• 융합정보논문지
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• 제10권6호
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• pp.209-216
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• 2020

단백질 항원에 존재하는 에피토프는 에피토프를 기반으로 한 백신 개발의 표적이 되고 있다. 인간의 주조 직적합 복합체 (MHC-1)에 결합하는 펩타이드를 확인할 수 있는 여러 서버들이 보고되고 있으나 인간의 MHC-I 분자의 수가 매우 많고 각 서버 검색 방법의 표준화 부재 등의 문제로 인해 펩타이드 예측에 적절한 서버를 선정하는 것이 쉽지 않다. 본 논문에서는 MHC-I 결합 펩타이드를 예측하는 서버 30 종을 비교하였으며, 다발성 골수종에 적용하기 위해 survivin 단백질로부터 사람의 HLA-A2 제한 펩타이드를 예측하였다. 본 연구의 결과는 MHC-I 결합 예측의 표준화된 방법을 제시하고 펩타이드 에피토프를 예측하는데 도움을 줄 것이다.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2017년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.109-110
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• 2017

본 연구에서는 2016년 전 세계에 공포를 안겼던 지카 바이러스(Zika virus)와 최근 아열대성 기후의 확대로 인해 향후 대유행이 예상되는 뎅기 바이러스(Dengue virus)의 구별 진단 방법에 대해 논의하고자 한다. 두 바이러스는 모두 플라비바이러스 속(Flavivirus genus)에 해당되며, 동일한 단백질 도메인(domain)으로 구성되어 있다. 본 연구에서는 여러 도메인 중에서도 진단에 유리하다고 판단되는 비구조단백질 1(NS1, non-structural protein 1)을 선정하였으며, UniProt (Universal Protein Resource) 데이터베이스를 활용하여 지카 바이러스와 뎅기 바이러스의 비구조단백질 1의 아미노산 서열을 상호 비교 분석 하였다. 더 나아가 IEDB (Immune Epitope Database) 데이터베이스를 활용하여 비구조단백질 1의 아미노산 중, 진단에 용이한 에피토프로 예상되는 5개의 후보를 도출하였다. 최종적으로 후보군으로부터 지카 바이러스와 뎅기 바이러스를 구별하여 진단할 수 있다고 판단되는 에피토프(펩타이드)를 제안하였다.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2017년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.297-298
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• 2017

플라비바이러스(Flavivirus)는 모기와 같은 곤충을 매개로 하여 인체에 감염된다고 잘 알려져 있다. 그 대표적인 예로 지카 바이러스(Zika virus), 뎅기 바이러스(Dengue virus), 황열 바이러스(Yellow fever virus), 일본 뇌염 바이러스(Japanese encephalitis virus) 등을 들 수 있다. 본 연구에서는 생물정보학을 기반으로 인체 감염 주요 플라비바이러스인 지카 바이러스, 뎅기 바이러스. 황열 바이러스, 일본 뇌염 바이러스의 총 4종류 플라비바이러스에 공통적으로 적용 가능한 펩타이드 백신 후보를 제시하고자 한다. 먼저 UniProt (The Universal Protein Resource)의 유전자 서열정보를 이용하여 4종류의 바이러스가 가진 단백질 중 백신으로써 적합한 단백질을 선정하였다. 선정된 단백질의 아미노산 서열정보를 바탕으로 IEDB (Immune Epitope Database And Analysis Resource)를 활용한 에피토프(epitope) 분석을 통해 에피토프로 작용하는 4 종류 바이러스의 공통적인 서열을 도출하였다.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2016년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.187-188
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• 2016

열대열 말라리아(Plasmodium falciparum, P. falciparum, P. f) 신속진단키트의 경우, P. falciparum에 특이적인 단백질로써 Histidine Rich Protein 2 (PfHRP2)가 사용되고 있다. 그러나 최근 연구에서 남아메리카와 중앙아메리카를 중심으로 pfhrp2/pfhrp3 유전자가 결여된 P. falciparum 열원충이 나타나는 것으로 보고된 바 있다. 본 연구에서는 생물정보학을 기반으로 PfHRP2 항원 단백질을 대체할 수 있는 새로운 P. falciparum 특이 항원 단백질을 선정하고자, PlasmoDB에서 5,777개의 P. falciparum 관련 단백질 리스트를 얻었다. 이후 NCBI BLAST를 통해 단백질 아미노산 서열을 분석하고 정상인에게 존재하지 않으며, 동시에 다른 말라리아 열원충(P. vivax, P. ovale, P. malariae, P. knowlesi)에도 존재하지 않는 P. falciparum 특이 아미노산 서열을 가진 단백질 15개를 추출하였다. IEDB analysis를 이용하여 에피토프, 수용성, 베타-턴, 접근성, 유연성, 면역원성을 분석하여 높은 평균값을 갖는 상위 3개 단백질을 선별하였다. KEGG pathway와 EMBL-EBI를 통해 선별된 3개 단백질의 혈액내 검출 가능성 및 아미노산 서열의 보존성을 분석하여 최종적으로 Glutamate-Rich Protein (GLURP)을 선정하였다. AIDA를 통해 단백질 아미노산 서열을 이용한 3차 구조 예측으로 GLURP의 구조 및 항체와의 결합을 도식화하였다. 최종적으로 선정한 GLURP는 pfhrp2/pfhrp3 유전자 결여 P. falciparum까지 특이적으로 진단이 가능하여 차세대 P. falciparum 특이 신속진단키트 개발에 도움이 될 수 있을 것으로 기대한다.

• 대한핵의학회지
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• 제35권3호
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• pp.192-197
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• 2001

목적: 요세포검사와 방광경검사는 방광이행상피세포암을 진단하는데 유용한 방법이다. 그러나 요세포검사는 숙련된 검사자가 필요하고 현미경검사상 다양한 해석이 가능할 수 있고 방광경검사는 침습적인 방법이다. $UBC^{TM}$ 검사는 방광암의 상피세포로부터 방출되는 특정한 cytokeratin의 분절에 대한 에피토프를 검출하는 면역방사계수측정법이다. 우리는 방광이행상피세포암의 진단에서 요세포검사와 $UBC^{TM}$ 검사를 비교하여 $UBC^{TM}$ 검사의 유용성을 알아보았다. 대상 및 방법: 혈뇨를 주소로 내원한 84예를 대상으로 중간뇨를 이용하여 $UBC^{TM}$ 검사 (IDL Biotech, Sweden)를 시행하였다. 19예는 방광경검사와 경요도방광종양절제술로 방광이행상피세포암으로 진단되었고(암환자군), 나머지례는 대조군으로 하였다. $UBC^{TM}$ 검사상 결과가 $12{\mu}g/L$ 이상인 경우를 양성으로 하였다. 결과: UBC 검사 결과는 암환자군과 대조군에서 각각 $95.9{\pm}166.4{\mu}g/L$ 과 $19.2{\pm}85.6{\mu}g/L$ (p<0.001)로 의미있는 차이를 보였다. 방광이행상피세포암에 대한 UBC 검사와 요세포검사의 민감도는 각각 89.5% (17/19), 47.4% (9/19) (p<0.05)였고, 특이도는 각각 81.5% (53/65)와 100% (65/65)였다. $UBC^{TM}$ 검사는 stage Ta, $T_1$ (84.6 vs 38.5 %, p<0.05)과 grade I (83.3% vs 16.7%, p<0.05)에서 요세포검사보다 더 유의하였다. $UBC^{TM}$ 검사의 결과는 세포분화도가 더 나빠질수록 증가하는 경향을 보였다 (Grade I : 83.3%, Grade II : 90%, Grade III : 100%). 결론: $UBC^{TM}$ 검사는 다른 비뇨기과적 질환과 방광이행상피세포암을 구별하는데 유용한 방법으로 사료된다. 특히 $UBC^{TM}$ 검사는 초기 방광이행상피세포암과 세포분화도가 좋은 방광암을 진단하는데 있어 간편하고, 비침습적이며 요세포 검사보다 높은 민감도를 갖는 것으로 분석되어 요세포검사의 낮은 민감도를 보완하는 유용한 선별검사의 하나로 선택하여도 좋을 것으로 사료된다.