• 제목/요약/키워드: 2-D Electrophoresis

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어류의 사후 변화에 관여하는 단백질분해효소의 검색 (Activity Screening of the Proteolytic Enzymes Responsible for Post-mortem Degradation of Fish Tissues)

  • 변재형;이동수;김두상;허민수
    • 한국수산과학회지
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    • 제29권3호
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    • pp.296-308
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    • 1996
  • 혈합육어 (멸치와 전어)와 백색육어 (농어와 도다리)의 육과 내장에서 추출한 조효소에 대하여 천연기질 및 합성 기질에 대한 효소 활성과 disc-PAG 전기영동에서 분리된 효소 단백질의 분포를 선택적 합성기질을 써서 비교 검토하였다. 육에는 SH-proteinase인 cathepsin L, B, 및 H 유사 효소가 분포하는 것을 확인 할 수 있었으며, 이 밖에도 cathepsin G 및 D도 다소 분포하는 것으로 추정되었다. 그리고 내장에는 강한 활성의 chymotrypsin 및 trypsin 유사 효소가 주로 분포하고 있음이 확인되었다. 육과 내장에서 추출한 조효소들은 공통적으로 멸치, 전어, 도다리 그리고 농어의 순으로 활성이 높은 것을 알 수 있었으며, 전체적으로 혈합육어에 분포되어 있는 효소가 백색육어류에 분포되어 있는 효소에 비하여 약 100배정도 높았다. 육과 내장의 조효소를 방어의 근원섬유단백질에 작용시킨 결과, 육 중의 조효소는 myosin heavy chain의 분해가 두드러졌으며, 특히 멸치의 효소가 근원섬유 단백질의 구성 subunit 모두에 대하여 강한 분해능을 보였다. 내장 조효소의 경우는 반응 초기에 myosin heavy chain과 actin을 현저하게 분해시켰으며, 혈합육어인 멸치와 전어 조효소의 분해능이 백색육어인 농어와 도다리의 조효소보다 강한 것을 확인 할 수 있었다. 육의 조효소는 어종에 따라 서로 다른 분해 양상을 보였으며, 내장 조효소는 혈합육어와 백색육어의 효소 활성뿐만 아니라 효소의 분포상으로도 많은 차이가 있었다.

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고삼이 $H_2O_2$에 의한 대동맥 평활근세포 고사 및 전체 단백질 발현에 미치는 영향 (Study of Sophorae Radix on $H_2O_2$-mediated Apoptosis and Total Protein Expression Pattern in Vascular Smooth Muscle Cells)

  • 전인철;정재은;손인환;이주석;정승원;장재호;이선우;이인;문병순
    • 동의생리병리학회지
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    • 제18권6호
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    • pp.1652-1660
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    • 2004
  • Apoptosis of vascular smooth muscle cells(VSMCs) is essential in atherogenesis, being a factor that modulates its early progression rather than a terminal event in the course of the disease. Various stimuli, including oxide lipoproteins, altered hemodynamic stress and free radical, can induced VSMCs apoptosis in vitro. The protective effects of Sophorae Radix (SR) on apoptotic cell death induced by H₂O₂ were investigated in VSMCs. The viability of VSMCs was markedly decreased by H₂O₂. Sophorae Radix protected the H202-induced apoptotic death of VSMCs, which was characterized as nuclear fragmentation and increase of sub-G0/G1 fraction .. Sophorae Radix decreased the activation of caspase-3 like protease induced by H₂O₂ and recovered control level from H202-induced PARP, Bak, Bcl-XL and mitochondrial membrane potential. These results suggest that Sophorae Radix protected VSMCs apoptotic death induced by H₂O₂ via inactivation of caspase-3 and modulation of mitochondrial function. Also, the expression profile of proteins by using two-dimensional (2-D) gel electrophoresis was screened. Future investigations will need to explore the use of an anti atherosclerotic therapy of Sophorae Radix, which relies on inhibition of the proapoptotic activation of the vascular smooth muscle cells.

뱀장어 근육내 Ryanodine Receptor의 기능 및 면역학적 성질 (Functional and Immunological Properties of Ryanodine Receptor in the Eel Skeletal Muscle)

  • 석정호;이연수;남장현;최숙정;홍장희;이재흔
    • 대한약리학회지
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    • 제31권2호
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    • pp.207-217
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    • 1995
  • To investigate the functional and immunological properties of the Ca-release channel in the sarcoplasmic reticulum(SR) of the eel skeletal muscle, $[^3H]ryanodine$ binding, SDS gel electrophoresis, $^{45}Ca\;release$ studies, and immunoblot assay were carried out in the SR of the eel skeletal muscle. Maximal binding sites(Bmax) and $K_D$ values of $[^3H]ryanodine$ for Ca-release channel of the SR of the eel skeletal muscle were $19.44{\pm}1.40\;pmole/mg$ protein and $15.55{\pm}1.69\;nM$, respectively. $[^3H]Ryanodine$ binding to RyR was increased by calcium and AMP. The SR of the eel skeletal muscle has two high molecular weight bands on the SDS PAGE. The mobility of upper band was more slower than the single band of the rabbit skeletal muscle, and that of the lower band was similar with the single band of canine cardiac muscle. Vesicular $^{45}Ca-release$ was activated by calcium. Ca-induced $^{45}Ca-release$ was significantly inhibited by $MgCl_2(2\;mM)$, ruthenium red$(10\;{/mu}M)$ or tetracaine(1 mM), but not by high concentration of calcium itself. AMP-induced $^{45}Ca-release$ was slightly occurred only in the absence of calcium, it was not inhibited by $MgCl_2$ or ruthenium red. Caffeine also increased $^{45}Ca-release$ from the SR vesicles, but it was not affected by $MgCl_2$ or ruthenium red. Polyclonal Ab against rat skeletal muscle RyR is reacted with that of rabbit, but not reacted with that of the eel skeletal muscle. These results suggested that ryanodine receptor of the SR of the eel skeletal muscle is showing some similar properties with that of mammalian skeletal muscle, but might be an another isotype channel having two bands which is less sensitive to AMP, not cross-reacted with antisera against rat RyR, and not inhibited by high concentration of calcium.

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표식유전자를 이용한 담배와 감자의 원형질체 융합 (Protoplast Fusion of Nicotiana glauca and Solanum tuberosum Using Selectable Marker Genes)

  • 박태은;정해준
    • 자연과학논문집
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    • 제4권
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    • pp.103-142
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    • 1991
  • 표식 유전자를 이용하여 체세포 잡종체를 선발하기 위한 연구의 일환으로 감자조직에는 T-DNA를 도입하여 식물호르몬 무첨가 배지에서도 생장가능한 형질전환체을 획득하고, 담배조직에는 NPT H gene을 도입하여 kanamycin에 대해서 저항성을 나타내는 형질전환체를 획득하여 각각의 특성구명과 원형질체를 유리하여 도입된 유전자 marker를 이용해서 융합을 시도한 바 그 결과는 다음과 같다. 1. 감자 괴경에서 Agrobacterium tumefaciens Ach5와 A. rhizogenes ATCC15834를 접종하여 crown gall tumor 및 hairy root를 유기하였으며 이러한 tumor조직은 식물 호르몬 무첨가 배지에서 생장이 가능하였다. 2. 감자에서 유기된 hairy root로부터 callus 형성은 2.4-D 2mg/1 첨가된 MS 배지에서 가장 양호하였으며 casein hydrolysate 1g/1가 첨가하면 유연 한 callus의 증식이 더욱 왕성하였다. 3. Activated charcoal이 0.5~2.0g/1 첨가된 배지에서는 crown gall tumor callus의 절단면이 갈변되는 것을 방지 할 수 있어 생존률을 높일 수 있었으나 hairy root에서는 갈변되어 고사되었다. 4. 2, 4-D 2mg/1와 casein hydrolysate 1g/1를 첨가한 배지에 hairy root callus를 현탁배의한 결과 양호한 많은 callus 덩어리들을 단시간에 얻을 수 있었다. 5. $Tri^-$parental mating으로 NPTII gene이 coding되어있는 binary vector인 pGA643을 wild type 및 disarmid된 Agrobacterium 내에 도입하여 Agrobacterium tumefaciens Ach5/pGA643, A.tumefaciens $A_4T$/pGA643, A. tumefaciens LBA4404/pGA643를 획득하였다. 이 세 개의 conjugant를 사용하여 0.7% agarose gel 상에서 pGA643을 확인하였다. 6. pGA643이 도입왼 Agrobacterium tumefaciens LBA4404와 담배 조직과 동시배양하여 kanamycin $100\mug$/ml 첨가된 배지에 생존하는 callus를 선발하였으며 동일배지에서 callus의 증식이 가능하였다. 7.형질전환된 담배 callus로부터 식물체 형성은 BA 2mg/1를 첨가한 배지에서 가능하였다. 8. 재분화된 담배의 엽조직은 kanamycin.이 $1000\mug$/ml 첨가된 MS 배지에서도 왕성히 callus가 유기되어, 이는 재분화체에서도 NPTII gene이 그대로 유지되고 있음을 확인할 수 있었다. 9. 담배의 정상 shoot와 형질전환된 shoot를 kanamycin이 $100\mug$/ml이 함유된 MS배지에 기내삽목한 결과, 정상 shoot는 발근이 되지 않고 황화 되었으나 형질전환된 shoot는 발근이되었으며 정상적으로 생장을 하였다. 10. 감자의 T-DNA가 도입된 현탁배양 callus는 cellulase 2%, macerozyme 2%, dricelase 1%에서 양호하게 유리되었다. 11. Osmoticum으로서 mannitol 농도 0.8M에서 담배와 감자의 두 조직 모두 원형질체유리가 가장 효과적이었다. 생존력은 T-DNA가 도입된 감자의 hairy root를 callus로 탈분화 시킨 후 현탁배양한 callus가 mannitol 0.5M에서 97%를 나타냈고, 그리고 NPTII gene이 도입된 담배의 엽조직은 mannitol 0.7M에서 94%로 최고를 타나냈다. 12. 원형질체 융합은 PEG solution 처리 15분 후부터 관찰되기 시작하여 20분에 완전히 융합되었고, 융합된 원형질체는 선발 marker인 호르몬 무첨가 및 kanamycin 첨가배지에서 배양 5일 후에 세포벽이 재생되었으며 4주일 후부터 colony들이 관찰되었다.

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사과 Peroxidase의 분리 및 특성 (Isolation and Characterization of Fuji Apple Peroxidase)

  • 지완정;조남숙;김인철;박관화;최언호
    • 한국식품과학회지
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    • 제23권4호
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    • pp.442-446
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    • 1991
  • Fuji 사과로부터 acetone 처리 및 CM-cellulose column chromatography를 통하여 3개의 peroxidase isozyme(peak I, II, III)을 분리하고 isoelectric focusing에 의하여 pI값이 각각 3.80, 8.82, 8.35임을 확인하였다. Peroxidase isozyme의 최적 pH는 guaiacol과 $H_{2}O_{2}$를 기질로 하였을 때 peak I이 pH5.0, peak II, III은 pH5.5 이었으며 최적온도는 peak I, II, III 모두 $40^{\circ}C$이었다. $70^{\circ}C$에서 각 isozyme의 D값은 660초, 1,320초, 600초로서 peak II isozyme이 가장 열에 안정하였다. 당(0.032 M)의 존재하에서는 sucrose와 lactose는 효소의 열안정성에 영향을 미치지 않았으나 fructose와 glucose는 열안정성을 현저하게 감소시켰다. 이는 환원당과 효소단백질의 상호작용에 기인한 것으로 생각된다.

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Processing Optimization and Physicochemical Characteristics of Collagen from Scales of Yellowfin Tuna (Thunnus albacares)

  • Han, Yuna;Ahn, Ju-Ryun;Woo, Jin-Wook;Jung, Cheol-Kyun;Cho, Sueng-Mock;Lee, Yang-Bong;Kim, Seon-Bong
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제13권2호
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    • pp.102-111
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    • 2010
  • This study was conducted to investigate the optimal conditions of collagen extraction from scales of yellowfin tuna (Thunnus albacares) using surface response methodology. Four independent variables of NaOH concentration and pretreatment fime in alkali pretreatment and enzyme concentration and treatment time in enzyme hydrolysis were used to predict a model equation for the collagen yield. The determinant coefficient ($R^2$) for the equation was 0.906. The values of the independent variables for the maximum yield were 0.32 N NaOH, 16.38 h alkali pretreatment time, 0.18% enzyme concentration, and 31.02 h enzyme treatment time. In the physicochemical properties of tuna scale collagen, sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis of tuna scale collagen showed the same migration distances as that of calf skin collagen. The amide A, I, II, and III regions of tuna scale collagen in Fourier transform infrared measurements were shown in the peaks of 3,414 $cm^{-1}$, 1,645 $cm^{-1}$, 1,553 $cm^{-1}$, and 1,247 $cm^{-1}$, respectively. The amount of imino acids in tuna scale collagen was 18.97% and the collagen denaturation temperature was $33^{\circ}C$. The collagen solubility as a function of NaCl concentration decreased to 4% NaCl (w/v) and the collagen solubility as a function of pH was high at pH 2-4 and sharply decreased from pH 4 to pH 7. Viscosity of the collagen solution decreased continuously until $30^{\circ}C$ and this decreasing rate slowed in the temperature range of $35-50^{\circ}C$.

Metabolic Characteristic of the Liver of Dairy Cows during Ketosis Based on Comparative Proteomics

  • Xu, Chuang;Wang, Zhe;Liu, Guowen;Li, Xiaobing;Xie, Guanghong;Xia, Cheng;Zhang, Hong You
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제21권7호
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    • pp.1003-1010
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    • 2008
  • The objective of the present study was to identify differences in the expression levels of liver proteins between healthy and ketotic cows, establish a liver metabolic interrelationship of ketosis and elucidate the metabolic characteristics of the liver during ketosis. Liver samples from 8 healthy multiparous Hostein cows and 8 ketotic cows were pooled by health status and the proteins were separated by two-dimensional-electrophoresis (2D-E). Statistical analysis of gels was performed using PDQuest software 8.0. The differences in the expression levels of liver proteins (p<0.05) between ketotic and healthy cows were identified by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF-TOF) tandem mass spectrometry. Five enzymes/proteins were identified as being differentially expressed in the livers of ketotic cows: expression of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 (HCDH), acetyl-coenzyme A acetyltransferase 2 (ACAT) and elongation factor Tu (EF-Tu) were down-regulated, whereas that of alpha-enolase and creatine kinase were up-regulated. On the basis of this evidence, it could be presumed that the decreased expression of HCDH, which is caused by high concentrations of acetyl-CoA in hepatic cells, in the livers of ketotic cows, implies reduced fatty acid ??oxidation. The resultant high concentrations of acetyl-CoA and acetoacetyl CoA would depress the level of ACAT and generate more ??hydroxybutyric acid; high concentrations of acetyl-CoA would also accelerate the Krebs Cycle and produce more ATP, which is stored as phosphocreatine, as a consequence of increased expression of creatine kinase. The low expression level of elongation factor Tu in the livers of ketotic cows indicates decreased levels of protein synthesis due to the limited availability of amino acids, because the most glucogenic amino acids sustain the glyconeogenesis pathway; thus increasing the level of alpha-enolase. Decreased protein synthesis also promotes the conversion of amino acids to oxaloacetate, which drives the Krebs Cycle under conditions of high levels of acetyl-CoA. It is concluded that the livers of ketotic cows possess high concentrations of acetyl-CoA, which through negative feedback inhibited fatty acid oxidation; show decreased fatty acid oxidation, ketogenesis and protein synthesis; and increased gluconeogenesis and energy production.

Proteomic analysis of Korean ginseng(Panax ginseng C. A. Meyer) following exposure to salt stress

  • Kim, Sun-Tae;Bae, Dong-Won;Lee, Kyung-Hee;Hwang, Jung-Eun;Bang, Kyong-Hwan;Kim, Young-Chang;Kim, Ok-Tae;Yoo, Nam-Hee;Kang, Kyu-Young;Hyun, Dong-Yun;Lim, Chae-Oh
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제35권3호
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    • pp.185-193
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    • 2008
  • We evaluated the response to salt stress of two different ginseng lines, STG3134 and STG3159, which are sensitive and tolerant, respectively, to salt treatment. Plants were exposed to a 5 dS/m salt solution, and chlorophyll fluorescence was measured. STG3134 ginseng was more sensitive than STG3159 to salt stress. To characterize the cellular response to salt stress in the two different lines, changes in protein expression were investigated using a proteomic approach. Total protein was extracted from detached salt-treated leaves of STG3134 and STG3159 ginseng, and then separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis(2-DE). Approximately 468 protein spots were detected by 2-DE and Coommassie brilliant blue staining. Twenty-two proteins were found to be reproducibly up- or down-regulated in response to salt stress. Among these proteins, twelve were identified using MALDI-TOF MS and ESI-Q-TOF and classified into several functional groups: photosynthesis-related proteins(oxygen-evolving enhancer proteins 1 and 2, rubisco and rubisco activase), detoxification proteins(polyphenol oxidase) and defense proteins($\beta$-1,3-glucanase, ribonuclease-like storage protein, and isoflavone reductase-like protein). The protein levels of ribonuclease-like storage protein, which was highly induced in STG3159 ginseng as compared to STG3134, correlated tightly with mRNA transcript levels, as assessed by reverse-transcription(RT)-PCR. Our results indicate that salinity induces changes in the expression levels of specific proteins in the leaves of ginseng plants. These changes may, in turn, playa role in plant adaptation to saline conditions.

프로테오믹스를 이용한 내분비계 교란물질 환경독성 연구 (Proteome in Toxicological Assessment of Endocrine Disrupting Chemicals)

  • 김호승;계명찬
    • 환경생물
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    • 제21권2호
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    • pp.87-100
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    • 2003
  • 환경오염이 심각해짐에 따라 국내외적으로 환경에 대한 관심이 고조되고 인체에 해를 끼치는 환경요인으로부터 방어하기 위한 많은 노력들이 기울여지고 있다. 특히 내분비계장애물질이 생식기능과 면역기능을 약화시키고, 행동 이상을 일으키며, 암 발생률을 높인다는 점이 밝혀지기 시작하면서 많은 연구들이 발표되고 여러 가지 방법들이 내분비계장애물질과 더불어 환경분야연구에 응용되어왔지만 단백질을 대상으로 연구하여 유전자기능을 연구하는 프로테오믹스(proteomics) 연구를 접목시키려는 시도가 아직까지는 빈약하다. 프로테오믹스는 기능을 갖는 단백질들의 발현을 종합적이고 정량적으로 측정하는 가장 직접적인 수단이고, 질병, 약물투여, shock 등 생물학적인 동요(perturbation)에 의하여 변하는 단백질들의 발현양상의 변화를 정확하게 관찰할 수 있으며, 생체내 유전자발현의 궁극적인 양상을 규명할 수 있고, 또한 유전자, 단백질 및 질병간의 연결고리를 제공한다. 기존의 biomarker는 다른 질병 표지자와 연관성이 높아 직접적인 유해물질 노출 위험도를 정확히 판정하기 어렵다. 따라서 대량발굴탐색(high-throughput screen-ing)이 가능한 2차원 전기영동 분석과 MALDI-TOF 또는 protein chip array와 SELDI-TOF에 의한 단백질 분자구조 분석기술 및 이들을 지원하는 생물정보학(bio-informatics)의 발전을 이용하여 환경독성 연구에 이용 할 수 있는 표적단백질(biomarker)발굴에 적절한 이용이 가능할 것이다.

진핵세포에서 DNA 회복에 관련된 HRD3 유전자의 분리, 발현 및 특성 연구 (Study on Expression and Characterization of HRD3 Gene Related DNA Repair from Eukaryotic Cells)

  • Shin, Su-Hwa;Park, In-Soon
    • 생명과학회지
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    • 제14권2호
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    • pp.325-330
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    • 2004
  • 효모에 있어 자외선에 의한 절제회복 관여 DNA회복유전자가 많이 알려져 있으나, 이들이 어떤 기능을 하는지는 아직 잘 알려져 있지 않다. 본 연구에서는 자외선 조사 시 절제회복의 초기 단계에 절대적으로 필요한 RAD3 유전자와 유사한 유전자인 HRD3 유전자를 분열형 효모인 Schizosaccharomyces pombe에서 분리하여 그 특성을 연구하였다. 이 결과 분리한 유전자는 효모 RAD3 유전자와 염기서열에서 약 70%이상의 유사성을 보였다. 이 유전자의 염기서열 결과 유전자 산물의 분자량은 75 kDa였다. 2-D gel 결과 과잉발현 시 HRD3 단백질은 숙주 단백질의 합성 억제 또는 분해 촉진을 유발하여 숙주세포인 대장균에 독성초과를 나타내었다. HRD3 유전자와 lacZ 유전자를 융합시킨 여러 가지 재조합 vector를 만들어 이들 융합단백질을 분리, 연구 한 결과 HRD3 단백질의 카르복실 말단부분이 효모에 있어서 DNA회복기능과 대장균에서의 독성효과를 나타내는 중요부위임이 확인되었다.