• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제21권6호
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• pp.574-581
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• 2011

A Gram-positive bacterium was isolated from the saline soils of Jangpura (U.P.), India, and showed high-level of radiation-resistant property and survived upto 12.5 kGy dose of gamma radiation. The 16S rDNA sequence of this strain was examined, identified as Bacillus sp. strain HKG 112, and was submitted to the NCBI GenBank (Accession No. GQ925432). The mechanism of radiation resistance and gene level expression were examined by proteomic analysis of whole-cell extract. Two proteins, 38 kDa and 86.5 kDa excised from SDS-PAGE, which showed more significant changes after radiation exposure, were identified by MALDI-TOF as being flagellin and S-layer protein, respectively. Twenty selected 2-DE protein spots from the crude extracts of Bacillus sp. HKG 112, excised from 2- DE, were identified by liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) out of which 16 spots showed significant changes after radiation exposure and might be responsible for the radiation resistance property. Our results suggest that the different responses of some genes under radiation for the expression of radiation-dependent proteins could contribute to a physiological advantage and would be a significant initial step towards a fullsystem understanding of the radiation stress protection mechanisms of bacteria in different environments.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2010년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.15-15
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• 2010

Ginseng contained many different kinds of saponin which was the most valuable for people, but its yield cannot satisfy the demand using traditional extract methods. Enzyme transformation is a conformable and highly performed method which was fit for today. A ${\beta}$-glucosidase producing bacterium ($DCY51^T$) was isolated from Korean fermented-vegetable food kimchi. The 16S rRNA gene sequence analysis revealed that the strain $DCY51^T$ belongs to the genus Lactobacillus. The highest sequence similarity was found with Lactobacillus paracollinoides LMG $22473^T$ and Lactobacillus collinoides LMG $9194^T$ with levels of 16S rDNA similarity of 97.4% and 97.3%, respectively. Based on the above results the strain $DCY51^T$ placed in the genus Lactobacillus and proposed a new species, Lactobacillus kimchicus sp. nov. $DCY51^T$ (= KCTC $12976^T$ = JCM $15530^T$). It was culture solution reacted with Red Ginseng extract and $Rb_1$, respectively. The medium of bacteria was the liquid of MRS, the temperatures of growing and reacting between bacteria liquid and saponin were samely $37^{\circ}C$, there spective reacting time were 12 hours and 48 hours. Thus we got different saponins, and TLC and HPLC analysis showed that: enzyme respectively reacted with $Rb_1$ and Red Ginseng extract got the transformed saponin, respectively. The polarity position in TLC was a little higher than Rd; and the polarity position was the same as that of Compound K's, the saponin obtained from HPLC and other experimental results was not Compound K. The constitution of its saponin was hoped to be further confirmed.

• 자연과학논문집
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• 제4권
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• pp.103-142
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• 1991

표식 유전자를 이용하여 체세포 잡종체를 선발하기 위한 연구의 일환으로 감자조직에는 T-DNA를 도입하여 식물호르몬 무첨가 배지에서도 생장가능한 형질전환체을 획득하고, 담배조직에는 NPT H gene을 도입하여 kanamycin에 대해서 저항성을 나타내는 형질전환체를 획득하여 각각의 특성구명과 원형질체를 유리하여 도입된 유전자 marker를 이용해서 융합을 시도한 바 그 결과는 다음과 같다. 1. 감자 괴경에서 Agrobacterium tumefaciens Ach5와 A. rhizogenes ATCC15834를 접종하여 crown gall tumor 및 hairy root를 유기하였으며 이러한 tumor조직은 식물 호르몬 무첨가 배지에서 생장이 가능하였다. 2. 감자에서 유기된 hairy root로부터 callus 형성은 2.4-D 2mg/1 첨가된 MS 배지에서 가장 양호하였으며 casein hydrolysate 1g/1가 첨가하면 유연 한 callus의 증식이 더욱 왕성하였다. 3. Activated charcoal이 0.5~2.0g/1 첨가된 배지에서는 crown gall tumor callus의 절단면이 갈변되는 것을 방지 할 수 있어 생존률을 높일 수 있었으나 hairy root에서는 갈변되어 고사되었다. 4. 2, 4-D 2mg/1와 casein hydrolysate 1g/1를 첨가한 배지에 hairy root callus를 현탁배의한 결과 양호한 많은 callus 덩어리들을 단시간에 얻을 수 있었다. 5. $Tri^-$parental mating으로 NPTII gene이 coding되어있는 binary vector인 pGA643을 wild type 및 disarmid된 Agrobacterium 내에 도입하여 Agrobacterium tumefaciens Ach5/pGA643, A.tumefaciens $A_4T$/pGA643, A. tumefaciens LBA4404/pGA643를 획득하였다. 이 세 개의 conjugant를 사용하여 0.7% agarose gel 상에서 pGA643을 확인하였다. 6. pGA643이 도입왼 Agrobacterium tumefaciens LBA4404와 담배 조직과 동시배양하여 kanamycin $100\mug$/ml 첨가된 배지에 생존하는 callus를 선발하였으며 동일배지에서 callus의 증식이 가능하였다. 7.형질전환된 담배 callus로부터 식물체 형성은 BA 2mg/1를 첨가한 배지에서 가능하였다. 8. 재분화된 담배의 엽조직은 kanamycin.이 $1000\mug$/ml 첨가된 MS 배지에서도 왕성히 callus가 유기되어, 이는 재분화체에서도 NPTII gene이 그대로 유지되고 있음을 확인할 수 있었다. 9. 담배의 정상 shoot와 형질전환된 shoot를 kanamycin이 $100\mug$/ml이 함유된 MS배지에 기내삽목한 결과, 정상 shoot는 발근이 되지 않고 황화 되었으나 형질전환된 shoot는 발근이되었으며 정상적으로 생장을 하였다. 10. 감자의 T-DNA가 도입된 현탁배양 callus는 cellulase 2%, macerozyme 2%, dricelase 1%에서 양호하게 유리되었다. 11. Osmoticum으로서 mannitol 농도 0.8M에서 담배와 감자의 두 조직 모두 원형질체유리가 가장 효과적이었다. 생존력은 T-DNA가 도입된 감자의 hairy root를 callus로 탈분화 시킨 후 현탁배양한 callus가 mannitol 0.5M에서 97%를 나타냈고, 그리고 NPTII gene이 도입된 담배의 엽조직은 mannitol 0.7M에서 94%로 최고를 타나냈다. 12. 원형질체 융합은 PEG solution 처리 15분 후부터 관찰되기 시작하여 20분에 완전히 융합되었고, 융합된 원형질체는 선발 marker인 호르몬 무첨가 및 kanamycin 첨가배지에서 배양 5일 후에 세포벽이 재생되었으며 4주일 후부터 colony들이 관찰되었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.355-362
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• 2008

젖소 초유에서 427개의 유산균 집락을 분리하였고 이중 산 생성 및 당 이용성이 우수한 1번, 71번 집락을 16S rRNA gene sequence 834 bp의 분석결과 1번 집락은 99% S. macedonicus, 71번 집락은 16S rRNA gene sequence 736bp의 분석결과 99% S. thermophilus 균으로 밝혀졌다. 분리한 균은 각각 S. macedonicus mCNB-11와 S. thermophilus CNB-11로 명명하였다. S. macedonicus CNB-11와 S. thermophilus CNB-11의 발효특성을 L. fermentum과 비교하면 당 함량, pH, 적정산도, 유산균수 조사에서 L. fermentum CNB-11과 S. thermophilus CNB-11이 우수한 결과를 얻었다. 발효초유사료 0.5% 급여구가 대조구에 비해 증체율이 유의성 있게 16.73%증가하였다. 1일 증체량은 대조구에 비해 84.56 g이 높았다. 따라서 발효초유사료 급여에 따른 사양성적은 매우 우수한 것으로 확인되었다. 혈액성분 중 혈당, 콜레스테롤, 알부민, 글로블린의 양은 대조구와 발효초유사료 0.5% 급여구에서 차이는 나타나지 않았다. 자돈의 설사는 시험기간 4주간 설사증상을 보이는 개체는 대조구가 16.6%인데 비해 발효초유사료 0.5% 급여구에서는 전혀 나타나지 않았다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권2호
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• pp.188-194
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• 2023

Microbacterium elymi KUDC0405^T was isolated from the rhizosphere of Elymus tsukushiensis from the Dokdo Islands. The KUDC0405^T strain was Gram-stain-positive, non-spore forming, non-motile, and facultatively anaerobic bacteria. Strain KUDC0405^T was a rod-shaped bacterium with size dimensions of 0.3-0.4 × 0.7-0.8 ㎛. Based on 16S rRNA gene sequences, KUDC0405^T was most closely related to Microbacterium bovistercoris NEAU-LLE^T (97.8%) and Microbacterium pseudoresistens CC-5209^T (97.6%). The dDDH (digital DNA-DNA hybridization) values between KUDC0405^T and M. bovistercoris NEAU-LLE^T and M. pseudoresistens CC-5209^T were below 17.3% and 17.5%, respectively. The ANI (average nucleotide identity) values among strains KUDC0405^T, M. bovistercoris NEAU-LLE^T, and M. pseudoresistens CC-5209^T were 86.6% and 80.7%, respectively. The AAI (average amino acid identity) values were 64.66% and 64.97%, respectively, between KUDC0405^T and its closest related type strains. The genome contained 3,596 CDCs, three rRNAs, 46 tRNAs, and three non-coding RNAs (ncRNAs). The genomic DNA GC content was 70.4%. The polar lipids included diphosphatydilglycerol, glycolipid, phosphatydilglycerol, and unknown phospholipid, and the major fatty acids were anteiso-C_17:0 and iso-C_16:0. Strain KUDC0405^T contained MK-12 as the major menaquinone. Based on genotypic, phylogenetic, and phenotypic properties, strain KUDC0405^T should be considered a novel species within the genus Microbacterium, for which we propose the name M. elymi sp. nov., and the type strain as KUDC0405^T (=KCTC 49411^T, =CGMCC1.18472^T).

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권8호
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• pp.877-880
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• 2005

목 적 : 한국인 당원병 제 Ia형 환자에서 G6Pase 유전자 돌연변이를 찾아내고, 유전형과 임상양상과의 연관관계를 밝히는 것이다. 방 법 : 서울대학교병원 소아과에서 Ia형 당원병으로 진단 받은 환자 20명을 대상으로 G6Pase 유전자에 대하여 직접 염기서열 분석하였다. 유전형과 임상 양상의 상관성을 알아보기 위하여 진단시 연령, 저신장, 저혈당, 고콜레스테롤혈증, 고요산혈증, 고칼슘뇨증, 신석회화증, 간선종 발생을 조사하였다. 결 과 : 총 5종류의 돌연변이가 발견되었고, splice site 돌연변이인 727G>T가 40개의 대립 유전자 중 32개에서 발견되어 80%의 빈도를 보였다. 전체 20명 중에서 12명이 727G>T 동형접합자이고, 8명이 727G>T 복합 이형접합자이었다. 8명의 이형접합자에서 G122D 3명, P178A 1명, G222R 2명, 새로운 돌연변이인 S339R 2명 등 다른 돌연변이를 찾을 수 있었다. 727G>T 동형접합자와 복합 이형접합자 두 군 사이에 저신장, 저혈당, 고콜레스테롤혈증, 고요산혈증, 신석회화증, 간선종의 빈도는 차이를 보이지 않았다. 결 론 : 임상 양상, 생화학적 검사와 함께 유전자 돌연변이 분석을 이용하면 간생검을 통한 효소측정을 하지 않고 Ia형 당원병을 진단할 수 있으며, 727G>T 동형접합 돌연변이가 이형접합과 비교할 때 질병 양상에 큰 영향을 미치지 않는다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제29권4호
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• pp.340-346
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• 2014

본 연구에서는 식육원료 4종(소, 돼지, 말 및 닭)을 각각 판별하기 위하여 real-time PCR을 이용한 판별법을 개발하였다. 종 판별을 위한 유전자로는 미토콘드리아 유전자 중 12S rRNA와 16S rRNA 부분을 대상으로 하였으며, 특이 프로브의 Reporter dye는 FAM, Quencher dye는 TAMRA로 설계하였다. 개발된 프라이머 및 프로브 세트로 유사종에 대한 비 특이적 signal의 생성 유무를 관찰하기 위하여 총 10종을 대상으로 특이성을 확인한 결과, 비특이적 signal은 확인되지 않았다. 식육원료에 대하여 real-time PCR을 통한 식육 판별 시 식육 혼합 방법에 따른 $C^T$값의 유의적인 차이는 없었다. 의도적 혼합 및 비의도적 혼입을 판별하기 위한 정량법 개발에서는 의도적 혼합의 경우 100% 식육과의 $C^T$ 값 차이가 4 cycle 이내이고, 비의도적 혼입일 경우 100% 식육과의 $C^T$ 값 차이가 6 cycle 이상이었다. 따라서 본 연구를 통하여 개발한 식육 원료의 의도적, 비의도적 혼입 판별법은 불량식품 유통 근절 및 소비자 인권보호에 크게 기여할 것으로 기대된다.

• 식물병연구
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• 제24권1호
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• pp.75-80
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• 2018

2014년부터 2016년까지 전라북도농업기술원(익산)과 국립원예특작과학원 온난화대응농업연구소(제주)에서 패션프루트 시들음병이 관찰되었다. 병징은 생육 초기 건전주에 비해 생육이 더디고 새순부터 시듦 증상이 나타나기 시작하였으며, 오래된 잎은 마르고 뒤틀리다가 더 이상 생육하지 않고 말라 죽었다. 감자한천배지에서 균사 생육은 직경이 35 mm/7일이었으며, 핑크빛-흰색으로 양모상이었다. 병원균의 대형분생포자는 무색으로 투명하며, 길이가 짧고 굴곡진 모양-일자형으로 세포벽이 얇고 주로 2-3개의 격벽이 있었다. 소형분생포자는 균사로부터 monophialides 위에 형성되었으며, 투명하고, 난형-타원형이며, 격벽이 없거나 1개인데, 드물게 2개인 경우도 있었고, 크기는 $3-12{\times}2.5-6{\mu}m$이다. 균학적 특징, 병원성 검정, ITS rDNA, $EF-1{\alpha}$ 염기서열 비교분석 등의 결과를 바탕으로 이 병은 우리나라에서 지금까지 보고되지 않은 Fusarium oxysporum에 의한 '패션프루트 시들음병'으로 명명하고자 한다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제47권4호
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• pp.373-378
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• 2004

잔디병 유발균 Rhizoctonia solani AGII-II에 대한 강한 항진균 활성을 가지는 균주를 토양에서 분리 동정하고 최적 배양조건을 확립하였다. 분리된 균주를 165 rDNA sequence로 동정한 결과 Bacillus sp.로 Bacillus sp. FF-9로 명명하였다. Bacillus sp. FF-9 균체의 생육은 LB배지를 사용하여 $30^{\circ}C$에서 24시간 진탕배양한 결과 6시간 이후부터 급격히 증가하여 12시간째 가장 높은 생육을 나타내었다. 피검균인 Rhizoctonia solani AGII-II에 대한 최대 항진균 활성은 18시간째에 나타났으며, 최적 온도는 $30^{\circ}C$, 최적 pH는 8.0에서 가장 높은 항진균 활성을 나타내었다. 탄소원과 질소원 실험에서는 1% lactose와 1% yeast extract에서 높은 항진균 활성을 나타내었고, 미량원소 첨가에 따른 항진균 활성은 0.15% $K_2HPO_4$에서 가장 높은 항진균 활성을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제42권3호
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• pp.165-171
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• 2006

ERM protein 은 23S rRNA의 $A_{2058}$에 dimethylation시킴으로써 $MLS_B$계 항생제의 부착을 저해하여 항생제의 활성을 억제하는 내생인자 단백질이다. ERM 단백질의 하나인 ErmSF의 N-말단부위(N-termimal end region, NTER)에 존재하는 1-25번째 아미노산을 함유하는 펩타이드의 활성에서의 역할을 알아보기 위해 이률 제거한 변이 단백질을 표현하는 유전자를 클로닝하고 대장균에서 수용성 단백질로 12.65 mg/L culture의 수율로 대량생산하였다. 이렇게 대량생산된 단백질의 활성을 in vivo와 in vitro에서 확인하였다. 그 결과 in vitro에서 야생형(wild type)의 단백질에 비해 15%의 활성이 감소한 것을 확인하였고 이는 제거된 펩타이드가 기질과 상호작용하여 효소의 활성에 영향을 미친다는 것을 시사하고 있다. 이렇게 감소된 효소의 활성은 생체 내(in vivo) 활성에도 적용되어 처음에는 변이 단백질을 함유하는 세포가 항생제의 작용에 의하여 성장억제를 받지만 시간의 경과와 함께 내성을 회복하여 밤샘 배양하였을 경우는 야생형 단백질을 함유한 세포와 동일한 내성 즉 항생제에 의한 성장억제지역(inhibition zone)을 전혀 나타내지 않는 것으로 밝혀졌다.