• 제목/요약/키워드: 26S rDNA

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국내 젖소에서 Theileria buffeli 주요 표면 단백질 유전자의 다양성 분석 (The polymorphism of Theileria buffeli major surface protein associate with their clinical signs in holstein in Korea)

  • 유도현;이영화;채준석;박진호
    • 대한수의학회지
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    • 제51권2호
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    • pp.107-115
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    • 2011
  • Theileria (T.) buffeli (formerly T. sergenti/T. orientalis) is the major hemo-protozoan distributed in the Far East Asian countries such as Korea, China and Japan. It is responsible for the clinical symptoms of anorexia, ateliosis, anemia, fever and icterus. It also causes abortion and sudden death under severe cases, resulting in economic losses for many livestock farms. The objective of this study was to analyze the genetic diversity of the major surface protein (Msp) gene in T. buffeli in Holstein in Korea, and we characterized the association of the diversification of the Msp gene and its relationship with the pathogenicity of Theileria. For this, complete blood counts and Theileria PCR sequence analysis were performed from 57 Holstein in Jeju Island. A total of 26 PCR positive Holstein (16 anemic and 10 non-anemic) were then randomly selected based on 18s rRNA sequence typing of the Theileria Msp gene. The DNA sequence of the T. buffeli Msp gene in Holstein showed 99.0%, 99.2%, 99.9%, 99.5%, 98.7%, 98.4% and 98.4% homology with T. sergenti, Theileria spp., T. sergenti, Theileria spp., Theileria spp., Theileria spp. and Theileria spp., respectively. The result showed a genetic variation of 57.7% (type I), 3.8% (type II), 15.4% (type III), 7.7% (type IV), 13.5% (type V) and 1.9% (type VI). Type I is the most frequent type in both anemic and non-anemic Holstein while type II was found in only non-anemic Holstein. This results of our study help confirm the diversity of Msp gene types and demonstrate that the gene type distribution of Msp genes varies among Theileria-infected Holstein in Jeju Island.

Lower Airway Microbiota and Lung Cancer

  • Sanchez-Hellin, Victoria;Galiana, Antonio;Zamora-Molina, Lucia;Soler-Sempere, Maria J.;Grau-Delgado, Justo;Barbera, Victor M.;Padilla-Navas, Isabel;Garcia-Pachon, Eduardo
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제47권3호
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    • pp.441-448
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    • 2019
  • This study was aimed at identifying the lower airway microbiota in patients with lung cancer (LC) using protected brush sampling. We enrolled 37 patients undergoing diagnostic bronchoscopy for suspected LC, 26 with LC and 11 with benign diseases. Protected brush specimens were obtained from the contralateral lung and the side of the tumor; these specimens were analyzed by 16S rRNA-based-next-generation sequencing. The results indicated that the biodiversity was not different between groups, and there were no significant differences between the proportion of microorganisms in the tumor and in the contralateral side of patients with LC. In patients with LC, there was a higher abundance of several microorganisms including Capnocytophaga, Haemophilus, Enterococcus, and Streptococcus; whereas, in individuals without LC, Bacteroides, Lactobacillus, or Methylobacterium were more abundant. Malignancy could be determined with an accuracy of 70% by isolating Enterococcus, Capnocytophaga, or Actinomyces. Microbispora indicated benignity with a sensitivity of 55%, specificity of 88%, and accuracy of 78%. Lower airway microbiota in patients with LC is fairly similar in both the tumor and contralateral sites. Endobronchial microbiota is different in patients with and without LC, and these differences may have a potential clinical value as diagnostic or prognostic biomarkers.

지채(Triglochin maritimum)입식에 따른 바이오플락 사육수 내 세균 군집의 변화 (Changes in the Biofloc Bacterial Community Caused by Planting of Triglochin maritimum)

  • 조재황;김수경;임현호;김대희;한현섭
    • 한국수산과학회지
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    • 제56권1호
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    • pp.99-108
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    • 2023
  • In this study, changes in biofloc-related and pathogenic bacteria in both low and high concentration biofloc breeding water planted with the halophyte (Triglochin maritimum were investigated). In the low-concentration biofloc breeding water, the ratio of bacteria related to the nitrogen cycle was initially 59.57% and, it decreased to 26.57% at the end of the experiment while other bacteria (excluding nitrogen-cycling bacteria and vibrios) increased from 38.75% to 73.43%. However, the planted experimental group maintained a relatively high ratio of nitrogen cycling bacteria at 58%. In the high-concentration experimental group, bacteria related to the initial nitrogen cycle, non-pathogenic vibrios, and pathogenic vibrios were 11.60, 36.28, and 20.14%, respectively. Finally, nitrogen-cycling bacteria were 36.47% in the control group and 37.55% in the planted group. The total number of vibrios decreased by 46.54% in the planted group and 48.01% in the control group, indicating a significant decrease in both experimental groups. However, the residual rate of pathogenic vibrios was 4.48% in the control group and 0.54% in the planted group. Overall, the planted group showed decreasing harmful bacteria and increasing useful bacteria.

Southern Analysis after Long-range PCR: Clinical Application in Korean Patients with Myotonic Dystrophy 1

  • Yum, Mi-Sun;Lee, Beom Hee;Kim, Gu-Hwan;Lee, Jin-Joo;Choi, Seung Hoon;Lee, Joo Yeon;Kim, Jae-Min;Kim, Yoo-Mi;Ko, Tae-Sung;Yoo, Han-Wook
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제10권1호
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    • pp.33-37
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    • 2013
  • Purpose: Myotonic dystrophy 1 (DM1, OMIM 160900) is an autosomal-dominant muscular disorder caused by an expansion of CTG repeats in the 3' UTR of the DMPK gene. Variable expansions of CTG repeats preclude the accurate determination of repeat size. We tried to show the clinical and analytical validity of the application of Southern blotting after long-range PCR was demonstrated in Korean DM1 patients. Materials and Methods: The Southern blotting of long-range PCR was applied to 1,231 cases with clinical suspicion of DM1, between 2000 and 2011. PCR was performed using genomic DNA with forward 5'-CAGTTCACAACCGCTCCGAGC-3' and reverse 5'-CGTGGAGGATGGAACACGGAC-3' primers. Subsequently, the PCR fragments were subjected to gel electrophoresis, capillary transfer to a nylon membrane, hybridization with a labeled (CAG)10 probe. The correlation between clinical manifestations and the CTG repeat expansions were analyzed. Results: Among a total of 1,231 tested cases, 642 individuals were diagnosed with DM1 and the range of the detected expansion was 50 to 2,500 repeats; fourteen cases with mild DM1 ($75{\pm}14$ repeats), 602 cases with classical DM1 ($314{\pm}143$ repeats), and 26 cases with congenital DM1 ($1,219{\pm}402$ repeats). The positive and negative predictive values were 100%. The age at test requested and the CTG repeat numbers were inversely correlated (R=-0.444, P<0.01). Conclusion: This study indicates that Southern blotting after long-range PCR is a reliable diagnostic method DM1.

Salmonella 균속의 항균제 내성 및 R-plasmid (Antimicrobial Drug Resistance and R-plasmid of Salmonella species)

  • 이명원;정태화;이연태;강정복
    • 환경위생공학
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    • 제3권2호
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    • pp.23-41
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    • 1988
  • 1986년 1월부터 12월 사이에 전국 시$\cdot$도 보건연구소 및 주요종합 병원으로부터 일차분리 수집된 Salmonelle균속 286주를 실험균주로 하여 확인동정 실험, 항균제 감수성검사, plasmid DNA분리 및 접합에 의한 내성전달 실험을 실시하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 분리된 균주를 sero-group별로 보면 B group이 158주 $(55.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, A group이 45주 $(15.7\%)$, D1 group이 43주 $(15\%)$, Cl, C2 group이 22주 $(7.7\%)$등의 순으로 분리되었다. serovar별 분리수는 Salmonella typhimurium이 92주$(32.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, S. paratyphi-A 45주 $(15.7\%)$, S. enteritidis 41주$(14.3\%)$, S. paratyphi-B 27주 $(9.4\%)$ 등의 순으로 분리되었다. 분리균주의 월별 분포를 보면 9월 $(17.5\%)$, 5월$(16\%)$, 6월 $(14.7\%)$, 7월 $(10.5\%)$, 8월과 10월$(7.3\%)$등의 순으로 분리되었으며 5월에서 10월 사이에 $73.4\%$인 210주가 분리되었다. 분리균주의 지역별 분포는 강원$(29.7\%)$, 서울 $(27.6\%)$, 충남 $(14.3\%)$등으로 분리되었고, 성별 분포에서는 남성이 $41.6\%$로 여성$(28.6\%)$에서 보다 많이 분리되었으며, 연령별 분리분포는 1세에서 60세까지 고르게 나타났다. 2. 항균제 감수성 검사에서는 제1 이상의 항균제에 내성을 나타내는 균주가 85주$(29.7\%)$로 나타났다. 각 항균제별 내성균주는 tetracycline에서 80주 $(28\%)$가 내성을 보여 가장 많은 내성을 나타냈으며, streptomycin 65주 $(22.7\%)$, ampilcillin, carbenicillin 54주 $(18.8\%)$, chloramphenicol 51주$(17.8\%)$ kanamycin 7주 $(2.4\%)$, co-trimoxazole 2주$(0.7\%)$, tobramycin 1주$(0.3\%)$로 나타났다. 또한 1제내성균이 $8\%$, 2제 내성균이 $2.4\%$, 4제 내성균이 $1.8\%$, 5제 내성균이 $15.4\%$, 6제 내성균이 $1.8\%$, 7제 내성균이 $0.3\%$로 나타났으며, 그 중에서도 AmCbCmSmTc에 동시 내성인 균주가 $15\%$로 가장 많이 나타났다. Sero-group별 내성 양상은 B group에서 $26.2\%$로 가장 많았고, C2 group $(2.4\%)$, D1, E4 group$(0.3\%)$로 나타났다. 3. 접합에 의한 내성전달 결과 1제에서 7제까지 다양한 내성패턴에서 내성전달이 일어났으며, 내성전달은 전달성 R-plasmid에 의한 것이었다. 4. plasmid DNA분리 결과 내성균주 전체에서 한 개에서 네 개의 plasmid를 가지고 있었으며, 그 분자량은 1.6에서 70 megadalton 사이에 있었다. 같은 도에서 분리된 균주들중 내성패턴이 같은 균주들의 plasmid 패턴은 유사하였다. 접합에 의해 전달된 plasmid의 분자량은 42-57 megadalton이었다.

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양식산 넙치로부터 HRV-like Rhabdovirus의 분리 (A New Rhabdovirus (HRV-like) Isolated in Korea from Cultured Japanese Flounder Paralichthys olivaceus)

  • 오명주;최태진
    • 한국어병학회지
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    • 제11권2호
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    • pp.129-136
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    • 1998
  • 1997년 3월 전라남도 및 경상남도의 해산어 육상 및 가두리 양식장에서 양성 중이던 넙치가 HRV(hirame rhabdovirus, Rhabdovirus olivaceus) 감염증과 유사한 증상을 나타내어 그 원인을 조사한 결과 새로운 rhabdovirus가 분리 되었다. 분리 바이러스(DF-9708)는 RTG-2 및 EPC 세포주에서 $15^{\circ}C$로 배양하였을 때 랩도바이러스 특유의 세포변성효과(CPE)를 나타내었으나 CHSE-214에서는 증식되지 않았다. 투과전자현미경으로 감염 세포내의 바이러스 입자 형태를 관찰해본 결과 bullet-shape의 크기 $70nm{\times}100\sim150nm$으로 인벨롭을 가진 바이러스였다. 분리바이러스는 pH 3 및 diethyl ether의 처리 조건에서는 감염성을 상실하였고, 열($50^{\circ}C$ 5 min, $60^{\circ}C$ 1 min)에도 약한 성상을 나타내었다. DNA 저해제인 IUdR $10^{-4}$M 처리에 의해서는 바이러스 감염가에 영향을 받지 않았다. 분리 바이러스는 Anti-HRV(8401-H) rabbit serum에 의해서만 중화 되었고, 전염성 조혈기 괴사증 바이러스(IHNV), 연어과 레오바이러스(CSV), 바이러스성 선회병 바이러스(RVS) 및 전염성 췌장괴사증 바이러스(IPNV) 등의 국내에서 분리되어지는 바이러스 항체로는 중화되지 않았다. 초원심법으로 정제한 분리 바이러스를 전기영동 한 결과 polymerase(L), glycoprotein(G), nucleoprotein(N) 및 2개의 matrix proteins(M1 및 M2)으로 구성되어져 있었으며, 각 단백질의 분자량은 L, 160 kDa; G, 55 kDa; N, 45 kDa; M1, 26 kDa; M2, 22 kDa의 크기로 계산되었다. 새롭게 분리된 바이러스는 외부증상으로는 기존의 HRV 감염과 유사한 점을 나타내었으나 그 바이러스학적 특성에 있어 약간의 차이점이 있어 본 분리바이러스를 우선 Nubchi rhabdovirus(NRV)(HRV-like)로 부르기로 한다.

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Lactobacillus rhamnosus_p1을 이용한 절단형 고다치즈 제조방법 및 숙성 중 품질특성 (Manufacture of Cutting-Gouda Cheese using Lactobacillus rhamnosus_p1 and the Physicochemical Properties of Gouda Cheese during Ripening Periods)

  • 박종혁;정후길;문혜정;오전희;이주희;김명곤;나상언;김윤정;황영태
    • Journal of Dairy Science and Biotechnology
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    • 제32권2호
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    • pp.131-139
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    • 2014
  • 본 연구는 숙성기간 단축 및 최종 제품의 소비자 편의를 높이기 위한 방법으로 1년 이상 숙성된 고다치즈에서 단백분해능이 우수한 유산균주를 screening하여 단백분해능 및 내산성이 높은 L. rhamnosus_p1을 분리 동정하였으며, 이 균주를 이용한 고다치즈를 제조하여 숙성기간에 따른 품질변화를 측정하였다. 1년 숙성된 고다치즈 3개 제품에서 분리해낸 유산균주는 총 5종이며, 16S rDNA의 염기서열을 표준 균주와 비교하여 작성한 계통수 결과, L. rhamnosus 2종, L. casei, L. curvatus 및 S. saprophyticus로 판명되었고, 이 중 단백분해능과 내산성이 높은 L. rhamnosus_p1을 우선적으로 선정하여 절단형 고다치즈 제조 후 질소포장하여 숙성기간 중 이화학적 변화 및 아미노산 변화를 측정하였다. 숙성기간에 따른 수분, 단백질, 지방 및 회분의 변화는 대조구의 경우, 숙성기간이 증가할수록 수분함량이 감소하여 이에 따른 지방, 단백질 및 회분의 함량이 증가하였고, L. rhamnosus_p1을 처리한 실험구는 숙성기간에 따른 일반성분 함량의 변화 없는 것으로 나타났다. 대조구 및 L. rhamnosus_p1을 첨가한 실험구의 유리아미노산의 함량은 숙성 초기 각각 16.63 및 16.01 mg/100 g에서 숙성기간이 증가함에 따라 숙성 3개월째 각각 40.80 및 54.70 mg/100 g 증가하였고, 숙성 5개월째에 71.55 및 77.12 mg/100 g으로 증가하였다. 주요 유리아미노산으로는 glutamic acid, leucine 및 phenylalanine으로 대조구는 각각 14.32, 10.26 및 6.25 mg/100 g으로, L. casei_p2를 첨가한 실험구는 각각 16.33, 12.31 및 5.80 mg/100 g 나타났다. 관능검사 결과, 맛, 향기, 조직감 및 전체적인 기호도에 있어서 대조구보다는 L. rhamnosus_p1을 첨가한 실험구가 우수한 것으로 보이며, 향후 복합균주에 대한 연구가 추가적으로 진행된다면 Gouda cheese 제조를 위한 스타터로서의 이용 가능성이 높을 것으로 판단된다.

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각종 작물에서 분리한 R. solani 균주들의 RAPD를 이용한 종내 그룹의 유전적 유연관계 분석 및 AGs 신속 간이동정 (Analyses of Genetic Relationships of Rhizoctonia solani Isolates from Various Crop Species and Rapid Identification of Anastomosis Groups with RAPD Method)

  • 이윤수;최혜선;김경수;우수진;강원희;김명조;심재욱;이민웅
    • 한국균학회지
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    • 제26권3호통권86호
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    • pp.373-379
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    • 1998
  • Rhizoctonia solani의 종내 그룹의 분류에는 균사융합군과 배양형태가 많이 이용되고 있으며, 이미 20종 이상의 R. solani가 생태학적, 형태학적, 효소학적, hyphal anastomosis 등에 의해 이미 구분되어졌다. Anastomosis group은 R. solani를 분리하는데 유용하지만 R. solani의 생물학적과 병리학적 연구를 위한 유전적 특성과 동정의 직접적인 방법이 요구되어진다. RAPD는 특별한 DNA 절편을 증폭하고 이를 genetic mapping, identification of isolates에 유용하게 적용될 수 있으며, 또한 genetic variation 조사에도 사용될 수 있다. Dendrogram을 작성한 결과 크게 5 group으로 나뉘어졌고, 5개의 group은 AG group의 subgroup과 동일하게 나뉘어졌다. AG group에 구분되지 않은 species들도 RAPD결과 AG tester들과 grouping 되어졌다. RS-1은 AG-5 group에 속하며, RS-4, RS-14, RS-17, RS-16은 AG-2-2(III B)에 속하였다. RS-13은 AG-4에 속하였으며, RS-8과 RS-10은 AG-1(I B)에, RS-7과 RS-21은 AG-2-2(IV)에 속하였다. RS-19는 AG-1-1(I C)에 속하고, RS-3, RS-5, RS-18, RS-6, RS-15는 AG-1에 속하였다. RAPD 결과 AG group의 subgroup간의 차이를 볼 수 있었고, 이에 AG group 되어 있지 않은 species의 AG grouping이 이루어졌다. 또한 subgroup 간의 유전적 차이를 확인 할 수 있는 marker를 개발하거나 subgroup의 특별한 primer를 제작하는 SCAs기법을 이용하여 식물체 병반 또는 토양에서 분리된 R. solani를 간이 동정에 이용할 수 있을 것으로 기대한다.

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Characterization of Cellulolytic and Xylanolytic Enzymes of Bacillus licheniformis JK7 Isolated from the Rumen of a Native Korean Goat

  • Seo, J.K.;Park, T.S.;Kwon, I.H.;Piao, M.Y.;Lee, C.H.;Ha, Jong K.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제26권1호
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    • pp.50-58
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    • 2013
  • A facultative bacterium producing cellulolytic and hemicellulolytic enzymes was isolated from the rumen of a native Korean goat. The bacterium was identified as a Bacillus licheniformis on the basis of biochemical and morphological characteristics and 16S rDNA sequences, and has been designated Bacillus licheniformis JK7. Endoglucanase activities were higher than those of ${\beta}$-glucosidase and xylanase at all temperatures. Xylanase had the lowest activity among the three enzymes examined. The optimum temperature for the enzymes of Bacillus licheniformis JK7 was $70^{\circ}C$ for endoglucanase (0.75 U/ml) and $50^{\circ}C$ for ${\beta}$-glucosidase and xylanase (0.63 U/ml, 0.44 U/ml, respectively). All three enzymes were stable at a temperature range of 20 to $50^{\circ}C$. At $50^{\circ}C$, endoglucanse, ${\beta}$-glucosidase, and xylanase had 90.29, 94.80, and 88.69% residual activity, respectively. The optimal pH for the three enzymes was 5.0, at which their activity was 1.46, 1.10, and 1.08 U/ml, respectively. The activity of all three enzymes was stable in the pH range of 3.0 to 6.0. Endoglucanase activity was increased 113% by $K^+$, while $K^+$, $Zn^+$, and tween 20 enhanced ${\beta}$-glucosidase activity. Xylanase showed considerable activity even in presence of selected chemical additives, with the exception of $Mn^{2+}$ and $Cu^{2+}$. The broad range of optimum temperatures (20 to $40^{\circ}C$) and the stability under acidic pH (4 to 6) suggest that the cellulolytic enzymes of Bacillus licheniformis JK7 may be good candidates for use in the biofuel industry.

자연산 및 양식산 볼락, Sebastes inermis의 장내세균총 및 장내세균의 약제내성 비교 (Bacterial flora and antibiotics resistance of intestinal bacteria in the wild and cultured black rockfish, Sebastes inermis)

  • 김석렬;김정호;정성주;오명주
    • 한국어병학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.221-227
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    • 2007
  • 볼락은 산업적 잠재가치가 높은 어종으로 각광받으면서 양식 가능성에 대한 연구가 일부 진행되어 왔으나, 장내세균에 대한 연구는 미미한 실정이었다. 본 연구에서는 전남 돌산도 연안에서 채집된 자연산 볼락과 양식산 볼락의 장내세균총의 분포와 이들 세균들의 약제 감수성에 대하여 조사하였다. 두 분류의 볼락에서 분리된 균주의 16S rDNA 염기를 바탕으로 장내세균을 동정한 결과, 양식산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group, Acinetobacter group과 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었고, 자연산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group Acinetobacter group, Bacillus group, Shewanella group, Staphylococcus group 및 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었다. 자연산과 양식산 볼락의 장내세균의 약제 감수성 결과로는 본 연구에서 사용된 9종의 항균제 중 oxytetracycline와 oxolinic acid는 자연산과 양식산이 비슷한 수준의 감수성 나타냈으나, flumequine, erythromycin, norfloxacin, gentamycin, ofloxacin, enrofloxacin 및 ciprofloxacin은 평균 저지대에서 양식산 볼락의 장내세균이 자연산 볼락의 장내세균 보다 약간 낮은 감수성을 보였으나, 자연산 볼락의 장내세균 또한 감수성 시험 대조균주로 사용한 E. coli ATCC9637 보다 현저하게 낮은 감수성을 보였다. 이는 양식현장에서 사용되고 있는 항균물질이 자연 서식 어류생물군의 장내 세균에도 영향을 미칠 수 있음을 시사한다.