이동에이전트는 독립된 객체로서 자율성을 가지고 컴퓨터를 이동하며 부연된 임무를 수행하는 프로그램이다. 이동에이전트는 코드와 데이터로 구성된 프로그램이므로 쉽게 복제될 수 있다. 이렇게 복제된 이동에이전트를 이동에이전트 클론이라 한다. 복제된 클론은 원본과 구별이 불가능하다. 이것은 에이전트의 인증을 불가능하게 만들고 예상되지 않은 에이전트의 중복 수행을 야기하며 에이전트의 내부정보 유출 공격을 위한 수단으로 사용된다. 본 논문에서는 이동에이전트 클론에 의한 이러한 문제점을 고찰하고 온라인 상에서 클론의 존재를 탐지하고 실행을 방지하며 클론을 생성한 서버를 확인하는 프로토콜을 설계한다.
본 연구에서는 트리패턴 기반으로 코드클론을 탐지하는 도구인 CCR(Code Clone Ransacker)를 제안하고 구현하였다. CCR은 프로그램 트리의 모든 하위트리 쌍을 비교하여 중복된 부분인 트리패턴을 찾고 동일한 모양의 패턴들을 하나로 묶어 프로그램에 존재하는 클론들을 샅샅이 탐지한다. 이때 이미 찾은 패턴 내부의 클론 패턴을 비교대상에서 제외하여 중복계산을 하지 않아 불필요한 예산을 최대한 줄인다. 실험으로 CCR의 성능을 평가한 결과, CCR의 정확성과 탐지성은 높다. 프로그램의 구조를 비교하는 기존의 트리패턴 기반의 코드클론 탐지 도구들의 정확성과 탐지성은 이미 좋은 것으로 알려져 있지만, CCR은 높은 정확성을 유지하면서 탐지성은 기존의 Asta보다는 최대 5배, CloneDigger보다는 약 1.9배 높다. 그리고 CCR이 찾은 코드클론은 기존의 코드클론 표본 집합체의 클론을 대부분 포함한다.
Human placental alkaline phosphatase (PLAP), one of the oncofetal antigen was purified from placentas through the procedures including butanol extraction, concanavalin A-Sephar-ose, DEAE-cellulose and Sephadex G-200 gel chromatography. Monoclonal antibodies (fibs) against human PMP were produced by hybridizing SP 210-Ag 14 mouse myeloma cells with spleen ceils of Balblc mice immunized with PLAP. Six stable monoclones uvere obtained by cloning tuvice in serial dilutions, and the monoclonal speclfidty of these MAbs was confirmed by biochemical and immunonogical criteria. Tumor marker의 하나인 태반형 alkaline phosphatase(PLAP)에 대한 단일 클론항체의 생산과 분석을 위하여, 태반조직을 재료로 butanol 추출법 및 concanavaline A-Sepharose, DEAE-cellulose, Sephadex G-200 gel 크로마토그라피법에 의하여 PLAP를 순수 분리하였다. 이를 항원으로 하여 하이브리도마 방법에 의해 항-PLAP 단일 클론항체를 생산 분비하는 안정된 6클론세포를 얻었으며 생화학적 및 면역학적 분석방법으로 이들의 단일 클론성을 확인하였다.
연구배경: CREST 증후군은 전신성 경화증의 이형으로 전신성 경화증에 비교하여 병의 진행이 늦은 것으로 알려져 있다. 하지만 CREST 증후군 환자의 약 50%에서 폐나 심장질환의 증거 없이 폐고혈압이 발생하며, 이러한 환자들의 이년 생존률은 40%로 폐고혈압이 없는 환자에 비해 예후가 매우 나쁘다. 그러나 CREST 증후군에 동반되는 폐고혈압의 원인과 병리기전에 대해서는 전혀 알려진 바 없으며 막연히 원발성 폐고혈압의 이형(variant form) 또는 이차성 폐고혈압으로 분류되고 있다. 총상병변(plexiform lesion) 내 증식된 내피세포의 클론성 검증은 폐고혈압을 원발성과 이차성으로 나누는 기준이 되고 있다. 이에 저자들은 CREST 증후군이 동반된 폐고혈압 환자의 총상병변 내피세포의 클론성을 분석함으로써 CREST 동반된 폐고혈압이 원발성인지 이차성인지를 알아보고자 하였다. 방법: 폐고혈압을 동반한 CREST 증후군 여자환자에서 얻은 폐조직의 파라핀 block을 사용하여 microdissection 방법으로 총상병변내에 증식된 내피세포를 분리한후 X-염색체의 methylation pattern을 이용하여 클론성 분석을 시행하였다. 같은 방법으로 중막 비후를 보이는 혈관의 혈관 평활근과 폐실질의 클론성도 분석하였다. 결과: 14개 총상병변의 '증식된 내피세포'의 클론성 모두 다클론성 이었다. 또한 중막비후가 현저한 5개 폐동맥의 평활근세포 클론성도 모두 다클론성 이었다. 결론: 이상의 결과는 CREST 증후군에 동반되는 폐고혈압이 원발성 폐고혈압과는 다른 병리 기전을 갖는 이차성 폐고혈압임을 시사한다.
순천만 갯벌의 세균 군집의 다양성을 조사하기 위해 16S rDNA의 다양성을 조사하였다. 갯벌로부터 전체 핵산을 분리한 후, 세균에 상보적인 universal primer로 증폭된 16S rDNA로부터 클론 라이브러리를 만들었다. 총 111개의 클론으로부터 HaeIII를 이용하여 amplified rDNA restriction analysis (ARDRA)를 수행하고, Gelcompar II 프로그램을 이용하여 pattern을 clustering하였다. 111개의 클론 중 100가지의 서로 다른 RFLP type이 조사되었고, 이들 중 전체 클론 라이브러리를 대표할 수 있는 20개의 클론을 선별하여 부분적인 염기서열을 분석하여 세균 다양성을 분석하였다. 20개의 클론중에는 RDP와 GenBank에서 제공하는 small subunit RNA database와 동일한 클론은 존재하지 않았으며, 이미 알려진 배양 가능한 세균의 16S rRNA 염기서열과 비교 하였을때 77∼96.8%의 유사도를 보였다. 또한 이들 20개의 클론은 alpha-, delta-, gamma-Proteobacteria, low G+C Gram positive bacteria, high G+C Gram positive bacteria, Sphingobacteria (Cytophaga); Cyanobacteria (Chloroplast)등 주요한 7개 lineage에 속했으며, 클론들 중 Proteobacteria가 우점종을 차지하고 있었다.
대두의 uricase II cDNA를 탐침으로 plaque 혼성화 방법에 의해 해녀콩의 뿌리를 cDNA library로부터의 두 개의 phage 클론(λCINUO-01, λCINUO-02)을 선별하였다. 두 phage 클론은 약 1.6 kb와 1.0 kb의 insert를 갖고 있었으며 이들의 염기서열을 결정하기 위하여 pUC19과 pBSKS vector에 subcloing(pcCLNUO-01, pcCLNUO-02)하였다. Sanger법에 의해 염기서열을 결정한 결과, 두 클론은 각각 1,611 bp와 1,024 bp로 이루어져 있었으며 pcCINUO-01은 308개의 아미노산, pcCINUO-02는 301개의 아미노산을 암호화하는 open reading frame(ORF)을 갖고 있었다. 두 클론의 ORF의 염기서열은 대두의 uricase II와 각각 88.9%, 89.3%의 상동성을 보여주었으며, 아미노산 서열은 84.1%, 85.4%의 상동성을 보여주었다. pcCINUO-01의 경우, 종결코돈으로부터 313 NT 하류쪽에 진핵생물의 poly(A) 첨가신호인 AATAAA 서열이 존재하였으며 이로부터 21 NT 하류쪽에 17 잔기의 poly(A)가 존재하였다. 두 클론의 염기서열에서 추정된 아미노산 서열의 카르복시 말단에는 세포질에서 합성된 몇몇 단백질들이 peroxisome으로 수송되는데 필요한 신호서열인 Ser-Lys-Leu-COOH 서열이 존재하고 있었다. 두 클론의 염기서열을 토대로 아미노산 조성을 살펴본 결과, 염기성 아미노산(Arg, His, Lys)과 산성 아미노산(Asp, Glu)이 각각 46 대 35, 47 대 35의 비를 보여주었는데 이는 uricase II 단백질의 염기성 성질을 보여주는 결과로 추정된다. Northern 혼성화 결과 해녀콩에서 uricase II는 뿌리혹에서만 특이적으로 발현됨을 알 수 있었고 게놈 혼성화 반응 결과는 uricase II 유전자가 해녀콩 게놈상에 유전자 가족으로는 존재할 수 있음을 보여주었다.
본 연구는 국내에 있는 자생포플러, 도입포플러, 교잡종포플러 15개 클론 삽목묘의 잎녹병에 대한 감수성을 규명하고 저항성 클론을 선발하기 위해 수행되었다. 각 개체별 잎녹병 피해도는 감염된 잎을 경, 중, 심으로 구분하여 일정한 점수를 부여한 후 한 나무당 감염된 잎의 비율로서 추정하였다. 실험에 포함된 15개 포플러 클론들 중 Dorskamp, 봉화 1, 현사시 3이 한국에서 만연하고 있는 Melampsora 잎녹병균에 저항성이 높은 클론으로 선발되었는데 이들 중 봉화 1과 현사시 3은 포플러 6개 절(section)중 Leuce 절에 속하고Dorskamp는 Aigeiros 절에 속한다. 특히 Dorskamp는 외관상으로도 잎녹병에 감염된 잎이 현저히 적어 포플러잎녹병 저항성 품종으로 추천할 만한 클론인 것으로 확인되었다.
프로그램 내의 코드클론을 찾아주는 도구나 기술들을 평가하기 위해서는 해당 도구가 탐지하는 못하는 클론이 있는지 확인해야 한다. 이를 위해서 샘플 소스코드에 대해서 코드클론을 모두 모아놓은 표준 표본 집합체가 필요하다. 그런데 기존의 코드클론 표본 집합체는 여러 클론탐지 도구의 결과들을 참조해 수작업으로 구축하지만 평가 기준으로 사용하기에는 빠져있는 표본이 많다. 본 연구에서는 자동으로 코드클론 표본 집합체를 생성하는 방법을 제안하고 도구를 구현하였다. 이 도구는 프로그램 소스를 핵심구문트리로 변환한 뒤, 트리를 샅샅이 비교하여 클론 패턴을 찾아낸다. 본 도구는 오탐이 없으며, 특정한 패턴을 제외하고 미탐도 없어서 코드클론 표본 집합체를 자동으로 생성하기 적합하다. 실험결과 상용도구인 CloneDR에서 찾아낸 클론을 모두 포함하면서 2-3배 더 많은 클론들을 찾아내었고, Bellon의 기존 표본 집합체의 클론들을 거의 대부분 포함(93-100%)하면서 자동 구축한 표본 집합체의 크기가 훨씬 크다.
아이피에이 클론은 지난해 하반기부터 CRON의 CTP를 국내 시장에 본격적으로 공급하고 있다. 올해 상반기에만 16대를 공급했으며 연말까지 40대 판매를 자신하고 있는 아이피에이 클론의 UV CTP는 경제성과 생산성에서 높은 수준을 인정받고 있다. 또한 정밀도와 품질면에서도 고객들에게 호평을 받고 있다. 사용해본 고객들에게서 더욱 높은 평가를 받는다는 아이피에이 클론의 마케팅 전략과 제품군, 앞으로의 계획을 소개한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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