• 대한환경공학회지
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• 제22권5호
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• pp.939-947
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• 2000

연속 회분식 반응기를 이용하여 생물학적 인 제거에 관한 미생물 분포 연구를 수행하였다. 탄소원으로 초산을 넣은 합성 폐수를 사용하였고 미생물 체류 시간과 수리학적 체류 시간은 각각 10일과 16시간으로 유지하였다. 인 방출과 흡수가 운전 시간이 경과됨에 따라 점점 빠르게 일어났으며 약 200일 경과 후 안정적인 인 제거가 유지되었다. 안정적인 생물학적 인 제거가 유지될 때의 미생물 분포를 조사하기 위하여 17개의 ribosomal RNA (rRNA) signature probe를 합성하여 슬러지로부터 분리한 전체 rRNA에 대하여 slot hybridization을 실시하였다. 분리한 전체 RNA에는 proteobacteria의 베타군 (beta subclass)에 속하는 rRNA가 가장 많이 함유되어 있음을 확인하였고 CTE probe와 관계된 rRNA가 다음으로 많이 분포하였다. 전통적으로 생물학적 인 제거를 담당하는 미생물로 여겨져 왔던 Acinetobacter, Aeromonas, Pseudomonas의 rRNA는 10% 미만으로 존재하고 있음이 확인되었다. 이러한 결과로부터 Rhodocyclus 그룹같은 proteobacteria의 베타군과 CTE에 속하는 미생물이 인 제거에 중요한 역할을 수행할 것으로 생각되었고 Acinetobacter, Aeromonas, Pseudomonas 등은 생물학적 인 제거에 있어서 과평가된 것으로 판단되었다.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.170-176
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• 2009

제주도에 서식하는 2종의 해양 해면, Dictyonella sp.와 Spirastrella abata의 공생세균 군집구조를 16S rDNA-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis) 방법에 의해 분석하였다. 해면으로부터 total genomic DNA를 추출하여 GC clamp가 추가된 세균에 특이적인 341f primer와 518r primer를 이용하여 16S rRNA gene의 V3 부위를 증폭한 후 DGGE 전기 영동하고 재증폭하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과 Dictyonella sp.에서 8개, Spirastrella abata에서 7개의 band를 확인할 수 있었다. 공통된 주요 band가 없는 패턴을 나타내었으며, DGGE band로부터 DNA를 추출하여 부분 염기서열을 분석한 결과, NCBI에 등록된 서열들과 93%~98%의 유사도를 나타내었다. Dictyonella sp.의 주요 해면 공생세균은 uncultured Gammaproteobacteria, Spirastrella abata의 경우 uncultured Alphaproteobacteria, Firmicutes에 각각 포함되어 해면 종에 따른 숙주 특이적 분포를 보이는 것으로 나타났다.

• 한국어병학회지
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• 제17권3호
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• pp.159-169
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• 2004

2003년 5월과 2003년 10월동안에 제주도내 5개소의 넙치 종묘배양장에서 초기 먹이로 공급 되어지는 동물성 플랑크톤인 rotifer와 20-30일령 넙치 자어에서 장관백탁증 원인균으로 알려진 V. ichthyoenteri를 분리하기 위해 실험한 결과 총 71개의 Vibrio sp. 분리가 되었고, 생화학적 동정결과 2개의 그룹에서 24개의 V ichthyoenteri가 동정 되었다. V. ichthyoenteri의 신속한 검출을 위한 종특이적 primer를 V. ichthyoenteri(KCCM 40870)ISR의 특이적인 서열을 이용하여 제작하였다. V. ichthyoenteri를 포함한 20종의 Vibrio속 균주의 genomic DNA와 18group 분리균주 genomic DNA를 PCR한 결과 V. ichthyoenteri 만의 특이적인 band가 생성됨을 알 수가 있다. 따라서 V. ichthyoenteri(KCCM 40870) ISR의 서열로 제작한 primer가 넙치 자치어에 발병하는 장관백탁증 원인균인 Vibrio ichthyoenteri의 신속한 검출과 정확한 동정을 할 수 있는 molecular marker로 이용할 수 있음을 확인하였다.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제26권3호
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• pp.183-193
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• 2022

MicroRNAs (miRNAs) regulate gene expression and are biomarkers for coronary atherosclerosis (AS). A novel miRNA-mRNA regulation network of coronary AS still needs to be disclosed. The aim of this study was to analyze potential mRNAs in coronary AS patients and the role of their upstream miR-491-5p in vascular smooth muscle cells (VSMCs). We first confirmed top ten mRNAs according to the analysis from Gene Expression Omnibus database (GSE132651) and examined the expression levels of them in the plaques and serum from AS patients. Five mRNAs (UBE2G2, SLC16A3, POLR2C, PNO1, and AMDHD2) presented significantly abnormal expression in both plaques and serum from AS patients, compared with that in the control groups. Subsequently, they were predicted to be targeted by 11 miRNAs by bioinformatics analysis. Among all the potential upstream miRNAs, only miR-491-5p was abnormally expressed in the plaques and serum from AS patients. Notably, miR-491-5p overexpression inhibited viability and migration, and significantly increased the expression of contractile markers (α-SMA, calponin, SM22α, and smoothelin) in VSMCs. While silencing miR-491-5p promoted viability and migration, and significantly suppressed the expression of α-SMA, calponin, SM22α, and smoothelin. Overall, miR-491-5p targeted UBE2G2, SLC16A3, and PNO1 and regulated the dysfunctions in VSMCs.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제25권2호
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• pp.195-203
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• 2012

In reared populations of Allomyrina dichotoma, commercial insects, the skin of last instar larvae was changed softer with opaque white, and infested grubs eventually died. To clarify the cause of the symptom, we collected the larvae of A. dichotoma from five farms and examined their intestinal bacterial florae using pyrosequencing technique. From those results, a member of Paenibacillus was found only in the larvae showing the symptom of disease. Through PCR analysis using a Paenibacillus specific primer set, we obtained the partial 16S rRNA gene sequence and confirmed the microbe as Paenibacillus sp. For clear identification, a whole guts was extracted from each larva showing the sign of the disease and incubated at $70^{\circ}C$ for 15 min to isolate spore forming bacteria. After then, each content of guts was cultured on $MYPGP_{NAL}$ agar medium($12.5{\mu}g/ml$ of nalidixic acid) at $30^{\circ}C$. The 16S rRNA gene sequence analysis for the isolated bacteria showed that they were closely related to P. rigui(97.9% similarity), to P. chinjuensis(96.1% similarity), and to P. soli(95.3% similarity). Additional tests including API test and cellular fatty acid composition analysis were performed, but the strain couldn't be identified at species level, suggesting it may represent novel species of the genus Paenibacillus.

• 한국지능시스템학회논문지
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• 제14권5호
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• pp.545-550
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• 2004

생태학, 환경공학, 임상진단 등 생물학 분야에서 미생물의 다양성 연구의 중요성이 대두되고 그 연구가 점증하고 있다. 특히 16S rRNA를 분자지표로한 DNA 염기서열 분석방법이 널리 사용되고 있다. 본 논문에서는 16S rRNA의 염기서열 분석과정을 각 단계별로 자동화하고, 생물학자들의 결과 판단이나 사용상의 편의를 도모하기 위하여 웹기반의 미생물 다양성 분석 어플리케이션을 개발하였다. 이를 위하여 단계별 자동화 및 인터페이스 개발에 적합한 폴더-프로세스-필터 모델을 고안하고 적용하였다. 제공되는 생물정보분석도구는 서열입력, 서열방향교정, 다중서열정렬 및 가시화, 서열동정 등의 분석이 있으며, 각 결과는 계통분류도구와 호환 가능하도록 하였다. 또한 신생아의 장내 세균총에 대한 분석을 수행하여 개발된 도구의 유용성을 확인하였다. 개발된 웹 어플리케이션은 리눅스 시스템 상에서 Perl 과 CGI를 이용하였으며, http://home.pusan.ac.kr/～genome/tools/rat.htm으로 접속하여 사용할 수 있다.

• Journal of Veterinary Science
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• 제25권5호
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• pp.72.1-72.14
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• 2024

Importance: Identifying bovine mastitis agents using molecular methods to reveal their phylogenetic relationships and antimicrobial resistance profiles is essential for developing up-to-date databases in mastitis cases that cause severe economic losses. Objective: This study examined bacterial mastitis agents in cows with clinical and subclinical mastitis observed in various dairy cattle farms to reveal their phylogenetic relationships and antibiotic resistance properties. Methods: Sixty-two clinical and subclinical bovine mastitis milk samples were collected from 15 dairy farms. The polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify the 16S rRNA gene regions of the bacteria. The 16S rRNA gene sequences obtained from sequencing include the V4-V6 regions. The strains were compared using a similarity analysis method that produced phylogenetic trees using the Molecular Evolutionary Genetics Analysis 11 program. Antibiotic susceptibilities were determined using the Kirby-Bauer disk diffusion method. Results: Sixty-three bacteria were isolated and identified in this study. The most isolated bacteria from all mastitis cases were Staphylococcus spp. (30.2%), Escherichia coli (25.4%), Streptococcus spp. (14.3%), and Aerococcus spp. (7.9%), respectively. The phylogenetic trees were drawn from the 16S rRNA sequences. Some of these bacteria showed resistance to different types of antibiotics at varying rates. Conclusions and Relevance: The bacteria isolated in this study originated from environmental sources. Regular cleaning of barns and proper hygiene practices are essential. Regular screenings for mastitis should be conducted in herds instead of the random or empirical use of antibiotics.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권6호
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• pp.2397-2402
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• 2015

Previous studies have shown that miR-454 plays an important role in a variety of biological processes in various human cancer cells. However, the underlying mechanisms of this microRNA in colorectal cancer (CRC) cells remain largely unknown. In the present study, we investigated the miR-454 role in CRC cell proliferation. We found that miR-454 expression is markedly upregulated in CRC tissues and CRC cells compared with the matched tumor adjacent tissues and the FHC normal colonic cell line. Ectopic expression of miR-454 promoted the proliferation and anchorage-independent growth of CRC cells, whereas inhibition of miR-454 reduced this effect. Bioinformatics analysis further revealed cylindromatosis (CYLD), a putative tumor suppressor as a potential target of miR-454. Data from luciferase reporter assays showed that miR-454 directly binds to the 3'-untranslated region (3'-UTR) of CYLD mRNA and repressed expression at both transcriptional and translational levels. In functional assays, CYLD-silenced in miR-454-in-transfected SW480 cells have positive effect to promote cell proliferation, suggesting that direct CYLD downregulation is required for miR-454-induced CRC cell proliferation. In sum, our data provide compelling evidence that miR-454 functions as an onco-miRNA, playing a crucial role in the promoting cell proliferation in CRC, and its oncogenic effect is mediated chiefly through direct suppression of CYLD expression.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권11호
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• pp.1473-1483
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• 2014

Reports of herbicide resistance events are proliferating worldwide, leading to new cultivation strategies using combinations of pre-emergence and post-emergence herbicides. We analyzed the impact during a one-year cultivation cycle of several herbicide combinations on the rhizobacterial community of glyphosate-tolerant Bt-maize and compared them to those of the untreated or glyphosate-treated soils. Samples were analyzed using pyrosequencing of the V6 hypervariable region of the 16S rRNA gene. The sequences obtained were subjected to taxonomic, taxonomy-independent, and phylogeny-based diversity studies, followed by a statistical analysis using principal components analysis and hierarchical clustering with jackknife statistical validation. The resilience of the microbial communities was analyzed by comparing their relative composition at the end of the cultivation cycle. The bacterial communites from soil subjected to a combined treatment with mesotrione plus s-metolachlor followed by glyphosate were not statistically different from those treated with glyphosate or the untreated ones. The use of acetochlor plus terbuthylazine followed by glyphosate, and the use of aclonifen plus isoxaflutole followed by mesotrione clearly affected the resilience of their corresponding bacterial communities. The treatment with pethoxamid followed by glyphosate resulted in an intermediate effect. The use of glyphosate alone seems to be the less aggressive one for bacterial communities. Should a combined treatment be needed, the combination of mesotrione and s-metolachlor shows the next best final resilience. Our results show the relevance of comparative rhizobacterial community studies when novel combined herbicide treatments are deemed necessary to control weed growth.

• 한국유기농업학회지
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• 제23권4호
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• pp.847-858
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• 2015

인삼뿌리썩음병에 길항력이 있는 Bacillus amyloliquefaciens GR4-5 균주 처리 전 후의 토양 내 Bacillus spp. 밀도 변화를 qPCR을 이용하여 분석하였다. 실내배양시험에서는 GR4-5 균주 처리 직후부터 4주째까지 Bacillus sp. group의 유전자 수가 무처리구보다 약 100배 이상으로 유지되는 경향이었다. 실외매몰시험과 포장시험에서는 유의차는 없었지만 경향으로 보아 GR4-5 처리구와 무처리구의 B. subtilis group 유전자 수가 비슷한 수준이 되는데 걸리는 시간은 7일 내외로 나타났다. 토양에 접종된 미생물의 생존에는 환경요인이 큰 영향을 미치며 그 중에서도 온도와 미생물의 격리 정도가 가장 큰 인자로 추정된다. 또한 GR4-5 균주의 생존에는 토양의 수분 함량 변화보다는 균주 처리 방법에 의한 영향이 더 크게 작용하는 것으로 보인다. 본 연구결과를 고려하면, B. amyloliquefaciens GR4-5 균주를 생물적 방제제로 사용하고자 한다면 7일 간격으로 관주 처리하는 것이 식물병원균 억제 및 근권 정착에 유리한 환경을 조성할 수 있을 것으로 판단된다. 또한 본 연구에서 제작한 실외 마이크로코즘 시스템은 제어하기 어려운 외부 환경 요인을 최소로 하여 유용미생물의 토양 내 생존 패턴을 분석하기 위한 간편한 방법으로서 유용하게 사용될 수 있을 것으로 판단된다.