• 제목/요약/키워드: 유전체분석

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농흉 환자의 흉막액에서 분리된 Bifidobacterium dentium strain ATCC 15424의 유전체 염기서열 해독 (Genome sequence of Bifidobacterium dentium strain ATCC 15424 originally isolated from pleural fluid of an empyema patient)

  • 문지회;김수진;양석빈;장은영;신승윤;이진용;이재형
    • 미생물학회지
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    • 제55권3호
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    • pp.280-282
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    • 2019
  • 본 논문에서는 농흉 환자의 흉막액에서분리된 Bifidobacterium dentium ATCC 15424균주의 유전체 염기서열을 분석하여 보고한다. 이 균주의 유전체는 구강에서 분리된 다른 B. dentium 균주에 존재하지 않는 type III 및 IV secretion system proteins, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase 그리고 PRTRC system protein E를 암호화하는 유전자 등 247개의 ATCC 15424균주 특이적인 유전자들을 포함한다. 이 유전체의 서열 정보는 B. dentium의 자연적 변이와 세균 종 내의 유전체 다양성을 이해하는 데 유용할 것이다.

유연전극을 이용한 대기압 부유전극 유전체 장벽 방전 플라즈마 (Atmospheric Pressure Floating Electrode-Dielectric Barrier Discharges (FE-DBDs) Having Flexible Electrodes)

  • 김준현;박창진;김창구
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제57권3호
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    • pp.432-437
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    • 2019
  • 유연전극 기반의 대기압 부유전극 유전체 장벽 방전 (floating electrode-dielectric barrier discharge, FE-DBD) 시스템을 개발하여 플라즈마 특성을 분석하였다. 유연한 파워전극(powered electrode)을 구성하는 유연유전체로 polytetrafluoroethylene (PTFE), polydiemethylsiloxane (PDMS), polyethylene terephthalate (PET)를 사용하여 플라즈마를 발생하였을 때 플라즈마의 광학적 세기와 전자온도는 파워전극에 인가하는 전압이 증가할수록 증가하였고, 전압이 일정할 때는 PTFE < PDMS < PET 순으로 증가하였다. 이는 유전체의 종류와 전압에 따른 축전용량의 변화로 설명할 수 있었고, 유연전극 기반의 대기압 FE-DBD 플라즈마의 특성은 유연한 파워전극을 구성하는 유전체와 파워전극에 인가되는 전압을 변화함으로써 조절될 수 있음을 의미한다. 유연전극 대기압 FE-DBD 시스템은 피부 곡면을 따라 플라즈마가 발생될 수 있으므로 플라즈마 메디신(plasma medicine)에 유용할 것으로 기대한다.

임피던스 경계면 조건을 적용한 유전체의 산란 특성 분석 (Analysis of the Scattering Property of Dielectric Scatterer with Impedance Boundary Condition)

  • 황지환;박신명;오이석
    • 한국전자파학회논문지
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    • 제25권10호
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    • pp.1087-1094
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    • 2014
  • 본 연구에서는 유전체의 산란 특성 분석을 위해 이용되는 CFIE(Combined Field Integral Equation) 모멘트법의 계산효율을 높이기 위해 임피던스 경계면 조건을 적용시킨 수치해석 기법과 그 적용 범위에 대한 분석결과를 제시한다. 임피던스 경계면의 적용은 유전체의 등가 표면 전류(Js)와 등가 표면 자류(Ms)를 하나의 전류 또는 자류 성분으로 표현할 수 있으며, 임피던스 경계면 조건을 적용해 계산효율을 높인 수치해석 기법의 정확도는 기존의 CFIE 모멘트법과 이론값(Mie-series 해법, Small Perturbation 산란모델)을 이용하여 비교/분석하였다. 임피던스 경계면 조건을 적용한 수치해석 기법의 적용 범위 상대유전율 허수부 12 이상에서 1 dB 이내의 계산 편차를 확인하였다.

토양 방선균인 Gordonia sp. MMS17-SY073 균주의 유전체 분석 (Complete genome sequence of Gordonia sp. MMS17-SY073, a soil actinobacterium)

  • 김영석;김승범
    • 미생물학회지
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    • 제55권3호
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    • pp.303-305
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    • 2019
  • 섬 해안가 토양에서 방선균주 Gordonia sp. MMS17-SY073를 분리하여 유전체 분석을 실시하였고, 그 결과 5,962,176 염기쌍 및 67.4%의 G + C 함량으로 이루어진 유전체 정보를 확보하였다. 유전정보 분석 결과 총 5,201개 단백질 지정 유전자, 6개 rRNA 유전자 및 45개 tRNA 유전자를 확인하였다. MMS17-SY073 균주는 16S rRNA 유전자를 이용한 분석 결과 분류학적으로 Gordonia soli의 표준균주와 가장 가까웠으며 그 유사도는 98.5%로 나타났다. MMS17-SY073 균주는 non-ribosomal peptide synthetase 유형을 비롯한 다수의 이차대사산물 생합성 유전자를 보유하고 있는 것으로 나타났다.

기내배양 홍띠 단계별 재분화체의 기관분화 관련 유전자 발현과 ISSR에 기반한 유전적 안정성 분석 (Expression of Organogenesis-related Genes and Analysis of Genetic Stability by ISSR Markers of Regenerants Derived from the Process of in vitro Organogenesis in Japanese Blood Grass (Imperata cylindrica 'Rubra'))

  • 이예진;강인진;배창휴
    • 한국자원식물학회지
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    • 제36권5호
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    • pp.496-507
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    • 2023
  • 화본과 식물 홍띠(Imperata cylindrica 'Rubra')의 기관분화 관련 유전자의 동태와 기내재생체의 유전적 안정성을 조사하고자 기관분화 단계별 재분화체를 작성하여 기관분화 관련 유전자 발현과 ISSR 마커 기반 변이성을 조사하였다. 5종류 총 15개체의 기관분화 단계별 재분화체에서 캘러스 발생 유전자인 FIE는 모식물체 1번을 제외한 14개의 식물체에서 모두 발현되었으며, 뿌리 발생 유전자인 WOX11도 15개의 모든 단계별 재분화체에서 발현하였다. 체세포 발생 유전자인 LEC1B는 15개 식물체에서 모두 발현하였으나 비교적 약하게 발현하였다. 7종류 총 21개체의 기관분화 단계별 재분화체 및 재분화식물체에 대하여 ISSR 분석한 결과, 유전적 다형성은 기관분화 단계별 재분화체 및 순화 재분화체(실내포트 재배식물체 4.1%, 노지 재배식물체 4.3%, 기내배양 홍띠(적색)식물체 4.2%, 녹색신초 발생 캘러스 5.6%, 캘러스 1.4%)에서 대조구인 모식물체(1.4%)와 같거나 높게 나타났다. 또한, 유전적 유사도 지수는 0.747~1.0 사이에 분포하며, 평균 0.868로 나타났다. 군집분석 결과 유전적 유사도 지수 0.809에서 기외 식물체(모식물체, 실내재배 및 노지재배 재분화 녹색 식물체)와 기내식물체 및 재분화 과정상의 분화체(기내배양 중인 홍띠 식물체, 녹색 신초, 적색신초 발생 캘러스, 캘러스)는 독립적인 2개 그룹으로 유집되었다. 이상의 결과는 화본과 식물의 기내배양 시 재분화 과정에서 일어나는 일련의 유전학적 기초자료를 제공해 준다.

다층 유전체 격자구조에 의한 공진 산란특성의 분석 (Analysis of Resonance Scattering Characteristics by Multi-layered Dielectric Gratings)

  • 호광춘
    • 한국인터넷방송통신학회논문지
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    • 제17권1호
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    • pp.231-236
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    • 2017
  • 다층 유전체 격자에 입사하는 평면파에 의해 생성 된 공간 고조파들은 GMR 특성으로 알려진 강한 공진 산란 변화를 겪는다. 이러한 효과를 명확히 분석하기 위하여 본 논문에서는 산란 문제의 정확한 등가전송선로 이론(RETT)을 사용하여 격자 영역 내부의 전파특성과 분산곡선을 조사하였다. 그 결과, 산란 공진의 최대 크기에서 산란된 모드와 격자 구조에 의하여 발생하는 누설 모드가 거의 동일하다는 것을 알 수 있었다. 따라서 누설파의 자유 공명 특성과 관련된 GMR 효과가 다층 유전체 격자구조에서 발생한다는 이전 연구를 확인하고 일반화하였다. 전형적인 격자의 공진특성을 보여주는 정량적인 수치해석 결과가 주어졌으며 TM 모드가 반사면에 수직 입사된 특수한 경우를 논의하였다.

식용곤충 갈색거저리에서 분리한 카로테노이드 생성균주인 Pantoea intestinalis SRCM103226 균주의 유전체 해독 (Complete genome sequence of Pantoea intestinalis SRCM103226, a microbial C40 carotenoid zeaxanthin producer)

  • 김진원;하광수;정성엽;정도연
    • 미생물학회지
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    • 제55권2호
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    • pp.167-170
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    • 2019
  • Pantoea intestinalis SRCM103226은 식용곤충 밀웜으로부터 분리하였으며, zeaxanthin을 메인으로 생산하였다. P. intestinalis SRCM103226의 유전체 분석을 실시하여 4,784,919 bp 크기의 염기서열, GC 비율은 53.41%로 나타났으며, 플라스미드는 존재하지 않는다. RAST server를 이용하여 annotation한 결과 4,332개의 코딩유전자, 22개의 rRNA, 85개의 tRNA 유전자가 확인되었다 지놈분석결과 zeaxanthin 생합성회로 5개 유전자를 가지고 있다. 이러한 유전체 정보는 zeaxanthin 생합성 경로의 분자 진화의 비교 유전체학 연구에 대한 기초 정보를 제공한다.

식물대사체 연구의 현황과 전망 (Present and prospect of plant metabolomics)

  • 김석원;권용국;김종현;유장렬
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제37권1호
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    • pp.12-24
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    • 2010
  • 식물 대사체 (plant metabolomics) 연구는 식물 세포 및 조직에 존재하는 모든 대사산물의 시간적, 공간적 변화를 추적 조사함으로써 식물의 복잡한 생리 현상을 총체적으로 이해하는 연구이다. 이와 같은 식물 대사체 연구는 최근 개발이 이루어지고 있는 여러 오믹스 연구 분야의 하나로 시스템생물학의 한 분야이다. 식물 대사체 연구는 시료로부터 순수 화합물 또는 복합물을 정제하거나 또는 정제가 이루어지지 않은 혼합액으로부터 대사체 스펙트럼 정보를 확보하여 분석이 이루어지므로 추출액 제조 및 얻어진 대사체 데이터의 분석과정의 표준화가 필수적으로 이루어져야 한다. 이는 대사체 분석 결과의 해상도 및 재현성의 확보의 핵심 요소 이다. 식물 대사체 연구는 기능유전체학의 연구 수단은 물론 식물의 종, 품종, 더 나아가 GM 식물의 식별, 대사조절 기작 규명, 유용물질 생산, 식물의 외부 환경 스트레스 요인에 대한 다양한 생리적 반응 이해 등 다양한 연구 분야에서 활용이 이루어지고 있다. 최근 식물 대사체 연구는 모델식물(벼, 애기장대)의 유전체 정보와 연계하여 돌연변이주의 분석을 통해 유전자의 기능 정의 수단으로 활용되고 있다. 따라서 향후 유전체 정보와 대사체 정보의 연계를 통해 복잡한 대사경로 규명이나 다양한 생리 현상 해석 연구가 더욱 활발하게 진행될 것으로 전망된다.

메타 물질 코어를 갖는 A-Sandwich 레이돔 전파 특성 해석 (Analysis of A-Sandwich Radome with Metamaterials Core)

  • 이경원;홍익표;박범준;정영철;육종관
    • 한국전자파학회논문지
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    • 제20권11호
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    • pp.1161-1170
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    • 2009
  • 본 논문에서는 recursive method를 이용하여 A-Sandwich 레이돔 코어 물질을 유전체, 드루드(Drude) 모델, 이상적인 메타 물질로 각각 가정하고 레이돔의 특성을 비교 분석하였다. 기존의 유전체 레이돔보다 이상적인 메타물질을 사용함으로써 우수한 성능을 얻을 수 있음을 증명하였으며, 분산 메타 물질의 경우 물질 상수 변화가 작은 주파수 대역을 사용함으로써 유전체 레이돔보다 좋은 성능을 얻을 수 있음을 보였다. 또한 레이돔에 메타 물질을 적용하기 위한 스킨과의 관계 및 조건을 제안하였다. Ku band 주파수 대역에서 사용 가능한 레이돔을 분석하였으며, 레이돔의 주요 성능 파라미터인 삽입 손실, 삽입 위상 지연, 편파 부정합에 대해 유전체 레이돔과 메타 물질 레이돔의 전파 특성을 비교하였다. 코어가 주파수 분산 메타 물질일 경우 굴절 지수 -1과 가까운 주파수 대역에서 유전체를 코어로 갖는 레이돔에 비해 우수한 레이돔 성능을 가짐을 알 수 있었으며, 본 논문의 결과로부터 일반적인 유전체 레이돔에 비해 메타 물질 코어를 갖는 레이돔으로부터 개선된 전파 특성을 갖는 레이돔 특성을 얻을 수 있다는 것을 확인하였으며, 레이돔 설계 및 개발에 활용할 수 있다.