• KOGO NEWS
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• v.6 no.1
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• pp.24-28
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• 2006

프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구한다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프테테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상분석의 정확도를 높이고 분석시간을 단축하기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 1) 단백질의 양적 차이나 양적 변화의 관찰은 바이오마커를 발굴하고 생명현상의 메카니즘을 규명하여 그 결과를 신약개발에 활용하기 위한 기초 연구이다. 이 글에서는 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image에서의 스팟(spot)분석법과 함께, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, SILAC 등의 동위 원소를 사용한 라벨링(labeling) 방법, 라벨링을 하지 않는 label-free 방법 등 프로테오믹스에서의 정량분석법에 대한 기본 개념을 살펴보고, 이들에서의 데이터 분석 기술의 적용에 대해 간략히 소개하였다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2006.02a
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• pp.38-44
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• 2006

프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구하는 학문이다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 유전자로부터 mRNA 로 복제되고 codon 의 규칙에 따라 합성되는 단백질이 세포 내에 얼만큼 존재하는가라는 단백질의 양적인 변화는 세포 내의 환경에 따라 시시각각 변화할 수 있으며, 이러한 변화의 추적은 단백질의 기능을 밝히는 기초자료로서 중요성을 가진다. 특히 질병의 조기 진단을 위한 바이오마커를 발굴하기 위한 스크리닝 역할로서, 단백질의 발현 양상을 비교하는 프로테오믹스는 기대를 모으고 있다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프로테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상 분석의 정확도를 높이기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 이번 발표에서는 프로테오믹스에서 단백질의 양을 측정하기 위한 실험 방법들과 그에 따른 데이터 분석 방법들을 소개하고자 한다. 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image 에서의 spot 분석법으로부터, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, iTRAQ 등의 labeling 방법에 의한 정량분석, 그리고 질량분석기의 정확도를 최대한으로 활용하는 label-free 방법에 대한 기본 개념을 살펴보고 데이터 분석 기술의 적용 방법을 알아본다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.46 no.1
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• pp.1-8
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• 2010

New technologies are providing unprecedented knowledge into microbial community structure and functions. Even though nucleic acid based approaches provide a lot of information, metaproteomics could provide a high-resolution representation of genotypic and phenotypic traits of distinct microbial communities. Analyzing the metagenome from different microbial ecosystems, metaproteomics has been applied to seawater, human guts, activated sludge, acid mine drainage biofilm, and soil. Although these studies employed different approaches, they elucidated that metaproteomics could provide a link among microbial community structure, function, physiology, interaction, ecology, and evolution. These approaches are reviewed here to help gain insights into the function of microbial community in ecosystems.

• Bulletin of Food Technology
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• v.17 no.2
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• pp.84-93
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• 2004

• Journal of Veterinary Clinics
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• v.27 no.6
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• pp.679-685
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• 2010

Many animal models of osteoarthritis (OA) have been developed, aimed at understanding the long-term progression of OA and difficulty of identifying patients in the initial stage of the disease. In canines, coxofemoral luxation and hip dysplasia are common orthopedic ailments related to OA in the hip joint. Transecting the ligament of the head of the femur (LHF) aids in diagnosis of coxofemoral joint OA. Presently, mobility of this joint was increased by transected LHF in 10 mature, 2-3-year-old (average $2.57{\pm}0.20$ years), healthy male beagles. The animals were normally gaited 1-week post-operatively. During the experimental period, examinations including X-ray, complete blood count and serum chemistry were unremarkable. Proteomic examination revealed protein alterations in synovial fluid, with significant increases in Vitamin D-binding protein precursor (ANOVA, p < 0.004) and Kinogen-1 (ANOVA, p < 0.039). Both proteins correlated with arthritis.

• KOGO NEWS
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• v.7 no.3
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• pp.24-32
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• 2007

• The Science & Technology
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• no.10 s.413
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• pp.38-39
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• 2003

'프로테오믹스 이용' 연구에 몰두/ 미지의 '메신저 RNA' 찾아내

• KOGO NEWS
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• v.4 no.1
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• pp.16-17
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• 2004

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.76-78
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• 2005

생명정보 분야의 발전과 더불어 과거 축적되어 온 방대한 양의 생물학 데이터들이 이질적인 형태로 데이터베이스화 되어있다 특히, 인간게놈프로젝트의 완료 후에 유전자 및 단백질의 기능을 밝히기 위한 지노믹스 및 프로테오믹스 연구가 활발해졌다. 새로운 생물학적 과정을 탐색하기 위해서는 기존에 존재하는 생물학 데이터베이스의 데이터를 수집하기 위한 기술적인 검색 능력이 필요하다. 전산지식이 부족한 대부분의 생물학자들은 공개용 데이터베이스로부터 필요한 정보를 획득하는데 어려움을 격고 있다. 각 분야의 생물학자들이 공개용 데이터베이스로부터 자신의 분야에 관련된 데이터를 검색?추출하는 작업을 수월하게 해 줄 검색 시스템이 필요하다. 따라서, 에이전트를 이용하여 공개용 데이터베이스로부터 정보를 수집하는 사용자 중심의 개인용 검색시스템을 제안하고자 한다. 또한, 검색시스템을 이용하여 생물학자가 지노믹스와 프로테오믹스의 실험적인 접근을 위해 원하는 많은 양의 특정 도메인의 데이터를 검색하고 질의된 결과를 개인 컴퓨터에 2차 데이터베이스를 만들어 저장한다. 사용자에 의해 생성된 특정 분야의 도메인인 2차 데이터베이스를 통해 데이터의 접근의 편리성과 생물학 정보의 분석의 용이성을 얻을 수 있다.

• Development and Reproduction
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• v.8 no.1
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• pp.1-9
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• 2004

The potential importance of proteomic approaches has been clearly demonstrated in other fields of human medical research, including liver and heart disease and certain forms of cancer. However, reproductive researches have been applied to proteomics poorly. Proteomics can be defined as the systematic analysis of proteins for their identity, quantity, and function. It could increase the predictability of early drug development and identify non-invasive biomarkers of toxicity or efficacy. Proteome analysis is most commonly accomplished by the combination of two-dimensional gel electrophoresis(2DE) and MALDI-TOF(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight) MS(mass spectrometry) or protein chip array and SELDI-TOF(surface-enhanced laser desorption ionization-time of flight) MS. In addition understanding the possessing knowledge of the developing biomarkers used to assess reproductive biology will also be essential components relevant to the topic of reproduction. The continued integration of proteomic and genomic data will have a fundamental impact on our understanding of the normal functioning of cells and organisms and will give insights into complex cellular processes and disease and provides new opportunities for the development of diagnostics and therapeutics. The challenge to researchers in the field of reproduction is to harness this new technology as well as others that are available to a greater extent than at present as they have considerable potential to greatly improve our understanding of the molecular aspects of reproduction both in health and disease.