Agarase from a novel agar-degrading bacterium isolated from seawater in Namhae at Gyeongsangnamdo province of Korea was characterized. The SH-1 strain was selected from thousands of colonies on Marine agar 2216 media. Almost full 16S rRNA gene sequence of the agarolytic SH-1 strain showed 99% similarity with that of bacteria of Simiduia genus and named as Simiduia sp. SH-1. Agarase production was growth related, and activity was declined from stationary phase. Secreted agarase was prepared from culture media and characterized. It showed maximum activity of 698.6 units/L at pH 7.0 and 30℃ in 20 mM Tris-HCl buffer. Agarase activity decreased as the temperature increased from an optimum of 30℃, with 90% and 75% activity at 40℃ and 50℃, respectively. Agarase was not heat resistant. Slightly lower agarase activity was observed at pH 6.0 than at pH 7.0, without statistical difference, and 80% and 75% activity were observed at pH 5.0 and 8.0, respectively. Neoagarotetraose and neoagarobiose were the main final products of agarose, indicating that it is β-agarase. Simiduia sp. SH-1 and its β-agarase would be useful for the industrial production of neoagarotetraose and neoagarobiose, which have a whitening effect on skin, delaying starch degradation, and inhibiting bacterial growth.
You, Hee Sang;Ok, Yeon Jeong;Lee, Song Hee;Lee, So Lip;Lee, Young Ju;Lee, Min Ho;Hyun, Sung Hee
Korean Journal of Clinical Laboratory Science
/
v.52
no.3
/
pp.202-213
/
2020
Although technological advances have allowed the efficient collection of large amounts of microbiome data for microbiological studies, proper analysis tools for such big data are still lacking. Additionally, analyses of microbial communities using poor databases can lead to misleading results. Hence, this study aimed to design an appropriate method for the analysis of big microbial databases. Bacteria were collected from the fingertips and personal belongings (mobile phones and laptop keyboards) of individuals. The genomic DNA was extracted from these bacteria and subjected to next-generation sequencing by targeting the 16S rRNA gene. The accuracy of the bacterial matching percentage between the fingertips and personal belongings was verified using a formula and an environment-related and human-related database. To design appropriate analysis, the bacterial matching accuracy was calculated based on the following three categories: comparison between qualitative and quantitative analysis, comparisons within same-gender participants as well as all participants regardless of gender, and comparison between the use of a human-related bacterial database (hDB) and environment-related bacterial database (eDB). The results showed that qualitative analysis, comparisons within same-gender participants, and the use of hDB provided relatively accurate results. This study provides an analytical method to obtain accurate results when conducting studies involving big microbiological data using human-derived microorganisms.
Butanol-resistant bacteria were isolated from butanol solvent. The cell growth of isolated strains declined with increasing concentrations of butanol, and isolated strain BRS02 displayed more resistance to 12.5 g/L of butanol than other isolated strains. In addition, strain BRS251, which was resistant to even higher concentrations of butanol, was developed by the mutation of BRS02 using UV. BRS251 could grow in LB medium containing up to 17.5 g/L of butanol, 32.5 g/L of propanol, or 6 g/L of pentanol, whereas the control strain Escherichia coli was found to be tolerant to 7.5 g/L of butanol, 20 g/L of propanol, or 2 g/L of pentanol. The isolated BRS02, a Gram(+) bacterium seen to have a cocci form under the microscope, grew in 6.5% NaCl. According to biochemical tests, BRS02 can metabolize and produce acid with D-galactose, D-maltose, D-mannitol, D-mannose, methyl-${\beta}$-Dglucopyranoside, D-ribose, sucrose, or D-trehalose, as carbon sources. Also, this strain showed resistance to bacitracin, vibriostatic agent O/129, and optochin, alongside positive activities for arginine dihydrolase, ${\alpha}$-glucosidase, and urease. The BRS02 strain was identified as Staphylococcus sp. by analyses of the 16S rRNA gene, phylogenetic tree, and biochemical tests.
A xylanase-producing bacterium was isolated from a soil sample collected in Yongin city, Korea. The strain was aerobic and gram positive, and grew between pH 5.0 and 11.0, forming a yellow-colored colony. The strain was classified as a novel subspecies bacterium of Paenibacillus barcinonensis by 16S rRNA gene sequence similarity, phylogenetic analysis, phenotypic, and biochemical characteristics, and thus named Paenibacillus sp. HX-1. This strain produced extracellular endo-${\beta}$-1,4-xylanase, and the best xylanolytic activity (205.17 unit/ml) was obtained at 96 h in an optimized TNX medium containing 1% (w/v) bacto tryptone, 1% (w/v) NaCl, and 0.7% (w/v) beechwood xylan at pH 7.0, $37^{\circ}C$ and 200 rpm. The endo-${\beta}$-1,4-xylanase produced by the strain HX-1 yielded xylobiose as the end product from beechwood xylan hydrolysis. The enzyme exhibited optimum pH and temperature at pH 7.0 and $45^{\circ}C$, respectively. The remarkable enhancing effect of the TNX medium on xylanase production by HX-1, in spite of its simple formula, may have great advantages for industrial applications of xylanase.
Kim, Yiseul;Lee, Youngmi;Weon, Hang-Yeon;Sang, Mee Kyung;Song, Jaekyeong
Korean Journal of Organic Agriculture
/
v.28
no.2
/
pp.235-250
/
2020
Agricultural practices are known to have a crucial influence not only on soil physico-chemical properties but also on microbial communities. To investigate the effect of farming practices on soil microbial communities, a total of 10 soil samples were collected, including five conventional and five organic farming soils cultivated with peppers in plastic greenhouse. We conducted barcorded-pyrosequencing of V1-V3 regions of 16S rRNA genes to examine soil microbial communities of two different farming practices. Taxonomic classification of the microbial communities at the phylum level indicated that a total of 22 bacterial phyla were present across all samples. Among them, seven abundant phyla (>3%) including Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, Acidobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, and Gemmatimonadetes were found, and Proteobacteria (33.0 ± 5.7%), Actinobacteria (19.9 ± 9.7%), and Firmicutes (13.6 ± 5.0%) comprised more than 66% of the relative abundance of the microbial communities. Organic farming soils showed higher relative abundances of Proteobacteria and Firmicutes, while Actinobacteria and Chloroflexi were more abundant in conventional farming soils. Notably, the genera Bacillus (higher in organic farming soils) and Streptomyces (higher in conventional farming soils) exhibited significant variation in relative abundance between organic and conventional farming soils. Finally, correlation analysis identified significant relationships (p<0.05) between soil chemical properties, in particular, pH and organic matter content and microbial communities. Taken together, this study demonstrated that the changes of soil physico-chemical properties by agricultural farming practices effected significantly (p<0.05) on soil microbial communities.
Hwang, Yeoung Min;Kim, Dae Kuk;Lee, Ji Hee;Baik, Keun Sik;Park, Chul;Seong, Chi Nam
Journal of Life Science
/
v.24
no.4
/
pp.393-402
/
2014
Culture-dependent and culture-independent denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analyses were employed to investigate the bacterial community associated with a natural dye wastewater treatment facility. A total of 104 (influent water, 48 strains; aeration tank, 25; settling tank, 31) bacterial strains were isolated. Based on the 16S rRNA gene sequences comparison analysis, the isolates belonged to four phyla: Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, and Bacteriodetes. Seventeen DGGE bands representing dominant taxa in each sample were cloned and partially sequenced. The same four phyla were detected by DGGE fingerprinting. The most dominant taxon retrieved by both methods was the member of the phylum Proteobacteria with Alphaproteobacteria as the predominant class. The bacterial community associated with the natural dye wastewater treatment facility is composed of parasites of animals and plants, decomposers of polysaccharides and dyes, and producers of extracellular polysaccharides.
This study focuses on investigating roles of microorganisms in decontamination of reed rhizosphere in Sunchon Bay, Korea, which is considered one of the marsh and mud environment severely affected by human activities such as agriculture and fisheries. In general, the bay is known to play the role of the buffering zone to reduce the sudden impact or change by environmental stresses. In our initial efforts to elucidate the microbial functions in decontamination process in reed rhizosphere, pure bacteria capable of degrading aromatic hydrocarbons were isolated from reed (Phragmites communis) rhizosphere of Sunchon bay by enrichment culture using either benzene, toluene, ethylbenzene, or xylene (BTEX) as a sole source of carbon and energy. Measurement of the rates of BTEX degradation and cell growth during the incubation in BTEX media under several temperature conditions demonstrated maximized degradation of BTEX at $37^{\circ}C$ in both strains. Both strains were also resistant to all the heavy metals and antibiotics tested in this study, as well as they grew well at $42^{\circ}C$. Identification of the isolates based on 16S rRNA gene sequences, and a variety of phenotypic and morphologic properties revealed that the two strains capable of BTEX catabolism were among Microbacterium sp., and Rhodococcus sp. with over $95{\%}$ confidence, designated Microbacterium sp. EMB-1 and Rhodococcus sp. EMB-2, respectively This result suggested that in the rhizosphere of reed, one of major salt marsh plants they might play an important roles in decontamination process of reed rhizosphere contaminated with petroleum such as BTEX.
The marine microalga Pavlova viridis can grow fast and has the ability to accumulate essential nutrients for culturing marine animals, such as EPA and DHA, and it has been used as food for raring larval fish and prawn. The symbiotic relationship between the flagellate microalga Pavlova viridis and its associated bacteria was investigated. An axenic culture of P. viridis was obtained by repeated treatment of the microalga with an antibiotic cocktail. The axenic status was confirmed after sub-culturing three times in a sterile f/2 medium without an antibiotic. The axenic alga was then co-inoculated with five bacteria, arbitrarily designated as I1–I5, isolated from the alga to test the growth promotion of the algae. All bacterial strains promoted the growth of P. viridis, and bacterial isolate I3 was the most effective among the five bacteria tested. The cell number of P. viridis in the co-culture with I3 was significantly higher than that of the control culture. A sequence analysis of the 16S rRNA gene isolated from I3 revealed a 97% nucleotide sequence similarity to that of Citrobacter sp. The growth of strain I3 was also significantly enhanced by co-culturing with P. viridis, indicating a symbiotic relationship between the microalga and its associated bacterium. The association between the microalga and bacterium was confirmed by scanning electron microscopy.
Bacterial blotch caused by Pseudomonas tolaasii is one of the major diseases of oyster mushroom, Pleurotus ostreatus. Application of bacteriophages is a very useful tool to decrease the density of pathogens and it has been successful to making disease-free cultivation area, known as phage therapy. Effect of phages on pathogen sterilization is very limited to the specific host strains. Minor variations of the host strains may cause changes in phage sensitivity. The phage-resistant strains of P. tolaasii were isolated and their pathogenic characters were investigated to improve the effectiveness of phage therapy. In the phylogenetic analysis, both phage-resistant strains and the corresponding host strains were identical based on the sequence comparison of 16S rRNA genes. The pathogenic characters, such as hemolytic activity and brown blotch formation, were measured on the phage-resistant strains and no correlation between phage-resistance and pathogenic characters was observed. Nevertheless, pathogenic characters were sometimes changed in the phage-resistant strains depending on the host strains. In order to make the phage therapy successful, the bacteriophages having a wide host range should be isolated.
A marine bacterial strain producing agar-degrading enzymes was isolated from a mud flat in Jeboo-do (Korea) using a selective artificial sea water (ASW) agar plate containing agar as the sole carbon source. The isolate, designated as SH-1, was gram-negative, aerobic, and motile with single polar flagellum. 16S rRNA gene sequence similarity analysis showed the isolate SH-1 had the highest homology (96.5%) to marine bacterium Neiella marina J221. Cells could grow at $28-37^{\circ}C$ but not at $42^{\circ}C$, and the agarase activity of the cell culture supernatant was higher when grown at $28^{\circ}C$ than when grown at $37^{\circ}C$. Cells could grow when concentrations of 1-5% (w/v) NaCl were added to the growth media with the best growth observed at 3% NaCl, and the agardegrading enzyme activity of the cell culture supernatant was best when grown at 3% NaCl-containing growth media under the conditions we examined. The crude enzyme prepared from 48-h culture broth of strain SH-1 exhibited an optimum pH and temperature for agar-degrading activity at 7.0 and $40^{\circ}C$, respectively. Zymogram analysis of the crude supernatant and cell extract showed that strain SH-1 produced at least 3 agar-degrading enzymes with molecular weights of 15, 35, and 52 KD. Thinlayer chromatography (TLC) analysis also suggested that HS-1 produces ${\beta}$-agarase to degrade agarose to neoagarooligosaccharides.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.