ribosomal protein L4 영역과 23S rRNA domain V에 내성변이가 일어났으며, 이 중 2균주는 23S rRNA domain II에도 변이가 일어난 균주도 있었다. 국내에서 분리되는 M. pneumoniae균주의 $48\%$가 erytomycin에 저항성인 균주이므로 앞으로 이 균에 의한 폐렴의 치료에 주의가 요구된다.

• Journal of Species Research
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• 제10권4호
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• pp.350-355
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• 2021

In 2020, 11 Basidiomycetous yeast strains were isolated from soil samples collected from the forests of Namhansanseong in Korea. Among them, seven species were reported, but four species were unreported in Korea. To identify wild yeasts, pairwise sequence comparisons of D1/D2 domain of the 26S rRNA were performed using Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). The cell morphologies and assimilation test are observed by phase contrast microscope and API 20C AUX kit, respectively. The 11 strains were assigned to the genera Rhodotorula (4 strains) of the order Sporidiobolales of the class Microbotryomycetes; and Cryptococcus(2 strains), Goffeauzyma (1 strains), Naganishia (2 strains) of the order Filobasidiales and Saitozyma (2 strains) of the order Tremellales of the class Tremellomycetes in the phylum Basidiomycota. The unreported yeast strains Cryptococcus gastricus 20n5-2, Goffeauzyma gilvescens 20n2-7, Naganishia adeliensis 20n8-1, and Naganishia friedmannii 20n24-1 belong to the family Filobasidiaceae. All strains had oval shaped cells and cream-colored colonies cultured on on YM agar for 3 days. In this study, we focus on the description of four unreported yeast species in Korea.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제15권2호
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• pp.128-136
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• 2000

수입 냉동어패류에서 24주의 Vibiro 균주를 순수 분리하여 그들의 생리, 생화학적 특성에 따라 동정한 결과 V. cholerae non-O1과 V. diazotrophicus가 각 2주, V. hollisae 1주, V. natriegens 5주, V. fluvialis 8주, V. nereis 4주인 것으로 밝혀졌고 2주는 Vibirio속 균주가 아닌 것으로 나타났다. 이 균주들을 API-2OE kit로 동정한 결과는 위의 결과와 매우 달라, V. cholerae로 동정된 2주와 fluvialis로 동정된 5균주의 경우에만 결과가 일치하였고 나머지는 Vibrio속이 아닌 것으로 분석되었다. 식품류에서 V. cholerae가 검출된 점에 주목하여 이 분리균들의 동정을 보다 정확히 하기 위하여 분리균들의 165 rRNA를 증폭시켜 이들의 RFLP를 분석하였다. 그 결과, r cholerae로 동정된 두 균주는 동일한 RFLP양상을 갖고 있었으며, V. cholerae보다는 V. proteolyticus의 RFLP에 보다 가까운 것으로 나타났다. 따라서 식품류의 병원균 검색을 보다 정확하고 신속하게 할 수 있도록 효율적인 검색 방법의 개발이 시급하다고 하겠다.

• 한국어병학회지
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• 제18권2호
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• pp.133-146
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• 2005

본 연구에서는 2002년에서 2004년간 우리 나라 해수 어류 양식장에서 분리되는 세균 중 비브리오 속에 속하는 세균의 종 조성을 조사하였다. 질병의 증상을 보이는 어류로부터 166개의 비브리오속 세균 균주를 수집하였으며, 이들 균주는 넙치 (133 균주), 조피볼락 (8 균주), 참돔 (6 균주), 대하 (5 균주), 감성돔 (4 균주), 전복 (3 균주) 및 기타 해수 어류 (7 균주) 등에서 분리한 균주를 대상으로 하였다. 모든 분리 균주에 대하여 각종 생화학적 성상을 조사하고 그 특성에 따라 분리 균주를 구분하였다. 각 생화화적 성상 group에서 대표 균주를 선정하여 16S rRNA 및 16S-23S rRNA 유전자 서열을 분석하고 이들 결과를 종합하여 분리 균주을 동정하였다. 그 결과 14종 이상의 비브리오 종으로 동정할 수 있었으며, 그 종 조성은 V. ichthyoenteri (45 strains), V. alginolyticus (34 strains), V. harveyi (32 strains), Ph. damselae subsp. damselae (Formerly V. damsela, 10 strains), V. campbellii (6 strains), V. costicola-like (6 strains), V. fisheri (5 stains), V. fluvialis (4 strains) 및 Vibrio spp. (24 strains) 등이었다.

• Journal of Dairy Science and Biotechnology
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• 제41권4호
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• pp.211-218
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• 2023

This study aimed to identify lactic acid bacteria isolated from eight fermented milk products in Iran. We enumerated Lactobacillus species using De Man-Rogosa-Sharpe (MRS)-maltose and MRS agar with pH adjusted to 5.2, as well as assessment at 37℃ for 48 hr, studied Streptococcus spp. using M17 agar at 43℃ for 24 hr, and assessed Bifidobacterium species using nalidixic acid, paromomycin sulfate, neomycin sulfate, and lithium chloride (BL-NPNL) agar at 37℃ for 48 hr. The total viable Streptococcus spp. cell in fermented milk varied at 4.73-8.83 log CFU/mL. However, Bifidobacterium spp. were not detected in any of the tested samples. Lactobacilli were not detected in four of the eight samples, and viable Lactobacilli cells in the remaining four samples ranged 2.48-3.85 log CFU/mL. The pH of the tested samples ranged 3.53-4.19, and soluble solids (Brix measurement) ranged 7.5%-17.9%. A total of 130 isolates of gram-positive catalase-positive bacteria were characterized at the species level using 16S rRNA sequencing. Sequence analysis identified six species: Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii subsp. sunkii, Lactobacillus delbrueckii subsp. indicus, Lactiplantibacillus plantarum, Lacticaseibacillus rhamnosus, and Levilactobacillus brevis.

• Journal of Species Research
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• 제7권3호
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• pp.210-221
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• 2018

Eight bacterial strains assigned to the phylum Firmicutes were isolated from the soil samples in Korea. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences showed that strains 18JY14-16, 18JY14-35, 18JY42-5, 18JY12-20, 18JY35-8, 18JY76-9, 18JY39-1 and 18JY54-12 were most closely related to Paenibacillus lupini (MH497638; 99.4%), Paenibacillus illinoisensis (MH497643; 99.8%), Paenibacillus tundrae (MH497658; 99.7%), Paenibacillus selenitireducens (MH497639; 99.4%), Paenibacillus eucommiae (MH 497640; 99.9%), Paenibacillus vini (MH497654; 99.4%), Paenibacillus gorillae (MH497647; 99.5%), and Paenibacillus macquariensis (MH497649; 99.9%) respectively. These Paenibacillus species were Gram-stain-positive, rod-shaped and radiation resistant bacteria. This is the first report of these nine bacterial species in Korea.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권1호
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• pp.63-67
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• 2002

본 연구에서 사용된 Bifidobacterium은 모유를 섭취한 유아의 분변으로부터 분리었으며 16s rRNA 염기서열분석 결과 Bifidobacterium longum속으로 동정되어 Bifidobacterium SH2라 명명하였다. Bifidobacterium SH2의 고농도 배양을 위하여 기본 배지로 MRS 배지를 변형하여 최적화한 결과 최적 배지의 조성은 50g/L lactose, 10 g/L beef extract, 10 g/L peptone, 5 g/L yeast extract, 7 g/L sodium acetate, 2 g/L ammonium citrate, 2 g/L disodium phosphat, 1 g/L tween 80, 0.2 g/L $MnSO_4$, 0.5 g/L L-cysteine이었다. 배양조건을 최적화한 결과 pH는 5.0에서, 온도는$ 37^{\circ}C$에서 균체량이 최대로 나타났다. 배지와 배양 조건을 최적화하여 건조 균체량과 생균수가 MRS 배지 보다 각각 2.7배, 1.8배 증가한 결과를 얻었다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제30권3호
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• pp.281-288
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• 2015

Vibrio 속에 속한 세균에 의한 식중독은 오염된 해산물 식품의 섭취로 인하여 빈번하게 발생하고 있다. 그러므로 해산물을 날것으로 섭취하는 한국인의 특성을 고려할 때, 빠르고 정확한 Vibrio 검출기술은 식품위생 및 공중보건의 측면에서 매우 중요하다. 이와 관련하여 본 연구에서는 전통적인 배지를 이용한 동정방법의 단점을 보완할 수 있는 생화학적 방법인 Vitek 2 system방법과 분자생물학적 방법인 species-specific PCR 방법을 사용하여 얻은 동정결과를 비교 평가하고자 하였다. 본 연구에서는 5개의 Vibrio 표준균주와 16S rRNA gene sequencing 결과에 의하여 Vibrio 속으로 확인된 24개의 분리균주가 이용되었다. Vitek 2 system방법을 이용한 경우, 이와 같이 본 연구에 사용된 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 2개(2/5, 40%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 15개(15/24, 62.5%) 등의 총 17개 균주(17/29, 58.6%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. 그리고 species-specific PCR방법을 이용한 경우, 위의 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 5개(5/5, 100%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 16개(16/24, 66.7%) 등의 총 21개 균주(21/29, 72.5%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. Vitek 2 system방법과 species-specific PCR방법을 이용하여 동정된 결과를 비교하였을 때 표준균주 중 V. parahaemolyticus, V. mimicus 등의 2개(2/5, 40%), 새우분리균주 24개 중에서 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 7개 (7/24, 29.2%) 등의 총 9개(9/29, 31%) 균주들에 대한 동정결과만이 일치하였다.

• Journal of Species Research
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• 제7권2호
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• pp.161-180
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• 2018

Fourteen bacterial strains, low10-4-1, J11015, 17J27-22, 17G22-9, 17G9-4, 17Bio_15, 17gy_33, 17SD1_21, Strain8, 17Sr1_17, J21014T, H31021, 17J49-9, and 17J80-6 assigned to the phylum Actinobacteria, Bacteroidetes, Deinococcus-Thermus, and Firmicutes were isolated from soil samples. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence revealed that strains low10-4-1, J11015, 17J27-22, 17G22-9, 17G9-4, 17Bio_15, 17gy_33, 17SD1_21, Strain8, 17Sr1_17, J21014T, H31021, 17J49-9, and 17J80-6 were most closely related to Marmoricola aurantiacus (98.9%), Calidifontibacter indicus (99.8%), Gordonia soli (98.8%), Rhodococcus globerulus (99.5%), Pseudarthrobacter siccitolerans (99.1%), Hymenobacter qilianensis (98.7%), Hymenobacter terrae (99.0%), Deinococcus yunweiensis (99.2%), Deinococcus proteolyticus (99.7%), Domibacillus indicus (99.2%), Exiguobacterium mexicanum (100.0%), Kurthia senegalensis (99.1%), Lysinibacillus composti (99.6%), and Bacillus loiseleuriae (99.3%). These fourteen species have never been reported in Korea, therefore we report them here for the first time.