• Journal of Microbiology
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• 제44권1호
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• pp.42-49
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• 2006

In this study, we describe our newly-developed sensitive two-stage PCR procedure for the detection of 13 common mycoplasmal contaminants (M. arthritidis, M. bovis, M. fermentans, M. genitalium, M. hominis, M. hyorhinis, M. neurolyticum, M. orale, M. pirum, M. pneumoniae, M. pulmonis, M. salivarium, U. urealyticum). For primary amplification, the DNA regions encompassing the 16S and 23S rRNA genes of 13 species were targeted using general mycoplasma primers. The primary PCR products were then subjected to secondary nested PCR, using two different primer pair sets, designed via the multiple alignment of nucleotide sequences obtained from the 13 mycoplasmal species. The nested PCR, which generated DNA fragments of 165-353 bp, was found to be able to detect 1-2 copies of the target DNA, and evidenced no cross-reactivity with the generated DNA of related microorganisms or of human cell lines, thereby confirming the sensitivity and specificity of the primers used. The identification of contaminated species was' achieved via the performance of restriction fragment length polymorphism (RFLP) coupled with Sau3AI digestion. The results obtained in this study furnish evidence suggesting that the employed assay system constitutes an effective tool for the disagnosis of mycoplasmal contamination in cell culture systems.

• 식물조직배양학회지
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• 제26권4호
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• pp.245-250
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• 1999

수분 후 담배의 배에 중이온 ($^{14}$ N) beam을 조사하여 유도한 variegated담배의 잎 조직을 기내배양하여 재생된 식물체의 특성을 조사하였다. NAA 0.1mg/L 와 BAP 1/0mg/L를 첨가한 MS배지에서 variegated담배의 잎을 배양하면 백색부위에서는 백색 식물체만이 유도되었으나 녹색부위에서는 녹색 식물체가 47.2%, 백색 식물체가 37.4%, variegated식물체가 15.4% 유도되었다. 재생된 녹색 식물체는 자가수분한 후대 (F$_1$)에서 녹색 식물체 1,651 개:백색 식물체 54개로 분리되었다. 또한 variegated 잎에서 재생된 녹색 식물체와 정상주를 정역교배 한 결과, 전부 녹색체가 분리되었다. 이 결과는 variegated잎의 표현형 유전은 최소한 모성 유전이 아님을 보여준다. Variegated잎의 녹색부위를 배양하여 재생된 variegated식물체의 잎을 이용하여 DNA gel blot한 결과, 엽록체 유전자인 psbA, rbcL, 165 rDNA, 23S rDNA의 양은 흰색부위 잎에서 정상주인 녹색 잎과 variegated식물체 잎의 녹색부위 보다 많았다.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.9-14
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• 2001

서울시내 25개 자치구에 산재한 약수터에서 5주의 Yersinia pseudotuberculosis를 분리하여 생화학적 특성, 병원성의 유무 및 16S rDNA 분석을 실시하였다. 분리된 Y. pseudotuberculosis는 모두 병원성 유전자인 inv를 소유하고 있었으며, 16S rDNA를 증폭한 후 염기서열을 분석하여 NCBI Genbank에 등록된 다른 Yersinia 속 및 장내세균 등과 비교해 본 결과 Yersinia 속 등과는 97.5%에서 100%의 높은 상동성(Similarity)을 나타내었고, 다른 장내세균 등과는 93.0%에서 95.1%의 낮은 상동성을 나타내었다. 165 rDNA 염기서열을 기초로 계통수를 작성한 결과 크게 3개의 cluster를 형성하였는데 특히 Y.enterocolitica (Z49830)은 Y.pseudotuberculasis (Z21939)와의 상동성(97.7%)보다 Y.intermedia (X75279)와의 상동성(97.9%)이 더 높게 나타났으며, E. coli (Z83205)는 Proteus vulgaris (AJ233425) 와의 상동성(93.2%)보다 Salmonella enteritidis (U90318)와의 상동성(97.7%)이 더 밀접한 연관성을 나타내었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권1호
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• pp.91-95
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• 2004

원유로 오염된 토양의 생물학적 복원과정 동안 접종된 Nocardia sp. Hl7-1 균주를 확인하기 위해 165 rDNA sequence에 기초하여 균주에 특이적인 primer를 제작하였다 14균주의 16S rDNA sequence비교를 통해 제작된 4개의 primer set는 Hl7-1 균주를 특이적으로 검출할 수 있었다. 특히 NH169F-NH972R과 NH575F-NH972R의 primer set는 50 fg의 DNA와 $1.2${\times}$10^4$ cfu/g-soil의 균체농도까지 민감하게 검출할 수 있었다. 이 두 primer set는 원유로 오염된 토양의 bioremediation과정 동안 접종된 Hl7-1 균주의 특이적 검출을 가능케 하였으며, 이는 사용된 primer set에 의해 증폭된 PCR산물을 제한효소(EcoRI)로 절단한 결과와 DGGE를 통한 Hl7-1 균주의 확인을 통해 본 연구에서 제작된 primer set의 특이성을 검증하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권1호
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• pp.16-21
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• 2004

Chitosanase분비 세균을 찾아내기 위해 남해안의 서로 다른 다섯 치역의 해안 갯벌과 게를 채취하였다. 시료를 키토산선별 배지에 도말하여 얻은 균주 중에 투명환을 형성하는 6종의 균주를 선택하여 분리하였다. 그들은 FE-SEM을 이용한 형태 관찰과 165 rDNA sequence analysis를 통해 Bacillus cereus KNUC51, B. cereus KNUC52, B. cereus KNUC53, B. cereus KNUC54, B. cereus KNUC55, Paenibacillus favisporus KNUC56 등으로 균주명이 정해졌다. Chitosnase 활성을 측정한 결과 기존에 알려진 B. subtilis 168과 유사한 활성을 나타내었다. 효소 활성을 높이기 위해 강력한 돌연변이 유발 물질인 MNNG를 사용하여 돌연변이주를 만든 결과 원균주와 비교해 효소활성이 높은 3개 균주를 선별할 수 있었다. B. cereus 5균주의 chitosnase를 지정하며 생산하는 csn유전자를 분리 정제하여 DNA염기서열을 결정하고 아미노산 서열을 예상하였다. 예상된 아미노산의 잔기는 453 잔기였고 B. cereus ATCC14579의 것과 93% 이상의 상동성을 나타내었다. 분리 균주의 배양 상등액을 키토산 중합체와 반응시킨 후 반응물로 박층크로 마토그래피를 실시한 결과 5분 이하로 반응을 시켰을 때 효능이 좋은 3-10개 사이의 잔기를 가진 키토산 올리고당을 만들 수 있다는 것을 볼 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권4호
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• pp.544-552
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• 2002

Several microorganisms from rat and human feces and lumen fluid of cows were screened for their ability to decolorize the synthetic dyes. Consequently, a novel dye-degrading strain AB&J was isolated. Taxonomic identification including 165 rDNA sequencing and phylogenetic analysis indicated that the isolate had 99.9% homology in its 165 rDNA base sequence with Clostridium perfringens. After 27 h Incubation with the strain, brilliant blue R, bromophenol blue, crystal violet, malachite green, methyl green, and methyl orange were decolorized by about 69.3%, 97.7%, 96.3%, 97.9%, 75.1%, and 97.2%, respectively. The triphenlmethane dye, bromophenol blue, was decolorized extensively by growing Clostridium perfringens AB&J cells in liquid cultures under anaerobic condition, although their growth was strongly inhibited in the initial stage of incubation. This group of dyes is toxic, depending on the concentration used. The dye was significantly decolorized at a relatively lower concentration of below 50 $\mu g \;ml^{-1}$, however, the growth of the cells was mostly suppressed at a dye concentration of 100 $\mu g \;ml^{-1}$. The decolorization activity in cell-free extracts was much higher in cytoplasm than in periplasm and cytoplasmic membrane. Therefore, the enzyme related uptake of bromophenol blue seemed to be localized in cytoplasm. The optimal pH and temperature of bromophenol blue uptake fur decolorization activities were 7.0 and 4$0^{\circ}C$, respectively.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권2호
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• pp.159-165
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• 2012

The rhizobacterial composition varies according to the soil properties. To test if the effect of herbicides on the rhizobacterial communities of genetically modified NK603 glyphosate-tolerant maize varies according to different soil locations, a comparison was made between the effects of glyphosate (Roundup Plus), a post-emergence applied herbicide, and a pre-emergence applied herbicide (GTZ) versus untreated soil. The potential effect was monitored by direct amplification, cloning, and sequencing of the soil DNA encoding 16S rRNA, and high-throughput DNA pyrosequencing of the bacterial DNA coding for the 16S rRNA hypervariable V6 region. The results obtained using three different methods to analyze the herbicide effect on the rhizobacterial communities of genetically modified NK603 maize were comparable to those previously obtained when glyphosate-tolerant maize was grown in soil with different characteristics. Both herbicides decreased the bacterial diversity in the rhizosphere, with Actinobacteria being the taxonomic group most affected. The results suggest that both herbicides affected the structure of the maize rhizobacterial community, but glyphosate was environmentally less aggressive.

• 한국환경과학회:학술대회논문집
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• 한국환경과학회 2002년도 봄 학술발표대회 발표논문집
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• pp.450-451
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• 2002

미래산업의 중요한 자원인 광합성세균(purple non-sulfur photosynthetic bacteria)은 해양에 대한 연구정도가 미비하기 때문에 이 연구를 수행하였다. 현재 총 47개의 mud 시료중에서 15개의 광합성세균으로 추정되는 strain을 분리하였다. 이후의 실험은 RAPD PCR을 이용하여 중복되는 strain의 유무를 확인하고, 165 rDNA의 염기분석을 통하여 분류학적인 위치를 연구할 계획이다.

• 한국환경과학회:학술대회논문집
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• 한국환경과학회 2005년도 봄 학술발표회지 제14권(제1호)
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• pp.247-248
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• 2005

본 연구는 서로 다른 조건에서 질산화를 유도한 반응기의 군집동태를 살피기 위해 RAPD, ARDRA, DGGE와 같은 기법들을 적용시켜 반응기 초기의 슬러지 구성 군집의 상태 와 질산화 유도후의 군집 변화를 살펴보고자 하였다. 결과적으로 1.5 kb정도의 165 rDNA를 이용한 RAPD와 ARDRA에서는 RAPD에 의한 군집 Patterns변화가 훨씬 다양했으며, 250 bP정도의 PCR산물로 분리를 시도한 DGGE에서도 비교적 예상했던 바와 같이 군집이 단순화되는 양상을 볼 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권2호
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• pp.116-122
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• 2002

김치로부터 분리된 젖산균들의 16S rDNA 부분 염기서열 결정 결과, 6균주 중 2균주는 Leuconostoc mesenteroides로, 나머지 균주는 Lactobacillus속으로 재동정되었다. 이들 김치유래 젖산균들은 유제품 유래 젖산균과 마찬가지로 cell-envelope proteinase (CEP)로 추정되는 세포외 proteinase 활성을 보유하고 있는 것으로 나타났고, 젖산균의 CEP 특이적 primer를 제작하여 PCR을 수행한 결과, Leu. mesenteroides로부터는 예상 크기의 PCR 산물이 증폭되지 않았지만 Lactobacillus속 균주들로부터는 예상되는 1.2 kb 의 DNA 단편이 증폭되었다. Lactobacillus pentosus KFR1821의 genomic DNA로부터 증폭된 PCR 산물의 추정 아미노산서열은 Lactococcus lactis subsp. cremoris의 PrtP와 95％, Labtobacillus paracasei subsp. paracasei이 PrtP와 92％의 높은 상동성을 보였다. 증폭된 PCR 산물을 probe로 하여 Southern hybridization을 수행한 결과, Lb. pentosus KFR1821의 CEP 유전자는 chromosomal DNA에 암호화 되어있는 것으로 확인되었다.