• Journal of Marine Life Science
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• v.6 no.2
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• pp.47-57
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• 2021

In the fishery industry, global aquaculture production has stagnated due to overfishing of aquatic products, restrictions between countries, and climate change. The aquaculture suggests the possibility of a blue revolution that can be expanded in a new way. The aquaculture industry now accounts for more than half of the fishery products from the sea as a raw material for seafood for human consumption. Various latest biological research methods are being applied for the development of a sustainable aquaculture industry. Genomics has made significant progress in recent years. Since the genome sequence of Atlantic cod was sequenced in 2011, the genomes of more species have been sequenced. The genome information is providing a more robust and productive knowledge base for the aquaculture industry, including breeding and breeding of superior traits, improving disease resistance quality, and optimizing aquaculture feed and feed methods. This review looked at the status of genome analysis technology and the current status of genome research of aquaculture species. The development of genome research technology and massive genomic information is important in solving the challenges of the aquaculture industry and will help sustainable fisheries and aquaculture.

• Journal of agriculture & life science
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• v.50 no.3
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• pp.99-117
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• 2016

Data on primal cuts were collected from 1,829 steers of Hanwoo progeny testing programs, between 2010 and 2015 for the ssGWAS. SNP data were analyzed by using Illumina Bovine 50K Beadchip. The SNP data that matches with phenotype data was 674 animals. As a first step, the genomic estimated breeding value(GEBV) of the loin and rib cuts were estimated, which was used in the estimation of SNP marker effects and their variances related to the traits. Then, the estimated variance explained by each marker was expressed as a proportion to the total genetic variance. Finally, the SNP loci and their significance to any possible QTL were examined. Among the 20 best SNP loci explaining a larger proportion of SNP variance to the total genetic variance for tender loin yield, the region between 12,812,193 ~ 12,922,313bp on BTA 10 harbored a cluster of SNPs that explained about 7.32 to 7.34% of the total genetic variance. For strip loin yield, a peak for higher effects for multiple SNPs was found in BTA24, between 38,158,543 and 38,347,278bp distances, which explained about 8.36 to 8.56% of the observed variance for this trait. For loin yield had relatively smaller effects in terms of the total genetic variance. Therefore, loin yield might be affected by a few loci with moderate effects and many other loci with smaller effects across the genome.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.53 no.4
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• pp.344-346
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• 2017

Lactobacillus plantarum is widely found in fermented foods and has various phenotypic and genetic characteristics to adapt to the environment. Here we report the complete annotated genome sequence of the L. plantarum strain JBE245 (= KCCM43243) isolated for malolactic fermentation of apple juice. The genome comprises a single circular 3,262,611 bp chromosome with 2907 coding regions, 45 pseudogenes, and 91 RNA genes. The genome contains 4 malate dehydrogenase genes, 3 malate permease genes and various types of plantaricin-synthesizing genes. These genetic traits meet the selection criteria of the strains that should prevent the spoilage of apple juice during fermentation and efficiently convert malate to lactic acid.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2000.02a
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• pp.105-105
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• 2000

현재 급격히발전하는 이동통신기술로 미루어 보아 앞으로는 모든 정보통신이 무선통신으로 이루어질 것이다. 그런데 무선통신은 이동성과 대용량의 정보전송에 초점을 맞추어 발전하고 있다. 많은 정보량을 전달하기 위해서 현재 사용되는 주파수 대역보다 고주파의 전파가 사용되어야 한다. 또한 이동성을 향상시키기 위해서는 통신기기의 소형화를 이루어야 하고 그러기 위해서 궁극적으로 모든 소자를 하나의 칩(chip)으로 집적화하는 것이 필요하다. 따라서 벌크상태로 사용되고 있는 유전체 공진기를 소형화, 즉 박막화해야만 한다. 결국 유전체 박막의 마이크로파 대역에서의 유전특성을 연구하고 그 특성을 향상시켜야만 한다. 통신기기에서 사용되는 유전체 공진기는 소형화를 위해 높은 유전율과 낮은 유전손실(tan$\delta$), 즉 높은 품질계수 (Q)를 가져야 한다. 마이크로파 대역에서 사용되고 있는 유전체 중에서 TiO2는 벌크 상태의 rutile 상에서 100정도의 높은 유전율과, 4 GHz에서 10,000 정도의 높은 품질계수를 나타낸다고 보고되어 있다. 따라서 본 연궁서는 TiO2 박막의 마이크로파 유전특성을 연구하였고 anatase 박막의 유전특성도 측정하였다. TiO2 박막을 RF magnetron reactive sputtering 방법으로 Ar (15 sccm)과 O2 (1.5 sccm) 기체를 사용하여 상온에서 증착하였다. 4mTorr의 증착압력에서 안정한 rutile 박막을 얻었고, 15 mTorrdo서 준안정한 anatase 박막을 얻을 수 있었다. 그리고 그 중간의 압력에서 두 상이 혼합된 박막이 증착되었다. 위와 같은 방법으로 형성한 TiO2 박막의 마이크로파 유전특성을 측정하기 위해 마이크로스트립 링공진기 (microstrip ring resonator)를 제작하였다. 마이크로스트립 링 공진기는 링의 원주길이가 전자기파 파장길이의 정수배가 되면 공진이 일어나는 구조이다. Fused quartz를 기판으로 하여 증착압력을 변수로 하여 TiO2 박막을 증착하였다. 그리고 그 위에 은 (silver)을 사용하여 링 패턴을 형성하였다. 이와 같이 공진기를 제작하여 network analyzer (HP 8510C)로 마이크로파 대역에서의 공진특서을 측정하였다. 공진특성으로부터 전체 품질계수와 유효유전율, 그리고 TiO2 박막의 품질계수를 얻어내었다. 측정결과 rutile에서 anatase로 박막의 상이 변할수록 유전율은 감소하고 유전손실은 증가하는 결과를 나타내었다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.54 no.3
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• pp.305-307
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• 2018

The whole genome sequencing using PacBio RS II platform was performed for a marine bacterium Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$ isolated from East Sea of Korea. As a result, three assembled contigs consisting of a chromosome (size of 3,646,857 bp, and G + C content of 41.8%) and two plasmids (size of 842,855 bp and 244,204 bp, and G + C content of 41.3% and 40.4%, respectively) were obtained. The genome included 4,083 protein coding genes and 127 RNA genes. This result could be used for gene sources of biopolymers degradation and the development as a new host with secretion system similar to Escherichia coli.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.53 no.1
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• pp.58-60
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• 2017

Halioglobus sp. RR3-57 was isolated from a biofilter of a seawater recirculating aquaculture system and its complete genome sequence was obtained using the PacBio RS II platform. Two circular contigs were assembled and considered as a chromosome and a plasmid (size of 4,847,776 bp and 155,799 bp, and G+C content of 57.5% and 53.2%, respectively). Genomic analysis showed RR3-57 had 18 denitrification-related genes and an incomplete prophage.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.53 no.1
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• pp.67-69
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• 2017

Complete genome sequences were retrieved from the strain RR3-28 that was isolated from a seawater recirculating aquaculture system and related to the genus Nitratireductor. The genome sequence consists of a single, circular chromosome of 3,357,577 bp with 58.6% G+C content. The genome was identified to contain twenty-one genes related to denitrification and one intact prophage.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.3
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• pp.283-285
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• 2019

The draft genome sequencing for Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261), isolated from deep seawater of East Sea in Korea, was performed using Illumina HiSeq platform. As a result, the draft genome was comprised of a total length of approximately 4.85 Mbp with G + C content of 54.3%, and included a total of 4,566 protein-coding genes, 3 rRNA genes, 48 tRNA genes, 3 non-coding RNA genes, and 67 pseudo genes. In the draft genome, the strain DSW4-44 contained genes involved in the nitrogen metabolism of dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA) and denitrification, which were not found other strains in the genus Pelagicola.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2009.04a
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• pp.988-991
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• 2009

게놈 데이터의 지속적인 증가로 인해 생물정보학에서 유전체 정보를 체계적으로 저장하고 열람하는 효과적이고 효율적인 시스템을 확립하는 것은 중요한 일이다. 잘 알려진 게놈 정보의 계층적 구조처럼 우리는 게놈의 내부 구조를 연구하기 위한 우수한 툴도 필요하다. 게놈 연구에 있어서 한 가지 문제는 유전체 정보는 너무 거대해서 표준적인 정보 처리를 이용하는 간단한 툴로는 작업하기 어려운 점이다. 예를 들어 특정 게놈 데이터 크기는 100메가 바이트를 넘는다. 추가적으로 유전자, promoters, retro-elements(HERV), operons, exon-introns와 같은 많은 게놈 요소들이 있다. 전통적으로 생물학자 들은 게놈 연구를 위해 툴을 아무거나 사용하지 않고, 보통 그들의 연구에 좋은 툴을 채택하려 노력했다. 게놈 연구에서 기본적이고 주시할만한 단계는 다른 종과 유전체 요소를 비교하기 위해 위치를 인식할 수 있도록 하나의 화면에 모든 게놈 데이터를 시각화하는 것이다. 생물학자에게 툴의 개발은 많은 시간이 걸리고 시행착오를 겪기 쉬운 일이다. 이 논문에서 우리는 전체 게놈 중 어떤 게놈 요소를 시각화하는 컴포넌트 웨어의 셋을 제안한다. 그리하여 실험을 목적으로 생물학자를 만나서 우리의 셋을 이용하여 컴포넌트를 조합하여 소프트웨어를 만드는 것은 비교적 간단한 작업이다. 이 실험에서 우리는 HERV와 연동되는 게놈 요소를 보여주는 툴을 어떻게 우리의 컴포넌트 웨어를 간단히 조합하여 구축하는지를 보여주겠다.

• Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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• v.9 no.1
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• pp.551-554
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• 2005

In this Paper, a super wide-band EM wave absorber was designed by attaching pyramidal type absorber on a ferrite absorber. The used ferrite absorber was in hemisphere type on a cutting cone-shaped absorber. As a result, the bandwidth has been broadened from 30 MHz to 18 GHz and the total height of the EM Wave absorber is relatively low profile of 14.26 cm.