• 축산식품과학과 산업
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• v.2 no.2
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• pp.24-35
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• 2013

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2021.04a
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• pp.22-22
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• 2021

큰졸방제비꽃(Viola kusanoana)의 엽록체 DNA 염기서열을 밝히고자 차세대염기서열분석법(NGS)을 이용하여 분석하였다. 재료는 경상북도 울릉군 나리분지에 자생하는 개체의 잎을 사용하였다. 염기서열 분석결과, 총 길이는 158,644 bp 였고, GC함량은 36.3%로 분석되었다. 구간별로는 LSC (Large single copy)지역이 86,999 bp (GC content: 33.9%)였고 SSC (Small single copy)지역은 17,439 bp (GC content: 29.9%)으로 분석되었으며 IR (Invertied repeats)지역은 27,103 bp (GC content: 42.2%)로 확인되었다. 유전자는 protein coding gene 77개, tRNA gene 30개, rRNA 4개 등 총 111개로 이는 선행 연구된 제비꽃속 8개 분류군과 유전자의 순서와 방향이 모두 일치하였다. 이를 통해 제비꽃속의 엽록체 게놈의 유전자는 상당히 보존되어 있음을 확인하였다.

• Journal of Life Science
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• v.30 no.3
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• pp.291-297
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• 2020

This study was conducted to develop microsatellite markers in Seriola quinqueradiata using next-generation sequencing. A total of 28,873,374 reads were generated on an Illumina Hiseq2500 system, yielding 7,247,216,874 bp sequences. The de novo assembly resulted in 466,359 contigs. A total of 132 contigs (0.43%), including 60 microsatellite loci, were derived from 30,729 contigs longer than 518 bp. A total of 60 primer sets were designed from the 132 microsatellite loci. A total of 15 polymorphic nuclear microsatellite loci were chosen to evaluate population genetic parameters in the parents and offspring. The mean number of effective alleles was 18.5, ranging from 11 to 30. The observed heterozygosity (H_O) and expected heterozygosity (H_E) ranged between 0.431 and 0.972 with an average of 0.812 and from 0.782 to 0.949 with an average of 0.896, respectively. No significant linkage disequilibrium was observed after Bonferroni revision in any loci. The results show that the 15 polymorphic nuclear microsatellite markers can be used to study the population and conservation genetics of S. quinqueradiata in Korea. To ensure the success of artificial seedling production technology, genetic variations between the parent and offspring populations should be monitored, and inbreeding should be controlled.

• Journal of Life Science
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• v.33 no.8
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• pp.623-631
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• 2023

This study was conducted to develop microsatellite markers in Parapristipoma trilineatum using next-generation sequencing. A total of 402,244,934 reads were generated on the Illumina Hiseq X Ten System, yielding 60,738,985,034 bp of sequences. The de novo assembly resulted in 1,320,995 contigs. A total of 952,326 contigs (0.016%) including 151 microsatellite loci were derived from the 1,320,995 contigs longer than 640 bp. A total of 34 primer sets were designed from the 151 microsatellite loci. As a result, 15 microsatellite loci were chosen and used for assuming population genetic parameters in the wild and farmed populations. The mean number of effective alleles was 12, ranging from 6 to 25. The observed heterozygosity (H_O) and the expected heterozygosity (H_E) ranged between 0.530 and 0.873, with an average of 0.750, and from 0.647 to 0.895, with an average of 0.793, respectively. According to these results, the developed set of 15 microsatellite markers is expected to be useful for the analysis of genetic characteristics in the population of P. trilineatum in Korea. There are requirements now for further genetic information, fishery resource management, breeding guidelines, support with the selection of breeds and studies on the effects of release, all of which will improve species conservation, and through future research, we aim to offer genetic foundational data with that goal.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2020.12a
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• pp.55-55
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• 2020

뫼제비꽃(Viola selkirkii)의 엽록체 DNA 염기서열을 차세대염기서열분석법(NGS)을 이용하여 분석하였다. 재료는 강원도 화천군 일산과 제주도 한라산의 2개체를 사용하였다. 분석결과, 염기서열의 길이는 일산의 뫼제비꽃이 156,774 bp (GC content: 36.30%), 한라산의 뫼제비꽃이 157,451 bp(GC content: 36.30%)로 한라산 개체가 길게 분석되었다. 구간별로 LSC(Large single copy)지역은 한라산 개체(85,950 bp)가 일산 개체(85,930 bp)보다 20 bp 길었으며, SSC(Small single copy)지역은 한라산 개체(17,261 bp)보다 일산 개체가 17,982 bp로 길게 분석되었다. IR(Inverted repeat)지역은 한라산 개체가 27,120 bp로 일산 개체(26,431 bp)보다 길게 분석되었다. 이러한 염기서열 길이의 차이는 종내 개체 간 빈번하게 발생하는 현상으로 IGS와 intron 구간에서 확인 된 단순반복서열의 일부 누락과 IR지역 내의 수축과 확장에 의한 것으로 판단된다. 뫼제비꽃 2개체의 엽록체 게놈을 구성하는 유전자 수는 총 111개로 동일하였으며, protein coding gene 77개, tRNA(transfer RNA) gene 30개, 그리고 rRNA (ribosomal RNA) gene 4개로 구성되어 있었다. 이는 기 발표된 엽록체 DNA 전체 염기서열이 밝혀진 제비꽃속 (Viola) 종류들과 동일한 결과이다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2011.06b
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• pp.466-469
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• 2011

최근에 등장한 Next Generation Sequencing(NGS)은 전통적인 방법에 비해 빠르고 저비용으로 대용량의 시퀀스 데이터를 이용한 차세대 시퀀싱 기술을 말한다. 이렇게 얻은 NGS 데이터를 분석하는 단계 중에서 alignment 단계는 시퀀서에서 얻은 대량의 read를 참조 염기서열에 맵핑하는 단계로 NGS 데이터 분석의 가장 기본이면서 핵심인 단계이다. alignment 도구는 긴 참조 염기서열을 색인화해서 짧은 read를 빠르게 맵핑하는 용도로 사용된다. 현재 많이 사용되고 있는 일반적인 alignment 도구들은 입력데이터에 대한 별도의 전처리 과정이 없으며 나열된 read를 순차적으로 맵핑하는 단순한 구조를 가지고 있다. 본 논문은 NGS 데이터의 특징 중에 특히 read간의 중복성이 존재하고 이를 이용한 read의 효율적 공통부분 서열을 찾는다. 중복이 가능한 read의 공통부분서열과 read의 관계를 그래프 이론의 Hitting Set 문제로 모델링하고 여러 read가 포함하는 공통 부분서열을 사용해서 alignment 단계의 효율을 높일 수 방법을 제안한다.

• Journal of Korean Society of Forest Science
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• v.105 no.2
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• pp.186-192
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• 2016

This study was conducted to develop microsatellite markers in Quercus variabilis using next generation sequencing. A total of 305,771 reads (384 bp on average) were generated on a Roche GS-FLX system, yielding 117 Mbp of sequences. The de novo assembly resulted in 7,346 contigs. A total of 606 contigs (20.75%) including 911 microsatellite loci were derived from the 2,921 contigs longer than 500 bp. A total of 180 primer sets were designed from the 911 microsatellite loci and screened in eight Q. variabilis individual trees sampled from a natural stand to obtain polymorphic loci. As a result, a total of thirteen polymorphic microsatellite loci were selected and used for estimating population genetic parameters in the 54 individual trees. The mean number of effective alleles was 4.996 ranging from 2.439 to 7.515. The observed heterozygosity and the expected heterozygosity ranged between 0.731 and 1.000 with an average of 0.873 and from 0.590 to 0.867 with an average of 0.766, respectively. Null alleles were not detected in all loci. No significant linkage disequilibrium was detected after Bonferroni correction in all loci. In the near future, these novel polymorphic microsatellite markers will be used to study population and conservation genetics of Q. variabilis of Korea in more detail.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2013.11a
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• pp.1203-1206
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• 2013

차세대 유전자 서열 시퀀싱 기법이 등장함에 따라 참조 유전자 서열로부터 리드를 생성하는 시퀀서의 기술이 다양화 되었다. 이전 시퀀싱 방식에 비해 비용 및 시간 측면에서 효율성이 증대 되었으나, 매핑도구의 검증을 위해서 다양한 생물학적 특이성을 반영하거나 비용이 소요되지 않는 방법을 연구하는 과정에서 리드 시퀀싱 시뮬레이터가 개발되었다. 본 논문에서는 현재 사용되고 있는 리드 시퀀싱 시뮬레이터에서 반영된 시퀀싱 기법을 분석하고 시뮬레이터의 기능적 특성을 분석하고자 한다. 이는 시뮬레이터 개발에 필요한 기능 설계 및 생물학적 특성을 반영하는데 활용하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2010.11a
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• pp.25-26
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• 2010

• Korean Journal of Breeding Science
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• v.50 no.4
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• pp.364-377
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• 2018

Hexaploid wheat (common wheat/bread wheat) is one of the most important cereal crops in the world and a model for research of an allopolyploid plant with a large, highly repetitive genome. In the heritability of agronomic traits, variation in gene presence/absence plays an important role. However, there have been relatively few studies on the variation in gene presence/absence in crop species, including common wheat. Recently, a reference genome sequence of common wheat has been fully annotated and published. In addition, advanced next-generation sequencing (NGS) technology provides high quality genome sequences with continually decreasing NGS prices, thereby dawning full-scale wheat functional genomic studies in other crops as well as common wheat, in spite of their large and complex genomes. In this review, we provide information about the available tools and methodologies for wheat functional genomics research supported by NGS technology. The use of the NGS and functional genomics technology is expected to be a powerful strategy to select elite lines for a number of germplasms.