G+C 함량이 높은 primer를 이용한 중합효소 연쇄반응을 실시하는 경우 높은 annealing 온도로 인하여 특이 염기서열의 합성정도가 매우 미약하게 나타나는 경우가 많이 있다. 이와 같은 문제점을 보완하기 위하여 glycerol, formamide 및 dimethyl sulfloxide (DMSO) 등의 변성제를 반응용완충액에 첨가하고 중합효소 연쇄반응을 실시하여 그 결과를 비교 검토하였다. G+C 함량이 낮은 Borrelia burgdorferi의 Lyl 유전자의 primer set인 Bb 679와 Bb 680를 이용한 중합효소 연쇄반응에서는 변성체 첨가에 따른 합성 DNA의 양의 변화가 뚜렷하지 않았다. 그러나 G+C 함량이 높은 primer set인 Mycobacterium paratuberculosis의 IS900 유전자의 IS900/150C와 IS900/921를 이용한 중합효소 연쇄반응을 유도한 경우에는 변성제를 첨가함에 따라 합성된 DNA의 양의 증가가 뚜렷하였으며, 2.5% glycerol과 1.25% formamide를 혼합 첨가한 경우와 또는 2.5% DMSO를 반응용 완충액에 첨가하였을 때 비특이적인 증폭비율이 낮아 특이 염기서열의 합성 결과가 양호한 것으로 나타났다.
중합효소 연쇄반응은 분자 생물학적 연구에 여러 목적으로 이용되고 있으며 그 진단적 가치는 교잡반응등에 의한 것보다 더욱 정확한 것으로 알려져 있다. 최근 두경부암의 발생원인중의 하나로 유두종 바이러스가 중요 역할을 하는 것이 알려지면서 여러 방법으로 두경부암 조직내에서 유두종 바이러스 DNA의 검출이 많이 시도되고 있다. 저자들은 54명의 두경부암 환자의 파라핀 절편조직에서 중합효소 연쇄반응을 이용한 유두종 바이러스 DNA의 검출을 시도하여 11명(30%)에서 양성반응을 얻어 그 임상적 특성을 비교분석 하였다.
In this work, thermal design of a PCR chip for LOC is systematically conducted. From the numerical simulation of a PCR chip based on the finite volume method, how to control the average temperature of a PCR chip and the temperature difference between the denaturation zone and the annealing zone is presented. The average temperature is shown to be controlled by adjusting heat input and a cooler as well as a heater is shown to be necessary to obtain three individual temperature zones for polymerase chain reaction. To reduce the time required, a heat sink for the cooler is not included in the calculation domain for the PCR chip and heat sink design is conducted separately by using a compact modeling method, the porous medium approach.
일반적으로 임상검사실에서 vancomycin resistant enterococci (VRE)를 검출하는 일은 어렵고, 시간이 많이 들며, 검체처리 비용도 많이 든다. 따라서 본 실험은 임상검체에서 분리된 세균으로부터 VRE를 신속하게 확인하고, 진단하기 위한 방법으로서 다중 중합효소 연쇄반응을 확립하였다. 본 실험에 사용된 primer는 장구균에 특이 한 유전자인 vanA, vanB, vanC-1, vanC-2/3 각각의 염기서열을 기초로 primer를 제작하고, 다중 중합효소 연쇄 반응을 실시하여 임상검체로부터 분리된 VRE 유전자의 type및 분포율을 조사하고자 하였다. 국내에서 분리된 75주의 장구균을 대상으로 다중 중합효소 연쇄반응을 실시한 결과 36주의 분리균주에서 vancomycin에 대해 높은 저항성을 보이는 vanA 유전자를 가진 것으로 나타났다. 그리고 18주에서는 vancomycin에 낮은 저항성을 내성을 보이는 vanC-1 또는 vanC-2/3 유전자를 보유한 것으로 나타났다. 따라서 본 실험에서 확립한 다중 중합효소 연쇄 반응 기법은 신속한 VRE 진단 방법으로 이용할 수 있을 것이다.
Epstein-Barr virus (EBV), cytomegalovirus (CMV), hepatitis B virus (HBV), parvovirus B19 (B19)등 4종의 바이러스는 인체에 감염을 일으키는 병원체로서 DNA를 유전물질로 함유한다. 각 바이러스 유전자의 염기서열을 분석하여 EBV CMV, HBV의 pol 유전자와 B19의 ns 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 primer를 설계 제작하고 단일 시험으로 4종의 바이러스를 동시에 검출할 수 있는 다중 중합효소 연쇄반응(Multiplex PCR)법을 확립하였다. Primer 염기서열, PCR 반응조성물의 농도, PCR 반응시간 및 온도조건을 최적화하여 민감도를 증대시킴으로써, 단일 시험으로 5-10 분자수의 유전물질까지 검출이 가능하였다. 또한 4종의 바이러스 사이에 교차반응이 일어나지 않았으며 생체시료를 이용한 시험에서도 특이성과 민감도가 유지됨을 확인하였다. 그러므로 본 연구에서 확립한 다중 중합효소 연쇄반응은 세포배양액 또는 생체 시료에 감염된 4종 DNA 바이러스진단에 효율적으로 이용할 수 있을 것이라고 판단된다.
효과적인 원위치 중합효소 연쇄반응 (In situ PCR)을 위해서는 증폭된 PCR 산물의 세포외 유출을 감소시켜야 한다. 이를 위한 한 방법으로 거대분자 PCR 산물을 합성시키기 위한 5'쪽에 서로 상보적인 꼬리서열을 가진 프라이머(꼬리 프라이머; tailed primer)가 사용되었으나 많은 PCR 횟수로 인해 시간의 낭비와 세포조직의 형태보존성이 저하되는 문제가 발생하였다. 따라서 PCR 조건을 가능한 최적화시키고, 최소의 PCR 횟수로써 세포외 유출을 막을 수 없는 방법이 필요하게 되었다. 이러한 방법의 일환으로 꼬리 프라이머를 이용하여 PCR 튜브 속에서 목표 핵산없이 프라이머 중합체(primer polymers)의 형성을 유도하였고, 이를 유리 슬라이드위에 고정시킨 Molt/LAV 세포들에 처리하여 20 회의 짧은 시간에서도 적절한 탐침을 할 수 있게 되었다. 이로 인해 프라이머 중합체의 원위치 중합효소 연쇄반응에서의 사용가능성을 타진하였다.
배 경: 중합효소연쇄반응은 폐결핵의 진단에 유용한 검사법으로 도입되어 각 병원에서 널리 이용되고 있으나, 사균과 생균이 모두 양성으로 증폭되기 때문에 결핵환자들의 경과관찰에는 적당하지 못한 것으로 인식되고 있다. 그러나 항결핵제 투여후 중합효소연쇄반응 검사에서 음성으로 전환되는 예를 발견하여, 항결핵제 투여후 중합효소연쇄반응의 음전여부와 음전시기를 알아 보고자하였다. 방 법: 1996년 12월 1일부터 1997년 10월 31일까지 대구효성가톨릭 의료원을 방문하여, 중합효소연쇄반응에서 양성이 나온 16례의 폐결핵환자들을 대상으로, 항결핵제 투여하고 2주-1개월 간격으로 객담을 채취하여 총 113 검체를 대상으로 균배양, 항산성염색 및 중합효소연쇄반응법 등의 추적검사를 시행하였다. 폐결핵 환자들은 흉부 방사선 소견에 따라 분류하였고, 임상경과는 항결핵제 투여 후 1년간 관찰하였다. 결 과: 항결핵제를 투여한 16명의 환자들은 중합효소연쇄반응법에서 모두 30주 내에 음전되었고 평균 음전기간은 $16{\pm}8$주였다. 대상군은 흉부상사선 소견상 경증 8례, 중등도 4례 및 증증 4례로 분류되었고, 각각의 평균 음전기간은 경증 $9{\pm}5$주, 중등 $20{\pm}8$주 및 중증 $23{\pm}2$ 주였다. 항결핵제에 감수성을 보인 예에서는 약제를 복용함에 따라 중합효소연쇄반응 산물이 점차 감소하다가 증폭되지 않는 양상을 나타내었다. 결 론: 중합효소연쇄반응이 양성이었던 폐결핵환자들은 항결핵제 투여 후 30주 이내 모두 음전되었고, 폐침윤 정도가 넓을수록 평균 음전기간이 길었으며, 항결핵제로 치료함에 따라 중합효소연쇄반응 산물이 감소되었다. 따라서 중합효소연쇄반응은 폐결핵 환자들의 치료반응 판정과 효율적인 경과 관찰에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.
차량의 고속주행 중 발생하는 전방추돌사고는 치사율이 높으며 연쇄추돌사고를 야기한다. 대부분의 전방추돌사고는 안전거리 미확보와 운전자의 늦은 인지반응에 따라 충분한 제동거리를 확보하지 못하여 발생되고 사고 후 운전자누적 인지반응시간은 연쇄 추돌을 일으키는 원인이 된다. 이를 극복하기 위한 전방차량추돌경고 시스템은 전방차량과 자차의 안전거리를 유지시키고 운전자의 인지반응속도를 빠르게 하여 전방차량추돌을 예방한다. 하지만 전방차량 긴급 상황 발생으로 인한 급정지 시 전방차량과 자차의 거리 정보에만 의존하는 이 시스템은 운전자 인지반응시간의 누적으로 인해 연쇄추돌을 일으킬 수 있다. 본 논문에서는 가장 극한의 주행환경에서 일반 차량과 전방차량추돌경고 시스템 차량의 전방추돌 및 연쇄추돌에 대한 문제점을 분석하고 현재 주행 안전 시스템에서 중요한 이슈로 부각 되고 있는 차량 간 통신을 기반으로 하는 전방차량추돌경고 시스템 차량을 설명하고 그 효과를 비교 분석한다. 차량 간 통신을 기반으로 하는 전방차량추돌경고 시스템은 기존의 전방차량추돌경고 시스템과 같이 운전자의 인지반응시간을 감소 시 킬 뿐만 아니라 후방 차량들에게 동시에 긴급 사항을 방송함으로써 운전자 누적 인지반응시간을 제거하여 운전자가 긴급 상황에 사전 대처하여 연쇄 추돌의 위험성을 감소시킨다. 효과 분석 결과 일반 차량은 뒤따르는 전 차량이 연쇄 추돌의 위험성을 가지고 있으며 전방차량추돌경고 시스템 차량은 12대중 3~4대가 연쇄추돌의 위험성을 가지고 있다. 하지만 차량 간 통신 기반의 전방차량추돌경고 시스템을 장차한 차량은 연쇄추돌의 가능성이 거의 없는 것으로 확인된다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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