• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제28권8호
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• pp.1339-1345
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• 2018

2-Keto-3-deoxy-6-phosphogluconate (KDPG) aldolase, which catalyzes aldol cleavage and condensation reactions, has two distinct substrate-binding sites. The substrate-binding mode at the catalytic site and Schiff-base formation have been well studied. However, structural information on the phosphate-binding loop (P-loop) is limited. Zymomonas mobilis KDPG aldolase is one of the aldolases with a wide substrate spectrum. Its structure in complex with the substrate-mimicking 3-phosphoglycerate (3PG) shows that the phosphate moiety of 3PG interacts with the P-loop and a nearby conserved serine residue. 3PG-binding to the P-loop replaces water molecules aligned from the P-loop to the catalytic site, as observed in the apostructure. The extra electron density near the P-loop and comparison with other aldolases suggest the diversity and flexibility of the serine-containing loop among KDPG aldolases. These structural data may help to understand the substrate-binding mode and the broad substrate specificity of the Zymomonas KDPG aldolase.

• 생명과학회지
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• 제34권7호
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• pp.465-475
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• 2024

Lactiplantibacillus plantarum K9은 굼벵이에서 분리된 다양한 생리활성물질에 기인하여 프로바이오틱스 균주로 활용 가능한 유산균이다. L. plantarum K9 유전체 분석결과로써 박테리아 염색체와 3 plasmid가 존재하는 것으로 나타났다. L. plantarum K9의 핵심 대사경로 분석 결과 해당과정, 오탄당대사(pentose phosphate pathway)는 정상적으로 수행되는 것으로 나타났다. 그러나 포도당신생합성과 ED pathway의 핵심 효소인 fructose-1,6-bisphosphatase (EC: 3.1.3.11)와 6-phosphogluconate dehydratase (EC: 4.2.1.12) / 2-keto-de- oxy-6-phosphogluconate (KDPG) aldolase (EC: 4.2.1.55)가 각각 결여되어 있기 때문에 포도당신생합성과 ED pathway는 수행하지 못하는 것으로 제의된다. 또한, TCA 회로에서 fumarate 및 malate를 형성하는 일부 효소만 존재하는 반면에 나머지 TCA 회로에 연관되는 효소들이 모두 결여되어 있었기 때문에 TCA 회로는 진행되지 못하는 것으로 추정되었다. 산화적 전자전달계는 NADH dehydrogenase complex I과 cytochrome reductase complex IV에 해당하는 요소들을 보유하고 있기 때문에 class IIB 타입(bd-type)의 전자전달시스템을 수행할 것으로 예측되었다. 종합적으로, L. plantarum K9은 lactic acid 동형발효를 수행하며, 포도당신생합성 및 오탄당대사가 가능하며, class IIB 타입(bd-type) 산화적 전자전달시스템에 의해 에너지 대사를 수행하는 것으로 제의된다. 따라서, L. plantarum K9은 다른 유산균주에 비교하여 lactic acid 생성량이 비교적 높아 생리활성도가 우수할 것으로 제의된다. 다른 한편으로, L. plantarum K9은 산화적 전자전달이 가능한 것으로 추정되어 산소에 대한 내성이 높아서 배양 특성이 양호하여 프로바이틱스로써 활용가능성이 높은 것으로 제의된다.