• 정보처리학회논문지B
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• 제16B권2호
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• pp.157-161
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• 2009

일배체형 조합 문제를 해결하기 위해 제시된 MLF(Minimum Letter Flips) 모델이나 WMLF(Weighted Minimum Letter Flips) 모델은 유전자형 정보를 도입함으로써 오류와 손실이 많을 때에도 높은 정확도를 얻을 수 있다. 그리고 MLF 모델에 비해 가중치 버전인 WMLF모델의 정확도가 높다는 사실도 밝혀졌다. 본 논문에서는 유전자형 정보상의 동형(homozygous)의 분포 비율과 유전자 서열판독기계의 성능에 따른 신뢰도의 차이를 매개변수로 하여 두 모델을 구체적으로 비교, 분석한다. 두 모델의 성능 비교를 위해 신경망과 유전자 알고리즘을 사용한다. 실험결과 동형의 비율이 크고 판독기계의 성능이 좋으면 특히 손실율과 오류율이 높은 경우에 WMLF/GI 모델의 정확도가 더 우수함을 보인다.

• 생명과학회지
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• 제20권3호
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• pp.462-465
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• 2010

단맛은 인간이 느낄 수 있는 다섯 가지 감각 중 하나로, 열량을 제공하며 식욕을 결정하는데 중요한 요인이다. 인간이 맛물질을 느끼는 민감도 차이에 유전적인 요인이 중요한 역할을 한다는 사실이 알려진 바, 본 연구에서는 한국인 98명을 대상으로 단맛을 결정하는 미각수용체 TAS1R2 유전자에 대해 염기서열분석법을 이용한 단일염기 다형성 종류 및 빈도, 그리고 일배체형 분석을 수행하였다. 그 결과, TAS1R2 유전자로부터 총 12종류의 SNP이 검출되었으며 약 70%는 아미노산 치환을 일으키는 변이로 확인되었다. 특히, 231번째와 950번째 변이는 본 연구를 통해 처음으로 발견된 새로운 것으로 한국인 집단에서 특이적으로 존재하는 SNP일 가능성이 높다고 판단된다. 일배체형 분석결과에 따르면, 발견된 20 종류 일배체형 중 세 가지가 주로 한국인이 가지는 것으로 확인되었다. 본 연구결과 발견된 TAS1R2 유전자의 SNP은 향후 단맛물질을 감지하는 인간의 민감도차이를 결정하는데 유전적 요인으로 작용하는지 알아보는데 중요한 기초자료를 제시해 주리라 생각되며 맞춤형 식단 등 영양유전학 분야에 응용될 수 있을 것이다.

• 응용통계연구
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• 제23권1호
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• pp.95-111
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• 2010

최근 단일염기다형성 및 일배체형을 이용한 질병-유전자간 연관성연구가 많이 진행되고 있으며, 이를 위한 다양한 분석방법과 분석도구가 개발되고 있다. 그러나 통합 소프트웨어는 충분히 확립되지 못하였으며, 각 소프트웨어가 제공하는 분석방법 및 양식에 차이가 많아 연구자가 적절한 것을 선택하기가 쉽지 않다. 본고에서는 유전적 연관성연구를 사전분석단계, 집단기반연구방법, 가족기반연구방법으로 나누어 각각의 목적에 따른 분석방법을 고찰하고, 이의 분석을 위한 주요 소프트웨어로서 FBAT, SAS/Genetics, SAGE, R의 지원내용과 방법을 비교하였다.

• 정보처리학회논문지A
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• 제13A권1호
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• pp.79-86
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• 2006

최근 인간의 다양성과 SNP과의 연관연구에 드는 비용을 줄이기 위해서, 최소의 tagSNP을 선택하는 문제를 해결하기 위한 연구가 이루어지고 있다. 일반적으로 많은 수의 SNP들을 여러 블록으로 분할하여 각 블록 내에서 tagSNP을 선택하는 접근방법이 사용되고 있다. 본 논문에서 구현된 MarSel은 기존의 블록분할 접근 방법의 문제로 볼 수 있는 생물학적 의미의 부족을 해결하고자, 연관불균형(Linkage Disequilibrium, LD)의 개념을 도입한 시스템이다. 기존의 접근방법에서는 생물학적으로 재조합(recombination)이 일어나지 않는 연속된 구간에서도 여러 블록으로 나누어지는 문제가 생겼던 반면, MarSel에서는 연관불균형 계수 |D'|에 의해서 연속된 구간이 하나의 블록으로 유지된 상태에서 tagSNP을 선택하게 된다. 또한 MarSel에서는 각 블록 내에서 tagSNP을 선택 할 때에 엔트로피(entropy) 기반의 최적해 알고리즘을 이용함으로써 최소한의 tagSNP 선택을 보장하게 되며, 기존의 구현된 시스템들보다 더 많은 양의 데이터를 효율적으로 처리할 수 있도록 구현되었기 때문에 염색체 레벨의 연관 연구도 가능하게 해준다.

• 생명과학회지
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• 제22권1호
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• pp.25-30
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• 2012

TSLP 유전자는 IL-7와 유사한 새로운 조혈성 사이토카인이다. 인간의 TSLP는 상피세포, 기질세포 및 비만세포에서 만들어진다. TSLP는 류마티스관절염 환자의 윤활성 활액에서 높은 발현을 나타낸다. 이전 연구에서 우리들은 사람의 TSLP유전자에서 4개의 유전자다형성 및 한 개의 변이를 발굴하였다. 이 연구에서는, 우리들이 발굴한 TSLP유전자의 유전자다형성의 유전자형 및 대립형질의 비율을 건강한 정상인과 류마티스관절염 환자에서 비교분석하였으며, 류마티스관절염 환자에 있어서 유전자형에 따른 RF 및 anti-CCP의 정도를 비교 분석하였다. 또한, 양쪽 그룹에서 이들 유전자다형성에 의한 일배체형 비율을 비교 분석하였다. 그 결과, 류마티스관절염 환자군과 건강한 정상인 군 사이에 있어서 유전자형, 대립형질 비율뿐만 아니라 일배체형 비율에 큰 차이를 보이지 않았다. 이 결과는 TSLP유전자의 유전자다형성은 류마티스관절염 감수성에 영향을 미치지 않음을 암시한다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제50권6호
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• pp.556-564
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• 2007

목 적 : 본 연구에서는 현증 천식 환자의 BHR에는 기도 염증이 중요한 요인으로 작용하기 때문에 ${\beta}_2$-아드레날린 수용체 유전자와의 연관성이 나타나지 않지만, 청소년기 천식 관해 상태에서 지속되는 BHR에는 상대적으로 유전적인 영향이 강하기 때문에 ${\beta}_2$-아드레날린 수용체 유전자와의 연관성이 나타날 것이라는 가설을 세우고, 이를 검증해 보고자 하였다. 방 법 : 장기간 천식 관해 상태(최근 2년간 천식 증상이 없고 치료가 필요 없었던 경우)에서 BHR이 지속되는 청소년 202명(천식 관해군), 현증 천식 청소년 182명(현증 천식군), 정상군 200명을 대상으로, 메타콜린 기관지 유발검사와 피부단자시험을 시행하였으며 혈청 총 IgE를 측정하였다. ${\beta}_2$-아드레날린 수용체 유전자의 일배체형 분석을 위해 아미노산 16번과 27번을 포함하고 있는 ${\beta}_2$-아드레날린 수용체 유전자 부위를 polymerase chain reaction(PCR)으로 증폭한 뒤, 16번 유전형은 allele specific PCR, 27번 유전형은 PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) 방법으로 분석하였다. 결 과 : Gly 동형접합자(homozygote)의 빈도는 정상군에서 14.5%, 현증 천식군에서 18.1%, 천식 관해군에서 24.2%로 증가하는 경향이 관찰되었으며(P=0.01), 현증 천식군과 정상군 사이에서는 차이가 없었지만 천식 관해군과 정상군 사이에서는 유의한 차이가 관찰되었다(P=0.01). Gly16-Gln27 일배체형 빈도는 정상군에서 36.5%, 현증 천식군에서 40.4%, 천식 관해군에서 44.6%로 증가하는 경향이 관찰되었으며(P=0.02), 현증 천식군과 정상군 사이에서는 차이가 없었지만 천식 관해군과 정상군 사이에서는 유의한 차이가 관찰되었다(P=0.02). 천식 관해군에서 Gly16-Gln27 일배체형의 수가 증가함에 따라 $PC_{20}$ 기하 평균값이 유의한 차이를 보임으로써(P=0.02) Gly16-Gln27 일배체형과 $PC_{20}$ 사이의 연관성이 관찰되었으나 현증 천식군에서는 이러한 연관성이 관찰되지 않았다. 결 론 : ${\beta}_2$-아드레날린 수용체 유전자가 BHR을 유발하는 유전자적 배경을 가지면서 천식 질병을 조절하는 역할을 하고 있음을 시사한다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제13권1호
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• pp.63-70
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• 2006

목 적 : 본 연구는 어린 연령의 소아에서 선천성 면역력의 중요한 인자인 Mannose Binding Lectin(MBL2) 유전자의 다형성 및 일배체형의 분포를 심한 respiratory syncytial virus(RSV) 감염증 환자군과 정상대조군에서 분석함으로써, MBL2 유전자의 다양성이 소아 RSV 감염증의 발생과 예후에 기여하는지를 밝히고자 하였다. 방 법 : 1993년부터 2000년까지 7년 동안 서울대학교 어린이병원 소아과에서 RSV 감염증으로 치료받은 심한 RSV 감염증 환아 99명을 환자군, 건강한 성인 224명을 대조군으로 선정하였다. 유전형 분석은 선천성 면역의 중추적 역할을 하는 MBL2 유전자의 promoter -221 X/Y와 exon 1의 구조 변이의 분포를 환자대조군에서 비교하여 분석하였다. 결 과 : 환자군 99명의 중앙 연령은 9.5개월로, 6개월 미만 48명(49%), 6~24개월 사이 39명(39%), 그리고 24개월 이상이 12명(12%)이었다. 남아는 58명(59%)이었다. 환자군에서 MBL2 대립유전자 B다형성의 빈도는 유전형 AA 60(61%), 이형접합 AB 34(34%), 그리고 유전형 BB 5(5%)로 나타났다. 환자군의 promoter -221 X/Y 유전형의 분포는 유전형 YY 84(85%), 이형접합 XY 15(15%)이었으며, 유전형 XX는 발견되지 않았다. Exon 1의 구조 변이와 promoter 변이 모두 환자군과 대조군간에 차이가 없었다. MBL2 일배체형의 분포에도 두 군간에 차이가 없었다. 결 론 : 본 연구 결과, 한국인 소아에서 MBL2 유전자의 다형성과 일배체형이 심한 RSV 감염증에 기여하는 예후 인자임을 밝히지 못하였다. 향후 전향적으로 수집한 더 많은 수의 환자군과 적절한 대조군을 통한 연구가 시행되어야 할 것으로 생각한다.

• 응용통계연구
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• 제21권1호
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• pp.81-94
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• 2008

전달불균형 검정법(transmission and disequilibrium test)과 같은 가계중심(family-based) 검정법들은 질병 관련 유전자를 찾는 데 매우 유용한 방법으로 알려져 있다. 사례-대조군 연구와 달리 가계중심 검정법들은 집단혼합(population admixture)으로 인한 영향을 받지 않기 때문에 질병 관련 유전자와 표지자(marker) 사이의 집단 혼합으로 인한 가짜 연관성(spurious association)에 노출될 위험이 없다. 가계중심 검정법들은 대체로 표지자에 대한 부모의 유전자형(genotype) 정보를 필요로 한다. 그러나 고령층에서 발병하는 질병의 경우에는 발단자(proband) 부모의 유전자형을 구할 수 없는 상황에 종종 마주치게 된다. 본 논문에서는 이런 어려움을 극복하기 위해 부모의 유전자형 대신 질병에 노출되지 않은 발단자 형제나 자매의 유전자형을 이용한 검정법을 제안하고자 한다. 이를 위해 먼저 가능한 모든 일배체형(haplotype)에 대해 Mantel-Haenszel 형태의 통계량을 정의하고 그것에 기초한두 가지 검정통계량을 제안하였다. 모의실험 결과, 제안한 검정법은 집단 혼합으로부터 로버스트하고 유전 양식(mode of inheritance)에 관계 없이 상대위험(relative risk)이 증가함에 따라 단조적으로 증가하는 검정력을 갖는 것으로 나타났다. 제안한 검정법을 연세대학교 심혈관계질환 유전체연구센터로부터 수집한 자료에 적용하고 그 결과를 고찰하였다.

• 생명과학회지
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• 제18권7호
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• pp.1011-1014
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• 2008

TAS2R38 유전자의 일배체형과 미맹 간익 관계에 대한 이해는 개인에 따라 다양한 음식 선호도의 유전학적 기초와 쓴맛에 대한 민감도로 예측할 수 있는 건강과의 관계에 관한 연구에 많은 도움을 줄 것이다. 또한, TAS2R38과 같이 생체내에서 표현형에 강력한 영향을 준다고 알려진 유전자에 대한 정보는 인간의 미각에 대한 생리학, 생화학적 기능, 분자적 구조를 설명하기 위한 연구에 중요한 정보를 제공할 것이다. 이러한 연구 결과들은 앞으로 각종 인공 감미료 등의 섭취가 증가하면서 급증하고 있는 미각장애에 대한 분자유전학적인 진단과 유전자 치료의 기틀을 마련하는데 기여할 것이다.

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제17권5호
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• pp.733-743
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• 2010

가족기반 유전연구에서 단일염기다형성(SNP) 및 일배체형(haplotype)을 이용한 질병-유전자간 연관성 분석은 주요 관심부분 중 하나이다. 이진형질인 경우 사용되는 고전적인 TDT(transmission/disequilibrium test)는 부/모/자의 유전정보를 모두 알 수 있을 때에 쓸 수 있다. 그러나 경우에 따라서는 부모의 유전자형에 대한 정보를 사용할 수 없을 수가 있는데, 치매등과 같이 늦게 발병하는 질환에서 이런 경우가 자주 발생한다. 부모의 유전자형을 모를 때 이를 대체할 수 있는 방법으로 형매(sib)의 유전정보를 이용하는 방법이 있다. 본고에서는 가족기반연구에서 형매의 유전정보를 이용하는 분석방법에 대해 고찰하고 모의실험을 통해 이들의 검정력을 비교하였다.