• 대한수의학회지
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• 제38권3호
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• pp.559-564
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• 1998

The polymerase chain reaction(PCR) assay was used for rapid diagnosis from blood and organ samples experimentally infected with Listeria monocytogenes. This method used a pair of primers based on a unique region in the 16S rRNA sequence of L monocytogenes. Procedure A was based on dilution of the blood sample followed by lysis of bacterial cell and direct analysis of the lysate with PCR. In artificially infected blood samples with L monocytogenes, it was possible to detect fewer than 40 cells per ml of blood. However, L monocytogenes was detected low rates on infected organs by the direct PCR. In procedure B, enrichment cultivation was used to increase numbers of bacteria before lysis and PCR. L monocytogenes was detected from 23 samples of 24 liver and spleen, respectively, and 18 samples of 24 blood were found to be positive by PCR on a subset of 72 organ samples, whereas L monocytogenes were detected on 63 organ samples in classical culture technique. It was required to analyze including enrichment steps were 6h and 18h on the procedure A and B, respectively.

• 한국환경농학회지
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• 제40권3호
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• pp.194-202
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• 2021

BACKGROUND: Towards achievement of sustainable agriculture, using microbial inoculants may present promising alternatives without adverse environmental effects; however, there are challenging issues that should be addressed in terms of effectiveness and ecology. Viability and stability of the bacterial inoculants would be one of the major issues in effectiveness of microbial pesticide uses, and the changes within the indigenous microbial communities by the inoculants would be an important factor influencing soil ecology. Here we investigated the stability of the introduced bacterial strains in the soils planted with barley and its effect on the diversity shifts of the rhizosphere soil bacteria. METHODS AND RESULTS: Two different types of bacterial strains of Bacillus thuringiensis and Shewanella oneidensis MR-1 were inoculated to the soils planted with barley. To monitor the stability of the inoculated bacterial strains, genes specific to the strains (XRE and mtrA) were quantified by qPCR. In addition, bacterial community analyses were performed using v3-v4 regions of 16S rRNA gene sequences from the barley rhizosphere soils, which were analyzed using Illumina MiSeq system and Mothur. Alpha- and beta-diversity analyses indicated that the inoculated rhizosphere soils were grouped apart from the uninoculated soil, and plant growth also may have affected the soil bacterial diversity. CONCLUSION: Regardless of the survival of the introduced non-native microbes, non-indigenous bacteria may influence the soil microbial community and diversity.

• 한국수산과학회지
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• 제55권2호
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• pp.146-153
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• 2022

The vertical distribution and abundance of icthyoplankton in the southern waters of Jeju Island during June 2020 were investigated. Fish eggs and larvae were identified using the mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I (mtDNA COI) and the 16S rRNA gene. During this period, fish eggs of 23 taxa belonging to 21 families and larvae of 27 taxa belonging to 25 families were collected. Fish eggs were located mostly from the surface to 30 m depth of the water column. Larvae were located from the surface to 80 m depth of the water column. Vertical distributions of fish eggs and larvae were influenced by oceanography conditions such as temperature, salinity, and thermocline depth. No discernible difference in mean thermocline depth was observed between day and night.

• 식물병연구
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• 제24권4호
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• pp.342-347
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• 2018

Clavibacter michiganensis는 토마토에 궤양병을 일으키는 식물병원성 세균으로 인공배지에서 자라는 속도가 매우 느리기 때문에 감염조직으로부터 병원균을 분리 배양하는 방법을 통해서는 진단하기가 쉽지 않다. 또한 토마토 궤양병균은 식물체 내에서 오랜 잠복기를 거친 후에 병징을 나타내기 때문에 방제하기 어려운 세균병 중에 하나이므로 발병 시 신속한 진단을 통해 빠른 방제가 이루어져야 한다. 본 연구에서는 토마토 궤양병균의 검출을 위한 특이 프라이머를 제작함으로써 감염 식물체의 direct PCR을 통해 토마토 궤양병에 대한 빠르고 정확한 진단이 가능하도록 하였다. 새로 개발된 CmmF와 CmmR 프라이머 세트로 PCR을 수행했을 때, 토마토 궤양병균의 16-23S ribosomal RNA intergenic spacer 영역에서 약 165 bp의 단일 밴드가 특이적으로 증폭되었다. 반면에 토마토 궤양병균과 유연관계에 있는 고추 궤양병균이나 다른 Clavibacter 종 세균에서는 전혀 증폭되지 않는 것을 확인할 수 있었다. 이 방법은 감염 식물체로부터 DNA를 추출하지 않더라도 감염조직의 즙액에서 바로 토마토 궤양병균의 DNA 증폭이 가능하고 총 진단시간을 줄일 수 있다는 이점이 있기 때문에 토마토 궤양병의 진단에 유용하게 사용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제23권1호
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• pp.110-115
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• 2013

Extracellular 지질분해효소를 생산하는 균주 AR1은 일본 벳부 온천수에서 분리하였다. 분리된 균주의 16s rRNA 염기서열을 분석하고 계통학적으로 분류한 결과, AR1 균주는 신규 Geobacillus sp.에 속하는 것으로 동정되었다. 본 연구는 Geobacillus sp. AR1 균주의 extracellular 지질분해효소 생산을 향상시키기 위한 새로운 방법에 초점을 맞추었다. AR1 균주는 $35{\sim}75^{\circ}C$의 넓은 온도 범위에서 생육하였고 최적온도는 $65^{\circ}C$이었다. 생육을 위한 최적 pH는 6.5인 반면, 효소 생산을 위한 pH는 8.5로 차이점을 보였다. 배양 중에 지질 화합물의 첨가는 지질분해효소 생산을 유도하였고, soybean oil을 대수증식기에 첨가 했을 때 가장 효율적인 유도 효과를 나타내었다. 한편, 계면활성제는 지질분해효소의 생산을 유도하고 세포 내외의 위치에 영향을 줄 수 있다. AR1 균주는 정지기에 Tween 20을 첨가할 경우, 효소의 세포 외 분비 효율이 크게 증가하였다. 이들 결과를 바탕으로 soybean oil과 Tween 20을 각각 대수증식기와 정지기에 첨가함에 따라 extracellular 효소 생산이 대조구에 비해 2.4배 증가하는 것으로 확인 되었다.

• 생명과학회지
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• 제28권10호
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• pp.1179-1185
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• 2018

최근 괭생이모자반(Sargassum horneri)은 제주의 해안가와 해변, 연근해 양식장 등 매년 대량으로 속출되어 인근 양식업자 및 주민에게 막대한 피해를 주고 있는 추세이다. 본 연구에서는 제주 인근 연안으로 흘러 들어온 괭생이 모자반에 서식하고 있는 미생물의 다양성을 탐색하고 동정을 통한 미생물의 기능을 파악함으로써 생태학적 문제에 관한 기초자료를 제공하고자 하였다. Proteobacteria는 분리 된 균주 중 88%를 차지한 우점문으로 ${\alpha}-proteobacteria$강은 6속 10종으로 Pseudorhodobacter속이 40%를 차지하고 Paracoccus속 20%, Rhizobium, Albirhodobacter, Skermanella 및 Novosphingobium 속은 각각 10%를 차지했다. ${\beta}-proteobactera$강은 5속 10종으로 Hydrogenophaga속이 50%, Azoarcus 20%, 나머지 Oxalicibacterium, Duganella, Xenophilus속은 각각 10%를 차지했다. ${\gamma}-proteobacteria$강은 13속 57종으로 Proteobacteria문에서 74%로 우점강을 차지했고, Shewanella는 23%, Pseudomonas속 12%, Cobetia 19%, Rahnella, Vibrio 및 Serratia속은 4%, 나머지 Rheinheimera, Raoultella, Pantoea, Acinetobacter, Moraxella 및 Psychrobacter속은 2%를 차지했다. Actinobacteria는 1속 2종으로 Gordonia와 Nocardioides속이 각각 50%를 나타냈다. Bacteroidetes문은 3속 5종으로 Lacihabitans, Mariniflexile속은 33%, 나머지 Dyadobacter, Cellulophaga와 Ferruginibacter속은 11%를 차지했다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제48권3호
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• pp.217-224
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• 2016

Acinetobacter baumannii는 병원환경에 광범위하게 분포하고 있으며, 원내감염의 중요한 원인균으로 병원에서 집단감염 일으키고, 중증의 기저질환을 가진 환자에게 감염되면 감염환자의 사망률이 다른 환자에 비해 월등히 높은 것으로 알려져 있다. 본 연구는 충청남도 천안시에 소재한 대학병원 두 곳의 진단검사의학과에 의뢰된 가검물에서 분리한 다제 내성 A. baumannii 85주의 항생제 내성률과 내성유전자 양상에 대해 조사하였다. Carbapenemase와 Class B ${\beta}$-lactamase의 생성균주를 선별하기 위하여 modified Hodge test (MHT)와 IMP-EDTA double-disk synergy test를 실시하였다. 항생제 내성을 유발하는 carbapenemases, 16S rRNA methylases, aminoglycoside-modifying enzymes (AMEs)을 확인하기 위하여 PCR을 시행 하였으며, A. baumannii가 분리된 두 대학병원간 분리균주의 유전학적인 근연도를 확인하기 위해 REP-PCR을 시행하였다. 실험결과 3균주를 제외한 82균주(96.5%)에서 $bla_{OXA-23-like}$과 $bla_{OXA-51-like}$이 검출되었다. $bla_{OXA-23-like}$ 유전자가 검출된 균주에서는 $bla_{OXA-23-like}$ 유전자 상부에 ISAba1 유전자가 확인되어 carbapenemase에 대한 내성을 유도하는 것으로 확인 되었다. Aminoglycoside에 대한 내성을 유발하는 16S rRNA methylase 유전자인 armA는 A병원에서 분리한 38균주 중 34균주(89.5%)에서, B병원에서 분리한 47균주 중 40균주(85.1%)에서 확인되었고, aminoglycoside modifying emzyme 유전자는 A병원 유래 38 균주 중 33 균주(70.2%)에서, B병원 유래 47균주 중 44 균주(93.6%)에서 aac(3)-IIa/ant(2")-Ia/aac(6')-Ib가 확인됨에 따라 천안지역에서 분리되는 대부분의 다제 내성 A. baumannii 균주는 acethyltransferase와 adenyltransferase를 동시에 발현하는 것을 알 수 있었다. 본 실험 결과는 충청남도 천안시에서 분리된 MDR A. baumannii를 대상으로 한 보고서로서, 항생제 내성유형과 내성 유전자의 분포를 확인하여 MDR A. baumannii 균주에 의한 감염증의 치료 지침과 내성세균 확산 방지를 위해 필요한 기초 자료로 활용할 수 있을 것으로 생각된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권6호
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• pp.435-442
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• 2012

This study was conducted to isolate and identify the lactic acid bacteria (LAB) from spent mushroom substrates (SMS) for the effective anaerobic fermentation to utilize SMS as an animal feed and to determine the optimal medium conditions for their growth. At first, a total of 23 strains were isolated from the ensiled SMS based on the LAB counts and pH tested. Then, a total of 16 strains which rapidly produce lactate and decreased the pH, were selected for a screening test. The optical density (OD), pH, and yellow clear zone were tested for the selected 16 strains. Among the strains, KU5 strain had wider yellow clear zone and lower pH and KU13 strain had higher OD at 24 hr of incubation and wider yellow clear zone compared to other strains and control strain (Lactobacillus plantarum KCCM 12116). Accordingly, KU5 and KU13 strains were finally selected. The KU5 and KU13 were identified as Lactobacillus plantarum by the 16S rRNA sequencing. The KU5 strain was named as Lactobacillus plantarum KU5, and the KU13 strain was named as Lactobacillus plantarum KU13. Lactobacillus plantarum KU5 and Lactobacillus plantarum KU13 were registered at the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Access number of Lactobacillus plantarum KU5 was HQ542227 and that of Lactobacillus plantarum KU13 was HQ542228. The optimal medium conditions for growth of KU5 and KU13 were soybean meal 2% and formulated feed 2%, respectively.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권12호
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• pp.1553-1560
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• 2022

A Gram-stain-negative, rod-shaped bacterial strain, JC4^T, was isolated from a freshwater sample and determined the taxonomic position. Initial identification based on 16S rRNA gene sequences revealed that strain JC4^T is affiliated to the genus Mucilaginibacter with a sequence similarity of 97.97% to Mucilaginibacter rigui WPCB133^T. The average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization values between strain JC4^T and Mucilaginibacter species were estimated below 80.92% and 23.9%, respectively. Strain JC4^T contained summed feature 3 (C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c) and iso-C_15:0 as predominant cellular fatty acids. The dominant polar lipids were identified as phosphatidylethanolamine, one unidentified aminophospholipid, one unidentified phospholipid, and two unidentified lipids. The respiratory quinone was MK-7. The genomic DNA G+C content of strain JC4^T was determined to be 42.44%. The above polyphasic evidences support that strain JC4^T represents a novel species of the genus Mucilaginibacter, for which the name Mucilaginibacter aquariorum sp. nov. is proposed. The type strain is JC4^T (= KCTC 92230^T = LMG 32715^T).

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.119-125
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• 2009

동토지대 거대 담수호에 서식하는 종속영양세균 군집의 생태학적 기능을 파악하기 위하여, 몽골 북부의 동토지대 경계에 위치한 스굴 호수에서, 전체 세균군집의 구조와 유기물질을 분해할 수 있는 미생물 군집의 구조를 수심별로 비교 분석하였다. 환경인자 분석결과, 수심 5~10 m 사이에서 thermocline과 chemocline이 관찰되었다. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)로 전체 세균군집의 구조를 수심별로 비교한 결과 0~5 m 사이에서 군집구조의 변화가 컸고, 10 m 이상에서는 Acidovorax facilis를 위주로 비교적 안정된 군집을 형성하였다. $10^{\circ}C$에서 고분자 유기물 분해 활성도(protease, cellulase, amylase, lipase)가 높은 균주들을 탐색하여 23개 균주를 선별하였다. 표층수로부터 Acidovorax defluvii와 Sphingobacterium faecium이 분리되었는데 cellulase 활성이 높았다. 수심2 m, 5 m 및 10 m 이상의 시료에서 분리된 세균군집은 각각, Flavobacterium succinicans, Mycoplana bullata, A. facilis가 우점하였다. F. succinicans는 높은 protease 활성을 보였고, 수심 5 m의 M. bullata는 protease와 cellulase 활성이 있었지만, 상대적으로 약한 활성을 보였다. 수심10 m의 A. facilis 균주들은 cellulase 또는 lipase를 서로 배타적으로 발현하였다. 온도별 성장속도를 분석한 결과 표층(0~5m) 세균들은 기회성 호냉성 세균이었고, 심층($\geq$10m)에서 분리된 균주들은 $10^{\circ}C$ 이하에서 성장률이 낮았다. 심층의 저온 빈영양 상태 때문에 심층 세균들간의 경쟁에서 빠른 저온 성장이 요구되지 않고, 상층의 경우 육상 또는 식물 플랑크톤으로부터 영양물질이 공급되므로 저온에서 빠른 성장 속도를 보이는 세균들이 상층에 주로 분포하는 것으로 해석되었다. 따라서 스굴 호수수층에서 관찰된 세균군집의 종 분포와 물질분해 작용의 성층화는, 한냉대 빈영양 담수 호수에서 분해자 군집들의 생태학적 기능이 0~10 m 수심의 표층에 집중됨을 시사하였다.