Journal of the Korea Society of Computer and Information
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v.27
no.8
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pp.49-59
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2022
In this paper, we designed a new enzyme function prediction model PSCREM based on a study that compared and evaluated CNN and LSTM/GRU models, which are the most widely used deep learning models in the field of predicting functions and structures using protein sequences in 2020, under the same conditions. Sequence evolution information was used to preserve detailed patterns which would miss in CNN convolution, and the relationship information between amino acids with functional significance was extracted through overlapping RNNs. It was referenced to feature map production. The RNN family of algorithms used in small CNN-RNN models are LSTM algorithms and GRU algorithms, which are usually stacked two to three times over 100 units, but in this paper, small RNNs consisting of 10 and 20 units are overlapped. The model used the PSSM profile, which is transformed from protein sequence data. The experiment proved 86.4% the performance for the problem of predicting the main classes of enzyme number, and it was confirmed that the performance was 84.4% accurate up to the sub-sub classes of enzyme number. Thus, PSCREM better identifies unique patterns related to protein function through overlapped RNN, and Overlapped RNN is proposed as a novel methodology for protein function and structure prediction extraction.
멘션(mention)은 명사 또는 명사구를 중심어로 가지며, 수식어를 포함하여 어떤 의미를 정의하는 구(chunk)를 구성한다. 문장 내에서 멘션을 추출하는 것을 멘션탐지라 한다. 멘션들 중에서 서로 같은 의미의 멘션들을 찾아내는 것을 상호참조해결이라 한다. 포인터 네트워크는 RNN encoder-decoder 모델을 기반으로, 주어진 입력 열에 대응되는 위치를 출력 결과로 갖는 모델이다. 본 논문에서는 멘션탐지에 포인터 네트워크를 이용할 것을 제안한다. 멘션탐지에 포인터 네트워크를 적용하면 기존의 sequence labeling 문제로는 해결할 수 없었던 중첩된 멘션탐지 문제를 해결할 수 있다. 실험 결과, 본 논문에서 제안한 멘션탐지의 성능이 규칙기반 보다 8%이상 높은 F1 80.75%를 보였으며, 이를 이용한 상호참조해결 성능이 CoNLL F1 52.69%로 규칙기반 멘션탐지를 이용한 상호참조해결에 비하여 2.29% 더 좋은 성능을 보였다.
Annual Conference on Human and Language Technology
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2016.10a
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pp.152-156
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2016
멘션(mention)은 명사 또는 명사구를 중심어로 가지며, 수식어를 포함하여 어떤 의미를 정의하는 구(chunk)를 구성한다. 문장 내에서 멘션을 추출하는 것을 멘션탐지라 한다. 멘션들 중에서 서로 같은 의미의 멘션들을 찾아내는 것을 상호참조해결이라 한다. 포인터 네트워크는 RNN encoder-decoder 모델을 기반으로, 주어진 입력 열에 대응되는 위치를 출력 결과로 갖는 모델이다. 본 논문에서는 멘션탐지에 포인터 네트워크를 이용할 것을 제안한다. 멘션탐지에 포인터 네트워크를 적용하면 기존의 sequence labeling 문제로는 해결할 수 없었던 중첩된 멘션탐지 문제를 해결할 수 있다. 실험 결과, 본 논문에서 제안한 멘션탐지의 성능이 규칙기반 보다 8%이상 높은 F1 80.75%를 보였으며, 이를 이용한 상호참조해결 성능이 CoNLL F1 52.69%로 규칙기반 멘션탐지를 이용한 상호참조해결에 비하여 2.29% 더 좋은 성능을 보였다.
Mention detection systems use nouns or noun phrases as a head and construct a chunk of text that defines any meaning, including a modifier. The term "mention detection" relates to the extraction of mentions in a document. In the mentions, a coreference resolution pertains to finding out if various mentions have the same meaning to each other. A pointer network is a model based on a recurrent neural network (RNN) encoder-decoder, and outputs a list of elements that correspond to input sequence. In this paper, we propose the use of mention detection using pointer networks. Our proposed model can solve the problem of overlapped mention detection, an issue that could not be solved by sequence labeling when applying the pointer network to the mention detection. As a result of this experiment, performance of the proposed mention detection model showed an F1 of 80.07%, a 7.65%p higher than rule-based mention detection; a co-reference resolution performance using this mention detection model showed a CoNLL F1 of 52.67% (mention boundary), and a CoNLL F1 of 60.11% (head boundary) that is high, 7.68%p, or 1.5%p more than coreference resolution using rule-based mention detection.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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