• Journal of Advanced Marine Engineering and Technology
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• 제29권1호
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• pp.60-67
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• 2005

Generally. in the molecular dynamics simulations. the Verlet neighboring list algorithm is used for the reduction of a simulation time On the other hand. the application of the Verlet neighboring list forces the time evolution of a simulation system to follow an unrealistic path in a phase space. In equilibrium state, it does not matter with the simulation results because the individual molecule's motion is originally random and any effect due to a small deviation from a real time evolution can be completely ignored. However, if an unsteady state is involved. such a deviation may significantly affect to the results. That is, there is a Possibility that the simulation results Provide ones with any misleading data In this study we evaluated the effect due to the Verlet neighboring list in performing the simulation of a non-equilibrium state and suggested the method to avoid it.

• Journal of Advanced Marine Engineering and Technology
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• 제29권1호
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• pp.34-41
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• 2005

An experimental study of molecular motions on a liquid-vapor interface is limited due to micro-scale characteristics of a system with an angstrom or a nanometer size Therefore, in recent, many studies for micro-scale systems have been conducted by a computer simulation because it is free from experimental limitations. In this study, through the molecular dynamic (MD) method. molecular behavior was clarified on a liquid-vapor interface and a criterion to distinguish between liquid and vapor was suggested by a potential energy and the number of neighboring molecules. At an interface. the potential energy of a molecule was increased but the number of neighboring molecules was decreased when the molecule moved into a vapor region from a liquid region, and vice versa.

• 한국결정학회지
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• 제9권2호
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• pp.120-124
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• 1998

N-tert-Butyl-2-(1-acetoxy-2-fluoro-1-butyl)benzenesulfonamide의 분자 및 결정구조를 X-선회절법으로 연구하였다. 결정의 공간군은 P21/c이고, 단위포 상수는 a=8.583(2) , b=14.674(2) , c=14.703(2) , β=103.23(1)0, Z=4, V=1802.6(5) 3, Dc=1.27 Mgm-3이다. 회절반점들의 세기는 Rigaku AFC-5 Diffractometer로 얻었으며, graphite로 단색화한 Cu-KαX-선을 사용하였다. 분자구조는 직접법으로 풀었으며 최소자승법으로 정밀화하였다. 최종신뢰도 R값은 2472개의 회절반점에 대하여 0.069였다. 분자 내에 N(7)과 O(4)사이에 1개의 수소결합[2.990(4) ]을 갖으며, C(14)와 C(15)는 반대배열을 갖고 있다. 분자간 가장 인접한 거리는 3.465(5) [C(19) O(5)] (symmetry code: -x, y+1/2, -z+1/2)로 분자간 접촉은 van der Waals 힘에 의해 결합되어 있다.

• 정보처리학회논문지:컴퓨터 및 통신 시스템
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• 제4권1호
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• pp.1-4
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• 2015

본 논문에서는 주어진 채널이 변형될 때, 아미노산들의 유효한 사이드 체인 배치(side chain conformation)를 찾는 알고리즘을 제시한다. 제안된 알고리즘은 아미노산의 유연성에 근거하여 사이드 체인 유연성을 가진 단백질 분자를 구현하고, 채널 변화에 영향을 주는 인접 아미노산(adjacent amino acid)을 추출한다. 인접 아미노산과 이웃(neighbor) 아미노산의 충돌 검사를 수행하여 유효하지 않은 사이드 체인 배치를 제거한 후, 회전각 조합 트리(rotation angle combination Tree)를 구성하여 사이드 체인 배치 중 유효한 것들만을 추출한다.

• Nuclear Engineering and Technology
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• 제8권3호
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• pp.159-168
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• 1976

Ceric 염과 ${\gamma}$-선을 계기로 하여 Nylon 직포에 Acrylic acid를 접목반응 시켰다. 접목반응된 Polyacrylic acid의 분자량 분포를 측정한 결과 양 평균분자량과 수 평균분자량의 비는 낮은온도(-184$^{\circ}C$)dptj 보다는 상온에서 더 높았다는 것을 알았다. Polyacrylic acid의 양 평규 sqnswkfid은 Sodium hydroxide용액에서 점도를 측정하여 계산하였다. Nylon에 Acrylic acid가 중합반응될 때에 중합반응에 영향을 주는 요소들을 시험하였다. Nylon의 산화반응은 질소원자에 인접해 있는 methlene group에서 일어나 free-radical이 만들어 진다는 메카니즘을 논의 하였다.

• 분석과학
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• 제12권6호
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• pp.478-483
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• 1999

Alum, PAC, PACS의 알루미늄 응집제에서 유기화합물의 응집효율을 조사하였다. pH에 따른 응집효율은 pH 6~7에서 가장 크며, 중성의 pH에서 응집효율은 PACS, PAC, alum의 순서로 감소하였다. 분자량이 큰 유기물은 모든 응집제에 대해 좋은 응집율을 보였으나 작은 분자들은 응집되지 않았다. 반면에 분자량이 작은 유기물 중에서 인접한 위치에 2개 이상의 COOH와 OH의 작용기를 가진 분자들은 10~80%의 응집효율을 보였다.

• 대한화학회지
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• 제52권1호
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• pp.7-15
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• 2008

분자들의 전자 흡수스펙트럼에 영향을 주는 분자 핵 운동은 이론적으로 양자동역학적 시간상관함수로 표현된다. 본 연구에서는 분자동역학 전산모사와 양자화학적 계산등의 순 이론적 계산을 이용해 고전역학적 시간상관함수를 구하고 두 가지의 준고전역학적 근사방법으로 양자동역학적 시간상관함수를 얻었다. 또한 이차 축적전개 근사식을 이용하여 액체상에 있는 nile blue 색소분자의 전자전이 흡수스펙트럼을 얻었다. 계산 결과는 실험에서 얻은 스펙트럼과 비교적 잘 일치하였으며, 실험 결과와의 비교를 통해, 본 계의 용매화 동역학의 시간 척도는 1ps 보다 길며 색소분자에 인접한 용매분자들이 용매화에 영향을 주는 주 성분임을 확인하였다.

• 대한화학회지
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• 제33권6호
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• pp.623-632
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• 1989

$Mn^{2+}$-치환 제올라이트 A는 가열 탈수되어도 그 구조가 열적을 안정하였다. $Mn_{4,5}Na_3-A$의 수화상태 및 탈수상태에 있어서의 골조원자, 이온 및 물분자들의 위치와 결합에너지를 몇가지 퍼텐셜 함수들을 써서 계산하여 구하였다. 탈수상태의 $Mn_{4,5}Na_3-A$에 있어서 골조원자들의 결합에너지는 열적으로 안정한 것으로 알려져 있는 탈수상태의 $Ca^{2+}$-치환 제올라이트 A($Ca_6$-A) 및 $Co^{2+}$- 치환제올라이트 A($Co_4Na_4-A$)의 그것과 비슷하였다. $Mn^{2+}$-치환 제올라이트 A 골조 내에는 결합에너지의 결합형식이 서로 다른 세 가지 그룹의 물분자들 즉 인접 물분자 또는 골조 산소원자와 수소결합을 하고 있는 물; W(I), $Na^+$이온에 배위되면서 인접 물 분자와 수소결합을 하는 물; W(II) 및 $Mn^{2+}$에 배위면서 수소결합을 하는 W(III)그룹의 물분자들이 존재하였으며 그들의 결합에너지 및 탈수반응의 활성화에너지의 크기 순서는 W(III) > W(II) > W(I)이였다.

• 한국자기학회지
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• 제3권3호
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• pp.179-184
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• 1993

비정질 합금 $Fe_{78}Si_{9}B_{13}$의 구조를 X-선 회절상을 분석하여 구하였다. 계산된 동경분포함수(RDF)의 첫번째 peak는 최인접 원자의 분포를 나타내는 것으로 Gaussian 함수형태를 나타낸다. 구조분석에서 본 시료의 최인접 원자배위수는 13.5이고, 최인접 원자간 평균거리 $r_{0}$는 $2.595{\AA}$, 인접원자들의 분포를 나타내는 Gaussian 함수의 변수 ${\delta}r$은 $0.27{\AA}$이다. 저온에서의 포화자화의 온도 의존성은 spin 파로 설명할 수 있으며, 이 때에 계산된 spin파 stiffness 상수는 $117.8\;meV\;{\AA}^2$ 이다. 또한, 포화자화의 온도 의존성을 Handrich의 분자장 이론식과 맞추어 얻은 변수는 각각 S=1/2 일때 ${\Delta}=0.32$이고, S=1 일때 ${\Delta}=0.23$으로 이론식과 실험결과가 전체적으로 잘 일치한다. 구조분석 결과와 분자장 이론식에서 구한 변수를 활용하여 spin파 stiffness 상수를 계산할 수 있으며, 이로써 구한 값은 S=1/2일때 $149\;meV\;{\AA}^2$ 이고, S=1 일 때 $138\;meV\;{\AA}^2$ 이다. 또한, 평균 교환결합상수 J($r_{0}$)는 S=1/2일때 17.9 meV이고, S=1일때는 J($r_{0}$)는 6.7 meV 으로 추정된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제34권4호
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• pp.347-354
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• 2007

유전자변형 작물의 상업화를 위해서는 유전자변형 작물이 식품으로서의 안전성과 환경에 미치는 영향에 관한 평가가 이루어져야한다. 이를 위해 개발자는 유전자변형 작물의 방출이전에 유전자변형 작물 개발에 관한 정보를 제출해야만 한다. 본 연구는 유전자변형 작물의 환경 위해성 평가를 위한 분자생물학적 자료를 제공하고자 수행하였다. 아그로 박테리움 형질전환법을 통하여 해충저항성 CryIAc 유전자가 도입된 배추 형질전환체를 획득한 후, 분자생물학적인 분석을 통하여 유전자의 copy수, 안정성, 식물체내에서의 발현을 확인하였고, T-DNA의 배추게놈내의 인접서열을 분석하였다. T-DNA의 게놈내 삽입 인접서열을 바탕으로 유전자변형 배추를 동정할 수 있는 프라이머를 제작하였고, 이를 이용한 검정방법을 수립하였다. 계통 특이 프라이머를 이용한 해충저항성 배추 후대의 PCR 분석결과와 제초체 처리결과가 서로 일치하였다. 본 연구 결과로 환경위해성 평가를 위한 해충저항성 배추의 분자생물학적인 자료를 획득하였으며, 개발된 프라이머는 해충저항성 배추의 검출을 위하여 유용하게 사용할 수 있음을 확인하였다.