• Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea CI
• /
• v.47 no.5
• /
• pp.17-24
• /
• 2010

Recently the study of identifying bio-markers for disease diagnosis and prognosis has been actively performed. In particular, lots of attentions have been paid to the finding of pathway gene-sets differentially expressed in disease patients rather than the finding of individual gene markers. In this paper we propose a novel method to identify disease-related pathway gene-sets based on time-series microarray data. For this purpose, we firstly compute individual gene scores by the using maSigPro (microarray Significant Profiles) and then arrange all the genes in the decreasing order of the corresponding gene scores. The rank of each gene in the entire list is used to evaluate the statistical significance of candidate gene-sets with Wilcoxson rank sum test. For the generation of candidate gene-sets, MSigDB (Molecular Signatures Database) pathway information has been employed. The experiment was conducted with prostate cancer time-series microarray data and the results showed the usefulness of the proposed method by correctly identifying 6 out of 7 biological pathways already known as being actually related to prostate cancer.

• Journal of Life Science
• /
• v.19 no.5
• /
• pp.639-643
• /
• 2009

High temperature stress might affect the yield and quality of Chinese cabbage. In order to develop cultivars resistant to high temperature stress, we developed polymorphic DNA markers for trehalose synthesis genes related to abiotic stress resistance. A total of 28 Brassica rapa ESTs homologous to trehalose synthesis genes of Arabidopsis were found from the NCBI database. The polymorphic DNA sequences were searched between Chinese cabbages - Chiifu, which is relatively susceptible to high temperature stress, and Kenshin, which is tolerant to high temperature stress. Among the 28 ESTs, we found 10 ESTs that have either insertion/deletion and/or single nucleotide polymorphism between the two cultivars. Those polymorphic sites were then targeted for the development of 10 PCR based markers. These molecular markers related to trehalose genes could be used not only to test their relationship with abiotic stress resistance in Chinese cabbage, but also the development of abiotic stress resistant cultivars using MAS.

• Journal of Life Science
• /
• v.19 no.1
• /
• pp.152-155
• /
• 2009

The old-gold-crimson ($og^c$) fruit color mutation produces deep red tomato fruit with high lycopene content. age is a null mutation allele of lycopene-${\beta}$-cyclase (Crt-b) gene (B locus) that converts lycopene to ${\beta}$-carotene in the cartenoid biosynthesis pathway in tomato. Breeding of high lycopene tomato cultivars can be accelerated by marker-assisted selection (MAS) for introgression of $og^c$ allele by using a gene-based DNA marker. In order to develop a marker, single nucleotide deletion of adenine(A) with. in a poly-A repeat that has been known to be responsible for frame-shift mutation of $og^c$ was confirmed by resequencing mutant allele and wild-type allele at B locus of several tomato lines. For allele discrimination and detection of $og^c$, derived CAPS (dCAPS) approach was used by designing a primer that artificially introduced restriction enzyme recognition site of Hin fI in PCR products from $og^c$ allele. This dCAPS marker is co-dominant gene-based PCR marker that can be efficiently used for MAS breeding program aiming the development of high lycopene tomato.

• Proceedings of the Korea Society of Environmental Toocicology Conference
• /
• 2001.11a
• /
• pp.35-45
• /
• 2001

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
• /
• 1999.05a
• /
• pp.26-26
• /
• 1999

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
• /
• 2019.10a
• /
• pp.97-97
• /
• 2019

사삼(沙蔘, Adenophorae Radix)은 "대한민국약전외한약(생약)규격집(KHP)"에 잔대 Adenophora triphylla var. japonica Hara 또는 사삼(당잔대, A. stricta Miq.)의 뿌리로 수재되어 있으나, 형태학적으로 유사한 제니(모시대, A. remotiflorus Miquel), 층층잔대(윤엽사삼, A. tetraphylla (Thunb.) Fisch), 더덕 Codonopsis lanceolata (Sieb. et Zucc.)과 오 혼용 우려가 있어 이들을 구별하기 위한 종 감별법이 필요하다. 본 연구에서는 '사삼'과 오 혼용 우려가 있는 종들을 구별할 수 있는 유전자 마커 개발을 위하여 DNA 바코드로 활용되고 있는 유전자 부위를 분석하여 ITS (25%), atpB-rbcL (15%), atpF-atpH (14%), rpl16 (13%), trnL-F (10%), matK (9%), rpoC1 (7%)에서 변이율(percent of variable sites)을 확인하였다. 또한, 분석한 유전자 부위 중 종간 차이를 확인하기 용이한 matK 구간을 활용해 기원종인 잔대, 당잔대와 형태적으로 유사하여 오 혼용될 우려가 있는 층층잔대, 모시대 및 더덕을 감별 할 수 있는 유전자 마커를 개발하였다. 본 연구를 통해 얻어진 염기서열과 분자 마커는 '사삼'의 품질관리에 유용하게 활용 가능할 것으로 사료된다.

• Proceedings of the Korean Society for Food Science of Animal Resources Conference
• /
• 2006.05a
• /
• pp.112-116
• /
• 2006

본 연구는 인간과 동물의 식욕조절, 에너지 대사, 체지방 축적 및 지방 대사에 핵심적인 역할을 담당하는 비만 유전자 leptin의 SNP를 검색하고, 이들 SNP 마커와 한우의 도체 및 육질형질들과의 연관성을 구명하여 고급육 생산 한우 조기 선발 및 육질 진단을 위한 분자 표지 마커로 활용하기 위하여 수행하였다. 한우 leptin 유전자의 exon 2 및 3번 영역을 포함한 염기서열 분석결과 총 3개의 SNP를 검출하였고, PCR-RFLP및 SSCP기법을 이용하여 SNP유전자형을 분석한 결과 exon 2 영역 내 C1180T SNP부위가 한우의 근내 지방도 및 등지방 두께와 유의적인 연관성(p<0.05)이 있는 것으로 나타났다. 따라서, 본 연구를 통해 개발된 한우 leptin 유전자의 특정한 SNP marker는 근내 지방도가 우수한 고급육을 생산하는 한우의 조기식별 및 마블링 등 육질진단에 매우 유용한 DNA 표지인자로 활용할 수 있을 기대된다.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
• /
• 2018.04a
• /
• pp.35-35
• /
• 2018

터리풀속(Filipendula)은 장미과(Rosaceae), 장미아과(Rosoideae)에 속하는 다년생 초본이며, 북반구 온대지역의 산지지역에 서식하며 15-20여 종이 보고되어 있고, 이 중 10여종이 한국, 중국, 일본, 타이완 등의 동아시아 지역에 분포한다. 본 연구의 목적은 DNA 염기서열 자료를 이용하여 터리풀속(Filipendula)내 종들간의 계통관계를 규명하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 이를 위해서 11종 29개체의 터리풀속(Filipendula)샘플과 외군인 산딸기나무속(Rubus)에 속하는 3종 5개체의 샘플을 이용하였다. 추가로 Genbank에서 3속 10종 18개의 염기서열을 다운받아 비교분석에 이용하였다. 계통연구를 위하여 엽록체에 존재하는 atpF-atpH, psbK-psbI, psbA-trnH, matK, rbcL, 5개 마커와 핵에 존재하는 ITS, 총 6개 마커의 염기서열을 생산하였다. 총 52개의 샘플에 대하여 엽록체유전체 5개 마커지역은 염기서열 길이가 3,485bp였고 핵 ITS지역은 631bp였으며, 이들을 합한 염기서열 길이는 4,116bp였다. 계통분석결과, 터리풀속(Filipendula)은 단계통군을 이루었다. F. occidentalis와 F. vulgaris가 기저분류군을 이루었고 이들은 각각의 아속에 해당한다. 그리고 나머지 종들은 모두 하나의 단계통군을 이루었다. 위의 결과들은 1961년 시미즈가 본 속을 Hypogyna아속, Filipendula아속, Ulmaria아속으로 나눈 분류시스템과 일치한다. 나아가 분자계통수에서 Ulmaria아속은 크게 4개의 subclade로 구분되었다. 먼저 subclade I에는 F. vestita, F. kiraishiensis, F. tsuguwoi, F. multijiuga, F. purpurea 등 5개 종으로 구성되었다. Subclade II는 F. ulmaria 한 종으로만 구성되었다. Subclade III에는 F. glaberrima, F. koreana, F. formosa, F.camtschatica 로 구성되었으며 subclade III에는 한국에 서식하는 3종이 포함되었다. Subclade IV에는 F. rubra, F. angustiloba, F. palmata, F. intermedia 4종으로 구성되었다. 이번연구에서는 Ulmaria아속내에 4개의 subclade가 존재함이 처음으로 확인되었다.

• Journal of Life Science
• /
• v.21 no.3
• /
• pp.468-472
• /
• 2011

DNA marker is a powerful tool for plant genetics and breeding. In this study, 995 SSR markers were employed with chilling resistant cucumber, known as 'NC76', and chilling susceptible cucumber, known as 'GY14'. Using 2% agarose gel electrophoresis, 145 SSR markers were identified as length variation markers between 'NC76' and 'GY14'. The SSR markers that showed no length polymorphism were then screened using high resolution melting analysis technique and additional 30 polymorphic SSR markers were identified. As a preliminary evaluation for mapping, 20 markers among these 175 markers were employed to a $F_2$ population of 'NC76' x 'GY14' cross. Linkage analysis revealed 13 markers that joined into six linkage groups and seven markers that remained unlinked. This result indicates that these 175 markers could be used for construction of a genetic map using a cross between 'NC76' and 'GY14' for further investigation in developing markers related to resistance to chilling in cucumbers.

• Korean Journal of Poultry Science
• /
• v.40 no.2
• /
• pp.147-155
• /
• 2013

This study was conducted to evaluate the effects of dietary supplementation of vitamin C or E on the expressions of endoplasmic reticulum (ER) stress, lipid and glucose metabolism associated genes in broiler chickens. A total of 216 one-day-old male broilers was randomly alloted to 4 treatments with 6 replicate pens per treatment and 9 broilers per pen for 35 days. The dietary treatments were control, vitamin C (control diet + ascorbic acid 200 mg/kg diet), vitamin E (control diet + ${\alpha}$-tocopherol 100 mg/kg diet), vitamin C + E (control diet + vitamin C 200 mg/kg + vitamin E 100 mg/kg), respectively. To evaluate gene expressions by quantitative real-time polymerase chain reaction, total RNA was extracted from the liver of the chicken at 35 days of age. Dietary supplementation of vitamins was significantly down-regulated the expression of stress marker genes including HSP70, HSP90, and HMGCR, as compared to the control (p<0.05). The expressions of ER stress associated genes also inhibited by supplementation of vitamins as well (p<0.05). Vitamin C supplementation suppressed the expression of lipid associated genes such as FASN, FATP1 and ACSL1. Vitamin supplementation did not affect the glucose transporters, GLUT2 and GLUT8, in the liver. The results of the present study indicated that dietary supplementation of vitamin C or E could be beneficial for the alleviating physiological stress in broiler chickens.