• 제목/요약/키워드: 25S rDNA

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미토콘드리아 16S rRNA 염기서열 분석에 의해 밝혀진 동갈자돔 치어의 성장에 따른 체색변이 (Ontogenetic Color Variation of Abudefduf notatus (Pomacentridae: Perciformes) Revealed by 16S rRNA Sequences Analysis)

  • 송영선;김진구
    • 한국어류학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.53-58
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    • 2013
  • 2011년과 2012년 하계에 제주도 서귀포에서 줄자돔속 어류로 추정되는 치어 7개체(체장 16.1~29.1 mm)가 채집되었다. 그중 5개체(체장 20.8~29.1 mm)는 몸 중앙에 황색의 뚜렷한 가로줄무늬와 가슴지느러미 기저에 작은 검은색 반점이 1개 있고 꼬리지느러미가 노란색을 띠는 점에서 동갈자돔(Abudefduf notatus)과 유사하였다. 그러나, 상대적으로 크기가 작은 2개체(체장 16.1 mm, 17.0 mm)는 다열의 밝은 가로줄무늬가 있고 두부의 앞쪽과 배지느러미를 제외한 모든 지느러미 연조부가 투명한 점에서 앞서 5개체와 차이를 보였다. 미토콘드리아 16S rRNA 영역 578bp를 분석한 결과, 본 개체는 동갈자돔 성어와 95% bootstrap 값으로 일치하였다(genetic distance, d=0.002). 따라서, 본 연구를 통해 동갈자돔 치어 중 20.8 mm 이상 개체는 성어와 유사한 체색을 나타내었으나 그보다 작은 16.1 mm개체에서는 성어와 다른 체색을 보여 본 종은 어린 시기에 체색이 변하는 것을 확인할 수 있었다. 이는 이들이 어린 시기에 포식자로부터 자신을 방어하기 위한 생존전략으로 사료된다

뽕나무 내한성에 관한 연구 -특히 지조함유물질과 내한성과의 관계에 대하여- (Studies on Freezing Tolerance of Mulberry, Morus species -Relation between Freezing Tolerance and Some Substances in Mulberry Branches-)

  • 김호락
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.7-25
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    • 1980
  • 본 연구는 뽕나무 품종별 그리고 추기수확시기 및 방법에 따르는 내한성의 정도와 내한성에 영향을 미치는 지조의 함유성분량과의 관계를 조사하여, 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 뽕나무 품종별 내한성은 용천추우, 자천 강원 3호 및 시평이 가장 강하였고, 노상, 개양서반, 유전 및 구상28호가 중간정도이었으며, 일지뢰, 모상, 구상21호 및 수원상3호가 가장 약한 품종에 속하였다. 2. 추기수확시기 및 방법과 잔엽부위에 따른 동아 50% 치사온도에 의한 내한성 검정결과는 포장에서의 선고장비율과 부의 상관관계(r=-0.5*)를 나타내었다. 뽕나무의 내한성 증대작용은 9월초부터 9월말까지 계속되며, 9월 중순에 그 정도가 가장 커서 이때의 적엽은 내한성을 약화시켰으며, 특히 전적엽 및 수확 후 기부잔엽을 내한성을 크게 약화시키었다. 그러나 적심 처리를 하면 내한성을 약화를 줄일 수 있었다. 3. 품종별 지조의 성분함량과 내한성과의 관계를 보면 조단백질 및 수용성 단백질함량은 부의 상관관계(r=-0.70*)이었으나, 이들에 대한 전탄수화물의 함량비에서는 정의 상관관계(각각 r=0.31 및 r=0.71*)이었으며, 당 및 RNA 함량과도 높은 정의 상관관계(각각 r=0.67* 및 r=0.99**)가 인정되었다. 그러나 건물률, 지방. 전탄수화물함량 및 DNA함량과는 무관하였다. 4. 뽕나무 지조에는 동기에 raffinose, lactose, sucrose, glucose, fructose. arabinose, xylose, ribose (추정) rhamnose등 9종의 당류가 동정되었다. 이들 당류는 내한성과 깊을 관련을 갖는데, 특히 당의 대부분을 차지하는 sucrose, glucose 및 fructose의 함량차가 크게 영향 하였다. 5. 추기수확시기에 따라서는 9월 12일 전적엽구의 지조내 RNA함량의 심한 감소를 제외하고는 고 시기가 늦어지는데 따라서 그 함량이 증가하였다. 수확방법에 따라서는 전반적으로 수확을 하게 되면 RNA함량이 감소되었으나 적심잔엽을 하면 그 감소를 줄일 수 있었다. 수확 후 잔엽부위별로 보면 중상부의 잔엽은 지조내 RNA함량을 증가시켰고, 상부의 말숙엽과 하부의 노령 옆을 잔엽하면 그 함량이 감소되었다. 수확방법에 따른 RNA함량과 내한성과는 꼭 일치하지는 않았으나, 정의 상관관계가 인정되었다.(r=0.51*).

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약주 제조를 위한 저온 적응성 효모의 특성 (Characteristics of yeast with low temperature adaptation for Yakju brewed)

  • 서동준;여수환;문지영;정우진;조용식;백성열
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제22권6호
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    • pp.908-914
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    • 2015
  • 발효식품에서 분리한 효모 482균주의 저온적응성 및 알코올 생성능을 확인하고 ${\beta}$-glucosidase와 cerulenin, TFL저항성을 실험하여 저온적응성이 우수하고 향기성분 활성이 좋은 Y297 균주를 선발하였다. 26s rRNA 염기서열을 분석한 결과, Y297은 Saccharomyces cerevisiae로 동정되었다. 선발된 균주는 $15^{\circ}C$에서는 $25^{\circ}C$에 비해 정지상으로에 도달하는 시간은 오래 걸리지만 보다 많은 균수를 유지하였다. YPD 액체배지에 알코올 농도 10%와 glucose 60% 그리고 NaCl 8%가 포함된 배지에서 내성을 확인할 수 있었다. YPD(glucose 25%)배지에서 배양한 효모의 세포질 단백질을 추출하여 ${\beta}$-glucosidase와 esterase의 활성을 측정한 결과 시판효모보다 우수한 활성을 나타냈다. 이러한 결과를 통해 선발된 Y297는 약주제조에 적합한 종균효모로써의 가능성을 확인할 수 있었다.

제주 연안에서 분리한 항산화물질을 생산하는 균주의 동정 및 배양학적 특성 (Identification and Cultural Characterization of Antioxidant Producing Bacteria Isolated from the Jeju Coasts)

  • 김만철;허문수
    • 생명과학회지
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    • 제15권5호
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    • pp.749-754
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    • 2005
  • 합성 항산화제에 대응할 수 있는 천연 항산화제의 개발에 대한 기초적인 자료를 제공하고자 해양 미생물을 이용한 연구를 하였으며, 전자공여능으로 항산화 물질 생산 능력이 우수한 해양 미생물을 분리하여 SC2-1라고 명명하였다. 분리 균주 SC2-1은 제주 연안 해수로부터 분리하였으며, 생화학적, 유전학적, 세포벽의 지방산 조성을 토대로 최종적으로 Exiguobacteriurm sp. SC2-1로 동정 하였다. 항산화물질을 생산을 위한 최적 배양조건 및 영양원을 조사한 결과는 다음과 같다. 항산화물질 생성 최적 온도는 $25^{\circ}C$이고, 최적 pH는 7.8이며 최적 배양시간은 24시간이었다. 항산화물질 생산 최적 배지조성은 기본배지로 Marine broth에 탄소원으로는 maltose 였으며, 적정농도는 $2.5\%(w/v)$ 였다 질소원에서는 유기태 질소원인 yeast extract이었고, yeast extract 최적농도는 $1.5\%(w/v)$였으며, 최적 무기염류는 $0.05\%(w/v)KH_{2}PO_{4} $를 첨가 했을때 가장 높은 항산화 활성을 나타내었다. 최적배지 조건에서의 Exiguobacterium sp. SC2-1 배양액의 항산화 활성과 합성 항산화제, 천연 항산화제와의 비교실험 결과는 균주의 전자 공여능은 $93\∼95\%$, 합성 항산화제인 BHT와 BHA는 $94\∼95\%$, 천연 항산화제 $\alpha-Tocopherol$$94\%$로 거의 유사한 항산화 활성을 확인 할 수 있었다.

Dermatophytosis of the Four-toed Hedgehog Caused by Trichophyton erinacei

  • Yoon, Ji-Seon;Lee, Jong-Hyun;Yu, Do-Hyeon;Li, Ying-Hua;Lee, Mi-Jin;Iwasaki, T.;Park, Jin-Ho
    • 한국임상수의학회지
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    • 제25권3호
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    • pp.207-210
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    • 2008
  • Trichophyton erinacei is a dermatophyte pathogen that infects both humans and hedgehogs. A two-month old female four-toed hedgehog presented to the Chonbuk Animal Medical Center with pruritus, excoriation and crust on her face for ten days. The owner of the hedgehog also exhibited the clinical signs of scaly erythema with fine vesicles on her neck. A presumptive diagnosis of dermatophytosis was made based on the results of an acetate tape preparation in which hyphae and chains of arthroconidia were observed. The crusts from the lesions were then cultured on Sabouraud Dextrose Agar for identification. After 10 days of incubation, downy colored colonies that had a central umbo with a white granular surface and a yellow pigment ring in the reverse were observed. Microscopic analysis revealed the presence of numerous teardrop shaped microconidia singly attached to the sides of the hyphae. In addition, 2-6 roomed macroconidia that were somewhat irregular in shape and size were present, and abundant intermediate sized spores were observed between the micro and macro conidia. To confirm that the culture was T. erinacei, the internal transcribed spacer region of the 5.8S phase of the ribosomal RNA gene (ITS1-5.8S-ITS2 rDNA) was amplified by PCR and then sequenced. A 679-base pair fragment of DNA was then compared with sequences in GenBank and found to be 99% homologous with sequences of T. erinacei (Z97997 and Z97996. The clinical signs were resolved after four weeks of treatment with oral and topical ketoconazole and chlorhexidine. To the best of our knowledge, this represents the first case of T. erinacei isolated from a four-toed hedgehog in Korea.

Partial denture metal framework may harbor potentially pathogenic bacteria

  • Mengatto, Cristiane Machado;Marchini, Leonardo;de Souza Bernardes, Luciano Angelo;Gomes, Sabrina Carvalho;Silva, Alecsandro Moura;Rizzatti-Barbosa, Celia Marisa
    • The Journal of Advanced Prosthodontics
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    • 제7권6호
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    • pp.468-474
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    • 2015
  • PURPOSE. The aim of this study was to characterize and compare bacterial diversity on the removable partial denture (RPD) framework over time. MATERIALS AND METHODS. This descriptive pilot study included five women who were rehabilitated with free-end mandibular RPD. The biofilm on T-bar clasps were collected 1 week ($t_1$) and 4 months ($t_2$) after the RPD was inserted ($t_0$). Bacterial 16S rDNA was extracted and PCR amplified. Amplicons were cloned; clones were submitted to cycle sequencing, and sequences were compared with GenBank (98% similarity). RESULTS. A total of 180 sequences with more than 499 bp were obtained. Two phylogenetic trees with 84 ($t_1$) and 96 ($t_2$) clones represented the bacteria biofilm at the RPD. About 93% of the obtained phylotypes fell into 25 known species for $t_1$ and 17 for $t_2$, which were grouped in 5 phyla: Firmicutes ($t_1=82%$; $t_2=60%$), Actinobacteria ($t_1=5%$; $t_2=10%$), Bacteroidetes ($t_1=2%$; $t_2=6%$), Proteobacteria ($t_1=10%$; $t_2=15%$) and Fusobacteria ($t_1=1%$; $t_2=8%$). The libraries also include 3 novel phylotypes for $t_1$ and 11 for $t_2$. Library $t_2$ differs from $t_1$ (P=.004); $t_1$ is a subset of the $t_2$ (P=.052). Periodontal pathogens, such as F. nucleatum, were more prevalent in $t_2$. CONCLUSION. The biofilm composition of the RPD metal clasps changed along time after RPD wearing. The RPD framework may act as a reservoir for potentially pathogenic bacteria and the RPD wearers may benefit from regular follow-up visits and strategies on prosthesis-related oral health instructions.

Isolation and Characterization of a Feather Degrading Alkalophilic Streptomyces sp. TBG-S13A5 and its Keratinolytic Properties

  • Indhuja, Selvaraj;Shiburaj, Sugathan;Pradeep, Nediyaparambu Sukumaran;Thankamani, Vaidyanathan;Abraham, Teruvath Koshy
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제40권4호
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    • pp.303-309
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    • 2012
  • Keratinases are of particular interest because of their action on insoluble keratins and generally on a broad range of protein substrates. Alkalophilic and neutrophilic actinomycete strains isolated from different soil samples, rich in keratinaceous substances were screened for keratinolytic activity. An alkalophilic isolate, TBG-S13A5, was found to possess good keratinolytic activity and was able to utilize feather as the sole carbon and nitrogen source. TBG-S13A5 exhibited an off-white aerial mass color with a rectus-flexibilis type of spore chain. The morphological, microscopical and biochemical characters were comparable with that of Streptomyces albidoflavus. Fatty acid methyl ester profiling (FAME) and 16S rDNA sequence analysis confirmed its identity as a strain of S. albidoflavus. Under submerged fermentation conditions, maximum protease production was recorded on the $5^{th}$ day of incubation at $30^{\circ}C$, using basal broth of pH 9.0 with 0.25% (w/v) white chicken feather. This strain could affect feather degradation when the initial pH was 8 and above and maximum protease production was recorded when the initial pH was around 10.5. The effectiveness of the crude enzyme in destaining and leather dehairing were also demonstrated.

한국 전통젓갈에서 분리한 Bacillus subtilis JKK238 균주 유래 세 종류 Lipopeptide의 분리 및 특성 (Isolation and Characterization of Three Kinds of Lipopeptides Produced by Bacillus subtilis JKK238 from Jeot-Kal of Korean Traditional Fermented Fishes)

  • 윤상홍;김정봉;임융호;홍성렬;송재경;김삼선;권순우;박인철;김수진;여윤수;구본성
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제33권4호
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    • pp.295-301
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    • 2005
  • 한국 전통 젓갈로부터 항균성 lipopeptide를 생산하는 JKK238 균주를 분리하여 16S rDNA및 세포벽의 지방산 조성 분석 등에 따라 Bacillus subtilis로 동정하였다. JKK238 균주를 3일간 배양한 TSB 액체배지의 $25\%$ ammonium sulfate 침전물이 대부분의 lipopeptide를 포함하고 이들이 다양한 식물병원성 곰팡이나 세균의 성장을 강력히 저해함을 알 수 있었다. 또한 FPLC에 의해 분리 및 정제된 각 lipopeptide의 Maldi-tof분석에서, 이 균주가 iturin A, fengycin, surfactin과 같은 세 종류의 lipopeptide의 isomer들을 동시에 생산하는 균주임을 밝혔다.

Brevundimonas diminuta를 이용한 돈분뇨에서 발생되는 황화합물의 저감 (Reduction of Sulfur Compounds Produced from Swine Manure, Using Brevundimonas diminuta)

  • 오민환;이은영
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제45권3호
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    • pp.257-264
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    • 2017
  • 혼합유박은 황화물, 암모니아 그리고 아민이 발생하는 것으로 알려져 있다. 악취 저감 미생물을 선별하기 위해 물과 혼합유박이 포함된 바이얼을 농화 배양하였다. 황화물 저감 미생물의 분리를 위해 황화수소 및 메틸메르캅탄 저감 활성실험을 수행하였다. 대조군에는 100 ml 바이알에 혼합유박(0.25 g)과 증류수(10 ml)를 넣어 악취를 발생시켰으며 실험군에는 대조군 바이알과 같은 상태에서 분리균주를 접종하였다. 분리균주 중에서 황화합물의 저감효율이 가장 높은 균주를 일반적인 동정 방법인 16S rRNA sequence 분석으로 동정 결과 Brevundimonas diminuta로 동정되었으며 KCTC에 기탁하여 기탁번호 KCTC11724BP를 부여받았다. B. diminuta는 황화수소 표준가스를 200 ppmv까지 24시간내에 모두 제거하였다. 또한, 황화수소와 메틸머캅탄의 최대 제거 효율은 바이알 실험에서 453 ppmv과 98 ppmv에서 각각 100% 효율을 나타냈다. 또한 돈분을 이용한 악취발생반응기에서는 접종량 20% (v/weight of swine manure)일 때 황화물 95% 이상 제거 효율을 나타냈다.

Violacein을 생산하는 Massilia sp. EP15224 균주 (Production of Violacein by a Novel Bacterium, Massilia sp. EP15224 Strain)

  • 윤상홍;백희진;권순우;이창묵;심준수;한범수;구본성
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제42권4호
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    • pp.317-323
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    • 2014
  • 비올라세인은 항균, 항암, 항산화, 항말라리아, 항설사 활성과 같은 다양한 생리활성을 가지는 보라색소 물질로 알려져 있다. 본 연구에서는 한국의 산림토양에서 분리되었으며 보라색 색소를 생산하는 EP15224 균주를 선발하여 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석하였다. 그 결과 Massilia sp. BS-1과 97%의 가장 높은상동성을 보였다. 또한 16S rRNA 유전자에 근거한 계통분류학적 분석에서 EP15224는 기존 보고된 비올라세인 생산 세균들과는 별개로 구분되는 Massilia속의 새로운 종임을 확인하였다. 이 균주가 생산하는 보라색 소물질을 분리하여 LC/MS/MS로 분석한 결과, 분자량이 343.34인 비올라세인과 일치하였다. 또한 비올라세인의 생산효율을 높여주는 최적의 배지성분[glucose 2 g/l, $(NH_4)_2SO_4$ 1 g/l, $Na_2HPO_4{\cdot}7H_2O$ 2 g/l, $KH_2PO_4$ 1 g/l, $MgSO_4{\cdot}7H_2O$ 0.1 g/l, $\small{L}$-tryptophan 0.24 g/l]과 배양조건[$25^{\circ}C$에서 72시간 배양, 250 rpm, 10% 접종량]을 조사하였으며 이 조건에서 액체배양 하였을 때 리터 당 280 mg의 비올라세인이 생산되었다.