• 제목/요약/키워드: 11-bp duplication

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돼지 mtDNA D-loop 지역의 Large White 특이 중복현상 탐지 (Detection of a Large White-Specific Duplication in D-loop Region of the Porcine MtDNA)

  • 김재환;한상현;이성수;고문석;이정규;전진태;조인철
    • 생명과학회지
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    • 제19권4호
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    • pp.467-471
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    • 2009
  • 돼지 6품종(Landrace, Duroc, Large White, 한국재래돼지, Berkshire, Hampshire)을 대상으로 기존에 보고된 서열을 바탕으로 제작한 primer를 이용하여 mtDNA D-loop 전체영역을 증폭하였다. 증폭된 PCR product를 cloning 및 DNA sequencing, 다중염기서열비교를 통하여 분석한 결과, mtDNA에서 heteroplasmy가 나타나는 D-loop 내 tandem repeat region 이후에 11-bp 중복이 존재하는 것을 확인하였다. 이런 중복현상은 일본재래돼지와 Duroc에서 보고되었지만, 이를 이용한 돼지 품종별 중복현상의 빈도 및 분포에 관한 연구는 이루어져있지 않다. 품종별 11-bp 중복현상을 분석하기 위해서 6품종을 대상으로 중복지역을 포함한 약 150 bp 절편을 증폭하였으며, PAGE 방법을 통하여 분석하였다. 그 결과 본 연구에서 사용한 품종들 중 모든 Large White에서 중복현상이 발생하는 것을 확인하였으며, Duroc인 경우 11.2% (9/80)에서 중복현상이 확인되었다. 반면에 Landrace, 한국재래돼지, Berkshire 및 Hampshire에서는 전혀 발견되지 않았다. 이런 결과로서, 11-bp 중복현상의 분석은 현재 구별이 불가능한 Landrace와 Large White를 구별할 수 있는 유용한 DNA marker로서 사용이 가능할 것이다.

FLT3-ITD 검출을 위한 절편분석법: 일반 중합효소연쇄반응 및 직접염기서열분석법과의 비교 (Fragment Analysis for Detection of the FLT3-Internal Tandem Duplication: Comparison with Conventional PCR and Sanger Sequencing)

  • 이건동;김정은;이상윤;장우리;박준홍;채효진;김명신;김용구
    • Laboratory Medicine Online
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    • 제7권1호
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    • pp.13-19
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    • 2017
  • 배경: 저자들은 FLT3-ITD (fms-like tyrosine kinase-internal tandem duplication) 돌연변이의 정량 및 반복 염기 길이를 동시에 측정하는 정량 절편 분석법(fragment analysis)의 민감도를 평가하고, 분석적 성능을 검증하였다. 방법: FLT3-ITD 돌연변이의 정량과 수는 절편분석법으로 측정하였다. 변이 대립유전자와 정상 대립유전자를 혼합한 계대희석 표준물질로 절편 분석법, 일반 PCR법, 염기서열분석법의 FLT3-ITD 변이 검출한계를 측정하였다. 정상 공여자 50검체를 이용하여 특이도를 평가하였다. 급성골수성백혈병 환자의 481검체에 대하여 절편 분석법과 일반 PCR법으로 검사를 시행하고 그 결과를 비교 분석하였다. 결과: 절편 분석법의 돌연변이 최소 검출 농도는 5%였으며, 일반 PCR 검사법과 직접염기서열분석법은 각각 10%, 20%의 결과를 보였다. 급성골수성백혈병 환자의 481 검체를 분석한 결과, FLT3-ITD는 40.1% (193/481)에서 양성이었다. 변이 대립유전자의 정량값은 1.7-94.1% (중앙값 28.2%)로 다양하였으며, 반복 염기의 길이의 범위는 14bp-153 bp (중앙값 49bp)였다. 일반 PCR 검사법과 비교한 결과 방법간 일치도는 97.7% (470/481)였다. 절편 분석법이 일반 PCR 검사법에 비해 더 높은 민감도를 보였고, 11건의 돌연변이가 더 검출되었다. 이 중 7검체는 변이 대립유전자의 양이 10% 미만으로 일반 PCR 검사에서 검출되지 않았다(3.3-9.5%). 또 다른 불일치 세 검체에서는 PCR inhibitor의 영향으로 일반 PCR 방법에서 위음성 결과를 보였으며, 다른 한 검체는 돌연변이 중복 길이가 14 bp로 매우 짧아 일반 PCR에서 정상 밴드와 구별되지 않는 경우였다. 결론: 본 연구에서 저자들이 사용한 절편 분석법은 FLT3-ITD 돌연변이의 정량값과 중복된 길이를 동시에 측정할 수 있는 검사법으로, 민감하고 정확하여 급성골수성백혈병 환자에서 FLT3-ITD의 진단 및 추적 검사에 유용할 것으로 기대된다.

돼지 Duroc 품종에서 미토콘드리아 유전체 서열의 특성과 집단의 유전적 다양성 (Complete Mitochondrial Genome Sequence and Genetic Diversity of Duroc Breed)

  • 조인철;한상현;최유림;고문석;이정규;이준헌;전진태
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권6호
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    • pp.937-946
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    • 2004
  • Duroc 품종은 돼지 사육에 있어 산육성과 육질 향상을 위해 이용되고 있다. 본 연구는 육종에 많이 이용되는 Duroc 품종의 모계 특이적인 서열의 검색과 계통유전학적 유연관계의 정립을 위하여 미토콘드리아 유전체의 전체 염기서열을 결정하고 집단 내 다형성을 조사하였다. mtDNA 전체 서열의 길이는 16,584-bp 이고, D-loop과 tRNA, rRNA 유전자 영역에서는 삽입/결실이 확인되었다. 4개의 coding gene (COⅡ, COⅢ, ND3, ND4)에서 불완전한 종결코돈을, ND4L과 ND2 유전자는 선택적 개시코돈 양상을 보였다. Duroc 집단에 대한 분석 결과 조절영역에서의 특이적인 11-bp 중복 단위가 일부 개체(15.2%)에서 발견되었고, ND2의 개시코돈과 CYTB 유전자에서도 다형현상을 보였다. 각각의 유전자 영역에서의 다형성은 서로 연관되어 있었고, 그 결과 Duroc 집단은 크게 두 가지 haplotype으로 구분되었다. 계통수에서 Duroc mtDNA 서열은 유럽계열 cluster에 위치하였으나, haplotype 분석과 기존에 연구결과들을 종합해 보면 Duroc 품종은 여러 모계선조 집단에서 기원한 것으로 보이며, 유럽과 아시아 계열 모두가 품종 형성에 이용된 것으로 사료된다된 것으로 사료된다.

대한민국내 주요 돼지 품종의 순종 식별을 위한 품종특이 DNA marker의 활용 (Application of Breed-specific DNA Markers for the use of Identifying Major Pure Pig Breeds Maintained in Korea)

  • 서보영;김재환;박응우;임현태;조인철;김병우;오성종;정일정;이정규;전진태
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권5호
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    • pp.735-742
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    • 2004
  • 본 연구는 돼지의 품종특이 DNA marker를 이용하여 Large White, Landrace, Duroc의 순종 판별을 가능하게 하기 위해서 실시하였다 순종 판별을 위해 현재 알려져 있는 KIT과 돼지내의 모색과 밀접한 연관성이 있는 MCIR 그리고 mitrochondrial DNA상에서 종 특이적인 현상을 보이는 D-loop 지역의 11-bp 중복과 ND2 유전자의 개시 codon 변이를 이용하였다 품종간의 판별을 위해 KIT 유전자 exon17의 splicing 지역 변이를 활용하여 백색종과 유색종을 분류 하였다. MCIR 유전자의 (N121D)변이를 이용하여 유색종들로부터 Duroc 종이 분류되었다. 그러나 Duroc 이외의 유색종들 간에는 특이한 변이가 발견되지 않아 이 이상의 분류는 불가능 하였다 D-loop 지역의 11-bp 중복현상과 ND2 개시 codon의 변이에 의해 백색종인 Landrace(11-bp비중복과 ATT)종과 Large White(llbp 중복과 ATA) 종을 분류할 수 있었다. 결론적으로 본 연구에서 설정된 판별방법을 통하여 Landrace, Large White와 Duroc 종의 순종 판별이 완벽히 가능함을 입증하였다.

Genomic Sequence Analysis and Organization of BmKαTx11 and BmKαTx15 from Buthus martensii Karsch: Molecular Evolution of α-toxin genes

  • Xu, Xiuling;Cao, Zhijian;Sheng, Jiqun;Wu, Wenlan;Luo, Feng;Sha, Yonggang;Mao, Xin;Liu, Hui;Jiang, Dahe;Li, Wenxin
    • BMB Reports
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    • 제38권4호
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    • pp.386-390
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    • 2005
  • Based on the reported cDNA sequences of $BmK{\alpha}Txs$, the genes encoding toxin $BmK{\alpha}Tx11$ and $BmK{\alpha}Tx15$ were amplified by PCR from the Chinese scorpion Buthus martensii Karsch genomic DNA employing synthetic oligonucleotides. Sequences analysis of nucleotide showed that an intron about 500 bp length interrupts signal peptide coding regions of $BmK{\alpha}Tx11$ and $BmK{\alpha}Tx15$. Using cDNA sequence of $BmK{\alpha}Tx11$ as probe, southern hybridization of BmK genome total DNA was performed. The result indicates that $BmK{\alpha}Tx11$ is multicopy genes or belongs to multiple gene family with high homology genes. The similarity of $BmK{\alpha}$-toxin gene sequences and southern hybridization revealed the evolution trace of $BmK{\alpha}$-toxins: $BmK{\alpha}$-toxin genes evolve from a common progenitor, and the genes diversity is associated with a process of locus duplication and gene divergence.

Structural Similarity and Expression Differences of Two Pj-Vg Genes from the Pandalus Shrimp Pandalopsis japonica

  • Jeon, Jeong-Min;Kim, Bo-Kwang;Kim, Young-Ji;Kim, Hyun-Woo
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제14권1호
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    • pp.22-30
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    • 2011
  • Vitellogenin (Vg) is the precursor of vitellin (Vn), which is the major yolk protein in nearly all oviparous species, including fish, amphibians, reptiles, and most invertebrates. It is one of the most important factors during reproduction, and numerous studies have shown that Vg genes are markers of the reproductive cycle and effecter genes induced by endocrine-disrupting chemicals (EDCs). Previously, we isolated two distinct cDNAs encoding vitellogenin homologs Pj-Vg1 and Pj-Vg2 from Pandalus shrimp Pandalopsis japonica. In this study, full-length genomic sequences of Pj-Vg1 and Pj-Vg2 were determined using a PCR-based genome walking strategy. Isolated Pj-Vg1 and Pj-Vg2 genes were 11,910 and 11,850 bp long, respectively. Both Pj-Vg genes had 15 exons and 14 introns, and the splicing sites were also the same, suggesting that they arose via gene duplication. The similar structural characteristics of decapod Vg genes suggest that they are all orthologs that evolved from the same ancestral gene. Analysis of Pj-Vg1 and Pj-Vg2 expression revealed that the relative copy numbers of Pj-Vg1 and Pj-Vg2 were similar in the hepatopancreas, whereas Pj-Vg2 transcripts were also detected in the ovary. Expression of both Pj-Vg genes was induced in hepatopancreas of mature individuals, whereas only Pj-Vg2 transcripts were upregulated in the ovaries from mature animals, suggesting that both Pj-Vgs are important for oocyte development. A strong positive correlation was found between Pj-Vg1 and Pj-Vg2 transcripts in the same individual, indicating they are under the same control mechanisms. Additionally, a positive correlation was found between ovarian and hepatopancreatic Pj-Vg2 transcripts, suggesting that its dual expression is regulated by similar physiological conditions. Knowledge of the similarities and differences between the two vitellogenin-like genes, Pj-Vg1 and Pj-Vg2, would help us to understand their roles in reproduction and other physiological effects.