• Title/Summary/Keyword: 유전자 네트워크

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Successive Optimization of Information Granules-based Fuzzy Neural Networks (정보 입자 기반 퍼지 뉴럴 네트워크의 연속적 최적화)

  • Park, Keon-Jun;Oh, Sung-Kwun;Kim, Hyun-Ki
    • Proceedings of the KIEE Conference
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    • 2007.07a
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    • pp.1815-1816
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    • 2007
  • 본 논문에서는 데이터의 특성을 이용한 정보 입자 기반 퍼지 뉴럴 네트워크의 연속적 최적화를 제안한다. 데이터들간의 거리를 중심으로 C-Means 클러스터링 알고리즘을 이용하여 멤버쉽 함수를 정의하고 각 중심의 후반부 중심값을 이용하여 후반부 학습에 적용한다. 구조/파라미터 동정에 있어서 실수 코딩 기반 유전자 알고리즘을 이용하여 입력변수의 수, 입력 변수의 선택, 멤버쉽함수의 수, 후반부 형태와 같은 시스템의 입력 구조와 전반부 멤버쉽함수의 정점 및 학습율과 모멘텀 계수와 같은 파라미터를 최적으로 동정한다. 또한, 구조 연산과 파라미터 연산의 연속적 동조 방법을 이용하여 퍼지 뉴럴 네트워크를 최적화한다. 제안된 퍼지 뉴럴 네트워크는 삼각형 멤버쉽 함수를 이용하며, 후반부 추론에는 간략, 선형, 변형된 2차식을 이용한다. 제안된 퍼지 뉴럴 네트워크는 표준 모델로서 널리 사용되는 수치적인 예를 통하여 평가한다.

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GA-based Normalization Approach in Back-propagation Neural Network for Bankruptcy Prediction Modeling (유전자알고리즘을 기반으로 하는 정규화 기법에 관한 연구 : 역전파 알고리즘을 이용한 부도예측 모형을 중심으로)

  • Tai, Qiu-Yue;Shin, Kyung-Shik
    • Journal of Intelligence and Information Systems
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    • v.16 no.3
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    • pp.1-14
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    • 2010
  • The back-propagation neural network (BPN) has long been successfully applied in bankruptcy prediction problems. Despite its wide application, some major issues must be considered before its use, such as the network topology, learning parameters and normalization methods for the input and output vectors. Previous studies on bankruptcy prediction with BPN have shown that many researchers are interested in how to optimize the network topology and learning parameters to improve the prediction performance. In many cases, however, the benefits of data normalization are often overlooked. In this study, a genetic algorithm (GA)-based normalization transform, which is defined as a linearly weighted combination of several different normalization transforms, will be proposed. GA is used to extract the optimal weight for the generalization. From the results of an experiment, the proposed method was evaluated and compared with other methods to demonstrate the advantage of the proposed method.

Development of Clustering Algorithm based on Massive Network Compression (대용량 네트워크 압축 기반 클러스터링 알고리즘 개발)

  • Seo, Dongmin;Yu, Seok Jong;Lee, Min-Ho
    • Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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    • 2016.05a
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    • pp.53-54
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    • 2016
  • 빅데이터란 대용량 데이터 활용 및 분석을 통해 가치 있는 정보를 추출하고, 이를 바탕으로 대응 방안 도출 또는 변화를 예측하는 기술을 의미한다. 그리고 빅데이터 분석에 활용되는 데이터인 페이스북과 같은 소셜 데이터, 유전자 발현과 같은 바이오 데이터, 항공망과 같은 지리정보 데이터들은 대용량 네트워크로 구성되어 있다. 네트워크 클러스터링은 서로 유사한 특성을 갖는 네트워크 내의 데이터들을 동일한 클러스터로 묶는 기법으로 네트워크 데이터를 분석하고 그 특성을 파악하는데 폭넓게 사용된다. 최근 빅데이터가 다양한 분야에서 활용되면서 방대한 양의 네트워크 데이터가 생성되고 있고, 이에 따라서 대용량 네트워크 데이터를 효율적으로 처리하는 클러스터링 기법의 중요성이 증가하고 있다. MCL(Markov Clustering) 알고리즘은 플로우 기반 무감독(unsupervised) 클러스터링 알고리즘으로 확장성이 우수해 다양한 분야에서 활용되고 있다. 하지만, MCL은 대용량 네트워크에 대해서는 많은 클러스터링 연산을 요구하며 너무 많은 클러스터를 생성하는 문제를 갖는다. 본 논문에서는 네트워크 압축을 기반으로 한 클러스터링 알고리즘을 제안함으로써 MCL보다 클러스터링 속도와 정확도를 향상시켰다. 또한, 희소행렬을 효율적으로 저장하는 CSC(Compressed Sparse Column) 자료구조와 MapReduce 기법을 제안한 클러스터링 알고리즘에 적용함으로써 대용량 네트워크에 대한 클러스터링 속도를 향상시켰다.

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Negative Regulation of Tumor Suppressor p53 at the Promoter Regions of Oncogenic SETDB1 and FosB Genes (암종양유전자 SETDB1과 FosB 발현에 대한 p53의 음성 조절기작)

  • Yun, Hyeon Ji;Na, Han-Heom;Kim, Keun-Cheol
    • Journal of Life Science
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    • v.30 no.12
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    • pp.1070-1077
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    • 2020
  • Treatment with anticancer drugs changes the expression of multiple genes related to cell proliferation, migration, and drug resistance. These changes in gene expression may be connected to regulatory networks for each other. This study showed that doxorubicin treatment induces the expression of oncogenic FosB and decreases the expression of oncogenic SETDB1 in A549 and H1299 human lung cancer cells, which are different in tumor suppressor p53 status. However, a small difference was detected in the quantitative expression of those proteins in the two kinds of cells. To examine the potential regulation of SETDB1 and FosB by p53, we predicted putative p53 binding sites on the genomic DNA of SETDB1 and FosB using a TF motif binding search program. These putative p53 binding sites were identified as 18 sites in the promoter regions of SETDB1 and 21 sites in the genomic DNA of FosB. A luciferase assay confirmed that p53 negatively regulated the promoter activities of SETDB1 and FosB. Furthermore, the results of RT-PCR, western blot, qPCR, and immunostaining experiments indicated that the transfection of exogenous p53 decreases the expression of SETDB1 and FosB in H1299 cells. This indicates that p53 negatively regulates the expression of SETDB1 and FosB at the transcriptional level. Collectively, the downregulation of SETDB1 and FosB by p53 may provide functional networks for apoptosis and for the survival of cancer cells during anticancer drug treatment.

Synchronization of Bilateral Teleoperation System using Genetic Algorithm (유전자 알고리즘을 이용한 양방향 원격제어시스템의 동기화)

  • Kim, Byeong-Yeon;Ahn, Hyo-Sung
    • 한국HCI학회:학술대회논문집
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    • 2009.02a
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    • pp.2080-2082
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    • 2009
  • This paper presents synchronization of bilateral teleoperation system with time delay using genetic algorithm. In general, bilateral teleoperation system has two main goals; stability and transparency. In the presence of time delay between the master and the slave, we guarantee stability, and optimize the parameter of synchronization control law using genetic algorithm.

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Implementation of PC-Cluster System for Efficient Bioinformatics Sequence Analysis (효율적인 생물정보 서열검색을 위한 PC-클러스터 시스템 구현)

  • 공재근;좌용권;박정선;유선주;이문상
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2004.04a
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    • pp.37-39
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    • 2004
  • 최근 들어 유전자 서열의 생산량 증가에 비례하여 유전자 발현 마이크로 칩과 같은 새로운 분석방법과 기술들이 도입되면서 연구자들이 매일 수천 개의 서열을 효율적으로 분석해야 할 필요성이 증대되고 있다. 이러한 생명공학분야의 급속한 발전은 대용량 유전자 서열에 대한 빠른 분석이 가능한 컴퓨팅 자원을 요구하고 있으나 IT 인프라에 대한 막대한 투지비용으로 인해 관련 연구기관에서 쉽게 이들 컴퓨팅 자원을 도입하지 못하고 있는 실정이다. 본 연구에서는 저가의 PC 서버를 고속의 네트워크로 연결한 PC 클러스터를 활용하여 시스템의 안정성과 신뢰성을 보장함과 동시에 범용성을 지닌 생물정보 서열검색 시스템을 구축하였다. 이러한 효율적인 시스템 구축을 통해 생물정보 데이터베이스로 서열 검색 시스템을 제공하고, 대용량 서열 데이터베이스의 검색 시간을 단축하였다.

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A Learning Using GA Optimized Neural Networks (유전자 알고리즘 최적화 신경망을 이용한 학습)

  • YeoChang Yoon
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2008.11a
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    • pp.27-29
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    • 2008
  • 시스템 분석에 주로 사용하는 자료 중에는 비선형 자료와 시계열 등이 있다. 이들 자료는 그 함축적인 관계가 매우 복잡하여 전통적인 통계분석 도구로 분석하는데 어려움이 많다. 본 연구에서는 현실 세계에서 다양하게 나타나는 복잡성을 다루기 위하여 하이브리드 진화 신경망 모델링 접근 방법으로 자료를 모형화 하고 이를 통한 학습의 적합도를 살펴본다. 비선형 자료 등을 모형화하기 위한 학습은 역전파 신경망 기법을 이용한다. 학습의 효율을 높이기 의해서 격자감소 학습 알고리즘과 함께 이용하는 유전자 알고리즘은 네트워크 구조를 최적화 시킬 수 있는 초기가중값을 이용한 전역 최소값을 찾는데 이용한다. 학습 결과를 통해 제안된 하이브리드형 접근방법의 학습이 보다 효율적임을 살펴보기 위하여 유전자 알고리즘으로 최적화된 신경망 학습 알고리즘을 비선형 모의자료의 학습에 적용하여 보았다.

A Mesh Router Placement Scheme for Minimizing Interference in Indoor Wireless Mesh Networks (실내 무선 메쉬 네트워크에서의 간섭 최소화를 위한 메쉬 라우터 배치 기법)

  • Lee, Sang-Hwan
    • Journal of KIISE:Computing Practices and Letters
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    • v.16 no.4
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    • pp.421-426
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    • 2010
  • Due to the ease of deployment and the extended coverage, wireless mesh networks (WMNs) are gaining popularity and research focus. For example, the routing protocols that enhance the throughput on the WMNs and the link quality measurement schemes are among the popular research topics. However, most of these works assume that the locations of the mesh routers are predetermined. Since the operators in an Indoor mesh network can determine the locations of the mesh routers by themselves, it is essential to the WMN performance for the mesh routers to be initially placed by considering the performance issues. In this paper, we propose a mesh router placement scheme based on genetic algorithms by considering the characteristics of WMNs such as interference and topology. There have been many related works that solve similar problems such as base station placement in cellular networks and gateway node selection in WMNs. However, none of them actually considers the interference to the mesh clients from non-associated mesh routers in determining the locations of the mesh routers. By simulations, we show that the proposed scheme improves the performance by 30-40% compared to the random selection scheme.

Design of Feed-Forward Fuzzy Set-based Neural Networks Using Symbolic Encoding and Information Granulation (기호코딩 및 정보입자를 이용한 전방향 퍼지 집합 기반 뉴럴네트워크의 설계)

  • Lee, In-Tae;Oh, Sung-Kwun;Kim, Hyun-Ki
    • Proceedings of the KIEE Conference
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    • 2006.07d
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    • pp.2089-2090
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    • 2006
  • 본 논문은 기호 코딩 및 정보입자를 이용한 유전자 알고리즘의 전방향 퍼지 집합 기반 뉴럴네트워크 (Information Granules and Symbolic Encoding-based Fuzzy Set Polynomial Neural Networks ; IG and SE based FSPNN)의 모델 설계를 제안한다. 기존 퍼지 집합기반 다항식 뉴럴네트워크(FSPNN)의 구조 최적화를 위해 이진코딩을 사용하였다. 그러나 이진코딩에서 스트링의 길이가 길면 길수록 인접한 두 수 사이에 발생하는 급격한 비트 차이라는 해밍절벽이 발생하였다. 이에 제안된 모델에서는 해밍절벽의 문제를 해결하기 위해 기호코딩을 사용하였다. 제안된 모델은 각 입력에 대해 MFs의 개수 만큼 규칙을 생성하는 Fuzzy 집합기반 다항식 뉴럴네트워크(FSPNN)를 그대로 사용한다. 그리고 IG based gFSPNN의 평가을 위해 실험적 예제를 통하여 제안된 모델의 성능 및 근사화 능력의 우수함을 보인다.

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An Attribute Ordering Optimization in Bayesian Networks for Prognostic Modeling of the Metabolic Syndrome (대사증후군의 예측 모델링을 위한 베이지안 네트워크의 속성 순서 최적화)

  • Park Han-Saem;Cho Sung-Bae
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2006.06a
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    • pp.1-3
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    • 2006
  • 대사증후군은 당뇨병, 고혈압, 복부 비만, 고지혈증 등의 질병이 한 개인에게 동시에 발현하는 것을 말하며, 최근 경제여건의 향상 및 식생활 습관의 변화와 함께 우리나라에서도 심각한 문제가 되고 있다. 한편 불확실성의 처리를 위해 많이 사용되는 베이지안 네트워크는 사람이 분석 가능한 확률 기반의 모델로 최근 의학분야에서 질병의 진단이나 예측모델을 구성하기 위한 방법으로 유용하게 사용되고 있다. 베이지안 네트워크의 구조를 학습하는 대표적인 알고리즘인 K2 알고리즘은 속성이 입력되는 순서의 영향을 받으며, 따라서 이 또한 하나의 주제로써 연구되어 왔다. 본 논문에서는 유전자 알고리즘을 이용하여 베이지안 네트워크에 입력되는 속성 순서를 최적화하며 이 과정에서 의학지식을 적용해 효율적인 최적화가 가능하도록 하였다. 제안하는 모델을 통해 1993년의 데이터를 가지고 1995년의 상태를 예측하는 분류 실험을 수행한 결과 속성 순서 최적화 후에 이전보다 향상된 예측율을 보였으며 또한 다층 신경망, k-최근접 이웃 등을 이용한 다른 모델보다 더 높은 예측율을 보였다.

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