• Mycobiology
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• 제45권4호
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• pp.353-361
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• 2017

During a survey of fungal diversity of the order Hypocreales in Korea, two Acremonium isolates, CNUFC-1YSRS2-4 and CNUFC-GSNPF3-1, were isolated from soils collected on a bank of the Yeongsan River, Naju, and in a forest on the Mt. Daegak located on Sinsi Island, Gunsan, South Korea, respectively. Based on the morphological characteristics and sequence analysis of the internal transcribed spacer and D1/D2 domains of 28S ribosomal DNA, the isolates CNUFC-1YSRS2-4 and CNUFC-GSNPF3-1 were identified as A. variecolor and A. persicinum, respectively. These 2 species represent novel Hypocreales isolates in Korea.

• Mycobiology
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• 제47권2호
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• pp.173-179
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• 2019

Cladophialophora is characterized by simple hyphomycetes with brown hyphae that give rise to branched chains of pale brown conidia and shows affinities with the Herpotrichiellaceae. A fungal strain belonging to the genus Cladophialophora was isolated from soil in Daegu, Korea. This strain produces numerous greenish to dark black lanose aerial mycelia with hair like structures. It is morphological similar to C. chaetospira, C. inabaensis, and C. multiseptata; however, the conidiophores and conidia sizes of the newly isolated strain (KNU16-032) are clearly different from them. The novelty of the strain was also confirmed based on phylogenetic analysis using the data sets of the internal transcribed spacer region of and the partial sequence of 28S ribosomal DNA region along with the cultural characteristics. Because morphological observations and phylogenetic analysis indicated that the strain is distinct from previously known Cladophialophora species, we propose this species as a new species Cladophialophora lanosa sp. nov., and provide the detailed descriptions in this study.

• 한국해양학회지:바다
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• 제20권3호
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• pp.141-150
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• 2015

와편모류는 해양의 주요 일차 생산자로서, 독립영양성, 종속영양성 및 혼합영양성 등의 다양한 영양방식을 가지는 생물군으로서 해양 미소먹이망에서 중요한 생태학적 역할을 담당하고 있다. 그러나 와편모류에 대한 대부분의 연구가 연안이나 외해의 표영생태계에 국한되어 수행되었으며, 사질조간대에 서식하는 저서성 와편모류에 대한 연구는 매우 미흡하며, 국내에서는 제주연안을 제외하고는 거의 전무하다. 본 연구는 전라북도 서해안에 위치한 동호의 사질조간대에서 2012년 11월부터 2014년 2월까지 매월 간조기에 저서성 와편모류의 출현양상을 조사하고 주요 출현종의 28S rDNA 염기서열을 획득하여 분자계통학적 분석을 실시하였다. 연구기간동안 Gymnodiniales, Gonyaulacales, Peridiniales, Prorocentrales의 4개 목에 속하는 총 13속 27종의 저서성 와편모류가 출현하였고, Amphidinium 속이 9종으로 가장 다양한 종이 출현하였다. 동호를 비롯하여 서해안에 위치한 모항, 송호, 가마미와 제주 협재에서 분리한 저서성 와편모류 총 16종, 34개 종주에서 28S rDNA 염기서열 정보를 성공적으로 확보하였으며, 분자계통학적 분석에 이용하였다. Amphidinium에 속하는 종들은 Gymodiniales 목의 4개의 분기군 가운데 3개의 분기군에 걸쳐서 분지하여, 다계통학적(polyphyletic) 특성을 나타내었다. 28S rDNA염기서열을 이용한 유전적 거리를 비교한 결과 국내에서 출현한 Amphidinium mootonorum 종주들은 캐나다에서 분리한 종주와 19.2%의 유전적 차이를 보여 종내 변이가 출현 종들 가운데 가장 큰 것으로 나타났다. 본 연구 해역에서 독성 와편모류인 Amphidinium carterae와 A. operculatum이 간헐적으로 출현하여 이들의 독성과 정량적인 모니터링이 추후에 필요하다.

• 한국균학회지
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• 제45권4호
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• pp.355-361
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• 2017

본 연구는 전라북도 진도에서 자란(Bletilla striata), 강원도 정선군 함백산에서 감자난초(Oreorchis patens)와 은대난초(Cephalanthera longibracteata)의 뿌리에서 내생균을 분리하고 이들의 형태 및 분자생물학적 방법을 통해 동정하였다. 각 균주의 형태학적 특징을 분석하기 위해 포자의 모양과 특징을 관찰하였고, 분자생물학적 동정을 위해 ITS1F와 ITS4 primer를 이용하여 internal transcribed spacer (ITS) 및large subunit (LSU) rDNA영역을 분석하였다. 그 결과 Phialocephala bamuru, Coniochaeta mutabilis, Phialophora foetens, Calonectria Canadensis, Neonectria ramulariae 5종의 국내 미기록 내생균이 동정되어 이를 보고하고자 한다.

• 해양환경안전학회지
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• 제24권7호
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• pp.967-972
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• 2018

최근 우리나라 연안에서 출현빈도가 점차 늘어나고 있는 침편모조류에 속하는 Chattonella는 대표적인 유해조류 중 하나로, 이들 종은 세포벽이 없어, 단순히 세포의 형태나 크기 등 광학현미경 관찰만으로는 정확하게 동정하는 것이 어렵다. 따라서 본 연구에서는 2017년 득량만에서 발생한 Chattonella 적조 시료를 대상으로 단일 세포를 분리하고, 이들 시료의 28s rDNA, rbcL, psaA 영역을 대상으로 single-cell PCR 기법을 이용하여 종 동정을 실시하였다. 현미경 관찰 결과 장축은 평균 $74.0{\pm}10.1{\mu}m$이고 단축은 평균 $33.1{\pm}3.6{\mu}m$로 일반적인 Chattonella의 형태적 특징을 보였다. 28s rDNA, rbcL, psaA 영역을 대상으로 한 염기서열 비교 결과에서는 세 영역 모두에서 하나의 종으로 명확히 구분되지는 않았다. 하지만 C. marina, C. marina var. antiqua, C. marina var. ovata 그룹과 99~100 % 높은 서열 유사성을 보였다.

• 미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.28-34
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• 1999

본 연구에서는 Yeast Artificial Chromosome을 효율적으로 조작하고 유유전자의 기능을 보다 더 용이하게 분석하기 위해 EMCV 바이러스의 IRES 염기서열과 $\beta$-galactosidase를 포함하는 새로운 bicistronic fragmentation vector를 제조하였다. 이 벡터의 폴리클로닝 site에 네 개의희귀한 제한효소 부위를 도입하여 DNA를 용이하게 클로닝할 수 있게 만들었다. 그러므로 원하는 어떤 YAC도 효모세포에서 쉽게 상동 재조함에 의해 절편할 수 있는 장점이 있다. 이 bicistronic fragmentation vector 시스템을 이용하면하나의 메시지로부터 연구하고자 하는 유전자와 $\beta$-galactosidase를 동시에 한 세포에서 발현할 수 있기 때문에 유전자의 발현양상을 쉽게 분석할 수 있는 새로운 도구로 이용할 수 있다.

• 한국균학회지
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• 제40권4호
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• pp.254-257
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• 2012

경기도 지방의 된장 시료로부터 악취감소 효과 미생물 중에서 효모가 분리되었으며 rDNA염기서열분석에 의하여 Pichia farinosa로 동정 되었다. 공시균주 P. farinosa NASS-2로 대량배양조건 확립 및 미생물처리제를 제조하였다. 분리한 효모로 제조한 악취저감효과 처리제의 실내 시험결과 돈분에 미생물제를 처리하고 15일 경과 후 악취가스 감소율을 조사한 결과, 암모니아가스($NH_3$ gas)는 처리 전 19.49 ppm에서 처리 후는 1.38 ppm으로, 황화수소가스($H_2S$ gas)는 처리 전 5.89 ppb에서 처리 후는 0.32 ppb으로 감소하는 효과를 나타내었다. 일반적으로 박테리아가 악취저감효과 미생물로 사용되고 있으나 본 연구에서 사용한 된장에서 분리한 효모 특히 산막효모인 P. farinosa NASS-2의 악취효과(암모니아가스, 황화수소 가스)는 처음 보고이다.

• 환경생물
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• 제25권4호
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• pp.349-355
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• 2007

지렁이과 (family Megascolecidae) 왕지렁이속 (genus Amynthas) 그룹을 rDNA ITS 유전자를 이용하여 계통 유연관계를 알아보고자 하였다. 2과 10속에서 26종의 DNA 염기서열을 이용하여 종간 계통적 유연관계를 MP (Maximum Parsimony), NJ (Neighbor Joining), QP (Quartet Puzzling)로 계통도를 작성하였다. 염기서열이 확보된 Megascolecidae (지렁이과)의 국내외 26종에 대한 계통 분석은 위 3개의 알고리즘 모두 동일한 5개의 그룹으로 나뉘는 것을 확인하였다. 또한 Amynthas 속은 크게 한국산 그룹과 필리핀산 그룹으로 구분되었다. 첫 번째 그룹, Amynthas jirensis, A. agrestis, A. gucheonensis, A. sopaikensis, A. bubonis, A. multimaculatus, A. koreanus, A. dageletensis, A. heteropodus, A. odaesanensis, Pontoscolex sp., Pheretima sp. 1와 다른 그룹, Dendropheretima banahawensis. Amynthas halconensis, A. isarogensis, A. mindrooensis, Pithemera sp. 2, Pithmera sp. 1, and Pleionogaster sp.이다. 이는 ITS 유전자가 속간의 차이를 보여주는 것보다 동일한 속이라 하더라도 지리적 차이에 따른 환경의 영향을 받았음을 알 수 있다. 즉 형태적 분화가 이루어졌다고 하더라도 유전적으로는 동질성을 나타내고 있음을 알 수 있다. 형태적 특징에 의한 명백한 차이는 구분되지 않았다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권10호
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• pp.1230-1237
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• 2009

The selective plugging strategy of Microbial Enhanced Oil Recovery (MEOR) involves the use of microbes that grow and produce exopolymeric substances, which block the high permeability zones of an oil reservoir, thus allowing the water to flow through the low permeability zones leading to increase in oil recovery. Bacillus licheniformis TT33, a hot water spring isolate, is facultatively anaerobic, halotolerant, and thermotolerant. It produces EPS as well as biosurfactant and has a biofilm-forming ability. The viscosity of its cell-free supernatant is $120\;mPa{\cdot}s$ at $28^{\circ}C$. Its purified EPS contained 26% carbohydrate and 3% protein. Its biosurfactant reduced the surface tension of water from 72 to 34 mN/m. This strain gave $27.7{\pm}3.5%$ oil recovery in a sand pack column. Environmental scanning electron microscopy analysis showed bacterial growth and biofilm formation in the sand pack. Biochemical tests and Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis confirmed that the oil recovery obtained in the sand pack column was due to Bacillus licheniformis TT33.

• Mycobiology
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• 제50권5호
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• pp.302-316
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• 2022

Many Apiospora species have been isolated from bamboo plants - to date, 34 bambusicolous Apiospora species have been recorded. They are known as saprophytes, endophytes, and plant pathogens. In this study, 242 bambusicolous Apiospora were isolated from various bamboo materials (branches, culms, leaves, roots, and shoots) and examined using DNA sequence similarity based on the internal transcribed spacer, 28S large subunit ribosomal RNA gene, translation elongation factor 1-alpha, and beta-tubulin regions. Nine Apiospora species (Ap. arundinis, Ap. camelliae-sinensis, Ap. hysterina, Ap. lageniformis sp. nov., Ap. paraphaeosperma, Ap. pseudohyphopodii sp. nov., Ap. rasikravindrae, Ap. saccharicola, and Ap. sargassi) were identified via molecular analysis. Moreover, the highest diversity of Apiospora was found in culms, and the most abundant species was Ap. arundinis. Among the nine Apiospora species, two (Ap. hysterina and Ap. paraphaeosperma) were unrecorded in Korea, and the other two species (Ap. lageniformis sp. nov. and Ap. pseudohyphopodii sp. nov.) were potentially novel species. Here, we describe the diversity of bambusicolous Apiospora species in bamboo organs, construct a multi-locus phylogenetic tree, and delineate morphological features of new bambusicolous Apiospora in Korea.